康熙四年（1665）五月，四川总督李国英疏言，全川已经恢复，当因地设防，酌议增减。其中，应裁减兵额者，督标抚剿五营兵五千名、慕义候谭弘兵三千名、龙安城守兵五百名等等。应设职增兵者，潼川、绵州、叠溪、建武、重庆等二十二处。此外，广元、成都、松潘卫等十二处武职设置照旧。全省经制官兵共计四万五千名，以“马二步八”，战守各半定额为宜。清政府准其所请。

康熙四年（1665）三月初二日，北京在“一阵地动”之后，京师宫殿和全城都在震颤之中，城内房屋倒塌者不计其数，就连坚实的城墙也有百处左右塌陷。与此同时，狂风骤起，横扫全城，灰尘遮天蔽日。人们惊恐万状，争相逃到街上。康熙帝和太皇太后、皇后、妃嫔及宫中的太监、宫女、朝中的要臣显贵等都撤离屋外，有帐蓬中住宿。同一天，又接连发生三次地震。此后三日内，每天都有余震发生，众多百姓无家可归，露宿街头。

康熙四年（1665）五月，清政府批准广东总督卢崇峻的请求，在广东省边界的香山县、广海卫、大鹏所、海门所、平海所设出海口，以便官兵运粮。地方官给与验票，设立中子处，拨官兵防守，稽察验票放行。如果借端在海贸易，“通贼”妄行，地方保甲隐匿不首者，照例处绞；守口官兵知情者，以同谋论，处斩；不知情者，从重治罪。

康熙四年（1665）六月，清政府批准吴三桂的请求，将平定后的水西土司改土归流。在水西共设三府，三府新名由吴三桂拟定具题。康熙五年，定新府名为平远府、大定府、黔西府，改比喇镇为平远镇。每府设知府、通判、经历、司狱、儒学教授各一员；三府共设推官一员，承办三府三府刑名大案。

康熙四年（1665）四月，云南东部各土司和已灭亡的南明余众乘平西王吴三桂征剿水西土司之机，举兵反抗。昆明以东的土司王耀祖据守兴城，建号大庆，攻占易门，直取昆阳、河西。宁州土司禄昌贤占领宁州，攻取江州、通海、宜良，伺机欲取澂江府。土司禄益攻陷嶍峨。故南明开国公赵印选强攻弥勒。龙韬等攻石屏，谋进广西。王朔、李世藩等率兵攻打临安府。云南局势骤变。吴三桂自水西归，亲统大军，分路进剿，生擒王耀祖，破其中心据点大营城。其余诸土司及赵印选等非败即亡。王耀祖等被磔于市。康熙帝传旨嘉奖有功人员。康熙五年八月，根据吴三桂疏议，将云南东部各土司改设流官，设立开化府、永定州。

康熙五年（1666）清政府规定北京城的营官和有关的地方衙署官员，应将无业游民和来历不明人及时遣回原籍，以便清理离乡逃避差役人，维持社会秩序。

康熙五年（1666）元月，康熙帝谕吏部等衙门，总督、巡抚均系倚任重臣，必秉公清政，为其僚属做出表率，使百姓安居。今督抚公然收受州县官馈送物，视为常例。更有甚者，尔等居然将不同的州县分成上、下等，按等级收受贿赂。州县官吏为取悦上官，加派民间，以致百姓困穷。今后，如再不改正此等弊端，督抚由科道官查访弹劾，司道以下各官由督抚纠参。如果督抚不严加检查，且徇情舞弊，不予纠参，待事发时，一并从重治罪。同时，他还命吏部等部院通行晓谕各省督抚。

康熙五年（1666），漕运总督林起龙针对漕运途中关卡过多，严重延误交兑时间的状况，上《请宽粮船盘诘疏》，提出设立分地稽查制度。林起龙指出：每年从东南各省北运漕粮多达四百万担，分别装在近六千艘船只内，在长达六千余里的水运中，沿途查禁夹带的关卡多至二十余处，凡到一处则每船必查，每舱必搜，致使漕船阻滞，北运迟缓。此外，还有逆风暴雨、冰冻封河等因素，在一年仅有八个月的通航时间内，关卡盘查就占去两个月左右，这样，漕船到达通州的交兑、南返、冬修必然受到影响，拖累来年漕运。形成恶性循环。为此，应只在起运地仪征、瓜州与重镇淮安、济宁及天津仓场各盘查一次，其余诸关卡一律放行。对于押船旗弁的夹带，应有严格规定，每船只限六十石，违者抄没入官。完全禁绝夹带不利于南北互市，并将造成北方各省的南货价格飞涨。同时，对交兑漕粮、沿途包买、贿官行私、奸商搭船等行为治以重罪，直至斩首。如此“大法一施，奸人知警”，诸弊禁绝。康熙帝批准其奏请。林起龙在此任内，还先后题请免除滨海移民的赋税；疏通淮城至运河的河道；修筑济宁等处的堤闸；严禁押运漕船的兵丁欺压百姓等等，深得民心。但是，朝中的一些权贵却对他的这些行动妒恨在心，伺机陷害。康熙六年（1667），关卡减少后，夹带骤增，朝臣借机争相弹劾，林起龙引咎致仕，不久病逝。

康熙六年（1667），查继佐因病去世，终年六十八岁。查继佐，字伊璜，号与斋，浙江海宁人。人称东山先生或朴园先生。明亡后从事编撰明史。康熙二年，因庄廷鑨之《明史》案被牵连入狱，出狱后改名左尹，号非人，著有《罪惟录》、《鲁春秋》、《东山国语》、《国寿录》等书，是清初著名史学家。

康熙六年（1667）九月初五日，康熙帝决定纂修《清世祖（顺治帝）实录》，命大学士班布尔善为监修总裁官，大学士巴泰、图海、魏裔介、卫周祚、李霨为总裁官，学士塞色黑、明珠、范承谟等十二人为副总裁官，侍读学士达哈他等十四人为满纂修官，侍读学士单若鲁等十四人为汉纂修官。同年，复以巴泰为临修总裁官，其余诸官也有只调整。康熙八年（1669）三月初一日，该书草稿告成。康熙十一年（1672）五月二十日，此书正式编成，全称为《大清世祖章皇帝实录》。