顺治三年（1646）三月十七日，清廷批准了吏部右侍郎金之俊的奏请，决定变通明朝进士授官制，使得“政体人情，俱得其平”。其具体措施如下：新过士除一甲外，二甲前五十名选部属，后二十名选评博中行；三甲前十名选评博中行，十一名至二十名选知州，二十一名至七十名选推官，其余尽数选为知县。

顺治三年（1646）正月十三日，摄政王多尔衮集诸臣在午门议定固山额真谭泰擅隐谕旨罪。早在顺治帝即位过程，多尔衮就千方百计庇护、拉拢谭泰，谭泰也竭力阿附多尔衮兄弟。顺治元年冬，谭泰随多尔衮胞兄、英亲王阿济格西征时，两人擅自绕道至鄂尔多斯、土默特，索取马匹。阿济格还胁令宣府巡抚李鉴释免因贪酷不法而被逮问的钦犯朱寿鏊，特别是不把顺治帝看在眼里，蔑称为“孺子”。顺治二年（1645）八月二十八日，诏令谭泰会同镶黄旗护军统领鳌拜聚集百官，宣布阿济格罪状。但谭泰竟擅隐谕旨，也不“集众传示”，被削去公爵，解固山额真任。不久谭泰因与其岳父、固山额真阿山私遣巫者与人治病，被告发。护军统领图赖和鳌拜共议谭泰罪行，并转奏多尔衮。多尔衮亲自在午门聚百官复勘，但耽延三日，迟疑不议定谭泰罪。图赖厉声质问多尔衮：为何三日不议罪？多尔衮恼羞成怒，反斥图赖态度粗暴，举止狂妄。而当诸王要议图赖罪时，多尔衮又装出宽容的样子，赦免了图赖。最后，谭泰也由众议斩首罪改为监禁。

顺治三年（1646）六月十一日，吏科给事中林起龙上《请速禁异端讹言疏》。他指出：入清后，兴盛于明代的各种民间教派，如白莲、大乘、混元、无为等峰起。它们聚众招群，以烧香礼忏秘密联络，“煽惑人心”，有的则与农民军结合在一起，成为抗清的重要军事。如不加严行禁止，必将导致政局不稳。清统治者对林起龙的建言十分重视，立即命都察院、五城御史、巡捕衙门及各省督抚、按察使等官：如遇各色教门，即行严捕，处以重罪，做为防微杜渐之计。从此，清廷开始了对“邪教”十分严酷的镇压。

顺治三年（1646）正月十二日夜，江宁（今南京）城内百姓与城外义军里应外合，突然围攻江宁，清军急忙调兵镇压，为首者三十余人被杀。十八日，明潞安王朱谊石、瑞昌王朱谊泐又与义军联合，聚众二万人分三路进攻江宁，由于清军早有准备，这支抗清队伍很快失败。

顺治四年（1647）三月二十四日，《大清律》修成，颁行全国。《大清律》是在清廷入关后，承袭《大明律》而编写的清朝第一部成文法典。由于它在一定程度上是《大明律》的翻版，与清初现实的情况相脱节，所以在颁行之初并未认真执行。又由于《大清律》竭力维护满官的特权地位，吏部对处分满官没有律例可行，导致吏治渐趋腐败。为整饬吏治，顺治十二年，清廷决定参照明朝的会典，编为“简明则例”。康熙二十八年（1689），清廷将现行则例附入《大清律》，使《大清律》日趋完备。

顺治四年（1647）十二月二十四日，清廷规定长城应留台座和设兵丁之数：长城自张家口关门至西黄河至东，共一千四十五里，应留台二百四十四座，每台设军丁三名，共七百三十二名，其余台一千三十二座不用；又自张家口起东至山海关止，共二千四百四里，应留台四百一十七座，每台设军丁三名，共一千二百五十一名，余台二千四百五十座不用。另，凡系捕鱼网户耕种往来之路及民间运木之路及，与鄂尔多斯部交易之地共留关口八处，其常峪、独石等十一口均堵塞。

顺治四年（1647）八月二十八日，清廷制定了绿营兵月饷：每名每月凡有马战兵二两，无马战兵一两五钱，守兵一两。不久又规定，不论战守之马步兵，每名每月均加给米一斗。

顺治四年（1647）琉球国中山王尚贤病逝，弟尚质自称世子，“遣使奉表归诚”。顺治十一年（1654）三月初七日，尚质遣使进贡方物，缴故明所封敕印，并请颁新敕印。七月初一日，顺治帝遣兵科副理事官张学礼等携敕印封尚质为琉球国中山王，赐其王印一、缎币三十匹、妃缎币二十匹；并颁定贡期：每二年一贡，进贡人数不得超过一百五十名，允许正、副使二员及从人十五名入京，其余人员俱留福建待命。

顺治四年（1647）底，江西、广东的降清明将金声桓、李成栋在当地抗清形势的影响和鼓舞之下，倒戈抗清。金声桓，原为左良玉手下麾将，后随其子左梦庚降清，率军进据江西。自以为功高无比，不但未封公候，只得了个江西提督总兵官，并且还受到巡抚章于天的监视和牵制。顺治五年（1648）正月二十七日，金声桓举兵叛清，杀死章于天，出榜安民，拥护永历政权，又派人劝说两广提督李成栋。接着，金声桓攻下九江。由于他拒听谋士的劝告，未能溯江而上，控制长江的上游，反而率师攻打赣州，误中了清军的缓兵之计，使清军赢得了喘息的时间。不久，清都统谭泰率军自江宁（今南京）进讨，连陷九江、饶州，金声桓狼狈回师南昌，困守孤城。次年（1649）正月十九日，清军攻陷南昌，金声桓在其府中投水死。李成栋，原为史可法部将，后率军隆清，他在顺治三年率清军攻打广州的战斗中立在汗马功劳，但是因求授高官不得，于顺治五年（1648）四月初十日叛清归明，亲迎永历帝至广东，然而他未能利用当时大好的抗清形势，出兵江西和金声桓的力量汇合，反而忙于在永历小朝廷内争权夺势。当清军围困金声桓于南昌时，李成栋受永历帝之命前往救援，在赣州之役中误中敌计，先自策马奔逃，被迫退往赣州的信丰。顺治六年二月被清军包围。二十六日李成栋率领所部在突围时渡涧溺死。

顺治六年（1648），《明史》总裁刚林鉴于清初明朝官方史料散失殆尽的教训，建议六科每月汇集奏折及谕旨录送史馆，由翰林官分别编纂，供修史时采用，得到了摄政王多尔衮的批准。清朝由此建立起按月编纂六科史书的档案制度。