乾隆二十年（1755）八月，阿睦尔撒纳降而复叛。先是，清军征准噶尔前，乾隆帝已定事平之后，仍众建以分其势之策，按杜尔伯特、辉特、和硕特、绰罗斯四部，分封四汗，如喀尔喀例，设立旗分盟长，令四汗兼理，各部俱在原处游牧，不必迁移。而阿睦尔撒纳欲为四部总汗，专制西域。乾隆帝虑其有此异志，故当出师之初，即密谕班第，告以朝廷处置意见，又使额附色布腾巴勒珠尔暗中监视。不料色布腾反与之亲昵，阿睦尔撒纳亦倚其为奥援。乃伊犁平定、色布腾随大军凯旋时，阿睦尔撒纳私以己意请其代奏，约以七月下旬待命。班第、鄂容安留驻伊犁，与阿睦尔撒纳、萨喇尔商办善后事家。阿睦尔撒纳隐以总汗自居，将达瓦齐财产据为己有，凡有仇隙者，任意杀害。不穿清朝翎顶。用兵行令也不用定边左副将军印信，而私用“噶尔丹策零小红钤记”。不与班第等商量，擅自调兵九千防守哈萨克。至书邻部讳言降清事，只说统领满、汉、蒙古兵来平准噶尔。此外，对于应办之事，一味拖延，唯与宰桑头目私相往来，行踪诡密。又指使党羽散布流言，谓“不立阿睦尔撒纳为汗，终不得安”。班第、鄂容安等将此奏闻。乾隆二十年六月二十八日，乾隆帝以阿睦尔撒纳叛迹昭著，密令班第将其在军中诛除，勿懦忍贻后患。但此时大部清军已撤，留驻兵丁仅五百人，班第等不敢举事，遂以进行将行分封四汗，诏令阿睦尔撒纳九月至热河行饮至礼，偕诸部台吉一同受封为由，催其入觐，欲就内地执杀。还令喀尔喀亲王额琳沁多尔济与他之同行，暗中监督。阿睦尔撒纳与色布腾原本有约，但色布腾回京后，见情况有变，不敢为他代奏。阿睦尔撒纳待命不至，不得已而起程，沿途迁延，仍存侥幸。到八月中，尚无音信，疑事有变，恐入觐遭祸，遂谋叛乱。八月十九日，他行至乌鲁古河地，以距原牧地不远，诡言暂归治装，交出定边左副将军印信，由额尔齐斯河间道逃归。额琳沁多尔济次日醒悟，追之不及。乃驰报班第。阿睦尔撒纳派人抢掠台站，断绝清军粮道，公开号召伊犁诸厄鲁特起而为乱。于是，伊犁诸喇嘛、宰桑等争相响应，率兵抢掠伊犁。班第、鄂容安等带五百兵丁向崆吉斯撤退，二十九日，至乌兰库图勒，被赶来叛军重重包围，力战不支，班第自刎，鄂容安刺复而死，萨喇尔被俘。刚刚平定的准噶尔重新陷入混乱之中。

乾隆二十年（1755）五月二十日，湖广总督开泰把湖北设立丝织局事报闻朝廷。原来荆州素出绫绢丝布，所需丝都产自湖北本省，但工匠技艺陈旧。若请江浙工匠教以染造，自可改观，并可纺织绸纱。于是，开泰经与抚臣并在省司道共同捐办，由江南雇募工匠至楚，又选觅荆州工匠到省，设立织局，使之试织。结果所织宫绸府纱，颇肖江南所产，商店也都闻而购买。

乾隆二十年（1755）二月，清军两路出师征讨准部达瓦齐。北路以定北将军班第为主帅，定边左副将军阿睦尔撒纳为副，额驸科尔沁亲王色布腾巴尔珠尔，郡王青滚杂卜、纳默库、班珠尔，尚书达尔党阿，将军阿兰泰，内大臣玛木特为参赞。统兵三万出乌里雅苏台。西路以定西将军永常为主帅，定边右副将军萨喇尔为副，亲王额琳沁多洋济、车凌，郡王车凌乌巴什、贝勒车凌孟克、邑布腾，总督鄂容安等为参赞，统兵二万出巴里坤，约定伊犁东北三百里处博罗塔拉河会师。两路分别以阿睦尔撒纳、萨喇尔各率精兵数千名，仍用旧为前锋，两路将军及参赞在后缓行。准噶尔各部见清军进剿，望风而降，各台吉、宰桑带领所属，或数百户、或数千户，携酒牵羊，接应清军。师行千里，兵不血刃，两军于五月初一日会师博罗塔拉河。清军进剿之时，达瓦齐尚在伊犁纵酒为乐，全不设备。及闻大军将至，急遣亲信宰桑出令征兵，而自率亲兵万人，退往伊犁西北一百八十里格登山，阻淖为营，企图抵御。清军擒获其亲信宰桑，尽知所部解体状，士气倍增，争渡伊犁河，长驱追袭。将至格登山时，侍卫阿玉锡等乘黑夜带二十余骑往探道路，又竖起军旗，突入达瓦齐军营，呐喊冲杀。敌众惊溃，自相蹂躏，达瓦齐率二千余人逃走，余众皆不战而降。后达瓦齐逾天山，南走回疆，部下半途散逃，仅率百余骑奔投乌什城。城主霍吉斯旧与达瓦齐亲善，但此时已得将军班第檄文，故意派人携牛酒迎候，乘达瓦齐酒醉时，擒献清军。与此同时，青海叛酋罗卜藏丹津亦为清军俘获。二人遂被槛送京师。乾隆帝御午门受俘，赦免他们死罪，又封班第为一等诚勇公，萨喇为一等超勇公，霍吉斯为郡王，阿睦尔撒纳为双亲王，食亲王双俸。此次清军出师仅百日，无一战之劳，而准部悉平。

乾隆二十年（1755），乾隆帝亲自投靠了一起文字狱，将胡中藻斩首，弃市。先是，大学士鄂尔泰、张廷玉同受雍正帝遗命辅政，后二人各立门户，朝廷中满人附鄂，汉人归张，党同伐异，彼此攻讦，视若仇敌。乾隆帝察知，屡用雍正帝《朋党论》戒责。及鄂尔泰死，张廷玉休致，其门人仍倾辄不止。胡中藻，江西新建人，为鄂尔泰门生，历任内阁学士，广西、湖南学政。所著《坚磨生诗钞》中，有“记出西林第一门”诗句，及“谗舌青蝇”等语，借以颂扬鄂尔泰，隐斥张廷玉等。鄂尔泰侄鄂昌为广西巡抚，援引世谊，与胡中藻往复唱和。乾隆帝闻讯极为反感，欲假文字案，惩一儆百，打击朋党势力，遂于乾隆二十年三月，颁布谕旨，摘胡中藻诗句若干，逐条指斥。乾隆帝把“一世无日月”、“又降一世夏秋冬”、“一把心肠论浊清”、“斯文欲被蛮”、“与一世争在丑夷”等句，视为诽谤清朝言语。而《照景石诗》中所用周穆王车马走不停及武皇为失倾城色两个典故，则被指为借题发挥，暗寓讥刺。“老佛如今无病病，朝门闻说不开开”，“那似偏灾今降雨，况如平日佛燃灯”，又被认为是指责乾隆帝疏于政事，赈灾不周。乾隆帝还指其典试所出经文题内有“乾三爻不像龙”，谓乾隆乃朕年号，龙与隆同音，显系诋毁。再有“并花已觉单无蒂”句，指为讥刺孝贤皇后之死，等等。最后，乾隆帝斥责胡中藻鬼蜮为心，语言吟诵之间，肆行悖逆抵讪，实非人类所应有。而鄂昌身为满洲世仆，历任巡抚，见此悖逆之作，不但不知愤恨，且丧心与之唱和，引为同调，其罪实不容诛。于是，胡中藻斩首弃市，鄂昌也以负恩党逆，赐令自尽。鄂尔泰撤出贤良祠，不准入祀。

乾隆二十一年（1756）正月，清廷决定遣三千满洲人往拉林垦种。清廷所以作此决定，是因为京中满洲生齿日繁，额缺有定，恃一人钱粮，供多口信用，终恐拮据，因此便于拉林开垦地亩，建造房屋，挑取八旗满洲前往屯种。清廷对于前往者，由京起身之先，便每户赏银治装，沿途还供给车辆草束，到达后又给立产银两并官房田地，以及牛具籽种等。大约一户需银百余两，所遣三千满洲，用银不下数万余两。清廷还要求这些人到那里后，各宜撙节用度，努力垦种；稍有余暇，勤习骑射，以便学有所成，在彼处亦可挑取马甲差使。并警告说：设有不肖匪类，恣意横行，或不愿在彼处安生，潜逃来京，一经拿获奏闻，即于彼处正法示众，决不姑息。

乾隆二十一年（1756）正月初二日，清廷定八旗家奴出旗为民例。清廷原来规定，八旗家奴因身隶旗籍，不能自由谋生。后来，由于八旗户口日繁，清廷感到与其拘于成例，致使生计日益艰窘，不若听从其便，俾得各自谋生，遂决定：在京八旗及在外驻防八旗奴仆，俱准出旗为民；其情愿入籍何处，各听其便，所有本身田产许其带往。以后每隔数年查办一次。

乾隆二十一年（1756）正月初二日，清廷制定驻防兵丁置产留养例。此前，清廷规定，各省驻防兵丁不准在外私置田产，死后骨骸及寡妻，仍令各回本旗。因国家承平日久，内外相安，若仍照旧例办理，则在外当差者，转以驻防为传舍，未免心怀瞻顾，不图久远之计，而且咨送络绎，也觉纷烦，地方官颇以为累。于是，清廷遂制定此例，规定：嗣后驻防兵丁，准其在外置立产业，死后即在各该处所埋葬，其寡妻停止送京。如有兵丁无力置地营葬，该地督抚则用公项置买地亩，作为穷兵公葬地。

乾隆二十一年（1756）七月，青滚杂卜发动撒驿之变。青滚杂卜系成吉思汗后裔，喀尔喀和托辉特部郡王，在清军征讨达瓦齐时，他以参赞大臣随北路军出征。北路邮驿，向归喀尔喀应役，自准部用兵以来，军报络绎不绝，需用马驼、兵丁、跟役颇多，给喀尔喀人带来骚扰。青滚杂卜等王公贵族也以连年用兵为累，因而在进军途中与心怀异志的阿睦尔撒纳颇亲近，将班第、鄂容安等参奏阿睦尔撒纳事私行泄露。阿睦尔撒纳反叛后，清廷追究责任，将科尔沁亲王额驸色布腾巴尔珠尔削爵，亲王额琳沁多尔济处死。青滚杂卜对此十分不满，谓我喀尔喀本成吉思汗后裔，例不治罪，散布流言，并在乾隆二十一年七月，撤所设台站，公开反叛。在他影响下，一些随军出征的喀尔喀王公亦纷纷撤回守卡兵丁，抢劫台站财物，劫掠过往商人。一时间，北路台站自十六站至二十九站尽撤，邮路断绝，文报不通，对平叛大军极为不利。清廷命章嘉呼图克图与哲布尊丹巴呼图克图同喀尔喀各王公会盟，晓谕属下擅离座卡台站之人，各回原处当差，防止叛乱扩大，孤立青滚杂卜。同时命成衮扎布为定边左副将军，调兵进讨，令尚书纳延泰、侍郎阿桂等协助。不久，各台站次第恢复，青滚杂卜逃至中俄边界处，十一月被阿桂拿获，伏诛。

乾隆二十二年（1757）五月，回部大小和卓布拉尼敦和霍集占，自立为汗，发动叛乱。天山南路清代称回部，维吾尔族人民世居其地，信仰伊斯兰教，以农耕为生计。康熙十七年（1678），噶尔丹乘机侵入回疆，掠其首领阿布都实特，拘禁于伊犁。命阿巴克居叶尔羌，令掌回疆事。后其子玛罕木特为和卓，为众尊服，欲据叶尔羌独立，摆脱准噶尔统治，策妄阿拉布坦将他俘获，并囚禁于伊犁。玛罕木特生二子，长曰布拉尼敦，次曰霍集占，即所谓大小和卓，拘留伊犁，使督回民垦地耕种。乾隆二十年（1755），清军征讨达瓦齐，平定伊犁，霍集占兄弟得释。班第等奉旨将布拉尼敦遣回叶尔羌旧地，使安抚各处回众。霍集占仍留伊犁，掌管回教事。阿睦尔撒纳叛乱，霍集占“率众助逆”，清军平叛再入伊犁。阿睦尔撒纳逃走，霍集占亦返回叶尔羌。清廷欲借大小和卓之力，招服回众，和平统一南疆。布拉尼敦“欲安集回地各城人民，听候大皇帝谕旨”。而霍集占不从，认为“莫若与中国抗拒，地方险远，内地兵不能即来”，且准噶尔已灭，近地并无强邻，收罗各城，可以自立。布拉尼敦等听从。于是霍集占传示属下，整顿鞍马器械，欲自称汗。库车、拜城、阿克苏三城阿奇木伯克（城主）鄂对等不响应，走伊犁依兆惠。乾隆二十二年（1757）五月，霍集占兄弟据叶尔羌、喀什噶尔，称巴图尔汗，将前往招抚的清军副都统阿敏道杀害，集众为乱。

先是，定边右副将军兆惠闻厄鲁特诸部复叛后，以一千五百兵自济尔噶朗河转战而南，沿途杀敌数千，乾隆二十二年（1757）正月，至乌鲁木齐地区，因连日数百战，军中无坐骑，官兵皆步行雪淖中，所食惟瘦驼疲马，至特讷格（今阜康县），遂不能冲击，而敌众又会集，处境极为困难，乃结营自固。其时军食将尽，又值大风雪，恰巧侍郎图伦楚率巴里坤兵来迎，方才解围。兆惠得新兵，剿平巴雅尔部，回到巴里坤。乾隆帝知兆惠可当重任，又以绰罗斯、辉特二部叛乱，认为厄鲁特人不可以德招服，非灭其种族，边疆不得安宁，决定发兵大剿。三月，命右副将军兆惠出西路，左副将军成衮扎布出北路，大举征讨。当时，绰罗斯汗噶勒藏多尔济为其兄子噶尔布所杀，台吉尼玛复杀噶尔布，诸部皆内讧；且又痘疫流行，厄鲁特人患者皆死。兆惠等乘势进兵，累战皆捷，对参与叛乱的台吉、宰桑及其部属尽行杀戮，甚至对投降的首领及壮丁也不放过，诸叛酋先后败死，准部大致平安。阿睦尔撒纳闻知清军所向披靡，自博罗塔拉河向西逃窜。兆惠穷追，至哈萨克部。其汗阿布赍已与阿睦尔撒纳生衅，又惧怕清军，遂遣使清廷，誓擒阿酋以献。正好阿睦尔撒纳率二十人往投，阿布赍便派人收其马匹。阿睦尔撒纳惊逸，携八人徒步入俄罗斯境。清军在阿睦尔撒纳遗弃的车内，发现俄人勾引其“加入俄国籍”的四封信。理藩院行文俄国，索要阿睦尔撒纳，被拒绝。八月，阿睦尔撒纳患痘死。几经交涉，俄国于次年正月，将其尸体送至恰克图，清廷派人相验无误。至此，持续三年之久的平叛战争宣告结束，准噶尔部再次平定。