成化二十三年（1486），奉命安抚江西、福建流民，还京后上言：“福建武平、上杭、清流、永定，江西安远、龙南，广东程乡皆流民错杂，喜欢斗争，容易作乱，应该平时令有司设立乡学、社学，教之《诗》《书》礼让”。

弘治二年（1489），升任江西按察司副使。

弘治九年（1496），入觐，升江西右布政使。

弘治十年（1497），转任福建左布政使。

弘治十一年（1498），擢右副都御史、顺天巡抚。朵颜猖獗，洪钟整饬蓟州边备，建议增筑塞垣。自山海关西北至密云古北口、黄花镇直抵居庸关，延亘千余里，缮复城堡二百七十所，悉城缘边诸县，因奏减防秋兵六千人，每年节省运输犒赉费数万计。潮河川（今北京市密云县古北口镇南）离京师二百里，居两山间，广百余丈，水涨成巨浸，水退则坦然平陆，敌人长驱直入。洪钟建议：“关以东三里许，其山外高内低，约余二丈，可凿为两渠，分杀水势，而于口外斜筑石堰以束水。置关堰内，守以百人，使敌人不得驰突，可免京师北顾之忧，且得屯种河隙地。”兵部尚书马文升等请从之。开始兴工，凿山，山石崩，压死者数百人。御史弋福、给事中马予聪等弹劾洪钟。巡抚张烜等请求罢役，不听。不久，工成，侍郎张达偕司礼监宦官视察。还言石洞仅泄小水，地近边垣多沙石，不利耕种。给事中屈伸等弹劾洪钟欺妄三罪，诸言官及兵部皆请求逮捕洪钟。明孝宗以洪钟为国缮边，不当罪，停俸三月。洪钟创建浮桥于通州，拆除永平陶窑，归还权贵侵占的民产及牧圉草场，远近大悦。但是这些举动触犯了权贵的利益，洪钟被数次上奏弹劾，于是改任云南巡抚。

正德二年（1507），进右都御史，仍管漕运。苏州、松江（今上海）、浙江运舟由下港口及孟渎河溯大江以达瓜洲，远涉二百八十余里，容易遭受风涛。洪钟言：“孟渎对江有夹河，可抵白塔河口。旧置四闸，径四十里。至宜陵镇再折而北，即抵扬州运河。开浚为便。”从之。

正德三年（1508），改掌南京都察院，升南京刑部尚书。

正德四年（1509），历任工部尚书、刑部尚书。冬，加太子少保兼左都御史，掌院事，赐玉带。

正德七年（1512），总兵官杨宏，副使张敏、马昊、何珊等合击之。贼势蹙，洪钟乃议招抚。张敏以单骑拜访曹甫营，曹甫听命，遂赴军门受约束，归散其党。而廖麻子怨恨曹甫背叛自己，杀之，并其众，转掠川东。官军不敢击，偷偷跟在贼后，杀良民为功，土兵虐尤甚。时有谣曰：“贼如梳，军如篦，土兵如剃。”巡按御史王纶、纪功御史汪景芳弹劾洪钟纵兵不加约束。王纶复奏洪钟乐饮纵游，致贼自合州（今重庆合川）渡江陷州县。诏召洪钟还，以彭泽代，洪钟遂乞归，赐驰驿还，仍进荣禄大夫，录其孙一人入监。

嘉靖二年（1523）四月十九日卒，年八十一岁，赐葬钱塘东穆坞，谥襄惠。