康熙十三年（1674）二月，比利时耶稣会士南怀仁制成了黄道经纬仪、赤道经纬仪、地平经仪、地平纬仪、纪限仪、天体仪，并绘图立说，以《新制灵台仪象志》进呈。南怀仁升为钦天监监正，加太常寺卿，仍修历法。吴三桂叛乱发生后，康熙帝谕其监造用于山地作战的轻火炮。是年，南怀仁铸成约三百五十门新炮，并在芦沟桥试射，命中率极高，康熙帝脱下貂裘赏赐。这些轻炮火在平叛中发挥了重要作用。康熙十八年（1678），康熙帝准礼部议，将南怀仁制成的《康熙永年历》交翰林院，并令钦天监官生学习，永远遵照执行。

康熙十三年（1674）十月，因吴三桂、耿精忠等相继叛乱，清军分赴各省平叛，所需钱粮骤然增多，清廷遂复行捐助纳监例，简称捐纳。规定：现任文武各官和乡绅捐银二百两或米四百石者，准记录一次；捐银三百两和四百两或捐米六百石和八百石者则分别记录二次和三次；捐银五百两或捐米一千石者，准加一级。进士、举人、贡生捐银八十两和一百五十两或捐米一百六十石和三百石者，出任之日分别记录一次和二次；捐银三百两或捐米六百石者，出任之日准加一级。增生、附生、青衣等，视其捐银或捐米的不同数目，可转礼部送国子监读书。富民捐银一百两、一百五十两和二百五十两或捐米二百石、三百石和五百石者，分别给予悬匾示旌、九品顶带荣身和八品顶带荣身。凡属大计贪赃、丢城失地、盗骗钱粮、科场舞弊、作恶害民者及三品以上革职官员，不准捐纳。但是，如因逃人盗案、拖欠钱粮及贻误公务而被革职者，自四品官至九品官，视其不同捐银数目，给予原品顶带荣身。革去进士、举人者，捐银一百五十两或二百五十两，分别给予九品顶带和八品顶带荣身。此后三年间，因军需一再短缺，复广升捐纳条例，如纳米菽、马草、鸟枪、弓箭等等，清廷共得捐银二百余万两，而捐纳知县已达五百余人，太学生员增至数十万人。是年，清廷又定招民垦田酌量录用制，规定凡属贡生、监生、生员及百姓垦田三十顷以上者，奏过吏、兵二部，试其文艺程度，分别授予知县、县丞、守备、百总等官。但是，如地方官员对被招民垦田未足额数或垦田钱粮未经起解而擅具题者，照例议处。康熙二十年（1681），三藩之乱平定，清廷遂停止各种捐纳事例。

康熙十三年（1674）九月二十六日，兵部会议，因平叛需要，令内外满汉官员杆加一级。生员捐三十杆、闲散弟子捐四十杆，准进入国子监读书。富国捐四十杆，给予九品顶戴。三十日，康熙帝准所议。

康熙十三年（1674）八月，康熙帝准吏部议覆御史朱尚义疏言，“今闽粤督抚既设，将军守令将弁势必须才补用。”命满汉三品以上的大学士、各部尚书等堂官及八旗都统，凡有真正才能者，不拘文武，照例保举。吏、兵二部甄别录用，并派往平叛军前效力。倘若保举不妥，将保举官员照例议处。

康熙十三年（1674）三四月间，河北总兵官蔡录私通杨来嘉，密谋反清。杨来嘉，湖北襄阳总兵官，与蔡录均为郑成功旧部，先后率领所部隆清，授左都督，分任总兵官。是年三月，杨据谷城叛附吴三桂，逾四日，郧阳副将洪福以其部响应。吴三桂即授杨、洪为将军。康熙帝得报，因猜疑蔡录令其兵丁“借称捕鱼，披甲行走，有叛状，民心惊疑。”遂于四月初五日命内大臣阿密达赶赴怀庆，查明此事。蔡之部众亲属称“蔡录造鸟枪，购骡马，与杨来嘉往来，同谋约应吴逆，谋反情实。”阿密达至其衙署，蔡施放火炮，被捕。康熙帝命将蔡录及其与谋之子、侄等一并斩首，其余与此案无涉之投诚官兵概不株连。命吏、兵二部通行晓谕，以安投诚者心。

康熙十三年（1674）三月，靖南王耿精忠收到吴三桂劝其共同反清书信。此前，耿精忠于康熙十二年（1673）九月即欲谋叛清廷，因虑下游诸郡不服，虽已约郑经自海上出兵江南，但见康熙帝决心平定吴三桂之举，遂拟稍待。是时，吴三桂军已攻克常德岳州等地，四川、广西等地接连报捷。耿精忠心中暗喜，决心从叛。并立即与其藩下部将曾养性、江元勋、马九玉、白显忠及福建巡抚刘秉政密谋反清。是月二十二日，耿精忠据福州叛乱，自称总统兵马大将军，传檄各府县蓄发，易汉装，铸钱曰“裕民通宝”。命都统马九玉，总兵曾养性、白显忠等分别攻下延平、邵武、福宁、汀州等地，全闽皆为其有。总督范承谟拒绝叛清，被囚。耿精忠遣使至吴三桂军前，约其攻占江南江西；约广东潮州总兵官刘进忠进扰粤地；约郑经出师江南，而他则统陆师攻取江浙，并许以全闽战舰出动。同月，刘进忠据潮州叛附，耿精忠封他为宁粤将军，耿军入潮州。不久，海澄总兵赵得胜、漳浦总兵刘炎叛清，耿封赵为威远将军，刘为定远将军。一时间，江西的广信等十余个府县纷纷响应吴、耿，叛附者甚众。五月，浙江平阳总兵官蔡朝佐剪辫倡叛。耿部曾养性入浙，招降温州总兵官祖宏勋、平阳游击周定猷，复同耿将林冲、徐尚朝等部众，接连占领瑞安、处州等六府县，伺犯宁波，进攻金华，复以数万精兵围攻衢州，聚清湖，水陆合攻，衢州告急。浙江总督李之芳亲统清军，据险要之势，奋力死守。八月，耿精忠部在广信等地发布文告，称由徽州、婺源进取江南诸郡，“如助夷扶暴，大兵一到，定以逆民进行剿洗，寸草不留！”康熙帝在连续接到奏报后，是年四月二十七日，下诏削耿精忠王爵，声讨其罪行，立谕福建军民：既不追究，也不株连，论功叙录，勿自疑畏。先是，命将耿精忠之弟耿昭忠及其他在京城诸弟拘于一室，共属下官员一律解职。命都统赖塔为平南将军，统领副都统马哈达、胡图之部与安南将军华善之中速赴杭州，以保浙江；命定南将军希尔根率其部驰往江西；命迁安庆部分官兵固守南京，复授和硕简亲王喇布为扬威大将军，力保江南全省。同年六月，命希尔根进入江西，先定广信，后取长沙；授和硕康亲王杰书为奉命大将军，并于次月授予敕印，前往浙江；命副都统喇哈部速往衢州增援；八月，康熙帝手谕护军统领桑遏：坚守袁州，确保吉安、赣州，避免因其失陷而使广东受阻，形势益危。年底，清军在温州、黄岩、杭州、饶州、衢州、金华等多处大败耿军，歼其部众约十万人，战局始有转机。同时，康熙帝还派遣工部郎中周襄绪等，携敕往闽，招降耿精忠。康熙十五年（1676），吴三桂、郑经所部连陷惠州等府县，耿精忠又派兵进犯赣州等地，复与吴军联合，阻截清军援救广东。广东总兵官苗之秀等叛清。是年二月二十一日，尚之信派兵包围其父、平南王尚可喜的住处，叛依吴三桂，受封招讨大将军，改旗易服。同月，吴三桂封其为辅德公，后又晋为辅德亲王。尚之信听命于吴，联合郑经，各守边界。六月，尚、耿与孙延龄等分路进犯袁州等地，力图实现与吴三桂会师江西。至此，以吴、耿、尚为首的三藩之乱形成，战火遍及半个中国。

康熙十三年（1674）二月，吴三桂命其将进犯湖南。是月，杨宝荫攻取常德，吴应麟兵陷岳州，吴军逼近长沙，人心日乱。康熙帝命使、兵二部传谕长沙文武各官：各尽其职，保境安民。命前锋统领硕岱自荆州进军常德，都统朱满率部进驻长沙。三月，康熙帝谕大将军勒尔锦等：“今唯先取常德、长沙，以寒贼胆，方能制胜。”否则，民心业已动摇，广西音信阻绝，倘江西报警，不单馈饷浩繁，唯恐又出他变！复谕：吴三桂既亲自到达常德，我军如进取常德、沣州，吴三桂势以全力进犯岳州，应互相应援，事先有备。不出康熙帝预料，吴三桂水陆军并进，齐攻岳州，清廷守将以城投降。

康熙十三年（1674）三月，靖南王耿精忠叛清，再次派遣通事黄镛赴台，请郑经过海会师，并愿以沿海全闽战舰相许，声言“贵藩将水，吾将陆，江浙捶手可得也。”五月，郑经命参军陈永华守台湾，亲统大军，率领右武卫刘国轩、侍卫冯锡范等至厦门，参加三藩之乱。六月，原泉州提督王进功子王锡藩，以泉州降郑经。先是，吴三桂致书郑经，极尽吹捧，并说：“今天下大举，正千载一遇，时不可失。”希望他直取南京，“或抵天津，断其粮道，绝其咽喉。”郑经则建言说：“以殿下之忠贞而择立先帝之苗裔，则足以号召人心而感奋忠义。”七月，平南王尚可喜围攻已叛附耿精忠的宁粤将军刘进忠，刘向郑经求救，郑经派水师相援，刘即归附郑经，受封定虏伯。十一月，郑经命其将赵得胜攻打福建漳浦，耿军守将、定远刘炎献城投降。康熙十四年四五月间，郑经命刘国轩会同何佑、刘进忠等，规取潮州一带未附府县，清安达公尚之信竭力防守。相持日久，郑军粮尽。尚可喜调兵十余万，尽锐来攻。刘国轩决定以退为进，在当母山以逸待劳。尚军立足未稳，刘身先士卒，郑军冒死奋战。是役，郑军以饥卒数千，重创清军，杀其将兵二万余名，生擒七千之众。康熙十五年（1676），吴三桂命尚之信与郑经画界结盟。是年，郑经败盟，占汀州，但耿精忠复降清朝。自此，郑经在福建节节败退，被迫退守厦门。康熙十六年，尚之信降清，刘国轩弃惠州，完师归厦门。郑军所占闽粤七府尽失。康熙十七年（1678）正月，郑经复命刘国轩率军伐漳州，连克五洲等沿海十余处州堡，有时“一日三捷”。总督郎廷相急檄清军四路进剿，提督段应举、将军喇哈达、赖塔等从泉、福、潮诸州出兵，力图一举歼灭郑军。然而，数千郑氏官兵在刘国轩的带领下，声东击西，忽水忽陆，兵锋甚锐，取平和，占漳平、围海澄，清军都统、提督以下皆败死，郑军复陷长泰、同安诸县。“闽省震恐！”康熙帝诏逮郎廷相，命姚启圣、吴兴祚、杨捷为福建总督、巡抚、提督，战局始变。是年九月，郑军在漳州之战中伤亡惨重。次年，郑军复起，清廷迫而迁界。郑经为有粮饷，下令加倍征收税米，民多怨愤。康熙十九年（1680），三藩叛乱败局已定。康熙帝命大集舟师，对郑军剿抚并用。郑军失海坛，献海澄，投诚者一万四千余名。郑经知势不可为，遂弃厦门而退归澎湖。

康熙十三年（1674），抚蛮将军孙延龄叛清后，其檄文内有三藩之语；不久，耿精忠也起兵叛清。四月初十日，平南王尚可喜疏言，他虽与耿有姻娅之亲，然其年逾七旬，唯知捐驱矢志，力保岭南，以尽始终如一之诚。康熙帝下旨，深嘉其志，命尚可喜与总督金光祖同心协力，共掌两广一应军机调遣及固守地方事宜，务酌万全而行事。次日，准尚可喜请，由其次子、都统尚之孝承袭平南王。是月底，因耿精忠叛，海澄公黄梧等被阻于漳州、泉州一带，音像皆无，康熙帝命尚可喜与广东、江西、浙江等省将军、督抚探明情况，漳、泉之地能守则守，如军力薄弱，可撤至广东、江西。尚可喜疏奏：吴三桂派大军二万，扎营黄沙河。如果孙、吴合兵一处，危害甚大，请调兵速援。康熙帝命副都统根特率其部急赴广东。四月二十八日，又命兵部将各路平叛大军的调度、人选情况，移文通告尚可喜。是时，根特已授平冠将军，与尚可喜在广东共同平叛。七月，尚之孝辞袭王爵，命尚可喜依旧管事。是月，尚部在潮州与叛将刘进忠交战，接连取胜。九月，续顺公沈瑞不甘从叛，尚可喜及时将其接出。康熙帝谕恢复沈瑞原爵，同尚驻广东。鉴于广东因广西之变，势力孤危，命和硕安亲王岳乐为定远平冠大将军，驰往广东，援救平南王。十月，康熙帝以尚可喜为国尽忠，功劳卓著，予以更大权力，谕广东督抚等全体官员，听其节制；应补授的文武诸官，由其任选，然后奏闻；凡属军队调动及招抚等事由其酌定而行。十二月，康熙帝深感尚可喜在吴、耿叛后，“益励忠纯，克抒伟略”，晋封为平南亲王，并以亲王品级顶戴支俸，仍旧管理广东诸事。其子尚之孝袭封该爵，并授予大将军印。但是，尚可喜长子尚之信却于一年后叛依吴三桂，并派兵围困尚可喜住所。时尚可喜正卧病，恨己不能制此逆子，愤而自杀，幸被众人所救。是年十一月初八日，抱憾而死。死前，他仍穿清太宗皇太极所赐朝服，遗命葬海城。康熙十六年（1677），尚之信降。康熙帝谥其曰敬。康熙二十年（1681）五月，尚之孝乞迎可喜归葬。丧至，康熙帝命内大臣觉罗塔达等臣亲往祭奠，并谕示说：“王素矢忠贞，若人人尽能如王，天下安得有事？每念王怀诚事主，致老弥笃，朕甚悼焉！”准以海州平南王庄园为尚可喜葬地，赐闲散佐领二员，照管其家中人口。

康熙十四年（1675）二月，以尼古拉为首的沙皇俄国使团离开莫斯科，前往中国。该团一百五十余人，在康熙十五年初到达齐齐哈尔。途中，尼古拉获悉吴三桂等叛乱，即向沙皇报告：如有正规军二千名，不仅达斡尔地区，乃至“中国长城以外的所有土地都可能臣服于陛下的统治。”尼古拉在中国边境还特别接见了早自一六六七年叛逃的根特木尔，保证决不将他交与清政府。康熙十五年（1676）五月，尼古拉到京，傲慢无礼，就如何递交国书仪式，同清廷多次争执。其国书中说：因俄国与中国相距遥远，故未能彼此派使往来。“今特派我近侍世臣尼古拉·加夫里洛维奇为使，前来呈递文书，并向中国大皇帝问安。”但是，该国书对清政府于康熙九年（1670）提出的交还根特木尔，勿生边衅等要求未做任何答复。理藩院尚书阿穆瑚琅又就此事询问，尼古拉则称沙皇不知此根特木尔事。五月初五日，康熙帝传旨：俄罗斯国“诚心向化，特遣其臣贡献方物，甚属可嘉。”逾十日，康熙帝在太和殿接受尼古拉一行行礼，以茶款待。次月，理藩院题奏：尼古拉自称奉沙皇旨意，提出十二条要求，内有通商贸易、给还被清军逮捕的俄国人、等价交换银四万两和价值数万两的生丝、熟丝、准来使销售随带货物等等，“若按我请求而行，则两国可永相和好。”六月二十日，议政王大臣奉旨议覆：拒绝其无理要求。七月初一日，康熙帝准议政王大臣等议奏：沙皇俄国“向化入贡，应行赏赉。其使臣不娴典礼，不便给与敕书，应令理藩院谕来使：将本朝逋逃根特木尔遣还。另简使臣，遵中国礼行，方许照常贸易。”同时，赐尼古拉等鞍马、袍服等物品。七月二十四日，沙俄尼古拉使团离京回国。