雍正九年（1731）九月鄂登楚勒战斗后，噶尔丹策零仍然踌躇满志，准备做进一步的反攻。雍正十年（1732）正月，他派准噶尔台吉色布腾和小策零敦多布之子策零那木札尔率兵六千，自乌鲁木齐侵袭哈密。准噶尔军在哈密城外塔勒纳沁地区掠夺后，又攻打哈密城。哈密城内的回民奋力抵御，并请清军援助。正月二十七日，岳钟琪遣副将纪成斌往援哈密。二月初，纪成斌率兵至二堡地方，与准噶尔军五千人相遇，清军奋勇作战，杀败准军。准军由沙碛败遁，然而在此截击的清军将领石云倬却坐失机会，使准军逃跑。哈密解围之后，雍正帝十分赞赏哈密回民之英勇，令赏银一万五千两，论功分给。同时将贻误战机的石云倬革职。

雍正十年（1732），清廷对吕留良案进行审结。吕留良，字用晦，号晚村，浙江石门人。顺治十年（1653）考生员，后思想大变，悔恨猎取清朝功名，康熙五年（1666）弃青衿。康熙十八年（1679）开博学鸿儒科，几经推荐，誓死不就，剃发为僧。他在著述中表现了强烈的反清思想，极力申明华夷之辩，认为这比君臣之义更为重要，又抨击清朝统治，称“今日之穷，为羲皇以来所仅见。”他的弟子严鸿逵继承了他的思想，敌视清朝，希望发生变故。严的弟子沈在宽作诗云：“陆觉不必用洪水，谁为神州理旧疆？”他们在南方几省的影响很大。雍正六年（1728）九月，曾静投书案发后，曾静供出他的思想是受吕留良的影响，而他的门生张熙还曾往浙江访求吕留良的遗书，受到了严鸿逵及沈在宽的热情接待。于是，吕留良案发。此时，吕留良已死去四十余年。雍正帝在针对审讯曾静的口供所亲写的上谕中，专就吕留良的华夷之辩论进行批驳。雍正八年（1730）十二月，刑部提出将吕留良等人处理结案，雍正帝命交各省学政，遍询各学生监的意见，因为要焚禁吕的著作，怕有人私藏，故以此为名，多做宣传工作。雍正帝还命大学士朱轼等批驳吕留良的四书讲议、语录，九年（1731）十二月成书，刊刻颁发各学宫。十年（1732）十月，吕留良案正式了结。吕留良及其长子吕葆中开棺戮尸；严鸿逵监毙狱中，戳尸枭示；吕的另一儿子吕毅中和沈在宽斩首。此外，吕的私淑弟子，刊刻、贩卖、私藏吕留良书籍的人有的斩首，有的充军，有的杖责，吕、严、沈三族妇女幼丁给功臣家为奴。

雍正十三年（1735）九月初三日，弘历御太和殿，祗告天地、宗庙、社稷，布告天下，以明年为乾隆元年。弘历即人们所称乾隆帝。

雍正十三年（1735）八月二十三日子时，雍正皇帝突然在圆明园病故。他自患病到辞别人世，只有两天时间。甚至在患病的前一天还在处理公务。他遗命皇四子宝亲王弘历嗣位，庄亲王允禄、果亲王允礼、大学士鄂尔泰和张廷玉四人辅政。雍正帝在位十三年，享年五十八岁。后谥宪皇帝，庙号世宗，乾隆二年三月初二日葬于易州泰陵（清四陵），遗诏张廷玉、鄂尔泰将来配享太庙。

雍正十三年（1735）八月二十五日，雍正帝死后的第三天，弘历即下令将原皇父身边的道士张太虚、王定乾等人驱逐出京城。他解释说：“皇考闻外间炉火修炼之说，深知其非，只欲试观其术，以为游戏消闲之具，故将张太虚、王定乾等人置于西苑空闲之地，但未曾听其一言，未曾用其一药。且深知其为市井无赖之徒，最好造言生事。今将伊等驱出，各回本籍。”同时警告张太虚等人：“伊等平时不安本分，狂妄乖张，惑世欺民，有干法纪，久为皇考所洞鉴。现从宽驱逐，乃再造之恩，若因在内廷行走数年，捏称在大行皇帝御前一言一字，以及在外招摇煽惑，立即正法，决不宽贷。”

乾隆元年（1736）七月初二日，乾隆帝将第二子永琏密立为皇太子。他在乾清宫西暖阁，召见总理王、大臣、九卿等，宣谕：宗社大计，莫如建储一事，国体攸关，自以豫定为宜。朕即位已逾半载，未经降旨，实因人心不古，往往有因建储太早，以致别生事端。皇考当日建储，亲书密旨收藏。今唯有循用先例，遵照成式，亲书亲密旨照前收藏，待皇子年齿渐长，识见扩充，志气坚定之时，再布告天下，明正储有贰之位。遂亲书密旨，著总理王、大臣等看视，让总管太监收藏于乾清宫“正大光明”匾额之后。

乾隆元年（1736）六月，乾隆帝以水利关系国计民生，如果使河道疏通，蓄泄有方，旱涝皆备，田庐无虞，对于人民益处非浅；但自雍正开浚以来，已过数年，圩岸不无塌颓，泥沙不无淤积，与其年久浚筑事难费倍，不如逐年修葺，省工省费。遂命江南督抚及河道总督，令管理河道水利河务各官及滨河州县，各于所属境内，相视河流浅阻，每岁农闲时，募夫挑挖，逐年修葺，定为章程。

乾隆元年（1736）七月二十八日，四川巡抚王士俊密奏忤旨，乾隆帝命将其斩监候。康熙时，为安定人心，与人休息，采取以宽治国的方针，晚期法纪废弛，吏治颓败，弊病丛生。雍正帝继位后，加意振饬，政令竣厉，又失于烦苛。乾隆帝登极，主张以宽济严，执两用中，既主用宽，又戒废弛。一些大臣揣测其意，欲承风旨，一时条奏皆主用宽。署四川巡抚王士俊，本任河南巡抚，因垦荒劝捐，贻累民间，遭到户部尚书史贻直疏劾被解职回京。乾隆元年七月二十八日，他密折奏事说：“近日条陈，唯在翻驳前案，甚有对众扬言，止须将世宗时事翻案，即系好条陈。传之天下，甚骇听闻。”乾隆帝看后，十分恼怒，即批谕申饬，又将折发王、大臣传阅。御史舒赫德参劾王士俊奸顽刻薄，中外共知。其为河南总督，勒令州县虚报垦荒，苦累小民。此又丧心病狂，妄发悖论，请明正其罪。乾隆帝遂召王、大臣、九卿，谕云：从来为政之道，损益随时，宽猛互济。圣祖深仁厚泽垂六十年之久，休养生息，物炽而丰。厥后法网渐弛，风俗渐玩。世宗加意振饬，纪纲整肃，弊革风清。凡此因势利导之方，岂谓翻皇祖之案？且雍正九年以后，已开始敦崇宽简，见臣工奉行不善，失于烦苛者，每多纠正。朕即位以来，继承先人遗志，以执两用中之政为政，因时制宜，维持调护，以归于正直荡平之道。乃王士俊訾为翻驳前案，是何居心？王士俊巧诈之习，牢不可破，外饰鲠直，以便己私。敢将悖理之言，妄行陈奏。关系重大，不可姑恕。王、大臣、九卿议处。奏请照大不敬律，拟斩立决。乾隆帝颁旨改斩监候。次年释放回籍。

乾隆元年（1736）三月，张广泗奏攻破牛皮大箐，苗疆事平。先是，雍正十三年（1735）春，苗疆官吏征粮不善，各寨苗民起而反抗，攻城掠地，声势日炽，镇远、思州、台拱、清江皆被攻陷，本省兵征调殆尽，奔救不遑，雍正帝乃诏命哈元生为扬威将军统滇、蜀、楚、粤四省官兵会剿。不久又以董方为副将军，会同办理。七月，又命张照为抚定苗疆大臣前往滇省节制诸军。张照到任后，专主招抚，与哈元发生矛盾，以致大兵云集，旷久无功，甚至苗疆改土归流成翻案危局。乾隆帝即位，坚主剿平之议，诏张照等回京，授张广泗为七省经略，将军哈元生以下均归节制。张广泗总结得失，改变战术，调黔兵集镇远，保证了云贵之间大路畅通。又简选将士，面授方略，各以精兵四千攻上下九股之苗，自己亲率五千精锐攻清江下流各寨。届期并举，号令严明，所向克捷。乾隆元年（1776）春，又增兵分八路，合力围攻，遇有抗拒，即行荡平。余存苗众纷纷逃入牛皮大箐。此箐居于苗寨中央，北为丹江，南为古州，西临都匀、八寨，东接清江、台拱，盘亘数百里，实为一大森林。危岩切云，老樾蔽天，雾雨冥冥，泥潦没胫，蛇虺所国之地，虽苗民亦不知其深远。苗众以为官军万不能至，乃潜藏其中，等官军退后复出再起。张广泗檄令诸军分扼箐口，层层包围，逐渐进逼，结果，先后焚毁一千二百余寨，赦免三百八十八寨；斩一万七千余人，俘二万五千余人；获铳炮四万六千余，刀、矛、弓、弩、标甲十四万八千余。

乾隆元年（1736）二月，乾隆帝以杨名时为礼部尚书，入教皇太子。杨名时，字宾实，江南（今江苏）江阴人。康熙三十年（1691）进士，深得考官李光地器重，荐为顺天学政，不久迁侍讲。康熙五十六年（1717）授直隶巡道，在任期间尽除宿弊。二年后，迁贵州布政使。康熙五十九年（1720），擢云南巡抚。当时大军征西藏，杨名时留驻云南，营馆舍，明约束，绝喧嚣，奏请改军粮每年给本色三季，折色一季，民多称便。雍正三年（1725），擢兵部尚书，改云贵总督，仍管巡抚事。翌年，因误将密谕载入题本，受到严责，被解任。此后，杨名时居滇七年，留以待命，尽管清贫，仍治学不殆。乾隆即位，下诏起用杨名时。乾隆元年（1736）二月杨名时至京，赐礼部尚书，命入宫教皇太子读书，侍直南书房，兼领国子监祭酒。杨名时又举荐庄亨阳、秦蕙田等七人为助教，并疏请储书太学并刊书板，以供诸生讲习。八月名时病重，遣太医诊视。乾隆元年（1736）九月，杨名时因病去世，终年七十九岁。乾隆帝命赏银千两治丧，加赠太子太傅，入祀贤良祠。杨名时素治理学，著有《周易札记》、《四书札记》、《杨文定文集》等。