康熙二十一年（1682），康熙帝亲自巡行东北地区，视察防务，对于战前准备，命令照常进行。他虽然通过有关途径，希望和平解决俄军入侵的争端，但由于俄方的阻挠和破坏，终示奏效。康熙二十四年（1685）六月二十二日，清军兵临雅克萨城（今苏联阿尔巴津）下，康熙帝用满、蒙、俄三种文字照会俄方，严谴其种种罪行，要求他们从速撤离。然而，俄国侵略军恃巢穴坚固，蓄意顽抗。二十四日，俄国援军赶到。是日夜，清军将神威将军炮和火器安放军前，做好攻城准备。次日黎明，遂向雅克萨发起猛攻，俄国侵略军尸横遍野，陷入绝境，余众仍负隅抵抗。于是，副都统郎坦下令在城下三面积柴焚城。俄军头目托尔布津闻知，异常惊惧，请求投降。都统彭春、黑龙江将军萨布素遵照康熙帝谕示，将俄方所部官兵及其妇女、儿童“立视迁归”。这样，由满、汉、蒙、达斡尔等民族组成的清军，在边疆各族人民的支持下，一举攻克了被俄国侵略军占据了二十年之久的雅克萨城。是年，托尔布津获悉清军已撤离该城，遂立即率大批俄军重占，复在雅克萨的旧城废址上建立了新据点。康熙二十五年初，康熙帝决定待条件成熟，将其坚决消灭。是年五月二十八日，萨布素、朗坦两路进兵，逼近雅克萨，谕俄军速速投降，对于愿撤返俄军，为其指明路线。时俄军有八百二十六人据雅克萨，并备有十三门炮和较充足的军械、粮食，对清军的警告置之不理。六月初四日，清军以重炮攻城，复断其水源，掘堑围困。经过数次激战，俄国入侵者伤亡惨重，托尔布津丧命，余者束手待毙。九月二十五日，沙皇政府所派外务部衙门书史魏牛高等人到达京师，乞撤雅克萨围，被迫同意清政府的主张，答应派遣使节，议定边界。至此，清军经过两次战役，取得了收复雅克萨的最后胜利。

康熙二十一年（1682）九月二十二日，《太宗文皇帝实录》告成。康熙帝御太和门，立视捧送《实录》进呈，升座。总裁官、副总裁官、纂修各官上表行进实录礼，诸王、贝勒、贝子、公率文武群臣行庆贺礼。

康熙二十一年（1682）八月十三日，康熙帝根据大学士明珠等人奉旨所奏，决定纂修太祖、太宗、世祖三朝《圣训》。十月十八日，以大学士勒德洪、明珠、李霨、王熙、黄机、吴正治为总裁官，内阁学士席柱、王守才、翰林院掌院学士陈廷敬为副总裁民。同日，重修清《太祖高皇帝实录》，以大学士勒德洪为监修总裁官，明珠等五人为总裁官，内阁学士萨海、喇布克、侍读学士胡简敬为副总裁官。

康熙二十一年（1682）八月十三日，康熙帝准大学士明珠等人奏，将平定三藩之乱的方略等详细始末，著成一书，“以垂永久”。于是，决定纂修《平定三逆方略》。十月十八日，以大学士勒德洪、明珠、李霨、王熙、黄机、吴正治为总裁官，内阁学士阿兰泰、达岱、张玉书、翰林院掌院学士牛纽为副总裁官。该书原写为《皇上平定三逆神武方略》，后定为《平定三逆方略》。

康熙二十一年（1682），第五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措逝世。明天启三年（1623），他年仅六岁即被迎入拉萨哲蚌寺供养。二十五岁时，他与班禅四世遣人赴青海，密请厄鲁特蒙古固始汗带兵入藏，惩治对黄教进行摧残的教派和贵族，黄教与其寺院得以不断发展。后将西藏首府由日喀则迁往拉萨，兴建布达拉宫，工成，即迁入住。他还命喇嘛到盛京，向清太宗上书通好。顺治年间入京，受册封达赖喇嘛金册金印。晚年潜心研究经典，著书立说，政事则交与第巴桑结嘉错主持。阿旺罗桑嘉错的名著有《相性新释》、《西藏王臣史》等。

康熙二十二年（1683）五月，康熙帝催促福建水师提督施琅进取澎湖。六月十一日，施琅在铜山动员随征诸将，十四日，施琅率2万余名水师，300余艘战船，向澎湖进军。二十二日，清军与郑氏军队进行了一场激烈博斗，鏖战一日之久，攻下澎湖列岛，刘国轩仅率大小31只船败回台湾。郑克塽见大势已去决定降清。七月二十七日，郑克塽派官员到施琅军前，缴延平王册印、招讨大将军印以及公侯伯将军督印，八月十八日，郑克塽率文武官员剃发，跪听宣读赦免安抚诏令。康熙二十三年（1684）康熙帝命郑克塽来京，编入旗下。至此，清政府消灭了最后一支奉明为正朔的抗清力量。康熙二十三年（1684）四月十四日，康熙帝决定采纳施琅奏议，在台湾设立一府三县，即台湾府（府治设在今台南市）和台湾、凤山（今高雄）、诸罗（今嘉义）三县，这样，台湾开始置于清政府的管理和保护之下。

康熙二十二年（1683）八月十五日，清廷得到施琅《台湾就抚疏》，内称台湾土地千余里，户口数十万，或去或留，事关重大。议政王大臣会议为：台湾弃守事，待郑克塽等率众登岸后，令侍郎苏拜与福建总督、巡抚、提督会同酌议具奏。十七日，姚启圣在《舆地既广、请立规模》一疏中分析了台湾的政治、经济和地理形势，坚决主张“守不可迟”。姚启圣是当时提出台湾必留的第一人。此后，福建其他官员以台湾“留恐无益，弃虞有害”。内客学士李光地甚至提出荷兰本无大志，故台湾即使为其所有，也听之任之，只要它纳贡通款，就是永逸长安之道。十二月，施琅至福州，同苏拜等议商台湾善后诸事，主留。二十二日，施琅上《恭陈台湾弃留疏》，痛陈弃台之弊。他详细分析了台湾地势、物产后指出：台湾“实肥饶之区，险阻之域”，为了江浙闽粤四省“左护”，因此，弃留之际，至关重要。主张统辖台湾，巩固边防，维护统一，防止荷兰等国侵略。否则，如再让荷兰占领，实乃种祸！况且，台湾与澎湖互为犄角之势，放弃台湾则澎湖孤悬海外，很难固守。总之，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边疆”。康熙二十三年正月二十一日，大学士李霨、王熙支持施琅疏言。康熙帝对此予以高度重视，他明确谕以“台湾弃取，所关甚大”。“弃而不守，尤为不可”！至此，清廷对台“弃留之争”遂告结束。

康熙二十二年（1683）五月，据守在台湾、澎湖的郑氏，仍坚持不剃发登岸。康熙帝得报，催促福建水师提督施琅从速进取澎湖。施琅表示：利用南风进取，较为稳当；郑氏内部已人人思危，而守澎湖者是名将刘国轩，经澎湖一战，刘或死或败，郑部则势尽胆丧，台湾可不战而克；七日内，必克澎湖。六月十一日，施琅在铜山大会随征诸将。时值酷暑，台风甚盛，他动员部下：毋惮署！兵法有山，出不意，攻无备。复聚米做地势，详细布置入港、泊船、进战诸方案。命大书主将姓名于各船风蓬上，以利赏罚。是月十四日，施琅率水师二万余名、战船三百余只，自铜山绕道澎湖南，全速前进。十五日，克取猫屿、花屿，晚，泊师澎湖。刘国轩亲领郑军二万余人，战船二百余只镇守；在澎湖沿岸，凡属可登处，筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒；澳外以炮船列阵，岸上有大炮支援。郑军大炮船共二十余艘，每艘之上有三、四千斤红衣大炮一门，熕二十余门，铳一二百门不等。十六日，施琅指挥船队进攻，先锋蓝理等率七支战舰，直冲郑军水阵。刘国轩船队迎战。时南潮已发，郑军四面合围，施琅亲督帅舰，援救诸将，“流矢伤目，血溢于帕”。双方各在作废，施琅退兵，刘国轩也因军中缺粮而不追。自十七日至二十日，施琅将清军集结于澎湖罩屿，并为一举攻克澎湖做了充分准备。其间，他严申军令，赏罚分明；克取虎井、桶盘屿；亲驾小船，细查地势；命以“老弱骄兵”计，不断擂鼓，佯装登岸势，迫使守卫炮台郑军不敢助战，刘国轩兵势益孤。二十二日晨，施琅鼓动全军说：“今日之行，期在必胜！”命兵分二路，各由五十支战舰组成。东路为奇兵，准备夹攻；西路为疑兵，牵制郑军。又命五十六支战船分为八股，每股七支，再分三层。另外八十支战船为拒不接受。施琅居中督战，下令直冲郑军船阵。刘国轩倾全军抗拒。是役，炮火交加，声如雷吼，烟焰蔽日，咫尺难辨。清军将士奋勇争先，拼死交战，鏖战终日，大获全胜，攻取了澎湖列岛。以杨德为首五千余郑部官兵倒戈归降，余者全部被歼。刘国轩仅以大、小船三十一支败归台湾。清军水师总兵官朱天贵、游击郑邦试等三百二十九名将士阵亡，另有伤者一千八百余名。康熙帝称赞施琅“筹划周详，调度有方”。命从优议叙、抚恤有功官兵。

康熙二十二年（1683）四月初五日，康熙帝批准兵部题请任免从叛官员标准：各省副将以下从叛副官，投诚后，立有军功八次者留用。不及八次者议革，但如有效力军中，素有劳绩，才堪任用者，只要本省总督、提督保题，仍引见录用。

康熙二十二年（1683）三月初八日，康熙帝在与大学士讨论了为反击俄国入侵者所作准备诸事后，下令勘察河道、修建船舰，进行试航、确定运送军粮的路线和地点。盛京刑部侍郎噶尔图回奏：可在吉林造船百艘，由伊屯门（吉林伊通）运粮至松花江，并在伊屯门、伊屯口（伊通河口）筑粮仓存贮。康熙帝又谕黑龙江将军、宁古塔副都统萨布素：六月以后所需粮饷，应在乌喇造船五十艘，驰往黑龙江、松花江交汇处，由萨布素等顺流迎取。四月初四日，因清军已移驻黑龙江，蒙古乌朱穆秦部发兵、索伦部准备军需物品，均声言捕鹿，以疑俄军。初八日，命宁古塔将军巴海留守乌喇，由萨布素等统兵前往。待七、八月间兵至雅克萨后，根据形势，奏明进兵时间，另派京城每旗五十名士卒前往，可于冬季进取。如冬季不便克取，到期再议别策。选上驷院马二千匹，发往索伦地方放牧，京城旗兵到此，可换马前进。七月初，由梅利尼克率领的俄国六十七名哥萨克兵，自雅克萨入侵中国额苏里地方，遭到清军包围，大部交械投降。七月二十九日，议政王大臣等议，赏俄军降者宜番、米海罗莫罗对二人衣帽，释放余者，由户部安置，并命宜番将理藩院书信带回。信中写道：俄方违背前约，既不将叛逃根特木尔送还，又侵我边境，扰害乃至焚劫我少数民族居住地区。所以，今命将出师，永驻额苏里。这样，清朝全面反击俄国入侵者的准备工作基本结束。