乾隆三十七年（1772）六月十八日，据李瀚奏请，清政府停止编审造册制。乾隆帝在谈及这一问题时说：编审人丁，旧例原因生齿繁滋，恐有漏户避差之弊，是以每届五年，查编造册，以备考核。今丁银既皆摊入地粮，而滋生人户又永不加赋，则五年编审不过沿袭虚文，无裨实政。况各省民谷细数，俱经该督抚于年底专折奏报，户部核实具题，交付史馆记载，所以户口每年岁增多少，都可按籍查对，没有必要籍五年一次另行查办，徒滋纷扰而已。

乾隆三十七年（1772）五月初八日，金川败报奏闻京师，乾隆帝命将四川总督桂林革职逮问。桂林原是军机处行走兼户部侍郎，乾隆三十六年九月被派往金川前线，十一月补授四川总督，掌平定金川事宜。十二月，即桂林授职之初，清军破碉克寨，连获小胜，军事形势尚属可以。但是，由于四川军营将领不睦，互相讦告，进攻小金川战事很快出现不利局面。乾隆三十七年三月，桂林率兵攻克小金川达乌，清军伤亡很重。四月，桂林遣将薛琮等人统兵三千，携五日粮，欲截小金川甲尔木后路，不料被甲尔木潜从后路抄截，被围在墨垄沟七昼夜。薛琮等派人向桂林告急，桂林却只图安逸，先回卡了军营，又陆续将明亮、铁保等军撤回，致使薛琮孤立无援。当薛琮等差人越险来营禀称粮尽请兵救援，桂林竟说饿了自会出来等话，并不商议作何救援。结果，薛琮全军因粮尽饥馁，力不能支，乃全行覆没，突围而出的只有官兵二百余名。桂林不但不援救薛琮，而且到卡了后，又不以军务为重，一味狂妄骄纵，不住帐房，修立房屋居住，勒取属员供应，终日与人酣饮欢聚。乾隆帝将桂林革职拿问后，又以阿尔泰署四川总督，进兵事交阿桂专办。

乾隆三十七年（1772）初，云南查获一起大贪污案，主犯是云南布政使钱度。钱度系科甲出身，乾隆元年进士，授吏部主事，累迁广西道监察御史，外授安徽州知府，黑心江安督粮道、河库道，二十九年升任云南布政使，乾隆三十三年擢广东巡抚，未及行，移广西巡抚，就任不久因故降调云南布政使。先是，乾隆三十四年二月，乾隆帝谕示军机大臣，就云南运解北京的铜历年短欠迟误进行责问。云南布政使钱度代云贵总督明德撰拟奏文，上疏辩解。乾隆帝正要采取措施进一步调查之时，乾隆三十七年初，云南省宜良县知县朱一深上揭于户部，控告钱度贪婪，勒令属员购买金玉。乾隆帝立命刑部侍郎袁守侗前往云南，会同云贵总督彰宝、云南巡抚李湖查审其事。三月初，贵州巡抚图思德折奏：钱度家人张林、顾安，送箱笼赴滇，带有金玉器件，已将其物截留，押送家人至滇查办。乾隆帝览奏后，立刻意识到钱度有贪赃行为，便命彰宝、李湖等立刻严讯钱度，务得实情。不久，江西巡抚海明折奏，拿获钱度家人王寿，查出白银二万九千余两，并钱度亲笔书信，言及或做地窖，或作夹壁，将这些银两好为收贮，以作永久之计。至此，钱度贪赃行为全部败露。原来，钱度遇放藩库支放铜本等项银两时，每百两扣平余银一钱七八分不等，计前后共发银二千二百余万两，共扣平余银四万余两，此外，他还勒令属员购买玉器古玩，多收价银。乾隆三十七年（1772）七月二十六日，钱度被押赴法场斩首。

乾隆三十七年（1772）正月十七日，从伊犁将军舒赫德奏请，乾隆帝命建乌鲁木齐城，驻兵屯田。为严密设防，完善建制，清政府设乌鲁木齐参赞大臣一员，领队大臣一员，俱受伊犁将军节制。不久，因乌鲁木齐所属地方宽阔，而距伊犁遥远，兵民辐辏，应办事件众多，为有益于管辖兵丁，输诸事，而于体制亦相符合，遂将参赞大臣缺改为都统一员，仍属伊犁将军节制。

乾隆三十八年（1773）二月十五日，乾隆帝命将汉文、蒙古文《大藏经》认真校核，译成满文，令章嘉呼图克图负责其事，每完成一卷，即进呈一卷，以候裁定。

乾隆三十八年（1773）二月十一日，乾隆帝命派军机大臣刘统勋为总裁，设纂修三十员及提调等职，以翰林院署内迤西房屋一区为办事之所，开馆纂修《四库全书》。先是乾隆三十七年（1772）正月初四日，乾隆帝向全国发出一道谕令，命各省官员广泛搜集前代遗书和本朝人著作，汇送京师，以彰千古同文之盛，由此揭开了纂修《四库全书》的序幕。不过，当时清政府只是下诏征书，还只着眼于收集，对编纂整部书辑录的大型丛书，还无明确设想。乾隆三十七年底，安徽学政朱筠一面把自己访得的书籍开单上报，一面将个人对办理此事的一些设想写成奏章，进给乾隆帝，希望得到采纳施行。朱筠建议的主要内容是：抓紧搜集罕见的旧刻本和抄本；充分利用皇家藏书；著录和校勘应当并重；除书籍外，对金石碑刻上的文字及图谱，也要留心搜集，以补文献资料的不足。乾隆帝见到朱筠奏章，十分注意，命朝中大臣认真讨论，拿出具体意见和办法。乾隆三十八年二月，朝臣经过讨论，肯定了朱筠的建议，并商定选派翰林官员，开馆校勘《永乐大典》等书，还拟出具体条例，呈请批准。于是。乾隆帝决定成立纂书机构，开始编纂《四库全书》。《四库全书》从乾隆三十八年开馆到乾隆四十六年第一份告成，四库馆共任命正式馆员三百六十人。其中，正副总裁二十六人，总阅官十五人，总纂官三人，总校官一人，提调官二十九人，总目协勘官七人，四种纂修官兼分校官四十九人，缮书处总校官四人，缮书处分校官一百七十九人，专职分校官三人，督催、收掌、监造官四十三人。此外，开馆期间共征用、募用抄写人员三千八百四十一人。

乾隆三十八年（1773）六月初十日，定边将军温福在进兵小金川过程中，不幸战死。温福曾从兆惠征讨过回部大小和卓之乱，也曾主持过征缅事务，以勇敢善战闻名。乾隆三十六年九月，他受命指挥清军进攻小金川。起初，他统率官兵，奋勇向前，取得了一些胜利。但是，自乾隆三十八年初，情况逐渐发生变化。当时，清军分三路进攻。温福以攻噶尔拉碉固路险，墙坚冻滑，改从别道攻昔岭，驻营木果木，令提督董天弼分屯底木达，以守小金川之地。温福以为自己是主帅定边将军，又是大学士、兵部尚书，因而刚愎自用，获胜骄傲，居功自负，仗势凌人，轻视同僚。当进攻昔岭遭金川兵猛抵抗难以继进时，他不广泛听取意见，即修筑碉卡数以千计，将二万士兵分散于各碉卡之中，当需要向皇帝奏事时，才派兵进攻敌周卡。进攻时他不恤士卒，不谙地形，也不察敌情，致使官兵人心涣散。不仅如此，温福还以小胜自鸣得意，缺乏对全军的统筹安排，每天只和提督董天弼等人饮酒作乐。参赞大臣、都统伍岱上密折弹劾温福，说他自以为是，不听人言，以致众兵寒心。参赞大臣、额驸色布腾巴勒珠尔也赞成伍岱意见，但是，都被温福诡辩驳回，使乾隆帝只相信他，反而处分了伍岱和色布腾巴勒珠尔。参赞大臣海兰察对温福屯兵坚碉之下也十分不满，曾经扣刀讥讽温福说：身为大将，只知闭寨高卧，苟且偷安，不如饮刃自尽，也便于其他人竭尽全力。对这一切，温福置之不理，仍是因循苟且。温福将大营扎于木果木，命侍卫德尔森保领兵驻扎簇拉角克一带，令提督董天弼守底木达。由于清军防范松懈，大金川土司索诺木乘机让僧格桑派遣许多小头人由美卧沟出至小金川。乾隆三十八年六月初一日夜，金川兵抢占了底木达，击杀董天弼，随后又夺占粮台，潜攻木果木。初八日，金川兵夺据炮局，初九日抢占大营东北山上木栅。初十日，僧格桑率军突然逼近清军大营，劫木栅，占卡寨，夺炮台，发火枪。在金川兵四面进攻下，温福仓皇失措，中枪而死。此外，四川提督马全，署贵州提督牛天畀，总兵张大经，副都统阿尔素纳、巴朗，御前头等侍卫德尔森保，副将二达色、多隆武、赵琮，参领观音保、德保、额尔塞、阿哈达，知州徐谂民、吴璜、彭元玮、常纪，知府吴一嵩，以及主事、知县、同知、典史、副参领、护军校、骁骑校、协领、防御、都司、守备、参将、游击等，共一百余员，全部阵亡，兵士阵亡三千余人。木果木军营遗失米粮一万七千余石，银五万余两，火药七万余斤，大炮五尊。

乾隆三十八年（1773）十一月初六日，阿桂统率清军，收复小金川全境。乾隆帝自获悉温福丧身木果木之后，即抓紧进行再征金川的准备工作。他委任阿桂为定边将军，以丰升额、明亮为副将军，任命富德、色布腾巴勒珠尔、海兰察为参赞大臣；又调集京兵、吉林兵、索伦兵、湖广兵、山西兵、云南兵共二万三千名，以后又陆续增派满、汉官兵至十万名；还筹拨大量军需银两和枪炮弹药。一切准备就绪后，阿桂即兵分三路，首先收复小金川。阿桂亲统西路兵马，色布腾巴勒珠尔固伦额驸为参赞大臣，副将军丰升额统率北路，以海兰察为参赞大臣，副将军明亮统领南路，富德为参赞大臣。西路阿桂两天之内就攻下了阿喀木雅、木阑坝等形势险要之地，十一月初三日又收复了美诺。南路明亮也连克碉卡，十一月初六日攻取僧格宗。至此，清军将小金川之地全部攻取。乾隆帝获悉捷音后十分高兴，连下数道上谕嘉奖官兵，从厚赏赐，并亲写纪事诗一章颁赐阿桂。

乾隆三十九年（1774），英国东印度公司秘书波格尔，以同西藏通商为名，从不丹进入后藏，拜会了六世班禅喇嘛。英国东印度公司成立于明万历二十八年（1600），是英国商人、殖民者在东方进行殖民地贸易庞大的垄断公司，是英国资产阶级原始积累强有力的工具。它不仅拥有大量资本，还拥有大批武装力量。乾隆三十九年四月，英国首任驻印度总督赫斯定派遣一支探察队前往西藏，波格尔就是该队的负责人。行前，赫斯定指示波格尔，探察队必须察明拉萨与西伯利亚之间的大片土地和交通情况，以及孟加拉到拉萨、拉萨至附近各地区的道路、地形和居民情况，设法缔结孟加拉与西藏之间的商约，争取在拉萨设立英国商务代表机构。十月，波格尔到达日喀则。他抵达日喀则的第二天，便拜会了六世班禅，呈交了赫斯定的信件及礼物。在六世班禅谈话中，波格尔请求为他打通各种关系，以便与西藏地方政府签订一个地方性的通商条约，允许英国人自由出入西藏经商。六世班禅表示将把他的意见转告拉萨有关官员。不久，西藏地方政府从拉萨派出的代表到达日喀则，在和波格尔约见中明确表示：西藏是中国的一部分，有关签约问题须由清朝中央政府决定，西藏地方当局无权作主。波格尔签约企图破灭后，又向六世班禅表示，希望和班禅喇嘛管辖的后藏地区单狮签订一个商约。六世班禅在和波格尔的几次谈话以及此后写给东印度公司的复信中，也明确表示：整个西藏是在中国大皇帝（即乾隆帝）主格管辖之下的地方，西藏的一切无不听命于北京的朝廷。六世班禅还向波格尔指出：东印度公司俨若王者，日以战争之克服为能事，藏人不能允许英人进驻。波格尔入藏的另一个意图，是利用中国邻国尼泊尔廓尔喀族王朝兴起，与锡金争地，而锡金与中国西藏有隶属关系，通过挑拔，离间中尼两国关系，以便从中渔利。但是，六世班禅告诉他：中国西藏地方政府已经派兵前往保护锡金，争端不久即可平息，不需要外力帮助。波格尔的企图又未能得逞。

乾隆三十九年（1774）六月十二日，山西道御史戈源上疏，就礼部奏请自乾隆四年以后，僧道未给度牒者，交地方官通查补给，以备僧纲、道纪等官之选，指出：查乾隆元年至四年，僧道无度牒者已有三十四万余人，自四年迄今，私自簪剃的恐不下数百万人。如果纷纷查补，必多滋扰。戈源提出今后永远停止颁发度牒，如遇选充僧道等官，著地方官查其实在戒行严明者，具给咨部，给照充补。对此，乾隆帝谕示同意戈源所奏，并指出僧道度牒本属无关紧要，而查办适以滋扰，所以礼部奏请给发度牒之处，今后永远停止，选充僧道官，令地方官查明具给办理。