同治七年（1868），因西北边疆动荡不安，清政府派左宗棠西征。左宗棠到陕西后，全力镇压回民起义。同治八年（1869）八月，提督刘松山率老湘军从陕北绥德进攻花马池（今宁夏盐池），到吴忠堡，又围金积堡。同治九年，刘松山之侄刘锦棠统率老湘军力攻，十一月十六日，占领金积堡。同治十二年，回军首领马文禄战败降清，随即被处死。白彦虎率部逃往新疆。至此，陕甘回民起义失败，左宗棠安定了陕甘地区。当时，新疆成为浩罕、俄、英三国角逐的战场，随时有被瓜分的危险。光绪元年（1875）三月，清廷任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务。光绪二年（1876）二月，左宗棠任命刘锦棠为前敌统领，率清军分三路入疆。到九月中旬，新疆北路全部收复。清军平定北疆的分裂割据势力后，刘锦棠于第二年（1877）又率军南下。三月十三日，张曜、徐占彪与刘锦棠军一同攻克吐鲁番，清军收复吐鲁番全境，阿古柏自杀。光绪四年（1878）提督董福祥收复和阗。至此，除伊犁外的新疆领土，全部由清军收复。左宗棠西征，既安定陕甘，又使新疆免于沦为殖民地。清廷终于控制住了西北地区的局势。光绪十年（1884）新疆建省，第一任新疆巡抚是刘锦棠。

同治七年（1868）八月，中国自制的第一艘木质明轮蒸汽军舰“恬吉号”（后改“惠吉号”）下水。先是，同治六，江南制造局造船厂建成，并修建了一座长一百米的船坞，同时由机器厂和锅炉厂分别制造船用机器和锅炉。“恬吉号”即为该厂以自制的机器和锅炉用了不到两年时间建造而成的，该舰长一百八十五尺，宽二十七点二尺，排水量六百吨，马力三百九十二匹，吃水八尺，备炮九门，当“恬吉号”军舰在黄埔江举行下水试舰仪式时，上海全市为之轰动，欢庆我国第一艘明轮蒸汽军舰试航成功。

同治七年（1868）六月初九日，以清政府“办理各国中外交涉事务大臣”头衔率使团出访各国的美国前任驻华公使蒲安臣，在美国华盛顿与美国国务卿西华德擅自签订《中美续增条约》（即《中美天津条约续增条款》，也称《浦安臣条约》）。共八条，主要内容为：一、中国于原订贸易章程外，欲与美国商民另开通商、行船之路各事，均得自订章程，但不得违反原约规定。二、清政府得在美国各埠设置领事，美国当照各国例予以优待。三、两国人民在对方国内都不得因宗教不同而受到歧视。四、两国人民前往对方游历、居住，皆照最惠待遇办理。五、两国人民皆可在对方进入大小官学，并受最惠待遇；皆可在对方设立学堂。六、美国“向不赞成”无故干预别国内政，将来办理各种制造事业需外国帮助时，美国自愿襄赞。该条约的签订，为美国扩大掠卖华工，加强对中国的文化、宗教侵略提供了方便。同治八年十月双方在北京交换了条约批准书。

同治七年（1868）四月，乌苏里江东南青岛（今阿斯科尔德岛）爆发中国淘金工人反抗沙俄殖民者的迫害和驱逐的武装起义。四月初九日，沙俄派水兵登岛镇压，被早有的起义群众消灭过半。后沙俄又从海参崴调来西伯利亚舰队围攻青岛，起义者被迫转移。撤到大陆后，起义群众不断主动袭击沙俄侵略者，相继烧毁黄岛、石庙子、蛤蟆塘一带俄卡，将守卡俄兵全部消灭。起义者联合苏城等地人民，扩大抗俄武装，队伍迅速扩大至三千人，并得到当地各族人民的普遍支持和响应，且声称要攻破海参崴，迫使沙俄不得不宣布滨海一带处于战争状态，调动大批军队进行镇压。一个月后，青岛人民抗俄起义失败了，但整个乌苏里江以东地区中国各族人民的抗俄斗争并未停止，他们采取各种手段对侵略者进行打击、骚扰，使沙俄在相当长的时间里未能对该地区实现有效的统治。

同治七年（1868）一月，清政府派前美国驻华公使蒲安臣率中国外交使团出访西方各国。先是，《北京条约》签订后，英、示、美、俄等国公使先后驻京，但清政府尚未派出驻外使团。后经外国公使多次要求，清政府遂决定遣使出洋，向各国“陈述中国的困难”，表达中国希望“友善”和“进步”的诚意。同治六年十月，美国驻华公使蒲安臣即将离任，向清政府表示愿为中国“出力”，清政府遂聘蒲安臣为“办理各国中外交涉事务大臣”。次年一月，蒲安臣以“大清国钦差大臣”身份率中国使团出访美、英、德、俄等国。其成员有：英国使馆翻译官柏卓安、海关法籍职员德善、总理衙门章宗志刚、礼部郎中孙家谷等。同治九年一月，蒲安臣因病死于俄国彼得堡。清政府为酬谢其担任驻华公使时“和衷商办”及此次出访各国“为国家效力”，特“加恩赏给一品衔，并赏银一万两”。

同治八年（1869）九月十九日，中英签订《中英新定条约十六款》、《新修条约善后章程十款》及税则十条。主要内容为：开放温州、芜湖为商埠；英国之洋布、大呢、洋绒等进口时正子两税一并完纳，在通商口岸省份，均免重征；英商从中国内地买土货出口，沿途交纳税金，其税额如超过子口半税，超过部分发还英商；英商可雇用中国木船在内河行驶，装运货物；九江关备轮船一艘，拖带鄱阳湖一带的货物；英商修理船只、船坞，物料免税；中国进口鸦片，每百斤增税至五十两，出口生丝，按值百抽五征税等。这一条约因英商反对，英国政府未予批准。

同治八年（1869）三月十六日，中俄签订改订俄人陆路通商章程，共二十二条，将原规定运往天津的俄国货物在张家口“酌留十分之二”改为“酌留若干”，允许俄商在蒙古各地任便贸易，一概免税，并不限于“小本营生”。

同治九年（1870）九月初七日，日本使臣柳原前光曾到天津，与署理三口通商大臣成林商议立约通商事。十月初八日，总署上奉，允准日本明年派员来华时再议立约事。十月十一日，又照会日本处务省，允与立约。同治十年（1871）三月九日，日本派大藏卿伊达宗城及外务相大丞柳原前光为全权大臣，来华议约。六月，与清廷全权大臣李鸿章在天津谈判。日使要求按照“西人成例，一体订约”，并要取得“一体均沾”特权，遭中方代表拒绝。七月二十九日，《中日修好条规》和《通商章程》最后画押，商定：两国商民准在对方指定之通商口岸贸易（中国开放十四个，日本开放八个），但不得进入内地；两国商货进入口岸，均照对方海关税则完税；两国在对方指定口岸可设领事，约束本国商民，民事案件归领事审理，刑事案件由领事和地方官会审。同治十一年（1872）四月，日本提出改订本条约，遭清廷拒绝。同治十二年（1873）四月初四日，李鸿章与日使副岛种臣在天津换约。

北洋通商大臣简称“北洋大臣”。咸丰十年底（1861），清政府设立总理各国事务衙门，下设三口通商大臣。随着通商事务的不断扩大，同治九年（1870）十月二十日，清政府决定裁撤三口通商大臣，改高北洋通商大臣，加“钦差”名义，例由直隶总督兼任，管理直隶（今河北）、山东、奉天（今辽宁）三省通商交涉事务，兼督海防和办理其它“洋务”。每年海口解冻，移驻天津，冬令封海，再回保定。

咸丰十年（1860）《北京条约》签订后，法国天主教传教士在天津望海楼设立教堂，搜罗爪牙，拐骗人口，强占民田，激起民愤。同治九年（1870）五月，教堂附设的育婴堂死去婴孩三、四十人，同时，拐骗幼童的事情不断发生。五月二十三日，数千民众激于义愤，前往教堂抗议，要求惩办凶手。法国驻天津领事丰大业（VictorFontanierHenri）要求三口通商大臣崇厚派兵镇压。因崇厚只派去几名官弁，丰大业感到不满，于是又闯入崇厚衙门开枪恫吓，并捣毁衙门器物。归途中遇上天津知县刘杰，又开枪打死刘杰的随从高升。丰大业的秘书西蒙（Simon）也鸣枪威胁。民众怒不可遏，当场将丰大业及西蒙打死，接着鸣锣聚众，焚毁法国教堂、育婴堂、领事署及英、美教堂，打死外国教士、商人二十人。事件发生后，法、英、美、俄、德、比、西等七国联衔向清政府提出抗议，并调集军舰到天津、烟台一带示威。清政府派直隶总督曾国藩赴天津“查办”，又派李鸿章会同办理。曾、李屈服于侵略者的压力，判处民众二十人死刑，缓刑四人，二十五人充军，天津知府、知县也被革职遣戍，向外国赔款四十九万两，并派崇厚为钦差大臣赴法国赔礼道歉。