顺治十三年（1656）三月初一日，李定国派部将靳统武率军迎南明永历帝入云南，奠都昆明，改云南府为滇都。这是明朝历史上最后一个都城。永历进封李定国为晋王、刘文秀为蜀王、白文选为巩国公。此时，明朝疆土只剩西南一隅之地，形势十分严峻：外受清朝大军压境的威胁，内有阉党马吉翔及靳统武等操纵朝政，永历日子很不好过。另外，由于永历到了昆明，使在贵州的孙可望失去了挟天子以令诸侯的机会，孙和李定国的矛盾更趋尖锐。孙可望失败后，跑到长沙，投降清朝后，呈献了云南地图，详细吐露了云南的军事机密。顺治十五年八月，清军三路进攻云南，李定国急忙由前线退守昆明，商讨避敌迁都的策略。永历小朝廷内人心惶惶，有人主张撄城固守，有人主张逃往四川，马吉翔等主张逃奔滇西，而李定国则主张退守滇南。争论的结果，决定退守滇西。次年初，永历政权狼狈西逃，李定国在磨盘山战役中遭致惨重失败，被迫退往中缅边界，永历帝也踉跄地进入了缅甸。

顺治十四年（1657）十月初七日，清廷为整顿赋役制度，防止不法官吏苛敛，命户部右侍郎王宏祚编写《赋役全书》，颁布天下。该书规定，以明万历年间的赋役额为标准，征收地丁钱粮；免除明末天启、崇祯年间繁重的加派。同时指出，对于过去未起解而今宜增、过去太冗杂而今宜裁撤的项目，都要细加清核，做到条贯井然；对于此后续增的地亩钱粮，各省督抚要按汇题造册报部，以凭稽核。《赋役全书》编成后，每个州县发两本，另立鱼鳞册（亦称丈量册），详细载明各地上中下田则；又立黄册（亦称户口册），每年记载各户人丁的增减。鱼鳞册和黄册，与《赋役全书》相表里。在征赋税时，采用明万历年间的一条鞭法，即以府、州、县一年中夏税、秋粮存留起运之额与均徭、里甲、土贡、雇募、加银之额，统通编为一条，总征而均支之。为防止地方官吏私派，清廷又向纳税户颁发“易知由单”即通知单。单内详细开列上中下田则及征收的本色、折色、杂项钱粮数目，并写明征收的总数。易知由单，每年在开征前的一个月，颁发给纳税户作为凭证，以防差错。除此外，还要发给纳税户“截票”（亦称“串票”，或二联印单）。“截票”开列出各户的地丁钱粮实数，“分为十限，月完一分，完成则截之”。清廷在“截票”票面中间，盖以“钤印”，官民各执其半。

顺治十四年（1657）十二月十五日，清廷部署进兵云贵事宜。当时，孙可望在发动对李定国的战争失败，投降清朝以后，清廷认为这是永历王朝内乱、人心未定的迹象，决定乘此有利时机，进兵云南。以吴三桂为平西大将军，命其同固山额真李国翰由四川前往贵州，相机进取云南；以固山额真赵布泰为征南将军，统本部及广西官兵，从广西进攻贵州；以宁南靖寇大将军、固山额真、宗室罗托同固山额真济席哈率所部及湖广官兵从湖南进攻贵州。不久，清廷又派多罗郡王多尼为安远靖寇大将军，同多罗平郡王罗可铎、多罗贝勒尚善等率军征讨云南，指令他们务必收取云南，“剿荡逆贼”。然而，李定国却只命白文选等扼守南北盘江。这种消极防御的策略，不仅使自己失去了出击的时机，而且又使清军赢得了从容进军的时光。清军经过充分准备，于年底分三路向云南进军，中路多尼部攻陷曲靖，北路吴三桂从间道包抄李定国的后路，南路赵布泰攻陷安隆。李定国全线俱溃，损失惨重。这样，昆明腹背受敌，处于被包围的不利形势之下。

顺治十四年（1657）十二月初四日，清廷制定了户部钱粮考成则例。其中规定：州县官欠七分者降职四级，欠八分者降职五级；布政使、知府、直隶州知州欠八分者降职四级，欠九分者降职五级。以上官吏俱戴罪督催，完日开复。

顺治年间，触犯清朝刑律的罪犯大多谪戍尚阳堡，并被拨给当地驻防旗人为奴，或充当苦差。顺治十四年（1657）清廷议定，凡卖钱经纪铺户、兴贩搀和私钱者流徙尚阳堡；顺治十七年顺治帝在一道谕旨中宣布，贪官赃至十两者，流徙幕北（大漠以北）地方；顺治十八年又规定，凡“反叛案”内应流人犯俱流徙宁古塔。尚阳堡在今辽宁开原县东四十里，一作上阳堡，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命；而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或饥人所啖，得生者甚少。

顺治十四年（1657）十一月二十五日，江南科场案发。是年，江南举行乡试时，主教官方犹、钱开宗舞弊，榜发后士子大哗，有为诗文杂剧唾骂者。主考官离去时，士子随舟唾骂，甚至向他们投掷砖石。南京书肆还刊刻发行了《万金记》，以方字去一点为万，钱字去近傍为金，暗指两考官姓，书中还揭露了主考官行贿通贿的情形。工科给事中阴应节为此上疏参奏说：方犹等弊窦多端，士子忿其不公，哭文庙，殴打考官，物议沸腾。他还查出了此事中乘机滋弊冒滥的典型：少詹事方拱乾的第五子章钺因与方犹联宗，而被取为举人。顺治帝接到奏疏后，命将方犹、钱开宗及同考官俱革职，并同中式举人方章钺一起解京严审；命总督廷佐速行严查科场中一切弊端，将犯人解交刑部；命方拱乾明白回奏。后方拱乾回奏称与方犹从未同宗，章钺不在回避之列。顺治帝又命所司查议。次年十一月二十八日，此案审结，主考官方犹、钱开宗立斩，妻子家产籍没；同考官叶楚槐等十七人俱绞立决；举人方章钺、吴兆骞等八人俱责四十板，家产籍没，与父母妻子兄弟流徙宁古塔；刑部尚书图海等办事不力或革去加衔加级，或降级革任。

顺治十四年（1657）十一月初六日，清廷制定了私铸钱文罪。先是，顺治帝以民间多有私铸钱文、扰乱钱法者，命和硕简亲王济度等议定私铸罪。至此，批准了济度等人制定的私铸罪：私铸钱文为首者及匠人处斩，胁从及知情买使者绞监候，卖钱经纪铺户与掺和私钱者杖四十板，流徙尚阳堡；总甲及十家长知情不首者照为首律皆处斩，不知情者以失察罪责四十板，徒一年；告捕者赏银五十两；该管地方官知情不首者亦照为首律处斩，不知情者以失察罪予以降职处分；不能觉察者，内外有关官员分别予以降级处分。

顺治十四年（1657）十月十六日，顺天科场案发。本年顺天乡试科场，参加考试的生员有四千人、贡监生一千七百余人，而录取名额只有二百零六名。当时，翰林侍读曹本荣、侍讲宋之绳为主考官，大理寺左右评事李振邺、张我朴和国子监博士蔡元禧等十四人为房考。由于报考者多，录取名额少，一些士子辇金载银，幅集京师，或直接贿赂考官，或辗转托人以行贿。而诸考官也欲借此交结权贵，为日后升迁寻找门路，接受贿赂、私许密约者已及千百人，超过了录取名额的四五倍，房考李振邺还将二十五名行贿者书写纸上，以便入围后寻对。诸考官们面对僧多粥少的局面，经过反复推敲、权衡利弊，最后制定了两条以士子父辈爵位高低财产丰薄为顺序的录取标准：爵高者必录，爵高而党羽少者次之，在京三品以上官员子弟无不中；财丰者必录，财丰而名不素布者又次之。榜发后，众考生哗然。贡生张汉刻揭投科道，蒋文卓刻匿名揭偏传朝野，贡生张绣虎借二人之揭讹诈李振邺、张我朴二房考银一千二百两。本日，刑科右给事中任克溥上疏参奏说：北闱榜发之后，途谣巷议，到处都有不满怨言，此中弊窦甚多。他还举例说，中试举人陆其贤是用银三千多两，同科臣陆贻吉向考官李振邺、张我朴贿买得中的。并指出类似这类事不在少数。顺治接到奏疏后极为重视，命令吏部、都察院严讯，获得真实信息后又于二十五日发布了一道逾旨，指出科场为取士之大典，关系最为重大，况且京师科场为各省之观瞻，岂可恣意贪墨行私，目无法纪？宣布对此案有关人员重加惩处，以戒将来。于是，他下令将李振邺、张我朴、蔡元禧、陆贻吉、项绍芳及行贿有据之举人田耜、邬作霖俱立斩，家产籍没，父母兄弟妻子共一百零八人流徙宁古塔。同时，又穷追到底，株连甚广，以致“朝署半空，囹圄几满”，迁延半载，病、死者不绝于耳。十一月十一日，顺治帝又命中式举人复试，但因自己避痘于南苑而未能举行，又使不少复试者流离冻馁，苦不堪言。次年四月，他又亲自审讯了此案其余罪犯，将其中一些人及其家属流徙尚阳堡。

顺治十四年（1657），全国举行乡试，因一些地区主考官与应考士子通同舞弊，引起广大士子的强烈不满与抗议。清廷借机兴起大狱，这就是历史上有名的丁酉狱（顺治十四年为农历丁酉）。“科场舞弊”在封建社会里本来早已司空见惯，但这次大狱蔓延几及全国，以顺天、江南两省为巨，次则河南、山东、山西，涉及士子人数之众，治罪之惨实为历史所罕见。

顺治十四年（1657）九月初七日顺治帝始行经筵，仪注中规定：讲官由内院酌定数员题用，经书讲章由讲官撰送内院改定后呈皇帝阅过；皇帝升座后，讲官至讲案前一跪三叩头，近案前立，先讲四书毕，由讲经官讲经，退立于原班，同众官出殿至丹墀下两帝排班，行两跪六叩头礼，侍立。