康熙三十年（1691）六月一日，康熙帝命教习藏文喇嘛丹巴色尔济，谕敕达赖喇嘛。其敕书略云：喀尔喀蒙古已照内蒙古四十九旗编队，给地安置。今已妥为安排，喇嘛闻知，必大欢喜。原扎萨克图属下人等，被掠散亡，有在尔处和他处者，喇嘛以普济生灵为本，必能查明，以归原主。再者，噶尔丹穷困已极，如果逃归尔处，作何措置，惟喇嘛裁之。噶尔丹立誓而去，倘再敢稍犯喀尔喀蒙古，“朕必发大兵，分路前进，务其剿灭！”九月十六日，西藏第巴桑结以达赖喇嘛名义遣使至京，疏言及见敕谕“始知噶尔丹不听训饬，是以至此”。康熙帝认为噶尔丹事，非达赖喇嘛本意，乃其使臣及其近侍人等贪利欺蒙所致，遂复敕谕，列举实例，严谴济隆等人。

康熙三十年（1691）四月三日，吏部主事朱敦厚贪污案结案。先是，革职县丞谭明命叩阍，指控朱敦厚任山东潍县知县时，擅自私派贪污赃银四万余两。前任山东巡抚钱珏经审俱实。但因朱敦厚与原任刑部尚书徐乾学有私交，遂请托徐乾学致函钱珏。此后，钱珏徇情舞弊，命布政使卫既齐销案。谭明命不服。又命山东巡抚佛伦勘审得实。是日，吏部会同三法司议覆奏：将朱敦厚处绞；今升顺天府尹之卫既齐，照徇庇例，降三级调用；徐乾学、钱珏并应革职；谭明命系大计时被参贪官，仍不叙用。康熙帝降旨：卫既齐免调用，余议皆准。

康熙三十一年（1692），著名的地理学家顾祖禹病逝，终年六十一岁。顾祖禹字瑞王，号景范，又称宛溪，江苏无锡人。明朝灭亡以后，隐居于常熟虞山，勤苦治学。曾参与《大清一统志》的编纂，书成不列名，被荐不做官，专心致力于《读史方舆纪要》的写作。经过二十多年刻苦努力，采集正史、地志，旁及野史，参以山川考察，该书终于写就。《读史方舆纪要》具有浓厚的历史军事地理学特色，其核心在于阐明地理形势在军事上的战略价值，指出：战守攻取应以分析地理形势为基础，无论起事之地，还是立本之地，都须审天下势而后定，否则就会败亡。该书历代州域形势部分，综述明朝以前各代州郡省方舆部分，按明末清初的政区分述十五省的府、州、县形势与沿革、区划，以及各处历代所发生的战争。这两部分形成历代地理形势、沿革、区划与战史浑然一体的独特风格，是全书的主体。舆图要览部分，是明代最完备的兵要图籍，由概况说明、图、表组成。概况说明总论天下大势，分论各省形势、山川险易、物产户口、边腹要地设防、兵员粮饷等情况；地图除一省一图外，另有总图、京师图、九边图说、河海漕运图等；表列有府州县、山川险要，卫、所、关城的沿革、方位、区划、财赋、丁差、民情。《读史方舆经要》是顾祖禹倾毕生心血之作，是研究中国军事史、历史地理的重要文献。

康熙三十一年（1692）二月二十七日，著名理学家陆陇其病逝，终年六十二岁。陆陇其，原名龙其，后入京师补官职，因避讳改名陇其，字稼书，浙江平湖人，学者多称为当湖先生。陆陇其生于明朝末年，自幼随父在动乱的生活中苦读不辍。清朝建立后，陆陇其以伯父殉难，憎恶当朝，遂有隐居之意。由于为生活所迫，便以坐馆人家为生计。二十七岁时，应试补本邑弟子员。四十一岁时，考中进士，补江南嘉定知县。后因不逢迎取媚浙江巡抚慕天颜，被挟私迫害，落职还乡。从此，他专心致力于程朱之学。康熙二十二年（1683），由于左都御史魏象枢推荐，他被补授直隶灵寿知县。任职期间，察保甲，行乡约，自身守约持俭，务以德化民，使治所内风气为之一变，被举荐为清廉官。康熙二十九年（1690）三月，他奉命赈饥灵邑期间，亲自下发赈银，杜绝各种弊端，使百姓得沾实惠，吏胥不敢有所假冒。为此，被晋升为太常少卿。陆陇其是较有影响的理学思想家。其学专主程、朱，力诋陆、王，在当时成一家之主。他认为有历史上的理学思想斗争主要是真假孔孟程朱之间的斗争，而孔孟程朱的学说是完美无缺的，因此立志为孔孟程朱学说正本清源。他不遗余力地攻击王阳明，否定刘宗周的“慎独”说，认为王阳明学说是立教之弊，应在批驳之列。陆陇其比较有影响的理学著作是《困勉录》、《松阳讲义》、《三鱼堂文集》等。

康熙三十一年（1692）正月初二日，王夫之在湘西草堂溘然长逝，享年七十四岁。王夫之字而农，号畺斋，人称船山先生，湖南衡阳人。他自四岁起就在家从父兄受严格的封建教育，十四岁考入衡阳县学，二十五岁时考取湖广壬午科第五名举人。在明、清激烈的社会变动时期，他不应聘，不做官，刻苦自励，埋头著述，完成了一系列划时代的著作，为中华民族的思想文化增添了新的瑰宝。他的著作多达一百多种，四百余卷，其中，《张子正蒙注》、《读四书大全说》、《周易外传》、《尚书引义》、《老子衍》、《庄子通》、《思向录》、《俟解》、《黄书》、《噩梦》、《读通鉴论》、《宋论》等，至今仍在流传。王夫之是伟大的唯物论思想家。他认为，广阔无垠的宇宙充满着物质的“气”，这种气在“阴阳二体”的矛盾对立中不断地运动变化，使世界的万事万物经历着它的聚、散、成、毁。王夫之的辩证思想完整而深刻，他认为运动是绝对的，静止是相对的，动静就好像闭和开的关系一样，由开到闭和由闭到开都是运动。王夫之坚持唯物论的反映论，认为人的思维器官都有认识事物的能力，这种能力叫作性，而客观事物是可以认识的。王夫之把他的唯物论和辩证法运用到历史领域，认为历史是进化的，由低级到高级，由野蛮到文明，今天超过昨天，将来胜过现在。人类的黄金时代不是在遥远的往古，而是在可预见的将来。

康熙三十一年（1692）五月二十四日，理藩院题奏：喀尔喀蒙古既与漠南蒙古四十九旗同列，请照四十九旗例，给与印信。将土谢图汗、车臣汗、亲王策妄扎卜三部落分为三路，土谢图汗为北路喀尔喀，车臣汗为东路喀尔喀，亲王策妄扎卜为西路喀尔喀。以土谢图汗管北路中军事，扎萨克墨尔根济农郡王古禄西希管北路左翼中军事，扎萨克信顺郡王善巴管北路右翼中军事，昆都仓博硕克图郡王滚布管北路中左军事，扎萨克贝勒西第希里管北路中右军事，扎萨克公苏泰伊尔登管北路中前军事，扎萨克公托铎额尔德民管北路中后军事，扎萨克公万舒克管北路左翼左军事，扎萨克台吉车木楚克纳木扎尔管北路右翼左军事，扎萨克台吉丹津额尔德尼管北路左翼右军事，扎萨克达尔汉台吉巴郎管北路左翼前军事，扎萨克台吉卫征诺颜阿玉玺管北路右翼前军事，扎萨克台吉李塔尔管北路左翼后军事，扎萨克台吉萨木济忒管北路右翼后军种，扎萨克台吉墨尔根代青年陵管北路左翼下军事，扎萨克台吉土巴管北路右翼下军事。以车臣汗管东路中军事，扎萨克额尔德尼济农、郡王纳木扎尔管东路左翼中军事，扎萨克额尔克贝勒车布登管东路右翼中军事，扎萨克额尔德尼济农、贝子布达扎卜管东路中左军事、扎萨克伊尔登济农、贝子彭苏克管东路中右军事，扎萨克达赖济农、贝子阿南达管东路中前军事，扎萨克车臣济农、贝子车卜登管东路中后军事，扎萨克伊尔登济、贝子达里管东路中下军事，管理洪郭尔带青旗务公憨都管东路左翼前军事，扎萨克额尔德尼阿海台吉车林达什管东路左翼后军事，扎萨克额尔克台进塞稜达什管东路右翼后军事。以亲王策妄安扎卜管西路中军事，扎萨克郡王色冷阿海管西路左翼左军事，扎萨克额尔德尼济农、郡王彭楚克喇卜滩管西路右翼左军事，扎萨克察罕巴尔诺颜、贝子博贝管西路右翼右军事，扎萨克台吉额尔德尼哈滩巴图尔滚占管西路左翼前军事，扎萨克车臣台吉吴尔占管西路右翼前军事，扎萨克墨尔根济农、台吉索诺木伊思扎卜管西路左翼后军事，扎萨克台吉额尔德尼滚布管西路右翼后军事，俱授印信。康熙帝谕示：土谢图汗、车臣汗暂停给印，余如所奏。清政府把喀尔喀蒙古分为三路，属部各从其分地管理军事，从而加强了对喀尔喀蒙古各部的管理，巩固了北部边防。

康熙三十一年（1692）三月，内大臣阿尔迪、理藩院尚书班迪等人奉差前往漠南蒙古地方设立驿站。行前，康熙帝谕示：凡遇边外事务，都用蒙古马匹，不但甚累蒙古，且恐事亦有误。今设立驿站，虽费用国帑，日后对蒙古地区将大有益处，也不致迟延误事，最为紧要。你们前往料理，务加详慎，要制定确然不易，可乘永久之策，策划而行。阿尔迪等人到达漠南蒙古地区后，经过三个月的勘察，提出了安设台站的规划：喜峰口外设十五站，古北口外，独石口外均设六站，张家口外设八站，杀虎口外设十二站，每站设驿卒五十名，酌量给予驼马牛羊；驿站所在地的蒙古旗札萨克，除公事外，无权调用驿站敲诈。康熙帝考虑到同时设置五路驿站，会给漠南蒙古各部带来过重的负担，只批准设置两路，即从喜峰口至科尔沁，杀虎口至鄂尔多斯，并派刑部尚书图纳、内阁学士多林分别具体实施。康熙三十二年（1693），清政府对另外三路做了具体安排：古北口至乌珠穆沁设立六站，由内阁学士安布禄、侍读学士席密图具体实施；独石口至蒿齐特设立六站，著工部侍郎图尔宸、侍读学士喇锡具体规划；张家口至归化城、四子部落设立八部，派吏部侍郎布彦图、侍读学士额赫礼具体执行。这样，清代漠南蒙古地区官设固定驿站遂初步完备。康熙三十五年（1696），清政府对漠南蒙古五路驿站又作了程度不同的调整。

康熙三十年（1692）十二月一日，康熙帝谕大学士等：治道以爱民为要，而利益民生，务在均沾实惠。虽屡蠲免地丁银两，然思交纳漕米一项，百姓良苦，也欲特赐蠲征。此念已久，命查明京仓储米存余数。二日，大学士等奏：查明仓内现存储米为七百八十万石有奇，足供三年用。命将明年漕粮在江宁（南京）、京口、杭州、荆州等八旗兵驻防地免。四日，谕户部：除河南省明年漕粮已有免征旨外，湖广、江西、浙江、江苏、安徽、山东各省应纳漕粮，自康熙三十一年起，以次各免一年。

康熙三十一年（1692）二月初一日，康熙帝重新任命靳辅为河道总督。康熙帝对河工事务一向非常重视。正月二十六日，差往阅视河工的户部侍郎博标、兵部侍郎李光地、顺天府府丞余廷玺等人从河工返回，以治治事宜并图进呈。康熙帝详阅河图谕示：黄河缓流处可以设立滚水坝，急流处则不可设；应将钱粮实用于险工处，使其坚固，则可永保无虞。二月初一日，吏部议覆：山东巡抚佛伦上疏，该疏中说，原任运河同知陈良谟告河道总督王新命勒取库银；王新命题参陈良谟悬欠河库银两。据陈良谟供认，王新命共勒取库银六万七百两，请将王新命调赴省城质审，河道总督事务暂交漕运总督董讷署理。对此，康熙帝谕示大学士等：朕听政以来，以三藩、河务、漕运为三大事，日夜考虑，曾写下来悬挂在宫中柱子上。如果河务用人不当，漕运有误，关系非轻。董讷为人性刻，恐怕误事，靳辅熟练河务，又还未老，用他管理，近几年内可以放心无事。于是，靳辅重任河道总督。靳辅再任河道总督后，勤于政务，在康熙三十一年十月曾几次上疏，提出治理黄河的具体规划，希望朝廷一并重用过去曾与他共事的河工人员。这些，都得到了康熙帝的重视，采取了相应的措施。同年十一月，靳辅病逝于河道总督任上。康熙帝颁布旨意表示深为怀念，并赐谥号“文襄”，给以隆重礼葬。

康熙三十一年（1692）正月初四日，康熙帝在乾清门召大学士九卿等谈音乐、数学原理。他说：乐律声音高下，循环相生，复还本音，必须隔八。他命乐人取笛和瑟相继审音，至第八声仍还本音。康熙帝还说：圆径一尺围当（即圆周率）三尺一寸四分一厘有奇。朕观入线表中半径勾股法，极其精微，凡圆者可以方算，开方方法就从此出。随后，一一进行了验算，没有一处不相符。康熙帝还说：算数精密，即河道闸门流水，也可算出昼夜所流分数，方法是先量闸口宽窄，计算出一秒所流多少，积至一昼夜，所流的总量，就可以计算出来。康熙帝还命取出测日晷表，以笔画标，指出正午日影的位置，令各位大臣等候观看。到中午时，日影与画标果然合在一处。大臣们上奏说：臣等今日仰承圣训，真是闻所未闻，见所未见，感到不胜欢庆。梅文鼎对历算学深有研究，一生著述八十余种。康熙帝对他的著作非常感兴趣，读后就产生好感，认为用力深，议论公平，还在书上做了亲笔批注。康熙帝也很重视学习，亲自组织了对修订历法的讨论，进行实际观测。