康熙二十六年（1687）十二月二十一日，山西道御史陈紫芝弹劾湖广巡抚张汧，到任未久，作恶多端，凡所属地方，盐引、钱局、船埠，无不搜刮勒索，甚至汉口市肆招牌，也按数派钱，吞为己有。康熙帝命将张汧革职，又命直隶巡抚于成龙、山西巡抚马齐、都察院左副都御史开音布驰驿前往，将开汧捉拿审问。此案还涉及枝江县知县赵嘉星等贪赃枉法者。康熙帝谕大学士等：科道臣职在纠参，张汧如此贪婪，无人敢言。陈紫芝独能弹劾，甚为可嘉！命传谕吏部，即令内升，以示鼓励。

康熙二十七年（1688）五月初四日，就礼部题请旌表山西省烈妇荆氏事，康熙帝说：夫死而殉，日者数禁。今见京师和各省，殉葬者尚众。人命至为重大，而殉者令人恻然。夫寿夭者，只能如此，何为此而自殒妇身！轻生从死，反常之事。如因此而更加旌表，则殉死者益多，有何益处？此后，王以下乃至普通百姓，妇女从夫而死事，永行禁止。

康熙二十七年（1688），湖广督抚议罢兵裁饷，消息传出，标兵群情激愤。五月二十二日，标兵夏逢龙，反对裁兵，在武昌聚众起事，其兵数千均为当年平定三藩之乱时进征云南劲卒。夏逢龙自称总统兵马大元帅，下设总兵等文武官员，其势甚盛。湖广巡抚柯永升投井而死，布政叶映榴自刎身亡，总兵许盛中箭败逃。夏逢龙率兵接连攻占嘉鱼、咸宁、武昌、蒲圻、汉阳诸县。六月初三日，康熙帝命都统瓦岱为振武将军，率兵征讨。六月初六日，命河南巡抚丁思孔为湖广巡抚，正黄旗都统巴浑德代替围剿兵变不利的荆州将军噶尔汉。七月初二日，夏逢龙部在应城一带被清军重创，退往德安。七月十五日，湖广提督徐治都大败夏军于鲤鱼潦，杀其将卒四千余人，俘获三百余人。十八日，清军收复汉阳，夏部在武昌文武官弁献城投降，夏逢龙逃至黄州府。二十日，夏部黄州总兵献城降清，夏逢龙被擒，磔斩军前。武昌、黄州诸府县相继恢复。是年，响应夏逢龙者有：江西南昌李美玉、袁大相等，宁都佃户也借此据寨抗租，号曰“佃兵”，不久即分别失败。

康熙二十八年（1689）四月初五日，俄国戈洛文使团派使者洛吉诺夫至京，向清廷议定中俄边界使团领侍卫内大臣索额图致函，内容有请中国代表团前去会谈，双方人数均应相等，相会地点应在两国边界之间。清廷决定在尼布禁会谈，并于九日派官同洛吉诺夫同来人携答书先往。二十六日，索额图、都统公佟国纲、都统斑达尔善和文达等代表离京赴尼布楚。行前，康熙帝谕以初议时，仍当以尼布楚为界，如俄国使者恳求尼布楚，可即以额尔古纳河为界。时戈洛文使团随带大批军队，康熙帝遂命随索额图陆路官兵为一千四百名，复命郎坦、萨布素等率水路官兵一千五百名前往，并通知戈洛文，说明原委，请其勿生疑虑。郎坦、萨布素、索额图、佟国纲等分别于六月十日和十五日到达尼布楚，因戈洛文未到，遂致函敦促。七月四日，戈洛文到尼布楚。五日，双方开始做会谈准备工作。八日，举行了第一次正式会谈。此后，双方代表在会上会下多次交涉。由于戈洛文态度傲慢，出言无礼，并拒绝中方方案，谈判陷入僵局，被迫休会。十日始，转为会外谈判。俄方因得到中方翻译、传教士徐日升和张诚的暗中相助，谈判遂继续进行。本次谈判历时十四天，在中方做出重要让步的情况下，双方于二十三日达成协议，二十四日正式签约，即中俄《尼布楚条约》。条约文本为拉丁文，两国使臣交换了经过双方签名盖章的满文本、俄文本和拉丁文本。条约共六条，其中，中俄东段边界的划分是最重要的部分。条约明确规定：外兴安岭至海、格尔必齐河和额尔古纳河为两国国界。这从法律上肯定了黑龙江和乌苏理江流域的广大土地为中国领土。此外，条约还金属制造对越界侵略和逃人的处理、中俄两国人民相互贸易和尽行拆毁俄方所筑雅克萨等内容。条约还以华、俄、拉丁诸文刊于石，置于两国边界，以作永久界碑。康熙二十九年（1690）三月五日，工部规定：在额尔古纳河口和格尔必济河口分别立碑，二碑均高八尺、宽三尺一寸、厚八寸，正面刻满、蒙、汉文，背面刻俄、拉丁文。次年后，清廷正式立此界碑。《尼布楚条约》为两国关系正常化奠定了了基础。它是一个平等的条约。

康熙二十八年（1689）正月初二日，康熙帝决定第二次南巡。谕称：黄、运二河，至关民生。历年工程虽逐渐完善，但应修应塞等事议论不一，以致日心操劳。今再次南巡，躬历河道，兼欲览民情，考察吏治。沿途供应，均不准取自民间！另外，简化仪卫，不设卤薄，扈从者仅可三百余人。凡经过地方，百姓各安其业，严禁地方官及扈从人员借机滋扰。初八日启程，皇长子允胤伴行。初九日，至直隶文安县，谕严禁地方官派民修路。十四日，入山东后，百姓夹道欢迎。谕山东巡抚钱珏：问及连年收成尚好，百姓稍得各安生计，命将明年山东地丁正赋全免，速行晓谕，使偏僻地区尽快得知。此后，又免江南省历年各项积欠银二百二十余万两。二十三日，至宿迁县，康熙帝率领随从大臣及江南总督傅拉塔、河道总督王新命，漕运总督马世济等视察中河。他指着河图对诸臣说：既不能纸上谈兵，也不可因循旧说，必须深入研究地形水势，因时而变。中河现与黄河逼近，如黄堤溃决，将混二而一。因此，镇口闸、微山湖等处在水大时仍要开支河口。二十八日，舟过扬州，民间结彩欢迎。康熙帝担心如此有损物力，命前途诸郡县不准效仿。舟至吴江县，地方官以五百只画舫来迎，康熙帝拒之不乘。二月十一日抵杭州，民间有“建立碑亭，称颂德意”者，康熙帝谕以有损民力，命停止，并对所有请他多在杭州逗留大臣晓以利弊，概不准奏。二十六日到南京，王来熊献《炼丹养身秘书》一册，康熙帝谕示：凡炼丹修养长生及师巫自谓前知，皆妄言不足信，只可欺愚民，通经明理者断不为其所惑。是日，南京士民数万人各捧土产米果等物进献，传谕：取米一撮，即如全纳。复见湖中有装饰华美贡用船，再谕：将造饰物料全部拆卸，用于应用处。其间，他对于江南浮粮太重，纤夫劳苦、恤商除弊颇多关切，均发上谕加以解决。在途经绍兴府会稽山麓时，亲写祭文，致祭禹陵，行三跪九叩礼。令地方官修理禹陵，亲书“地平天成”匾额，作《禹陵颂》和序。谕总督等：务使浙江等地人民崇节俭，兴礼让。同时，江、浙又是人文萃集地，入学额数应酌量增加。又谕：除十恶与诏款所不赦及官员贪赃者不赦外，其余凡属已经过地的监禁人犯，自本年二月十一日以前定为死罪及其他罪行者，已结未结，俱准宽释。二十七日，康熙帝在南京观象台夜观星宿，向诸臣讨论天文学。三月初七日，康熙帝率从臣视察高家堰一带堤坝，强调如果挑浚通江口，必在淮水会合处修置板闸，发挥启闸闭闸作用，使黄淮均敌，可保无患。十九日，自天津入崇文门还宫。此次南巡历时七十一天，康熙帝年三十五岁。

康熙二十九年（1690）七月二十九日，噶尔丹率兵长驱直入，在乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗内）屯驻。该地距京师仅七百里，情况紧急，京师戒严。噶尔丹驻扎在乌兰布通峰顶，其兵二万余人则在峰前泡子河的丛林沼泽地带布阵预防，且隔河高岸相拒，筑“驼城”，将众多的骆驼缚蹄臣地，背加箱垛，再蒙上湿毡，环列为垒；其栅隙之处，排列兵士，张弓放枪，兼施钩矛，防御坚固。是日，抚远大将军、裕亲王福全率清军至此，设营盘四十座，连营六十里，隔河列阵，以火器为前列，遥攻其中坚之部。八月一日晨，清军分为左、右翼，设鹿角枪炮，徐徐前进。自午至傍晚，右翼内大臣佟国纲奋勇挥兵，冲向敌阵；发枪放炮，进击山下。噶尔丹军隔河以拒，横卧驼阵，为其屏障。佟国纲率军攻至泡子河，率先冲向敌阵，为噶尔丹军突发鸟枪击中，阵亡。但“驼城”已被清军推毁，阵断为二。左翼内大臣佟国维率兵自山腰斩入，攻破噶尔丹营垒；右翼清军为泥淖所阻，折返原处安营。噶尔丹乘夜色昏黑，率余部逃走。同时，他计图缓兵，争取时间，遂于次日派伊拉古克三至福全军前，请给以土谢图汗、泽布尊丹巴，并说济隆呼图克图即来修好。三日，康熙帝命详为筹划，发兵堵剿，平其余党，一举歼灭。但福全却下令清军，暂停进击。康熙帝认为此役至关重要，怒其贻误战机，断不宽恕。四日，噶尔丹自乌兰布通北撤，沿途火焚草地，以阻追兵，进入刚阿脑儿。十五日，济隆等人携噶尔丹誓书至，表示不敢再犯喀尔喀。康熙帝敕谕“若再违誓言，妄行劫夺生事，朕厉兵秣马，现俱整备，必务穷讨，断不中止！”他知道噶尔丹为人狡诈，必须做好善后军务，以防万一有变。于是，自十九日至二十五日，全面布置撤军事宜。九月六日，康熙帝命额驸尚之隆等往迎佟国纲灵柩。七日，复派皇长子等迎，赐银五千两，祭四坛，谥忠勇。谕曰：“每一思之，痛不能已！”亲书碑文，颇多褒扬。十月六日，命增兵大同、宣府、古北口、张家口等处，以防噶尔丹。十三日，命通知俄国在尼布禁长官，书称“尔国既与我已盟誓和好，当不会以兵援助噶尔丹。”二十七日，命福全率军撤回。十一月二十二日，康熙帝命出征诸王大臣在朝阳门外听勘。议政王大臣、郡王鄂扎等奏福全在乌兰布通之战中的种种过失。康熙帝下旨切责其大误军机，命福全、常宁罢议政，罚俸三年，撤去福全三佐领；雅布罚俸三年；佟国维、索额图、明珠等人俱罢议政，与阿密达、彭春等人各降四级留任；革职查努喀；叙录火器营左翼战功。

康熙二十九年（1690），准噶尔部的噶尔丹为了尽快吞并喀尔喀蒙古，向参加中俄边界谈判的俄国首席代表戈洛文表示：愿将雅克萨“让给”，请求俄国派军与他“并肩作战”，矛头直指清中央政府。康熙帝早已看出噶尔丹“势力强横，妄自志大”，“断不免窥视中原”。是年初，噶尔丹肆意掠夺喀尔喀，致使土谢图汗、车臣汗、泽卜尊丹巴胡图克图纷纷告急，并以乏食请赈。康熙帝命按人口发粮救济。五月，噶尔丹率兵三万，分为四营，渡乌尔伞河，拟袭昆都伦博硕克图等部，声言请兵俄图，并犯喀尔喀。康熙帝严谴其杀戮益甚、拆人妻女行为，命对对喀尔喀“罢兵息战”。同时，接连调兵遣将，早布预防。六月，噶尔丹于乌尔伞大败清军，进入了距京师仅九百里的乌珠穆沁。二十二日，康熙帝大集文武官员，决定下诏亲征。二十九日，命康亲王杰书、恪慎郡王岳希率部屯归化城（今呼和浩特）。七月二日，命裕亲王福全为抚远大将军，皇长子胤褆为副，出古北口；恭亲王常宁为安北大将军，简亲王雅布、信郡王鄂札为副，出喜峰口；内大臣佟国纲、佟国维、索额图、明珠、阿密达、都统苏努、喇克达、彭春、阿席坦、诺迈，护军统领苗齐纳、杨岱。前锋统领斑达尔沙、迈国等均参赞军务。佟国维、索额图、明珠先留京师，俟大将军至阴山，驰往会合。因大军即将出发，命都统以下察核军需器械，严申军纪。复命常宁率师会合福全大军。十四日，康熙帝启程，首次亲征噶尔丹。十八日，当他进驻古鲁富尔坚嘉浑噶山时开始患病。二十三日，巡兵至博洛和屯，仍在发烧，遂从群臣请，即日返回京师。前线战事由福全等主持。

康熙三十年（1691）三月二日，《通鉴纲目》译成满文。全书告竣，历时三年有余，即将付梓颁行。康熙帝作序说：自孔子因鲁史而著《春秋》，始有编年系月。司马光奉诏纂修《资治通鉴》，论者认为博而得其要，简而明于事。朱熹本之作《纲目》，纲为《春秋》，目做左氏，足以劝惩而昭法，是为典章之总汇、治道之权术。因此，朝夕阅读，反复披览，手未释卷，用以研究前代君臣得失之原因，世运升降之始末，遂竟委穷源，详加讨论，已有数年。命译成满文呈览，并躬亲裁定，为之疏解，务求畅通无遗，归于至当而后止。是书皆有关于治天下国家之务，“法戒昭然，永为金鉴”。

康熙三十年（1691），康熙帝因虑及喀尔喀蒙古土谢图汗曾杀死扎萨克图汗沙喇，致使三部内战频繁，准噶尔部噶尔丹遂乘机东犯，喀尔喀被迫南迁，决定于四月间在上都河与额尔屯河间的多伦诺尔（元代上都地，在张家口和承德北）举行会盟阅兵仪式，并亲自主持会盟，抚绥安辑喀尔喀蒙古，使其尽释旧怨，彼此和好。四月十二日启行，三十日到达多伦诺尔，命尚书马齐等将喀尔喀蒙古诸汗、济农、台吉等列为九等，分别赐赏。五月一日，康熙帝设御帐殿，上三旗亲军居中，八旗中之二个前锋营、十个护军营、四个火器营，此十六营各环卫于外。应召前来的内蒙古四十九旗屯于御营外待命，并以五十里为界，命内外蒙古不得擅入。本日，土谢图汗、泽卜尊丹巴胡土克图遵旨，上疏请罪。康熙帝看到他们归附之意已决，且率众前来，当晓以利弊，责其内相构怨。于是，以故扎萨克图汗弟策妄扎布袭汗号，车臣汗也留汗号。二日，命土谢图汗、泽卜尊丹巴胡土克图朝见。传谕喀尔喀部众：“今土谢图汗等将一切大过自行陈奏，当此大阅之时，若即惩以重罪，岂惟朕心不忍，尔等七旗，能无愧于心乎？！”故责其大过，原恕其情。是日，喀尔喀汗、台吉等三十五人朝见，行三跪九叩礼。复按次序入坐，奏乐，大宴。其间，命诸汗与大台吉进御前，康熙帝亲赐其酒，众皆异常欢喜。三日，赏土谢图汗、车臣汗、泽卜尊丹巴胡土克图与扎萨克图汗等银各千两、缎各十五匹和多种物品，又赐济农、台吉等银物。本日，召此三汗等三十五人赐宴，让他们各陈所欲言，舒怀共语。复以策妄扎布年幼，赐以皇子所服衣帽等物。传谕喀尔喀汗、济农台吉等：今见尔等倾心感戴，不负屡赐粮草、牲畜和土地之恩，故将尔等与内蒙古四十九旗一例编设，统一名号。扎萨克图汗无辜被杀，该部人民困苦已极，深为可悯，命其亲弟策妄扎布为和硕亲王。土谢图汗长子噶尔旦台吉等七人封多罗郡王，车臣汗族叔、台吉车布登等二人封多罗贝勒，另封固山贝子、镇国公等多人。四日，康熙帝大阅八旗军容。八旗官兵各依次排列阵势，呜角，齐发鸟枪，声雷山谷。五日，亲阅喀尔喀蒙古营寨，将银、布赏其穷苦之民；命定北将军、都统瓦岱率官兵一千余名，前往土喇，探明噶尔丹近况；命原任尚书阿喇尼等编定喀尔喀蒙古各旗，分佐领，划清其游牧地。七日，命将叛附噶尔丹的内蒙古乌珠穆沁部台吉车根等五人斩首。本日，康熙帝起程回京，谕曰：昔秦代筑长城，而我朝则对喀尔喀施恩，使之为备，较长城更为坚固。十八日，抵达京城。经过多伦诺尔会盟，喀尔喀蒙古全部归附清朝。

康熙三十年（1691）二月一日，康熙帝谕大学士等：京师重地，人民商贾，四方云集。京城内外，统辖必有专责，消奸弥盗，商民才得安宁。今城内地方属步军统领管理，城外虽属巡捕三营，又属兵部督捕衙门管辖。内外责任各殊，互不相统，遇有盗案，反难辑查。嗣后，巡捕三营也令步军统领管辖。如此则京城内外一体巡察，责任既专，有利于除盗安民。十七日，九卿等遵旨议覆后，又将督捕、都察院、五城所管事宜俱交与步军统领管理。巡捕三营捕获的逃盗等犯，令该统领将人犯移送督捕、刑部完结。同时，换给“提督九门步军巡捕三营统领”印信。自此，始有“提督九门”之称。