顺治五年（1648）正月，故明宗姓朱容藩称监国于夔州，建立行宫，大封群臣。南明四川总督吕大器得此消息，兴兵讨伐。次年春，朱容藩兵败自杀。

顺治五年（1648）正月，南明大学士朱继祚起兵抗清。朱继祚，福建莆田人，隆武政权建立后任东阁大学士。后隆武政权瓦解，他奔还乡里。鲁王即位后，福建一些州县纷起响应，朱继祚也会同鲁王政权的同安伯杨耿合攻兴化。守城监司彭遇（风岂）令将士出战，自己则登城“易明旗帜”，出城迎战将士见状撤离，朱继祚顺利地占据了兴化。三月，清军大举反攻，朱继祚等抵敌不住，失败后自杀。

顺治六年（1649）正月初八日，清廷命纂修《太宗实录》，以大学士范文程、刚林、祁充格、洪承畴、冯铨、宁完我、宋权为总裁官，学士王铎、查布海等人为副总裁官。

顺治六年（1649）六月，朝鲜国王李倧病逝。八月二十日，清廷遣礼部启心郎渥赫等去朝鲜祭李倧，赐谥号“庄穆”。同一天，又遣户部启心郎布丹、侍卫撒卫岱为正副使，赍诰赦往封世子淏为朝鲜国王、妻张氏为王妃。十六年五月，李淏病逝。九月二十日，清廷遣工部尚书管侍郎事郭科、礼部侍郎祁彻白前往朝鲜祭李淏，赐谥“忠宣”。同一天，又遣大学士苏赫德、吏部侍郎觉罗硕博会为正副使，往封世子李渊为朝鲜国王，妻金氏为王妃，并送给他们鞍马、貂袭、彩币等物。

顺治六年（1649）四月间，山西农民的抗清斗争“蜂起横逞”。在晋东南，抗清队伍有十数万，攻陷汾州府，截断平阳、潞安两府大路，附近州县望风响应；在晋东北，五台、繁峙、宁武的农民军与义军，攻占忻口，围困崞县；在晋西北，抗清义军占据了偏关、河曲、兴岚等县至汾州府属“延袤千里”之地。清军被迫龟缩于太原孤城，陷入四面包围之中。五月，清廷急遣端重亲王博洛为定西大将军，率大军进剿山西，援救太原。起义军人数虽众，但由于分散各地，缺乏统一的领导和指挥，因而极易被清军各个击破。六月，清军攻下了平阳和汾州等州县。七月初，清廷又增派亲王满达海、郡王瓦克达率军征山西朔州、宁武。七月底，平阳府和汾州府农民又掀起了声势浩大的反清起义，清廷急令陕西总督孟乔芳率军增援博洛、满达海。经过多次激烈战斗，清军攻克了朔州、蒲州、临晋、河津等地，又收复了平阳、汾州、太原三府半数以上的地区。九月下旬，博洛、满达海合军攻克了汾州、兴岚等州县。至次年四月，清军陆续攻克了被农民武装占据的其他州县。从此，山西全省的抗清斗争日趋低落。

顺治六年（1649）正月，在河北农民军抗清斗争浪潮的鼓舞下，蔚州的饥民、逃兵也啸聚起事，组成大营和小营，大营共分十九营，总人数约为五六千人；小营十三营，总人数约二千人。他们平时骚扰清军后方，搅得清军不得安宁；而当一闻清军进剿时，则积极准备炮火、马枪、旗帜上阵。清统治者哀叹说：“居民为盗者十之七八，势难杀尽。”

顺治六年（1649）十一月二十七日，清靖南王耿仲明在南下征广州途中，于江西吉安自尽。先是，清刑部查获耿仲明属下牛录章京魏国贤、旗鼓刘养正、梅勒章京陈绍宗等人私自收留、隐匿逃人，于罪当死。顺治帝得知消息，极为震怒，便下旨严责耿仲明纵属下诱掠逃人，是犯不赦之条，命其“严察械归毋隐”。耿仲明接旨后大为惊恐，立即严察此事，并上疏请罪。刑部议定耿仲明当削王爵，罚白银五千两。清廷因东南频繁用兵，需要耿仲明等继续为其效命疆场，下令对耿仲明从宽保留王爵，对陈绍宗等人也免死。但是，耿仲明未等清廷宽大命令下达，即在江西吉安自缢而亡。他死后，摄政王多尔衮怒其自杀，不准其子袭爵。直至顺治八年顺治帝亲政后，他的长子继茂才得以袭王爵。

顺治六年（1649）八月十七日，户科给事中常若拄弹劾降清的原大顺农民军大学士牛金星父子，其罪名是：牛金星追随李自成为“贼”，“弑君残民，抗拒王师”；牛金星之子、湖广粮储道牛铨与其父为“贼”，又为官贪婪肆虐，赃私多达巨万。父子二人同为万世罪人，必须申以国法。清廷接到奏疏后，以投诚之“流贼伪官”多能为朝廷效力，不允常若拄所请。九月初一日，清廷又以常若拄参劾牛铨失实，将其革职。

顺治六年（1649）七月，大顺农民军统帅、南明兴国公李过病逝。李过，又名锦，李自成之侄，少从自成起义，反对明朝的腐败统治。大顺政权建立，他受封毫候，为大顺军主要将领之一。李自成牺牲后，他率大顺军和明将何腾蛟、瞿式耜联合抗清，所部被称为忠贞营。隆武政权建立后，隆武帝赐其名为赤心，封为兴国公。李过在抗清斗争中英勇不屈。清统治者在顺治二年一年中“招抚”他六次，结果“人信不还”，表达了坚定的抗清决心。他率领的大顺军和明军精诚合作，多次打败清军，有力地支持了南明各政权。李过因病去世后，大顺军由高一功率领，继续进行抗清斗争。

顺治七年十二月，英王阿济格乘摄政王多尔衮病死之机，欲谋乱夺政失败。阿济格是清太祖努尔哈赤第十二子，骁勇善战，在戎马生涯中度过了自己的一生，成为清朝著名的开国功臣。顺治七年冬，多尔衮率阿济格等往边外围猎，年底，多尔衮病危，自知不起，独自召阿济格秘密议论后事。多尔衮死后，阿济格欲当摄政王，暗中派人往召其子劳亲，令劳亲多率兵来，并嘱劳亲不要把多尔衮病死及调兵事告之诸王。与此同时，他又胁迫多尔衮所管两白旗大臣附己，遭到拒绝后又以兵戎相威胁。于是，两白旗大臣决定往“依皇上为生”，并向郑亲王济尔哈朗告发阿济格乘丧欲谋乱夺政。跟随多尔衮围猎的大学士刚林早已察觉阿济格的意图，抢先独自“策马行”，日夜疾驰七百里抵达京师，告发此事。清廷立即关闭九门，在阿济格回京的必经之路德胜门外派驻重兵，以防不测。不久，多尔衮柩车还京，行至石门时，阿济格与其子劳亲合军，令部下大张旗帜，环丧车而行。顺治帝亲率诸王、大臣迎柩车于德胜门外，阿济格父子居首而坐。济尔哈朗等见阿济格身带佩刀，举动叵测，派兵紧密监视，并将其随从三百骑尽收诛之，从而粉碎了阿济格的兵变计划，避免了一场可能发生的动乱。（1651）十二月二十六日，议政王大臣会议阿济格罪，将其幽禁，其子劳亲被革去王爵，降为贝子。阿济格在幽禁期间，不仅没有一丝收敛，反而益加狂暴无礼，在监房内私藏大刀，暗掘地道，声称要放火烧毁监房。顺治八年十月十六日，诸王以阿济格悖乱已极，留之恐贻后患，应立即处死。奏入，顺治帝令其自尽。