顺治十六年（1659）三月十五日，清立明崇祯帝碑，碑文由大学士金之俊撰写。碑文总结了明思宗崇祯朝失政的原因，指出，崇祯帝之所以失天下，并非由于他的失德所致，而是朝野内外文武事权在握者无一实心办事之人；并告诫后世之臣要悚然知所警戒，后世之君要慎于用人。总之，国君以安民为政务之本，而安民又要以知人为本，这实为“万世之常经”，永远成为为君为臣的“宝镜”。

顺治十六年（1659）二月二十一日，平西王吴三桂及赵布泰、尚善等率清军与李定国部战于滇西磨盘山（今马龙县西北）。当时，李定国在清军穷追之下，连战皆败，决定在径隘菁深、屈曲仅容单骑之磨盘山上立栅数重，设立三道埋伏圈，企图乘清军不戒备之机鸣炮为号，首尾横突截击，可获全胜。布置停当，尾追的清军以为李定国早已远遁，一万二千人松松散散地爬上了磨盘山。忽然，明大理寺卿卢桂生向吴三桂投降，并报告了李定国设伏事，吴三桂于是下令清军急退，炮轰埋伏圈。双方短兵相接，激战了约六个小时，李定国损失兵马三分之二，被迫率部西撤，清军虽然获胜，十余名都统以下军官和上山之万余名兵士被歼灭，但从此不敢再穷追李定国和南明军。

顺治十六年闰三月，弘文院学士麻勒吉因徇庇大将军贝勒尚善纵兵扰民，被夺官。初，尚善领兵入滇，不遵顺治帝“勿得擅取民一草一木”之敕旨，纵兵扰民，戎车所至，狐兔不存，弄得民怨沸腾。经略洪承畴在赴云南视察后，于（1659）闰三月二十九日上疏顺治帝，指出，清兵入滇后，云南无处不遭兵火，无人不遇劫掠，百姓及其衣粮、财物、头畜俱被掳掠和抢尽，以致人无完衣，体无完肤，家无全口，抢天呼地而莫可控诉。而永昌一带更为悲惨，被杀死、拷烙死者堆满道路，周围数百里杳无人烟，人心惶惶，不知所措。顺治帝接到奏疏后，立即派麻勒吉等人携银往赈，并按查尚善罪状。但是，麻勒吉回京后百般为尚善辩解。顺治帝又派安亲王岳乐等复勘，证明洪承畴奏疏属实。顺治帝对此十分愤怒，罢免了麻勒吉的官职，同时命令释放清兵所掠之妇女、儿童。

顺治十七年（1660）二月二十九日，清廷以翻译之《三国志》（满文本）颁赐诸王以下、甲喇章京以上官，以使臣僚继承太宗皇太极的遗愿，讲求治国平天下之道。

顺治十七年（1660）四月十七日，清廷制定了迟报灾情处分条例。规定：凡各直省有灾，先以情形入告，夏灾限六月、秋灾限七月上报。州县官如逾半月以内者罚俸六个月，一个月以内者罚俸一年，一个月以外者降一级，两个月以外者降二级，三个月以外者革职。抚按道府官以州县报到之日为始，若有逾限，照例一体处分。

顺治十七年（1660）三月二十八日，礼部遵旨拟定王、贝勒、贝子、公等妻女封号：亲王、世子、郡王正室曰妃，贝勒、贝子、镇国公、镇国将军、辅国将军正室曰夫人，奉国将军正室曰淑人，奉恩将军正室曰恭人。亲王女和硕格格曰郡主，世子、郡王女多罗格格曰县主，贝勒女多罗格格曰郡君，贝子女固山格格曰县君，入八分镇国公、辅国公女曰乡君，未入八分镇国公、辅国公及镇国将军以下之女不授封，曰宗女。

顺治十七年（1660）三月十九日，清廷制定了八旗汉字官名：固山额真汉字称为都统，梅勒章京汉字称副都统，甲喇章京汉字称参领，牛录章京汉字称佐领，昂邦章京汉字称总管。

顺治十七年（1660）八月十九日，年仅二十二岁的董贵妃去世。董贵妃在顺治十三年十二月初六入宫后甚到顺治帝宠爱被封为皇贵妃，而使五位蒙古后妃受到冷遇。特别是顺治十四年（1657）十月初七日，董贵妃生下皇四子后，顺治帝特别欢快，竟不顾皇子排行之秩序，公然宣布皇四子为“朕第一子”，目的十分明显，就是把皇四子作为未来皇位的继承人，董贵妃必定成为皇太后。这就违背了力主以联姻作为加强满蒙政治纽带的孝庄太后的旨意，对满蒙贵族间的政治关系构成了威胁。于是，孝庄太后暗设毒局，必欲置董贵妃于死地而后快。皇四子生下不久，孝庄太后突然宣布“圣体违和”，养疴南苑，并谕诸后妃及百官视疾问安。董贵妃不敢悖旨，拖着虚弱身子前往南苑问安，并朝夕侍奉“废寝食”，经此折腾，她已“形销骨立”，加之皇四子早殇的沉重打击，很快染病不起，于顺治十七年八月十九日辞世。董贵妃病死的当天，顺治帝即传谕亲王以下、满汉四品官员以上，并公主、王妃等，俱于景运门外齐集哭临；自己则辍朝五日。二十一日，他宣布追封董贵妃为皇后，“以示褒崇”，二十六日行追封礼。

顺治十七年（1660）正月二十五日，清廷从礼科右给事中杨雍建奏请，严申结社订盟之禁。清初以来，江南之苏、松二府，浙江之杭、嘉、湖三府学人士子妄立社名，纠众盟誓，连名片往来也用同社同盟字样。礼科右给事中杨雍建为此上疏说，这种情况若任其发展下去，必将植党成风，要求予以严禁。本日，顺治帝谕令严禁结社订盟，并宣布：此后再有此等恶习，各该学臣即行革黜参奏；如学臣徇隐事发，一体治罪。

顺治十八年（1661）二月二十四日，清廷批准了礼部奏请，制定了会试南北中卷之例。清初，会试取士原分南北中卷，后因云贵等省战乱，将中卷并入南北卷内。云贵平定后，清廷仍将浙江、江西、福建、湖广、广东五省，及江宁、苏、松、常、镇、徽、宁、池、太、淮、扬十一府和广德州为南卷；直隶、山东、山西、河南、陕西四省和奉天等处为北卷；四川、广西、云南、贵州及庐、凤、安庆三府，徐、滁、和三州为中卷。其南北中卷中式额数，照赴试举人之数均派。