康熙元年（1662）清廷规定：照顺治五年定例，凡私自养马者处斩、籍没，邻佑及十家长杖流。康熙十六年（1677），清廷将直接为皇室管理马匹、车辆的机构改名为上驷院，隶属内务府。辖有京城十八马厩、大凌河牧场等。上驷院官员品位很高，待遇与内阁、军机处等大臣相等。养马之禁并不影响清统治者所需马匹，它们主要来源于进贡、调拨和挑选。康熙二十九年（1690），康熙帝批准兵部题：民间禁止养马，既不便于民，马也稀少，嗣后请废除养马之禁，听从民便。养马禁令至此废止。

康熙元年（1662）清廷下令：只准在南京、扬州、济宁、临清四地开设市场，买卖人参。康熙三年（1664），根据议政王大臣会议提议，谕向朝鲜国王移文，严禁朝鲜人民擅出界外采集人参等。康熙四年，清廷又严禁百姓私采人参。康熙四十八年（1709），康熙帝废除了由八旗贵族对生产及买卖人参的独占权，改归国家垄断经营，并派出军队采集人参，官营垄断生产，当时，国家除无偿占有上等人参一百斤、次等人参九百斤外，其余一律折合银两，由国家统一收购，价格则由国家强制规定，并极为低廉。清统治者经营人参的贸易数量并非很大，他们垄断人参生产的目的，主要是满足皇室自身的需求和消费，剩余部分才投放市场，但价格极其昂贵，清政府从中获取颇为可观的利润。

康熙元年（1662），清廷颁行用铜制成的“康熙通宝”钱，做为统一货币。因生产的铜量有限，故停止由工部差人办铜，一律改为各关差购买呈送。次年，吴三桂请求申办云南省铸钱局，同样颁给其“康熙通宝”钱的标准版式。

自康熙元年（1662）至康熙二十一年（1682），清廷同固守在台湾的郑经、郑克塽之间的和谈，计有十次。康熙帝亲政之前，凡三次，分别是康熙元年、康熙二年、康熙四年。清廷坚持剃发登岸，郑经则明确表示“台湾远在海外，非中国版图。先王（郑成功）在日，亦只欠剃发二字，若按照朝鲜事例则可。”“若欲削发登岸，虽死不允！”康熙八年（1669），康熙帝亲政，意在与郑氏重开议和。是年七月，派刑部侍郎明珠、兵部侍郎蔡毓荣前往福建，同总督、巡抚会商议和之法。随即兴化知府慕天颜、都督佥事季佺，各加卿衔，代表清廷，并持康熙帝的诏书到达台湾。郑经只接明珠信函而不肯受诏。双方各执己见，相持不下。郑经复派礼官叶亨、刑官柯平往泉州谈判。明珠表示：为他们题请“藩封，世守台湾。”柯平等仍坚持以朝鲜事例待之，不剃发，“称臣纳贡而已。”明珠劝道：既然称臣，不当异别服。叶亨等回劝郑经，郑氏坚不让步。此后，在康熙十六年（1677）三月与同年秋、康熙十七年（1678）八月和九月，康熙十八年（1679）九月的五次和谈中，由于当时形势的变幻、双方力量的消长等原因，清廷做出了重大让步，许以郑氏世守台湾、称臣纳贡、通商贸易；承认其如朝鲜例，不剃发，不易衣冠。清廷的主要代表大将军，康亲王杰书明确表示“代为请愿”。康熙则强调“郑经乃中国人”。然而，郑经在其要求得到完全满足时，又提出以海澄为往来公所。福建总督姚启圣拒绝说：“谁敢将版图封疆轻议作公所？”和议又废。康熙指示“郑经虽无降意，对其属下仍随时招抚。”郑军将士投诚者日众。康熙二十年（1681），康熙帝任命施琅为福建水师提督，决定兵进台湾。次年九月，郑经子郑克塽派遣官员，来到福建，请求按照朝鲜等外国例，称臣奉贡，奉清朝为正朔，受朝廷封爵，接诏削发过海，但在台湾者则“求免削发登岸”等。康熙帝传旨：郑氏不可与朝鲜等国相比，如果其诚心削发归顺，可以招抚，但须防其缓兵之计，施琅所部仍遵此前旨，勿失战机。终康熙一朝，清、郑议和虽然终归失败，但是，清军在康熙二十二年（1683）取得澎湖大捷后，最终以和平方式统一了台湾。

清代考核京官和外官的制度分别称京察、大计。康熙元年（1662）七月，康熙帝谕吏部：停止京察大计，内外大小官员均实行三年考满。具体办法是：外任者，责成当地督抚；内任者，责成分管各部的大学士、尚书等，必须誓公誓慎，开注事迹评语，移送部院，严加考察，甄别去留，以示奖惩。是月，复定三年考察制，凡三年考满，满汉三品京官以上者和各省督抚，均各“自陈”。其余官员立五等评语：一等称职者加一级，二等称职者纪录一次，办事平常者留任，才力不及者降一级调用，不称职者革职。如果添写评语官徇情不公，或明知僚属到期而不考，或地方盗案，钱粮未清者而冒称考满，或各官历俸已满回避不考者，部院、督抚及本官一并治罪。康熙二年（1663）二月，明确因实行三年考满法，凡一二等称职者即系举荐，停止各省总督、巡抚二年举荐一次例。康熙三年五月，针对考满中一、二等者甚多，强调以后考满，应将三年内某官所办之事，奉旨改正之事等诸方面，察明保奏。倘若考过一等二等之官，本非贤能，又不称职，一经发觉，应对其保之官一并治罪。十一月，定内外文武官考满例，为一等、二等、平常、办事不及、不称职者。各省汇齐具题，县官办事之功过也造册送部、部院之大学士、尚书、侍郎等官仍照例复考。康熙四年（1665）一月，山西道御史季振宜条陈考满之弊，如相互吹捧，行贿受贿，盘剥百姓，克扣兵饷，一人一疏，繁琐不堪等等。二月三日，清廷决定停止考满，以后各官升转照例论俸，部院官有不称职者题参，各省督抚则题参本省不称职之官，“自陈”一律停止。十月，又决定恢复京察制，自本年起，对官员考察的时间是每六年举行一次。但是，时过二年，清廷即决定于康熙六年（1667）举行京察、大计，并规定以后仍照旧例，大计三年一次，京察六年一次。

康熙元年（1662）五月，郑成功病逝。荷兰殖民主义者急欲乘此时机，蓄谋重占祖国宝岛台湾。逾月，荷兰东印度公司总督命商务专员博尔特为提督，率包括夹板船在内的十二艘船舰，统兵一千二百八十四名，载炮一百三十九门，从巴达维亚（雅加达）启锚进军。同年七月，博尔特的舰队到达闽江口，船上的旗帜写有“支援大清国”。同时，博尔特派员求见靖南王耿继茂、福建总督李率泰，表示愿为先锋，攻取金、厦二岛，但必有清军助其重占台湾为条件，致书中还表示：他们“对郑军以及一切清廷敌人的作战，有万全的准备。”同年九月，因清廷正在同郑经议和，故耿继茂在福州接见博尔特时，拒绝了荷兰人的请求。博尔特恼羞成怒，独自率舰队以海盗故技袭击郑经所部的部队，阴谋未能得逞。康熙二年（1663）底，博尔特野心不死，再次统兵舰到达福建闽安镇。清廷同意与其联合作战，于是，清、荷联军在金、厦打败了郑军，康熙帝传旨嘉奖荷兰有功官兵，并颁《奖励荷兰国敕命书》。但是，博尔特仍然没有达到荷兰殖民者入侵台湾的目的，就是和清政府正常贸易的权力，也因其心怀叵测几乎全部失掉。

康熙元年（1662）五月十一日，清廷命晋封吴三桂为平西亲王，并于六月三十日册封。吴三桂成为汉族官员中受封亲王爵位的第一人，并开启了清代汉族王爷封藩自专的先例。自此，吴三桂年俸八千两，仅次于皇子与和硕亲王，仪仗、朝会等均与二等爵位的多罗郡王并列；总管云贵，事权归一。康熙二年十一月，清廷又专此命贵州一切文武官员、兵民事务，具照云南例，著吴三桂管理。并特别写明“听平西王节制。”吴三桂成了总揽云贵两省军政大权的最高长官；不久，清廷批准他的请求，开办云南铸钱局，每年拨给其饷银九百万两。当时，属于他藩下的军队多至七万余名；明国公沐英的庄园被他全部圈占，建立王庄，广征各项赋税，鱼肉各族人民，借以扩充财势。同年，他迫不得已上交了平西大将军印，对清廷埋下了不满之心，而实际上，他已成为拥兵割据，并能与清中央政府分庭抗礼的一方之主。

康熙元年（1662）五月初七日，郑成功因病去世，终年三十九岁。郑成功收复了台湾以后，便以台湾为抗清复明的根据地，设置府县，建立行政机构。为促进台湾农业的发展，广召大陆居民到台垦荒屯田，派遣汉族中精于农事者到高山族聚集地，推广先进的农业技术，并给高山族人民铁犁及耕牛，发展了台湾的社会经济，由于他征战多年，在台的初创之期又操劳过度，以致积劳成疾。其间，其子郑经在据守厦门时与其弟乳通奸生子，他闻讯大怒，命金、厦诸将将郑经及其母董氏斩杀。诸将因他正在患病，未从。他更加愤恨。康熙元年（1662）五月，他又外感风寒，病势日重，但他仍强振余威，登上将台，手持望远镜，远望澎湖，是否有船只到来。文武百官入谒时，他依旧端坐床上，谈论国事。因此，许多官员不知其病。及至他病危时，都督洪秉诚调药送至床前，他将药投地，叹曰：自国家飘零以来，枕戈泣血，十有七年，进退无据，罪案日增，今又屏迹遐荒，遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目，天乎天乎！何使孤臣至于此极也！吾有何面目见先帝于地下。复顿足捶胸，双手抓面，大呼而逝。

康熙元年（1662），永历帝被害于云南昆明。永历帝即朱由榔，生于明天启三年（1623）十月。祖籍濠州钟离（安徽凤阳县东）。明神宗朱翊钧孙，明思宗朱由检堂弟。其父朱常赢，神宗第五子，封桂王。朱由榔是他的次子。顺治十六年（1659）朱由榔逃往缅甸后，缅方要求从臣以下不能带兵器，他下令依从，随从者锐减。同年五月，在缅甸金楼白象王的接待下，他迁居者梗，开始了倍受内外欺侮的流亡生活。顺治十七年，平西大将军、平西王吴三桂上疏清廷，强调唯因永历帝尚在，李定国等“蛊惑人心，窥我边防，患在门户。”题请率军入缅，根除后患。顺治帝决计进兵。顺治十八年，清军大举入缅。新任缅王莽猛白先是编造理由，杀害了永历帝的四十三名大臣、内监，而后，缅兵进入了永历君臣的住所，抢掠财物，从臣妻女与贵人、宫女纷纷自尽。余存者三百余人，无一不病，死者甚众，永历帝已完全陷入绝境。次年元月，他向在缅境旧晚坡驻兵的吴三桂致书，对吴极尽吹捧，并以崇祯帝待之甚厚为理由，希图唤起吴三桂的怜悯之心，苟且活命。吴三桂不为所动，于是，莽猛白于当月初三日将永历帝及春眷属骗出住地。次日，即将他们交入清营。清廷接到奏报，专此祭告顺治帝等，颁诏全国。极表庆贺，直到这时，永历帝还心存幻想，“吴某世受国恩，未必毒及我母子也。”然而，吴三桂则因惧生意外而假传圣旨，康熙元年（1662）四月八日，他命人用弓弦将永历帝及其子缢死于昆明城内篦子坡，后丛葬于昆明北门外，时年三十八岁。

康熙元年（1662），清廷接受了都察院左都御史魏裔介的谏言，停止加派练饷。顺治十八年（1661），清政府因滇、闽用兵和建造顺治帝的陵墓，财政十分困难。同年七月，议政王大臣会议提出并经皇帝旨准：加派练饷，一律照明代旧例起征。练饷是明末统治者强加给广大人民的一项沉重负担，是为当时的一大弊政。因此，这一消息传出后，人心惶惧，形势非常紧张。那时，魏裔介虽因遭到弹劾而补原官未久，但他对此事之弊深表关注。同年十二月，他在《计兵食以恤民力疏》中指出：近闻各地百姓，虽然凑足了此项饷银，“而人穷粮贱，剜肉医疮，其苦难之状，有难以笔舌形容者！”如果年年加派，稍遇灾荒，广大百姓势必大批的死亡流离，后果极为严重。他建议合计天下兵粮，如有足用，加派练饷“即应全部停止”。正所谓“为百姓，即为国家”。疏后两日，清廷即从其言，决定除本年已派外，自康熙元年起一律停止，命户部作速刑示，遍行晓谕，使小民咸知，魏裔介敢言时弊的行动赢得了当时人们的赞许，朝野上下，人心大悦。