顺治十五年（1658），谷应泰主编的《明纪事本末》八十卷完成。谷应泰，字赓虞，号霖苍，直隶丰润（今河北丰润县）人，早有志于《明史纪事本末》的著述。自顺治十三年，他出任浙江按察司佥事时，就利用自己的有利条件广收邸报，并邀请一些社会名士编书，经过两年的努力，终于编辑成《明史纪事本末》。

顺治十五年（1658）九月十六日，议政王贝勒大臣等遵旨议定理藩院大辟条例。其中规定：凡平人与蒙古王、贝勒福金通奸者，福金处斩，奸夫凌迟，其兄弟外绞；另有下述情形之一者处斩：私掘蒙古贝子等坟墓、截杀来降人众之为首者、劫夺死罪人犯为首者、公行抢夺他人财物、临阵败走、与逃人通谋给马遣行、挟仇行害放火烧死人畜，故意杀人。

顺治十五年（1658）七月二十三日，清廷改定官制，划分满汉官员品级：内三院改称内阁，大学士改加殿阁大学士，仍正五品；设翰林院，掌院学士及学士均正五品。六部满汉尚书，俱正二品；侍郎正二品；理事官改称郎中，正五品；副理事官改称员外郎，从五品；主事正六品，司务从九品。都察院左都御史正三品，副都御史正三品，左佥都御史正四品，监察御史正七品，经历改为司务从九品。通政使司通政使正三品，左右通政正四品，左右参政正五品，经历改为司务从九品。大理寺卿正三品，少卿正四品，寺丞正五品，寺正正六品，寺副从六品，评事正七品，司务从九品。除宗人府外，其余部院满汉启心郎俱裁去。又添设各道御史三十员。

顺治十五年（1658）五月十四日，清廷更定逃人事例，制定了查解逃人的奖惩办法：州县官查解十五名者加一级，三十名者不论俸满即升；知府查解三十名加一级，六十名不论俸满即升；道官查解四十五名加一级，九直名不论俸满即升；巡抚查解七十五名记录一次，一百五十名者加一级，三百名者加二级；总督查解数目要倍于巡抚，方能记录和加级；州县官解逃十五名后，地方窝逃一名者，功过不准相抵，仍革职；知府以上，总督以下等官罚俸降级，俱照先前定例；武官功过俱照文官例；满洲家人，不许给票探亲，诈害良民；盛京出征所获人出口逃走，及未到京而先逃者，如有本主认领取有保结者，仍给本主，倘此后有冒认假保者，将认主及保人从重治罪；逃人经部文提解者，其地方官免议处，倘在别处拿获，审出行提时在彼处居住者，该地方官从重议处；民人首告逃人，如系挟仇诬告者，即将原告仍照定例责四十板，枷号一月，免流徙宁古塔；民人自首身系逃人，借端行论者，责四十板，妻子家产人口入官；各处解来逃人，俱送交城门，如有主者，审结后鞭刺交与伊主，如无主认发与各旗认主，夜间交与各旗门上看守。次年十月二十八日，清廷又补定了查解逃人的一些奖惩办法：凡剌字逃人私出境外被地方官拿解者，其经过州县未能查获等官，虽有拿解逃人之功，应加级升转者，不准题叙，仍罚俸半年；容留逃人歇宿店主责四十板；各道员所属州县官如有失察逃人，则降一级留任，降后，所属地方查解逃人至四十五名，即复还原级；早先与明作战时期出边、或在盛京与未到京之选逃走者，免剌，仍鞭一百，给原主，如无主逃人应入官者，免鞭剌；陕西、湖广、四川、江南、江西、浙江、福建、广东、广西、云南、贵州所获逃人著令递解，批文限定日期，如经过地方官选差不慎，钮锁不严，以致逃脱，查参革职，违限者该衙门察参；畏罪潜逃或住屯过限十日之内拿获者鞭一百，过十日鞭剌。

顺治十五年（1658）初，清廷派吴三桂等分三路进攻贵州、云南，七月，南明永历帝以李定国为招讨大元帅，加黄钺，督诸军抵御清军。清经略洪承畴闻讯后，即派部属贾自明往李定国军中行缓兵计。贾自明自称道人，恃幻术，大言上帝以某日助兵，做木偶人数百，长丈许，执幡幢为行阵，李定国受骗上当，四方催促出师日期，总答以须等待。久之无应验，李定国开始疑心，后派人侦知贾自明真实身分，怒斩之。八月，李定国始出师，但军营兵丁锐气已经受挫。

顺治十五年（1658）二月二十六日，顺治帝经过密行采访，发现朝廷内外一些官员结交通贿内监吴良辅，命内大臣严讯此事。不久，事实真象大明：内翰林弘文院大学士陈之遴及官员陈维新、吴惟华、王之纲、王秉乾等一般官员从宽免究，警告他们如再仍蹈前辙，必从重治罪。但将内监吴良辅处斩；陈之遴革职，并父母兄弟妻子流徙盛京；陈维新同父母兄弟妻子流徙盛京，家产籍没；吴惟华等免死各责四十板，同父母兄弟妻子流徙宁古塔，家产籍没。

顺治十五年（1658）初，孙可望降清。先是，李定国屡败清军，孙可望怕其声望高于己上，于是与部下轻骑进袭宝庆，企图建立奇功以示夸耀，不料由于清军早有准备而打了败仗，相比下之更觉懊恼，也更加忌妒转为仇恨。顺治十四年七月初，孙可望悍然发动了对李定国的战争。但是，同室操戈，不得人心。两军刚一对垒，孙军前锋倒戈，全军瓦解。孙可望见大势已去，急携妻子、财宝北逃，于十一月十五日在宝庆向清军投降。（1658）二十八日赴长沙，抵湘乡，并呈上云南地图，表示愿引导清军进攻云南。十二月初六日，顺治帝敕谕，特封孙可望为义王，但不久又将其送至北京，后在一次射猎时以错射为名，将他射死。孙可望的降清，加剧了大西农民军的分裂，使其人心涣散，“皆摇摇无固志”。

顺治十六年（1659）十二月十九日，清廷制定了世职承袭例：除嫡子孙承袭外，有绝嗣者许亲兄弟及亲兄弟子孙承袭三世，三世之后停止承袭，且嗣养疏远宗族之子，不准承袭。次年（1660）十二月初五日，清廷又改定世职承袭例：凡系世职，有子有孙者仍照常袭替；原规定无子孙者除亲兄弟外，其他人不准袭替，改为无子孙者，有本生祖、父、亲伯、叔、兄、弟、侄男、侄孙概许袭替；其余嗣养疏远宗族之子仍不准袭替。

顺治十六年（1659）十一月初九日，顺治帝自南苑出西红门狩猎，至昌平，见明陵殿宇墙垣倾圯已甚，周围树木多被砍伐，命工部将残毁诸处尽行修葺，禁采树木，添设陵户，并令昌平道官不时严加巡查。（1660）十一月二十七日，他谕令礼部说：明崇祯帝励精图治十七年，考其生平，无甚失德，只因“寇乱国亡，身殉社稷”，“殊堪矜悯，宜加谥号，以昭实行”，特为崇祯加谥号曰庄烈愍皇帝。

顺治十六年（1659）闰三月十六日，左都御史魏裔介在奏疏中指出，福建、江南、江西等地溺女婴之风甚盛，“忍心灭伦，莫此为甚”，恳请皇帝严行察禁。顺治帝对此十分重视，立即下谕旨，命严禁溺女恶习。