顺治十三年（1656）正月初四日，顺治帝为吸取历代统治经验，命编《通鉴全书》，以巴哈纳等为总裁官、张长庚等为副总裁官；又因他即位后宣称要“以孝治天下”，大力提倡孝道，要人民遵奉，故命编《孝经衍义》，以冯铨为总裁官、冯溥等为编纂官。

顺治十三年（1656）二月二十一日，清廷为划一考绩典则，制定了部院满官考察条例。其中规定：凡部院满官，除有事故罪过外，三年俸满者，三品以上自行具疏，吏部分别议奏：四品以下官各衙门咨吏部分别议奏；四品以下由各衙门咨陈吏部，吏部会同都察院察议具奏。考察满官时，要分别开列出应加升者、有罪者及才能、不及、老疾等项。

顺治十三年（1656），清廷制定旗下官员死罪缓免例。其中规定：满洲、蒙古、汉官官员有祖、父、伯、叔、兄、弟阵亡，及本人出征负重伤者，均可免死罪一次；如罪不至死者折赎；凡强盗重犯者，不在缓免之例。

顺治十三年（1656）十二月十二日，清廷鉴于州县官吏在垦荒过程中时常以多报少，或隐匿不报，制定了州县官蒙隐田地罚俸的办法：十顷以下者罚俸三个月，三十顷以上者六个月，五十顷以上者九个月，八十顷以上者一年；至百顷者降一级调用。

顺治十三年（1656）七月初七日，清廷作出了在全国推行“辽阳招民事例”的决定。辽阳时属辽东地区，是满洲“龙兴之地”。先是由于清廷定鼎北京之后，满洲大批壮丁及其家口都跟随八旗官兵移驻京师，造成关外地区人烟稀少，土地大量荒芜，严重地损害了满洲的“根本”。为了迅速扭转这一局面，清廷积极鼓励辽阳地区文武官吏招民垦荒，并颁布了奖励条例：招民一百名者，文授知县，武授守备；百名以下、六十名以上者，文授州同、州判，武授千总；五十名以下者，文授县丞、主簿，武授把总。若数目之外多招徕者，每百名加一级。这就是“辽阳招民事例”。本年七月初七日，顺治帝为了加速垦荒工作的顺利进行，趁乾清宫修成，以“颁诏天下”的形式，宣布：各省屯田荒地，已行归并有司，即照三年起科事例，广行招垦，如有殷实人户能开至二千亩以上者，照辽阳招民事例，量为录用。凡是应招的官民，都可以任意耕种，每户给牛一只及犁具、谷种等。

顺治十三年（1656）三月初一日，李定国派部将靳统武率军迎南明永历帝入云南，奠都昆明，改云南府为滇都。这是明朝历史上最后一个都城。永历进封李定国为晋王、刘文秀为蜀王、白文选为巩国公。此时，明朝疆土只剩西南一隅之地，形势十分严峻：外受清朝大军压境的威胁，内有阉党马吉翔及靳统武等操纵朝政，永历日子很不好过。另外，由于永历到了昆明，使在贵州的孙可望失去了挟天子以令诸侯的机会，孙和李定国的矛盾更趋尖锐。孙可望失败后，跑到长沙，投降清朝后，呈献了云南地图，详细吐露了云南的军事机密。顺治十五年八月，清军三路进攻云南，李定国急忙由前线退守昆明，商讨避敌迁都的策略。永历小朝廷内人心惶惶，有人主张撄城固守，有人主张逃往四川，马吉翔等主张逃奔滇西，而李定国则主张退守滇南。争论的结果，决定退守滇西。次年初，永历政权狼狈西逃，李定国在磨盘山战役中遭致惨重失败，被迫退往中缅边界，永历帝也踉跄地进入了缅甸。

顺治十四年（1657）十月初七日，清廷为整顿赋役制度，防止不法官吏苛敛，命户部右侍郎王宏祚编写《赋役全书》，颁布天下。该书规定，以明万历年间的赋役额为标准，征收地丁钱粮；免除明末天启、崇祯年间繁重的加派。同时指出，对于过去未起解而今宜增、过去太冗杂而今宜裁撤的项目，都要细加清核，做到条贯井然；对于此后续增的地亩钱粮，各省督抚要按汇题造册报部，以凭稽核。《赋役全书》编成后，每个州县发两本，另立鱼鳞册（亦称丈量册），详细载明各地上中下田则；又立黄册（亦称户口册），每年记载各户人丁的增减。鱼鳞册和黄册，与《赋役全书》相表里。在征赋税时，采用明万历年间的一条鞭法，即以府、州、县一年中夏税、秋粮存留起运之额与均徭、里甲、土贡、雇募、加银之额，统通编为一条，总征而均支之。为防止地方官吏私派，清廷又向纳税户颁发“易知由单”即通知单。单内详细开列上中下田则及征收的本色、折色、杂项钱粮数目，并写明征收的总数。易知由单，每年在开征前的一个月，颁发给纳税户作为凭证，以防差错。除此外，还要发给纳税户“截票”（亦称“串票”，或二联印单）。“截票”开列出各户的地丁钱粮实数，“分为十限，月完一分，完成则截之”。清廷在“截票”票面中间，盖以“钤印”，官民各执其半。

顺治十四年（1657）十二月十五日，清廷部署进兵云贵事宜。当时，孙可望在发动对李定国的战争失败，投降清朝以后，清廷认为这是永历王朝内乱、人心未定的迹象，决定乘此有利时机，进兵云南。以吴三桂为平西大将军，命其同固山额真李国翰由四川前往贵州，相机进取云南；以固山额真赵布泰为征南将军，统本部及广西官兵，从广西进攻贵州；以宁南靖寇大将军、固山额真、宗室罗托同固山额真济席哈率所部及湖广官兵从湖南进攻贵州。不久，清廷又派多罗郡王多尼为安远靖寇大将军，同多罗平郡王罗可铎、多罗贝勒尚善等率军征讨云南，指令他们务必收取云南，“剿荡逆贼”。然而，李定国却只命白文选等扼守南北盘江。这种消极防御的策略，不仅使自己失去了出击的时机，而且又使清军赢得了从容进军的时光。清军经过充分准备，于年底分三路向云南进军，中路多尼部攻陷曲靖，北路吴三桂从间道包抄李定国的后路，南路赵布泰攻陷安隆。李定国全线俱溃，损失惨重。这样，昆明腹背受敌，处于被包围的不利形势之下。

顺治十四年（1657）十二月初四日，清廷制定了户部钱粮考成则例。其中规定：州县官欠七分者降职四级，欠八分者降职五级；布政使、知府、直隶州知州欠八分者降职四级，欠九分者降职五级。以上官吏俱戴罪督催，完日开复。

顺治年间，触犯清朝刑律的罪犯大多谪戍尚阳堡，并被拨给当地驻防旗人为奴，或充当苦差。顺治十四年（1657）清廷议定，凡卖钱经纪铺户、兴贩搀和私钱者流徙尚阳堡；顺治十七年顺治帝在一道谕旨中宣布，贪官赃至十两者，流徙幕北（大漠以北）地方；顺治十八年又规定，凡“反叛案”内应流人犯俱流徙宁古塔。尚阳堡在今辽宁开原县东四十里，一作上阳堡，满语称为台尼堪（“尼堪”是满人对汉人的称谓）。宁古塔在今黑龙江宁安县内，清初其地尚未开化，行人皆视为畏途。罪犯徙居尚阳堡，犹有屋宇可居，至者尚得活命；而徙居宁古塔的罪犯，有的走至半路即被虎狼所食，或饥人所啖，得生者甚少。