康熙二十二年（1683）八月初八日，郑克塽、刘国轩和冯钖范派副使何仕隆等人，携书致施琅，内称台湾兵民数十万，恐人心危疑不一，请速来安辑。此前，有人对施琅说：公与郑氏有三世之仇，今郑氏如笼中鸟，何不急灭之？施琅回答说：“吾此行上为国下为民耳！若其啣璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣。何私之与有？”八月十一日，施琅统领官兵、船只，自澎湖赴台湾。十三日，到达台湾鹿耳门。郑克塽率刘国轩、冯钖范等文武官员已预先剃发，并预制清朝旗号，遂在鼓乐声中亲迎施琅及其官兵。台湾百姓也壶浆迎师，接踵而至。其后，施琅宣读康熙帝敕谕，郑克塽等欢呼踊跃。施琅礼待郑氏家族，不究宿怨。他还敬重刘国轩，并说：他人不明白，定要断送一方人民性命！惟君明智，保身全国。施琅还亲撰祭文，告祭郑成功庙。文中表达了他对郑成功开发台湾的敬仰之情。十九日，施琅严肃军纪，分别颁布不准官兵占用民居和地方派办军资等具体规定，强调如有违反者，定加严惩。二十日，颁布《谕台湾安民生示》，希望百姓毋荒农务，照常贸易。规定本年纳谷十减其四，其他一切杂派差徭，尽行蠲免。台湾出现了“市肆不惊、耕耘如故”的稳定局面。康熙帝喜而赋诗：“海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同”。加授施琅为靖海将军，封靖海候，世袭罔替。

康熙二十二年（1683）七月，福建总督姚启圣疏请对郑克塽颁赦招抚。是月二十七日，康熙帝在敕谕中希望郑克塽等诚心投归，率众登岸，他将从优录用，妥善安置。康熙帝还强调说决不失信于天下。同日，郑克塽派兵官冯钖珪、工官陈梦炜同侍卫吴启爵、笔帖式常在来到施琅军前，缴延平王册印、招讨大将军印及公候伯将军都督印。八月十八日郑克塽率刘国轩、冯钖范等文武各官剃发，跪听宣读赦抚。康熙二十三年二月，康熙帝命郑克塽来京，编入旗下。明朝后裔郑部及文武各官在直隶、河南等省安置。康熙二十三年（1685）十二月十三日，郑克塽等到京。康熙帝授郑克塽公爵，授刘国轩、冯钖范伯爵，俱隶上三旗。郑部文武各官二千余名及明宗室、鲁王世子朱桓等均于福建附近各省安置。郑军四万余名，愿入伍或愿归农，均听其自己选择。自郑成功兴师抗清，至郑克塽，奉南明永历为正朔，历三世，计三十七年；郑成功于顺治十八年（1661）驱逐荷兰殖民主义者并收复了台湾，至康熙二十二年（1683），台湾同大陆重归一统，凡二十三年。

康熙二十三年（1684）五月初一日，吏部题：八旗汉军官既与汉族官员一体升转，必须通晓文义。决定对现任汉军侍郎以下、有无品级笔帖式以上及候选，候补内外员缺官员进行考试。文义通者，仍留补用；不晓文义者，停其以文职用；无品级者即行罢斥。考试内容以作文、翻译二种并行，听其自选；地点定于太和门前，时期则在本月十八日。考试结果，交白卷者八百人。康熙帝令俱都解任，命其读书，待学成后考试补用。其中弓马娴熟者可于各旗中武职补用。次年四月初十日，康熙帝亲自考试各部院八旗汉军等官，内有去年交白卷官，亲定试题六道，各随其便，作满、汉一篇。结果交白卷官达二百六十九人。内阁学士常书对考试作弊官明知不举，蒙蔽行诈，被革职，降为三等侍办。康熙二十八年（1689）四月十一日，康熙帝命凡部院衙门未经考试者、内外候补者，康熙二十五年（1686）考试时考五等及交白卷者，以及各项监生，俱在乾清门集中考试，并亲命二道试题。五月十四日，命引见本次考试中一、二等官员。

康熙二十三年（1684）五月初四日，清廷始修《大清会典》。康熙帝命大学士勒德洪、明珠、李霨、王熙、吴正治为总裁官，内阁学士麻尔图、阿哈达、金汝祥、王鸿绪、汤斌为副总裁官，并强调“务使文质适中，事理咸备，行诸今而无弊，传诸后而可征，悉心考订，克成一代之典。”同时，用以昭示臣民。

康熙二十三年（1684）四月二十三日，翰林院掌院学士牛钮等人进呈已刻成《日讲易经解义》。康熙帝称“易经阐发天人理数，道统攸开。”“深有裨于典学”。命立即颁行全国。

康熙二十三年（1684）九月二十八日，康熙帝开始首次南巡。行前，谕称本次南巡，正欲体察民情，详知吏治。一应沿途所用已令在京所司储备，毫不取之民间。凡经过地方，百姓自当各安其业，毋得迁徙远避，反滋扰累。如哪个官员敢于悖旨私征，一经发觉，定从重治罪。是日，车离京城，沿永定河经顺天府、河间府，到山东德州。十月初八日，至济南府，观趵突泉。初十日，登泰山顶。十一日，祀泰山神，命以本年泰山香税，修缮泰山顶上庙宇。十五日，到达沂州大石桥，谕大学士等：今日奏章一到，立即呈进，不限时间。是夜四鼓，本章到，康熙帝随即起而详阅，直到天明。十九日，自徐州府宿迁启程，谕侍卫等：“有天下者唯贵以德化民，使之无讼。”是日，驻桃源县，康熙帝亲自视察黄河北岸各项险要工程，又谕河道总督靳辅说：每在宫中，向来留心河务，并详细阅览、时加探讨尔防诸书及历年所进河图等，但毕竟未见险情实况。今详勘地势，如肖家渡等七处地区，实甚为危险，所筑长堤与逼水坝须随时保护。命靳辅详加筹划，采取有力措施，使黄河顺势东下，水行刷沙，永无壅决。康熙帝见河工劳苦，亲加抚慰，命严禁克扣河工食粮。肯定靳辅治河之功。二十二日，在高邮等处，见百姓田庐多在水中，遂步行十余里视察水患，召见当地生员耆老，详询水灾原由，命总督王新命安排拯救事宜。二十四日，渡扬子江，因所乘船系当年战舰，有感于“安当思危，治不忘乱”。二十六日，行至苏州府，强调“去奢反朴，事事务本，庶几家给人足。”二十七日，夜坐舟中，与侍臣高士奇探讨古今兴亡。十一月二日，在南京谒明太祖陵，亲写祝文，遣官往祭。过明故宫，怅然良久，作《过金陵论》，其中写道：万历以后，政事渐废，宦官朋党交相构陷，赋敛日重而民心涣散，致使明代未到三百年而亡。总结兴亡之鉴，应兢兢业业，日加儆惕！四日，嘉奖廉洁自励的江宁知府于成龙，谕总督王新命等：“尔等大小有司，当洁己爱民，奉公守法。”是日，康熙帝于舟中读书又至夜半，侍讲高士奇劝请节劳。康熙帝说：“实觉义理悦心，故乐此不疲。”六日，舟泊江都县，谕以解决高邮等地民间田庐被淹水患，必须将入海故道浚治疏通。务期济民除患，纵用经费，在所不惜！十日，经清河县天妃闸，复登岸视察高家堰堤工，分析了它与洪泽湖等对治黄的重要作用，必须年年防护，不可轻视。十八日，到曲阜孔子庙，在大成殿行三跪九叩礼，亲书“万世师表”，免曲阜县明年地丁钱粮。十二月九日，康熙帝由京师正阳门回宫。首次南巡共用六十天。康熙帝时年三十岁。

康熙二十三年（1684）六月初五日，康熙帝以海洋贸易，对民生实为有益，但收税如不定例，恐为商民所累，决定凡属海洋贸易，设专门官员收税，并酌定则例。此后，清廷在澳门、漳州、宁波和江南的台山设立海关，以为粤海、闽海、浙海和江海等四海贸易，并设官收税。

康熙二十三年（1684）四月十四日，康熙帝批准工部侍郎苏拜会同福建总督、巡抚、提督遵谕议定的管理台湾疏奏，决定：在台湾设立台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，设巡道一员分辖。设总兵一员、副将二员、兵八千名，分为水陆八营防卫。澎湖则设副将一员、兵二千名，分为二营。每营各设游击。守备等官。自此，清代始在台湾置府设官。

康熙二十三年（1684）三月初十日，京师正阳门外大火，民居受灾严重。康熙帝亲登正阳门城楼，指挥救火。他先命内大臣、侍卫前去扑灭，后又数次派人巡视。发现该城及司坊巡捕营等官，并无一人在场，更无救火者，而都察院左都御史科尔坤等朝廷重臣侍火势熄灭后方返回各自府中，于是在第二天，康熙帝对有关官员平日不加预防，遇灾又不急救的失职行为进行了严厉的斥责。

康熙二十四年（1685），清政府设粤海关以对外通商，设有专营外贸的商行。为了区分国内商税和海关贸易货税，两广总督吴兴祚、广东巡抚李士桢和粤海关监督宜尔格图共同商议，以本省内陆交易之一切落地货物为住税，由税课司征收；以外洋贩来货物及出海贸易货物为行税，由粤海关征收，并相应建立两类商行--金丝行和洋货行，分别经理贸易税饷。康熙二十五年（1686）四月，清政府在广州创立洋货物，又名十三行。作为官设的对外贸易特许商，十三行经营“外洋贩来货物及出海贸易货物”，向海关承担代缴进口出洋船各项税饷，并代官府管理外商和执行外事任务，形成清代重要的商人资本集团。以洋货十三行为外贸专营行商和外贸税饷事务专理商的广州洋行制度正式形成。