顺治七年（1650）十月，瞿式耜在广西桂林被清军执杀。瞿式耜，字起田，号稼轩，常熟人，崇祯时为给事中，南明弘光政权时任广西巡抚。永历政权建立后，他在十分困难的形势下竭诚拥护永历帝，奠都桂林，力图重兴明朝大业。然而，永历帝从无大志，昏昏然苟安于一时，一听到风声紧急就仓皇逃窜，拒绝了瞿式耜的多次规劝。加之永历王朝由于内部党争激烈，置抗清大局于不顾，一味并吞异己，逼走大顺农民军，更加削弱了自己的力量。顺治七年十月中旬，清定南王孔有德率军逼迫桂林，督师瞿式耜急令南明军赵印选出师，但赵部却离城逃遁，其余各部也争先奔窜，桂林空无一兵。时总督张同敝回城商议对策，瞿式耜坚定地表示：“城存与存，城亡与亡”，使张同敝深受感动。于是两人冠带，张灯备酒对坐大堂。十一月初五日黎明，清军入城，将二人抓获。孔有德百般劝降，终无一获，最后在独秀山下将瞿式耜、张同敝杀害。

顺治七年（1650）七月，郑成功在厦门建立抗清基地。郑成功，原名森，字大木，郑芝龙子。年少聪颖，颇得隆武帝的赏识，赐姓朱，改名成功，因此被称为“国姓爷”。郑芝龙降清，成功苦谏不听，于是在广东南粤招兵买马，打出“背父救国”的旗号，组织抗清义军。顺治四年正月，郑成功自南粤募兵返回福建安平，会故臣将吏设明太祖帝位，矢盟恢复大明江山。他自称“招讨大将军罪臣”，设官分领各军，闽中旧将“多归心”，势力日渐强大。永历称帝后，郑成功又奉永历年号，先后被封为威远候、延平候。自顺治四年至七年（1647－1650），他率领海上义军，连破福建的同安、海澄、漳浦、泉州及闽南沿海一带地方，进据金门、厦门。郑成功把厦门改名为思明州，成为抗清的政治中心和基地。他在厦门设立“六官”分理庶政，遣官在各地征集粮饷和兵器，分其军为左、右、前、后、中五军，自领中军。此后，金、厦地区的社会秩序相对安定，社会经济也得到一定程度的发展。抗清义军不断壮大，势力扩大到广东的潮州、潮阳、惠来、揭阳一带。

顺治八年（1651）六月二十七日，顺治帝批准了礼部议定的八旗科举例，主要内容是：凡遇应考年分，内院同礼部考取满洲生员一百二十名、蒙古生员六十名；顺天学政考取汉军生员一百二十名；乡试取中满洲五十名、蒙古二十名、汉军五十名，各衙门无顶戴笔帖式亦准应试；会试取中满洲二十五名、蒙古十名、汉军二十五名，各衙门他赤哈哈番、笔帖式的哈番俱准予应试。满洲、蒙古识汉字者，翻译汉字文一篇；不识汉字者作清字文一篇，汉军文章篇数如汉人例。

顺治八年（1651）四月初六日，清廷制定了各直省乡试差员的条例，其中规定：各省正副主考官，分别以翰林、给事中、光禄寺少卿、六部司官、行人、中书评事等选任；各部衙门均应慎选倍送，由吏部拟定正陪，疏请皇帝任命，但已充任会试房考、乡试主考官不得重送。同时又规定，房考官，顺天由吏礼二部选用，各省由巡按御史选用。

顺治八年（1651）五月十五日，顺治帝批准了兵部会同内院的奏请：有功汉人大小世袭武职，俱以銮仪卫外卫所用，照新入八旗官员例，给与世袭敕书，酌定汉名品级。其中规定：凡精奇尼哈番一等称銮仪卫都指挥使，正一品；二等称副使，三等称同知，均为从一品。阿思哈尼哈番分别为外卫都指挥使、副使、正副同知，正从三品。拜他喇布勒哈番分别为外卫指挥佥事，正从四品。拖沙勒哈番为外卫千总正五品。

顺治八年（1651）四月初六日，清廷制定了行军律例。其中规定：凡亲王、郡王、贝勒、贝子、公等临阵，如七旗退走，一旗迎敌，将退走七旗下七牛录给予迎敌者；如七旗迎敌，一旗退走，即将此旗所属人员分给七旗；如一旗内战走者各半，将退走者所属人员给予力战者。凡是临阵对敌，必要整齐队伍，各按所属讯地从容前进，如违例或单独后退者，或处死籍没，或革职鞭责折赎。队伍起营时，各旗均要按牛录旗纛整队而行，如有妄自往来行走及酗酒者责治之，如有失火者斩。后又告诫兵将，行军打仗以绥辑地方、安抚百姓为主，不得肆行抢掠，妄杀百姓，抗拒者剿戮，归顺者收养。

顺治八年（1651）三月十九日，清廷制定了亲王、郡王、贝勒等进皇宫前下马条例。其中规定：和硕亲王于午门前下马，多罗郡王于午门角楼前下马，多罗贝勒以下俱于阙门下马牌处下马。

顺治八年（1651）闰二月十九日，顺治帝命兵部整顿驿政。他在谕旨中指出：近数年以来，四方多故，兵马络绎不绝，差遣繁多，驿递疲用，至今日已极。然而，奉差官员全不知地方苦楚，恣意苛索，驿夫不足，派及民夫，骚动乡里，甚至牵连妇女，苦累生儒，鞭驿官如罪犯，辱州县如奴隶，以致驿夫逃跑、驿马倒毙，人民罢市辍耕，民不聊生。命令地方官如再查出此等违法之人，不拘大小衙门，严厉参奏治罪，以后各衙门均不得滥差官员。

顺治八年（1651）正月十二日，顺治帝福临亲政，御临太和殿，接受诸王、贝勒、大臣庆贺表文，并颁诏大赦。此后，顺治在跌宕起伏，纷繁驳杂的十年亲政中，采取了一系列改革措施，有效地巩固了自己的统治。顺治亲政后，首先削夺了大臣的权势，实施集权制。在用人方面，顺治一改多尔衮时期对汉官猜疑、压制的态度，十分注意笼络和依靠汉官。大刀阔斧地整顿吏治是顺治亲政后采取的又一重大措施。此外，顺治又命兵部整顿驿政，以保障驿路畅通；推行恤刑条例，以体恤百姓，始行武举殿试，以选拔文武全才；制定行军律例，以整顿军纪等等。以上改革措施的制定与推行，充分体现了顺治的政治才干，使他成为清朝开国时期一位刻意求治、颇有作为的年轻皇帝。

顺台八年（1651）九月十八日，清廷改京师承天门为天安门。次年七月，皇城北门工竣，清廷命名为地安门。