顺治十七年（1660）三月十九日，清廷制定了八旗汉字官名：固山额真汉字称为都统，梅勒章京汉字称副都统，甲喇章京汉字称参领，牛录章京汉字称佐领，昂邦章京汉字称总管。

顺治十七年（1660）八月十九日，年仅二十二岁的董贵妃去世。董贵妃在顺治十三年十二月初六入宫后甚到顺治帝宠爱被封为皇贵妃，而使五位蒙古后妃受到冷遇。特别是顺治十四年（1657）十月初七日，董贵妃生下皇四子后，顺治帝特别欢快，竟不顾皇子排行之秩序，公然宣布皇四子为“朕第一子”，目的十分明显，就是把皇四子作为未来皇位的继承人，董贵妃必定成为皇太后。这就违背了力主以联姻作为加强满蒙政治纽带的孝庄太后的旨意，对满蒙贵族间的政治关系构成了威胁。于是，孝庄太后暗设毒局，必欲置董贵妃于死地而后快。皇四子生下不久，孝庄太后突然宣布“圣体违和”，养疴南苑，并谕诸后妃及百官视疾问安。董贵妃不敢悖旨，拖着虚弱身子前往南苑问安，并朝夕侍奉“废寝食”，经此折腾，她已“形销骨立”，加之皇四子早殇的沉重打击，很快染病不起，于顺治十七年八月十九日辞世。董贵妃病死的当天，顺治帝即传谕亲王以下、满汉四品官员以上，并公主、王妃等，俱于景运门外齐集哭临；自己则辍朝五日。二十一日，他宣布追封董贵妃为皇后，“以示褒崇”，二十六日行追封礼。

顺治十七年（1660）正月二十五日，清廷从礼科右给事中杨雍建奏请，严申结社订盟之禁。清初以来，江南之苏、松二府，浙江之杭、嘉、湖三府学人士子妄立社名，纠众盟誓，连名片往来也用同社同盟字样。礼科右给事中杨雍建为此上疏说，这种情况若任其发展下去，必将植党成风，要求予以严禁。本日，顺治帝谕令严禁结社订盟，并宣布：此后再有此等恶习，各该学臣即行革黜参奏；如学臣徇隐事发，一体治罪。

顺治十八年（1661）二月二十四日，清廷批准了礼部奏请，制定了会试南北中卷之例。清初，会试取士原分南北中卷，后因云贵等省战乱，将中卷并入南北卷内。云贵平定后，清廷仍将浙江、江西、福建、湖广、广东五省，及江宁、苏、松、常、镇、徽、宁、池、太、淮、扬十一府和广德州为南卷；直隶、山东、山西、河南、陕西四省和奉天等处为北卷；四川、广西、云南、贵州及庐、凤、安庆三府，徐、滁、和三州为中卷。其南北中卷中式额数，照赴试举人之数均派。

顺治十八年（1661）八月十三日，清廷下“迁界令”，福建、广东、江南、浙江四省滨海居民各向内地迁移三十里，“令下即日，挈妻负子载道路，处其居室，放火焚烧，片甲不留。”先是，海澄公、降将黄梧密陈灭郑成功之策：将沿海居民迁入内地，使郑氏无物资、人力之接济，将不攻自灭。后来，清廷遣兵部尚书苏纳海视察沿海，决定接受黄梧之策，于是颁布了“迁界令”。此时，四省沿海居民迁离海边三十里，有的则搬入离城二十里内居住，二十里外筑土墙为界，寸板不许下海，界外不许闲行，出界即以违旨论立斩。清兵还要不时巡界，一遇出界人登时斩首。结果，四省沿海居民谋生无策，丐食无门，卖身无所，死以万计，惨不忍睹。清廷为了缓和事态，又令四省督抚对迁入内地的居民酌给田地房屋，“使之得所”。

顺治十八年（1661）正月初二日，顺治帝染上天花，自知不久于人世，欲立次子福全为嗣，孝庄太后则坚持立玄烨为嗣。于是，顺治派人征求汤若望的意见，汤认为玄烨已出过天花，对这种可怕而又伤命的疾病有了终身免疫力，竭力支持孝庄太后。初六日，玄烨被立为皇太子，次日顺治去世，初九日玄烨即皇帝位，时年八岁。是日颁诏大赦，以第二年（1662）为康熙元年。

顺治十八年（1661）正月二十九日，清廷为划分内外各官开复之例，规定：嗣后凡内外大小文武官员因事降级而留任者，三年无过方准予题请开复；如三年之内又因过被降，即与后降之日为始，计满三年再题请开复。

顺治十八年（1661）正月初二日，顺治帝染上天花。初七日夜病死于养心殿。他在遗诏中正式宣布立时年八岁的玄烨为太子，即皇帝位。顺治帝死后，遗体被火化，骨灰葬于孝陵（今河北遵化东陵内），另根据封建礼仪，朝廷大臣在顺治去世后即议其庙号，结果大多数人的意见是称其为宗，唯有大司马梁清标提出应称世祖，并指出，虽然太祖努尔哈赤是清朝开国之君，但是顺治帝功劳很大，“入主中华，奄有万方，统一天下”，应该成为“世世所祖也”。于是，众位朝臣在讨论中接受了这一建议，乃定顺治帝庙号为世祖。

顺治十八年（1661）正月初六日，顺治帝自知病重将不久于人世，急忙召见亲信、礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙入养心殿，命他草撰诏书。王熙见此情景，匍匐饮泣，不能下笔。顺治帝命他抑制悲痛，在病榻前起草。王熙写完一条呈交之后，恐顺治帝过于劳累，于是奏准在乾清门下撰拟，凡三次进览，三蒙钦定完稿。遗诏除命三子玄烨即帝位，由四大臣辅政外，以十四事罪己。主要内容是：重用汉官，疏远满臣；不体察民艰，兴建殿宇；任用阉人，营私舞弊；贪图安逸，疏于理政，等等。

顺治十八年（1661）六月初三日，江南“奏销案”起。清初，江南赋役甚重，以苏州、松江等府为最；加之士绅“包揽，不无侵蚀”，往往旧赋未清而新赋已近，积欠常达数十万之多。清廷因战事频仍，财政窘急，严催征积欠之令。于是，江宁巡抚朱国治造册报部，皆列苏州、松江、常州、镇江四府和溧阳县绅钤之“抗粮”不交者一万三千五百余人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷严提究拟。实际上，其中除确有官绅包揽侵蚀外，也有实欠未免者；有完而总书未经注销者；有实未欠粮而为他人影冒立户者；有本邑无欠而他邑为人冒欠者；有十分全完而总书以小怨反造十分全欠者，情形十分错综复杂。朱国治疏上，清廷批道：“绅钤抗粮，殊为可恶。”经刑部察议：现任官降二级调用，士绅黜革，衙役照章治罪。于是，四府一县之士绅被黜籍者达万余人，被逮者也有三千人，得免者无几，衣冠扫地，学校为之一空，有乡试方中而生员已革，有取中进士而举人已革。顺治十六年的进士第三名叶方霭，仅因欠银一厘即被降官，至民间有“探花不值一文钱”之谣。