康熙元年（1662）五月十一日，清廷命晋封吴三桂为平西亲王，并于六月三十日册封。吴三桂成为汉族官员中受封亲王爵位的第一人，并开启了清代汉族王爷封藩自专的先例。自此，吴三桂年俸八千两，仅次于皇子与和硕亲王，仪仗、朝会等均与二等爵位的多罗郡王并列；总管云贵，事权归一。康熙二年十一月，清廷又专此命贵州一切文武官员、兵民事务，具照云南例，著吴三桂管理。并特别写明“听平西王节制。”吴三桂成了总揽云贵两省军政大权的最高长官；不久，清廷批准他的请求，开办云南铸钱局，每年拨给其饷银九百万两。当时，属于他藩下的军队多至七万余名；明国公沐英的庄园被他全部圈占，建立王庄，广征各项赋税，鱼肉各族人民，借以扩充财势。同年，他迫不得已上交了平西大将军印，对清廷埋下了不满之心，而实际上，他已成为拥兵割据，并能与清中央政府分庭抗礼的一方之主。

康熙元年（1662）五月初七日，郑成功因病去世，终年三十九岁。郑成功收复了台湾以后，便以台湾为抗清复明的根据地，设置府县，建立行政机构。为促进台湾农业的发展，广召大陆居民到台垦荒屯田，派遣汉族中精于农事者到高山族聚集地，推广先进的农业技术，并给高山族人民铁犁及耕牛，发展了台湾的社会经济，由于他征战多年，在台的初创之期又操劳过度，以致积劳成疾。其间，其子郑经在据守厦门时与其弟乳通奸生子，他闻讯大怒，命金、厦诸将将郑经及其母董氏斩杀。诸将因他正在患病，未从。他更加愤恨。康熙元年（1662）五月，他又外感风寒，病势日重，但他仍强振余威，登上将台，手持望远镜，远望澎湖，是否有船只到来。文武百官入谒时，他依旧端坐床上，谈论国事。因此，许多官员不知其病。及至他病危时，都督洪秉诚调药送至床前，他将药投地，叹曰：自国家飘零以来，枕戈泣血，十有七年，进退无据，罪案日增，今又屏迹遐荒，遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目，天乎天乎！何使孤臣至于此极也！吾有何面目见先帝于地下。复顿足捶胸，双手抓面，大呼而逝。

康熙元年（1662），永历帝被害于云南昆明。永历帝即朱由榔，生于明天启三年（1623）十月。祖籍濠州钟离（安徽凤阳县东）。明神宗朱翊钧孙，明思宗朱由检堂弟。其父朱常赢，神宗第五子，封桂王。朱由榔是他的次子。顺治十六年（1659）朱由榔逃往缅甸后，缅方要求从臣以下不能带兵器，他下令依从，随从者锐减。同年五月，在缅甸金楼白象王的接待下，他迁居者梗，开始了倍受内外欺侮的流亡生活。顺治十七年，平西大将军、平西王吴三桂上疏清廷，强调唯因永历帝尚在，李定国等“蛊惑人心，窥我边防，患在门户。”题请率军入缅，根除后患。顺治帝决计进兵。顺治十八年，清军大举入缅。新任缅王莽猛白先是编造理由，杀害了永历帝的四十三名大臣、内监，而后，缅兵进入了永历君臣的住所，抢掠财物，从臣妻女与贵人、宫女纷纷自尽。余存者三百余人，无一不病，死者甚众，永历帝已完全陷入绝境。次年元月，他向在缅境旧晚坡驻兵的吴三桂致书，对吴极尽吹捧，并以崇祯帝待之甚厚为理由，希图唤起吴三桂的怜悯之心，苟且活命。吴三桂不为所动，于是，莽猛白于当月初三日将永历帝及春眷属骗出住地。次日，即将他们交入清营。清廷接到奏报，专此祭告顺治帝等，颁诏全国。极表庆贺，直到这时，永历帝还心存幻想，“吴某世受国恩，未必毒及我母子也。”然而，吴三桂则因惧生意外而假传圣旨，康熙元年（1662）四月八日，他命人用弓弦将永历帝及其子缢死于昆明城内篦子坡，后丛葬于昆明北门外，时年三十八岁。

康熙元年（1662），清廷接受了都察院左都御史魏裔介的谏言，停止加派练饷。顺治十八年（1661），清政府因滇、闽用兵和建造顺治帝的陵墓，财政十分困难。同年七月，议政王大臣会议提出并经皇帝旨准：加派练饷，一律照明代旧例起征。练饷是明末统治者强加给广大人民的一项沉重负担，是为当时的一大弊政。因此，这一消息传出后，人心惶惧，形势非常紧张。那时，魏裔介虽因遭到弹劾而补原官未久，但他对此事之弊深表关注。同年十二月，他在《计兵食以恤民力疏》中指出：近闻各地百姓，虽然凑足了此项饷银，“而人穷粮贱，剜肉医疮，其苦难之状，有难以笔舌形容者！”如果年年加派，稍遇灾荒，广大百姓势必大批的死亡流离，后果极为严重。他建议合计天下兵粮，如有足用，加派练饷“即应全部停止”。正所谓“为百姓，即为国家”。疏后两日，清廷即从其言，决定除本年已派外，自康熙元年起一律停止，命户部作速刑示，遍行晓谕，使小民咸知，魏裔介敢言时弊的行动赢得了当时人们的赞许，朝野上下，人心大悦。

康熙元年（1662）六月二十七日，李定国因病去世，终年四十二岁。李定国在联明抗清后，不忘故土。永历帝朱由榔亡命缅甸，他上疏三十余次，屡议迎之出缅。他为了救出永历帝，入缅后，衣食无着，士兵相继死亡，处境极为艰险。顺治十六年秋，他派使对缅人说：“苟送上（永历帝）出，则我罢兵。”对方答复他说：即不怕他攻城，也不怕他迁延岁月，惟知李部“水土不服，兵亦有减无增”。次年，李定国又为此而遣使缅王，再遭拒绝。这时，农民军既乏船只，又缺粮饷，疾疫流行，惨状丛生。康熙元年（1622）元月，李定国闻缅王将永历帝献与清军，愤恨欲绝，痛感“势既不敌，追无能为。”但仍想尽快恢复云南，继续抗清。他曾斋戒作表，自述生平经历，祝告上天，并说：“如天命已绝，愿速死，毋徒苦众人。”同年六月十一日，即其诞辰之日，身患重病。不久闻永历帝被吴三桂杀害，他“仰天大恸”，病势急剧恶化，终于不治而死。临终遗言其子与部将：“宁死荒外，毋降也！”李定国从一名普通的农民军战士成长为抗清名将，身先士卒，爱护兵民，誓死抗清，戎马生涯凡三十六年。

康熙二年（1663）十月中旬，靖南王耿继茂会同福建总督李率泰，命陆路提督马得功率郑氏投诚将士，并与荷兰十四艘战舰从泉州出发，水师提督施琅和海澄公黄梧则统兵出漳州、海澄，分兵进取厦门。是时，清军船舰出战者三百艘。十九日，清军与郑军各部会战于金门乌沙港。自上午七时过后直战到日近黄昏，双方拼力奋战，炮声不断。总督郑军各镇的周全斌率战船二十艘，往来冲杀，所向无敌，荷舰炮火屡击不中，而马得功的坐舰却被郑军击毁，跳海而死，其亲随精兵三百人全部阵亡。施琅、黄梧乘潮落之机，督清军船舰奋力迎援，时风向、水势均有利于清军，郑军大败。施琅乘胜，率众直取厦门。李率泰统大军接应。这时，事先约降清的郑氏将领陈升也已赶到。二十一日，清军攻取了金门、厦门，并屠毒当地的广大居民，在将财宝抢掠一空后，“堕城焚屋，斩割树木，遂空其地”而去。黄梧复向李率泰建言：统兵再取铜山，生擒郑经。李率泰认为“穷寇勿追”，应差人到铜山招抚。是月，郑部守南澳的将领杜辉率官兵二千二百九十八名，战船六十二艘，献南澳投诚。施琅等人招抚的郑部官兵则多达一万八千余人。次年六月，清廷因荷兰助兵取得金、厦，故颁赐荷兰国王缎匹、银两。

康熙二年（1663）九月初七日，清廷恢复八旗乡试，取中的举人有满洲齐兰保等二十一名、蒙古布颜等十七名、汉军姚启圣等一百一十八名，均送吏部录用。

康熙二年（1663）二月十九日，北京上空犹如战鼓擂鸣，随即，有陨石从天而降，落入城内者四颗，城外者七颗，合计十一颗。次日清晨，有人拾视，仍热如炽炭，一时传遍朝廷内外。其时，距康熙生母病逝仅九日，人视为奇事。

康熙二年（1663）八月初一日，西藏班禅胡土克图逝世。早在顺治四年（1647），胡土克图即已遣使至京，献上金佛、念珠等名贵之物，表颂功德，故清廷闻讯，遣官致祭。

康熙二年（1663）五月十九日，应工科给事中吴国龙疏请，为杜绝款项繁多，易生奸弊。清廷规定：自康熙三年始，一应杂项赋役，俱称地丁钱粮，作十分考成。除每年正月扣拨的兵饷外，余者通解户部。各省均造简明赋役册，送交户部查实。有关颁给民间的易知由单，尽除其他各项名目。至于各部、寺衙门应用的钱粮，应在年前上报数目，户部则于次年支给，并仍在年终核报。