司马元显(382年-402年),字朗君,河内郡温县(今河南温县)人。东晋宗室、权臣。晋简文帝司马昱之孙,会稽文孝王司马道子之子,晋孝武帝司马曜之侄。初任中书令、尚书令,后官至骠骑大将军。
自隆安三年(399)至元兴元年(402),司马元显曾一度执掌东晋政权。因征调江南诸郡已免奴为客者,到建康服兵役,称为"乐属",激起了孙恩起义。孙恩连年攻掠当时朝廷唯一能直接控制的三吴地区,战事不息,而司马元显仍贪腐不已,国库空虚下仍聚敛钱财之余亦骄傲自大,宠信小人张法顺,败坏朝政。及后司马元显讨伐桓玄,倚靠了北府军将领刘牢之,然而刘牢之倒戈投降桓玄。司马元显兵败被捕,不久与其六个儿子一同被杀,时年仅21岁。
桓玄由此结束了晋安帝继位以来司马道子、司马元显父子掌政的局面,独揽朝纲。晋安帝复位后,追谥司马元显为会稽忠世子,赠太尉。