康熙二年（1663）二月十一日，康熙帝生母、慈和皇太后佟佳氏病逝。康熙帝在其母患病时期朝夕侍奉，及至母逝，寝食俱废，痛哭不已，近侍无不感泣。清廷专此隆重悼念。佟佳氏，吏部承政（尚书）、正蓝旗都统佟图赖女，顺治帝登基后，选为妃。卒年二十四岁，谥号为孝康章皇后。

康熙二年（1663）二月，曹玺以内务府郎中职，首任江宁织造。曹玺，满洲人，本属包衣（满语中奴仆之意），其妻孙氏是康熙帝的乳母。终康熙一朝，曹玺、曹寅、曹颙、曹頫祖孙三代，任此职长达六十年。康熙帝对他们宠信始终，多方关照。江宁织造虽然是内务府的官员，但由于供应的是皇室贵族的享用之物，所以，他们可以打着皇家的旗号，经营具有特权性的贸易。此外，他们还兼管“巡盐”、承办铜斛等重要事务。于是，就逐渐形成了以曹氏为中心，包括其亲属苏州织造李煦和杭州织造孙文成在内的握有江南经济特权的家庭集团。

康熙三年（1664）五月，清政府设承德、开原、铁岭三县，添设奉天府丞等官，改辽阳为辽州，会同海盐、盖平，均属奉天府。改广宁为府，添设通判、推官等职，设广宁县、宁远州，属广宁府，俱令奉天府府尹管辖。次年元月，又改奉天所属锦县为锦州府，广宁府改为广宁县，属锦州府。

康熙三年（1664）四月，松月（上海市吴淞江以南地区）人民亡明后裔朱光辅（即朱二官）、朱拱橺（即朱日生）起义，称周王，有封职、宝印、札付、号旗等。园顿教、涅盘教、拜空教、大乘教等江南教徒纷纷参加起义。松江知府张羽明发觉后，逮捕总兵金仲美等八十余人，全部凌迟处死。复兴大狱，株连者不计其数。独朱光辅、朱拱橺严缉而未获。张羽明企图通过残酷镇压这次起义而得以高升，然而，时过未久，他也被革职。

康熙三年（1664）三月，郑经在接连战败后，众心离散，镇营多叛，诸军乏粮，铜山再难坚守，于是，他与陈永华、冯锡范等率余众，退归台湾。郑经命周全斌断后。周全斌与兵官洪旭不睦，想借此时机偷袭，兼并其部。洪旭则预有防范。周全斌虑入台后，恐为其加害，乃率部自漳浦投清，封承恩伯。郑经的另一战将黄廷也于云霄降清，封慕义伯。工官冯澄世另乘一船随向台湾，途中为其家丁所迫，投海而死。郑经余众士气沮丧。郑经抵达台湾后，鼓励诸镇将士开垦荒田，栽种五谷，储备粮草，发展糖业，支持贸易。此后，农业丰收，兵民相安。同时，他还推广大陆的先进技术，伐木斩竹，烧瓦盖房；严禁赌博，与民休息，修筑丘埕，引海水晒盐，民得其益。并接受陈永华的建议，择地建造圣庙，设立学校，广收人才。是时，台湾在农业、教育等方面取得了进展。

康熙三年（1664）二月，清政府以武昌、汉阳、黄州、安陆、德安、荆州、襄阳、郧阳八府归湖广巡抚管辖。以长沙、衡州、永州、宝庆、辰州、常德、岳州七府，郴、靖二州归偏沅巡抚管辖。是月，添设湖广按察使司按察使、驻扎长沙府。三月十九日，命湖广右布政，移驻长沙，管辖长沙、宝庆、衡州、永州、辰州、常德、岳州等七府及郴、靖二州。四月，由于明确了管辖范围，偏沅巡抚周召南疏报，岳州、长沙、宝庆、永州等十二府州共开垦土地一千二百一十二顷三十六亩。湖广巡抚刘兆麟疏报，安陆、荆州等十府州陆续垦田一千八百零七顷四十五亩。清初垦田的迅速发展，与划分辖地直接相关。

康熙三年（1664），水西、陇纳、上下木咱等地的苗民愤起抗清。他们在首领安坤、安如鼎的率领下同清军展开了多次激战，云南总兵刘称被斩。平西王吴三桂调集云南、贵州及广西三省兵会剿。自二月以来，擒杀陇纳等地苗民一千余名、安坤、安如鼎仅以身免。

康熙三年（1664），原明末大顺农民起义军，只有李来亨率部众坚守茅麓山，奋力抗清。是年，清军集结二十万人，三路进兵。大败后，将满汉三省兵“分汛连营，树立木城，挑堑排桩，密匝围之。”同年六月和闰六月，李来亨两次亲自率将士出击，力图冲破清军的封锁，但由于双方实力悬殊，李来亨又孤军作战，更无援军，未能取胜。当双方相持到九月时，农民军粮食用尽，清军重重围困。李来亨自知不能久存，但他镇静自若，大义凛然，在会集了众将、安排好农民军的撤离等事后，当月二十四日，举火焚烧了山寨，并和妻子、亲随等人投火自焚，宁死不屈。李来亨部的三万余名战士，被俘者仅一百五十人。

福建总督李率泰于康熙三年（1664）三月闻郑经退归台湾，即于当月移师铜山，下令沿海与各岛屿的居民，全部迁入内地。逢山之处，开凿宽、深各二丈之余的大沟，名曰“界沟”。修筑高一丈、厚四尺有余的高墙，名曰“界墙”。又于登高处建造炮台，二、三十里设大营盘，分兵把守。福建、浙江等沿海设省皆如此。当时，如有人想从这些地方处出入，必先行贿于守界牟兵，否则，稍有怨言则拖出杀死。此令实施后，沿海居民离乡背井，家破人亡，无以为生。康熙四年六月，李率泰又签署告示，禁止居住在福建的荷兰人与中国人之间的一切贸易。康熙五年（1666）二月，李率泰病故。他在遗疏中提出：荷兰夹板船虽已回国，但仍往来频繁，他日恐生事端；迁海之民尽失旧业，应将界限略做放宽，使他们有耕渔之获，从而改变其流离失所的惨状。

康熙四年（1665）六月，清政府决定：湖广、四川、福建、浙江仍各留总督一员外，贵州总督裁并云南，广西总督裁并广东，山西总督裁并江西，江西总督裁并陕西，直隶、山东、河南设一名总督，管三省事。裁撤凤阳、宁夏、南赣巡抚。同月下旬，又明确了各省总督驻地，广东广西总督驻肇庆府、江南江西总督驻江宁府、直隶山东河南总督驻大名府、山西陕西总督驻西安府。康熙五年，批准平西王吴三桂议，云贵总督驻贵阳府。在裁并督抚后，清政府对直隶、山东、河南、山西、江西五省提督的驻地也做了相应的更改。贵州提督驻地由吴三桂确议。