康熙五十九年（1720）正月十二日，诸王大臣请于皇帝在位六十年时行庆贺礼，康熙帝谕示：现在西陲用兵，军民劳苦。去年正月朔日食，今年七月朔又值日食。海洋飓风飘没官兵船只。山左东三府水发被淹，百姓处于饥馑之中。淮黄水大，仅能抢护。人心风俗未尽淳，官箴政事未尽理。此正君臣孜孜求治之时，庆贺之事著停止。十二月十二日，诸王大臣以皇帝在位六十年，再次请行庆贺礼。康熙帝仍不允许。他说：由于世祖章皇帝因为我年幼时没有出痘，令乳母把我护视在紫禁城外，以致父母膝下未得一日承欢，这是我六十年来最抱歉的地方。正月初七日是世祖章皇帝忌辰，二月十一日是孝康章皇后忌辰，我怎么能在正月初七、二月十一日以前行庆贺礼？况且现在西陲用兵，地方官民运米送饷非常劳苦。山陕两年歉收，百姓有的四处逃难。去年陕西省地震，兵民受伤者很多。今年沙城地震，京师地区也有轻微震感。这正是君臣忧勤求治之时，有什么可值得庆贺的呢？康熙帝不准行庆祝礼，对受灾地区却比较关注。六月初四日，陕西两年歉收，将河南开封等府现存仓谷二十万石运往西安，贮仓备用。初八日，直隶保安、怀来及山西蔚州等处地震，又派官员往赈地震灾民，免除震灾地区本年及明年钱粮。十月二十五日，康熙帝又派官员往陕西分途赈济，由各部院司官十二员分三路携户部库银赈济灾民。兰州一路携银二十万两、延安，西安两路各十五万两。还将陕西所属常平仓谷六十九万二千石，甘肃所属常平仓谷六十七万二千石，酌量动用散赈。

康熙五十九年（1720）正月初五日，康熙帝决定安藏大兵再次入藏。三十日，他命抚远大将军允禵率军从西宁移驻穆鲁乌苏，管理进藏军务粮饷，居中调度；授延信为平逆将军，出青海向喀喇乌苏进兵，为中路之师；授噶尔弼为定西将军，会合云南都统武格所率部队，从巴塘进发，为南路之师；又派将军富宁安、傅尔丹，分别从巴里坤、阿尔泰出师，为北路配合出击之师。鉴于第一次用兵失败的教训，清政府对第二次用兵西藏进行了周密的部署。除上述军事调遣外，为了使军事行动顺利进行，顺应当时大多数蒙藏僧俗民众的意愿，在二月十六日，正式册封塔尔寺的噶桑嘉错为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，派满汉官兵及青海之兵护送往藏坐床。四月，噶尔弼率领南路军从四川出发，六月攻克察木多，八月初进抵拉里，准军闻风溃逃。清军分三路渡过噶尔招母伦河，并乘大策凌敦多布迎战清朝中路军、拉萨空虚的机会，在八月二十三日一举攻占拉萨，逮捕了一百零一名给准噶尔充当间谍的喇嘛，将为首五名斩首示众。在南路清军入茂的同时，中路军在延信率领下，从西宁出发，青海蒙古各部汗王各率所部兵，或数百，或数千，随大军护送达赖喇嘛入藏，军容甚盛，所到之处，受到了西藏僧俗民众的热烈欢迎。经过在薄克河、齐嫩果尔和楚玛拉等地激战，准军大败。大策凌敦多布兵败不敢退回拉萨，只率五百残兵逃往伊犁。延信将大军留驻达木地方，仅率轻骑减从，护送达赖喇嘛，于九月初八日向拉萨进发，并在九月十五日在拉萨举行了隆重的坐床典礼。清政府第二次用兵西藏，取得了彻底胜利，驱逐了准噶尔割据势力，进一步加强了对西藏管理。

康熙五十九年（1720），广州商人为了保护自身的利益，及时地调整价格，决定组成公行。公行最初由十六家组成，后来才定为十三家，便称“十三行”。公行负责办理外商货物报关纳税，代理外商发卖、收购货物。外商到广州，必须与公行联系，受其管束，住在商馆内，不准在广州自由出入和过冬，不准携带妇女，不得随意奴役中国人。

康熙五十九年（1720）十月二十二日，赵申乔病逝于任上，享年七十七岁。赵申乔，字慎旃，号松伍，江南武进（今江苏武进县）人，自幼家贫。他是康熙朝初年进士，曾任县令、刑部主事、浙江布政使、浙江巡抚、偏沅巡抚、都察院左都御史、户部尚书等职。赵申乔居官清廉。他任浙江布政使时，仅带随从家人十三名赴任。到任三天，即宣布革除“南粮布袋”之弊。一年之内，民间即免除税银四千余两。他办事严谨，不用幕僚，凡事都亲自处理。他对僚属说：欲令州县无亏帑，应当首先革除藩司陋规。于是，他把时节馈送、钱粮加平、兵饷挂发、奏销部费等多种名目的积弊一一禁绝。对于火耗，他分文不取。在任期间，积累贴解银二千余两。康熙帝闻知赵申乔居官操守，称赞他“居官甚清”，“能践其言”。赵申乔在任职湖南时，湖南因私征加耗非常严重，民情不安，康熙帝严旨申饬。赵申乔奉旨后，建御碑亭，檄告属吏，勒石大道旁。他强调：督抚在地方官中非常重要，巡抚如有不良念头，非法事情，就应当声讨其罪，使他一天也不能站在百姓之上。他自己粗衣粝食，早作晚休，不敢图巡抚之体面，力图作出表率样子。他还在院署中自题一联：但愿居安若堵，何妨署冷如冰。对于藩臬两司，赵申乔明确提出：漫无稽查是失察，知而故纵是徇庇。他还针对当时的重大弊政，制定了一系列具体措施，湖南局势日趋稳定。当他离开湖南时，从长沙至岳州数百里以内，送行者络绎不绝。

康熙六十年（1721），著名的数学家、历算家、天文学家梅文鼎去世，终年八十九岁。梅文鼎，字定九，号勿庵，宁国府宣城（今安徽）人。他从小得父亲和老师指教，就懂得一些天文知识。九岁熟五经、通史事，有神童之称。在三十岁时，梅文鼎就撰成了自己的第一部历算著作《历学骈枝》。这是一本专门解释大统历的书。此后，他更加勤奋。在四十余岁时，在经过了二十年的钻研和思考之后，他撰写了第一部数学著作《方程论》。该书阐发了中国古代算学中多元一方程组的解法。当时，社会上轻视数学研究，梅文鼎却深入研究中算中的方程总量，纠正了一些传世著作中的错误，提出了一些新的思想和方法，有益于中国古代数学的发展。在将近五十岁时，梅文鼎开始了对西洋历算的研究。在他亲自的《勿庵历算书目》中，计有历学书六十二种，一百四十三卷，算学书二十六种，七十五卷。在逝世的那年夏天，《律历渊源》一百卷全部修成，包括《律吕正义》五卷，《历象考成》四十二卷，《数理精蕴》五十二卷。梅文鼎的代表著作，算术方面有《笔算》、《筹算》、《度数释例》等；代表方面有《少广拾遗》、《方程论》等；几何方面有《勾股举阳》、《几何通解》、《方圆幂积》、《几何补编》、《几何摘要》等；三角方面有《平三角举要》、《弧三角举要》、《环中黍尺》等；天文历算方面有《古今历法通考》、《元史历经补注》、《大统历立成注》等。康熙帝对梅文鼎评价颇高，曾特赐御书“绩学参微”四个大字。

康熙六十年（1721），清政府在第二次用兵西藏取得胜利以后，决定加强在西藏的施政措施。二月二十八日，抚远大将军允禵疏言：西藏虽已平定，驻防尤属紧要。他报告了在西藏的清军以及西藏地方官员的情况。于是，清政府决定：派满洲、蒙古以及绿旗兵，总共四千名驻扎西藏，由公策妄诺尔布置理定西将军印务，统辖驻茂兵马，额驸阿宝，都统武格俱参赞军务。这是清政府在西藏驻兵之始。此外，因为空布地方的第巴阿尔布巴首先归附，同清军一起取藏，阿里地方的第巴康济鼐截击准噶尔军回路有功，均封为贝子，隆布奈亲身归附清政府，授为辅国公。清政府决定以阿尔布巴、康济鼐、隆布奈以及达赖喇嘛的总管扎尔鼐等四人为噶布伦（意为政务官员），联合掌政，以康济鼐为首席噶布伦，组建西藏地方政府。西藏地方政府官员由清朝中央政府任命，这既消除和硕特蒙古汗王在西藏的影响，也改变了以往第巴一人独揽大权的局面，加强了对西藏地方的直接管理。在招抚里塘、巴塘以后，清政府又接受了四川总督年羹尧的意见，把里塘、巴塘划归四川省，由四川统辖。清政府还在打箭炉至拉萨沿途设立驿站，密切西藏与内地的联系。早在康熙四十八年（1709），清政府就曾派侍郎赫寿前往西藏，协同当时的拉藏汗输事务，这成为清政府向西藏直接派遣办事官员的开端，后来发展为驻藏大臣制度。康熙朝中晚期采取的上述措施，加强了清政府在西藏地区的施政。

康熙六十年（1721）十月初五日，福建、浙江总督满保等疏言：台湾等三县相距辽阔，又隔重洋，防汛额兵不免单薄，请增加兵丁。康熙帝谕示大学士等：福建总督、巡抚、提督都奏请台湾增兵，朕意增兵无用。台湾地方水师营著副将一员，兵二千名，陆路营著副将一员，兵二千名驻扎。水师有事，陆路可以照应，陆路有事，水师也可以照应。台湾总兵官移于澎湖，亦著兵二千名驻扎，令其管辖，均有裨益。驻扎之兵不可令台湾人顶补，俱将内地人顶补，兵之妻子，不必带往，三年一换。每年自京派出御史一员，前往台湾巡查。此御史往来行走，彼处一切信息可得速闻。凡有应条奏事宜，亦可条奏，而彼处之人，都知畏惧，至于地方事务，御史可不必管理。康熙帝令将此旨传至九卿。

康熙六十年（1721）七月，准噶尔部策妄阿喇布坦遣使携书信至俄国圣彼得堡。当时朝廷大军进逼准噶尔。策妄阿喇布坦在信中建议：如俄国与准噶尔订立反对中国朝廷的防御同盟，准噶尔部将允许俄国“探矿者”自由过境。俄国遂遣使至准噶尔，以沙皇书信交策妄阿喇布坦，书信中写道：如准噶尔臣服俄国，俄国可向中国朝廷交涉，或作军事示威；准噶尔应允许俄国找矿，并让与领土以便俄国建立要塞，保护探矿。当准噶尔部使者赴俄国消息传到北京后，清政府官员曾向留北京的俄国副使兰格提出抗议。后来，由于形势变化，俄国臣服准噶尔部的企图未能实现。

康熙六十年（1721）三月初四日，诸王、贝勒、满汉大臣、文武百官为庆贺康熙帝御极六十周年，联合上疏恭康熙帝二十字尊号：圣神文武钦明睿哲大孝弘仁体元寿世至圣皇帝。谁知康熙帝和以往一样，仍然给以拒绝。他说：从来所上尊号，不过将字面上下转换。这是历代相沿的陋习，专门欺诳不学无术的帝王，以为是尊称，其实并没有什么尊贵之处。现在国家西部地区用兵，官兵披坚执锐，冒暑冲寒，劳苦已久、人民负重跋涉，挽运远道，也很疲困，再加上有许多地方受灾，百姓更加受累。在这种情况下，只有修省图治，使百姓受益，哪有什么值得庆贺的呢！有些微贱无耻之人，以为举行庆典必有殊恩，想有所得；更有人以为六十年庆典必定实行宽大政策，乘机故意杀人犯法。可见庆贺无任何益处。康熙帝拒绝上尊号已有十余次。此前，凡国家取得重大胜利，或逢皇帝四十、五十大寿，执政四十、五十周年等喜庆日，诸王、贝勒、满汉大臣、蒙古王公以及达赖喇嘛等，都纷纷请上尊号。对此，康熙帝一律加以拒绝。他并不是不关心臣民乃至后人对他的评价，只是认为，这种活动铺张浪费，加重人民负担，对朝政有害无益。他曾多次重申：如果大小臣工，人人廉洁，使人民各得其所，风俗淳厚，教化振兴，天下共享太平之福，虽不上尊号，令名实多。如果一切政治不能修举，既使上尊号又有何益？我决不受此虚名，况且，现在官吏很少廉政，百姓也未富裕，君臣之间没有什么功绩可记，再上尊号，加臣子们官秩，只有负愧感觉，决不会有尊荣可言。

康熙六十年（1721）四月十九日，朱一贵率众在台湾起义。朱一贵，福建长泰人，寓居台湾，耕田养鸭度日。他性情慷慨，喜欢交结朋友，痛恨清朝官吏贪污腐败，苛虐百姓。康熙五十九年（1720），台湾凤山（今高雄）知县出缺，台湾知府王珍兼摄县事，却把政事交与次子办理。王珍征收粮税苛刻，每石要折银七钱二分，多于内地数倍。他还无故监押百姓，勒索钱财。这些倒行逆施引起民情激愤，朱一贵便与好友黄殿等密谋反清。他们相约得一千余人，砍竹为尖枪，在乌山头竖旗造反。朱一贵起义爆发后，清台湾镇总兵欧阳凯立即派右营游击周应龙率兵前往镇压。四月二十七日，朱一贵在赤山（今高雄旗山）大败清军，周庆龙狼狈而逃，清南路营参将留景龙被擒杀。三十日，欧阳凯亲率军一千五百人进攻起义军，朱一贵率众与清军大战春牛埔（今台南市境内）。起义军杀欧阳凯及其以下副将、游击、守备、千总、把总十余名，致使清军溃不成军，先后逃往澎湖或泉州。朱一贵等进驻台湾总兵官署和台厦道署，控制了台湾府治，领众一时达三十万人。五月初三日，朱一贵被部众拥立为义王，建立政权。六月十六日，清福建水师提督施世骠奉命赴台进攻起义军。二十一日和二十二日两次激战，起义军损失惨重。闰六月初八日，朱一贵等人被俘。后被解送京师处死，年仅三十四岁。