顺治十八年（1661）八月十三日，清廷下“迁界令”，福建、广东、江南、浙江四省滨海居民各向内地迁移三十里，“令下即日，挈妻负子载道路，处其居室，放火焚烧，片甲不留。”先是，海澄公、降将黄梧密陈灭郑成功之策：将沿海居民迁入内地，使郑氏无物资、人力之接济，将不攻自灭。后来，清廷遣兵部尚书苏纳海视察沿海，决定接受黄梧之策，于是颁布了“迁界令”。此时，四省沿海居民迁离海边三十里，有的则搬入离城二十里内居住，二十里外筑土墙为界，寸板不许下海，界外不许闲行，出界即以违旨论立斩。清兵还要不时巡界，一遇出界人登时斩首。结果，四省沿海居民谋生无策，丐食无门，卖身无所，死以万计，惨不忍睹。清廷为了缓和事态，又令四省督抚对迁入内地的居民酌给田地房屋，“使之得所”。

顺治十八年（1661）正月初二日，顺治帝染上天花，自知不久于人世，欲立次子福全为嗣，孝庄太后则坚持立玄烨为嗣。于是，顺治派人征求汤若望的意见，汤认为玄烨已出过天花，对这种可怕而又伤命的疾病有了终身免疫力，竭力支持孝庄太后。初六日，玄烨被立为皇太子，次日顺治去世，初九日玄烨即皇帝位，时年八岁。是日颁诏大赦，以第二年（1662）为康熙元年。

顺治十八年（1661）正月二十九日，清廷为划分内外各官开复之例，规定：嗣后凡内外大小文武官员因事降级而留任者，三年无过方准予题请开复；如三年之内又因过被降，即与后降之日为始，计满三年再题请开复。

顺治十八年（1661）正月初二日，顺治帝染上天花。初七日夜病死于养心殿。他在遗诏中正式宣布立时年八岁的玄烨为太子，即皇帝位。顺治帝死后，遗体被火化，骨灰葬于孝陵（今河北遵化东陵内），另根据封建礼仪，朝廷大臣在顺治去世后即议其庙号，结果大多数人的意见是称其为宗，唯有大司马梁清标提出应称世祖，并指出，虽然太祖努尔哈赤是清朝开国之君，但是顺治帝功劳很大，“入主中华，奄有万方，统一天下”，应该成为“世世所祖也”。于是，众位朝臣在讨论中接受了这一建议，乃定顺治帝庙号为世祖。

顺治十八年（1661）正月初六日，顺治帝自知病重将不久于人世，急忙召见亲信、礼部侍郎兼翰林院掌院学士王熙入养心殿，命他草撰诏书。王熙见此情景，匍匐饮泣，不能下笔。顺治帝命他抑制悲痛，在病榻前起草。王熙写完一条呈交之后，恐顺治帝过于劳累，于是奏准在乾清门下撰拟，凡三次进览，三蒙钦定完稿。遗诏除命三子玄烨即帝位，由四大臣辅政外，以十四事罪己。主要内容是：重用汉官，疏远满臣；不体察民艰，兴建殿宇；任用阉人，营私舞弊；贪图安逸，疏于理政，等等。

顺治十八年（1661）六月初三日，江南“奏销案”起。清初，江南赋役甚重，以苏州、松江等府为最；加之士绅“包揽，不无侵蚀”，往往旧赋未清而新赋已近，积欠常达数十万之多。清廷因战事频仍，财政窘急，严催征积欠之令。于是，江宁巡抚朱国治造册报部，皆列苏州、松江、常州、镇江四府和溧阳县绅钤之“抗粮”不交者一万三千五百余人，衙役人等二百五十四名，要求朝廷严提究拟。实际上，其中除确有官绅包揽侵蚀外，也有实欠未免者；有完而总书未经注销者；有实未欠粮而为他人影冒立户者；有本邑无欠而他邑为人冒欠者；有十分全完而总书以小怨反造十分全欠者，情形十分错综复杂。朱国治疏上，清廷批道：“绅钤抗粮，殊为可恶。”经刑部察议：现任官降二级调用，士绅黜革，衙役照章治罪。于是，四府一县之士绅被黜籍者达万余人，被逮者也有三千人，得免者无几，衣冠扫地，学校为之一空，有乡试方中而生员已革，有取中进士而举人已革。顺治十六年的进士第三名叶方霭，仅因欠银一厘即被降官，至民间有“探花不值一文钱”之谣。

顺治十八年（1661）春，庄廷鑨私著明史案发。庄廷鑨，浙江乌程（今湖州市）南浔镇人，出身一个巨富而知书的家庭。入清以后，庄廷鑨趁明天启朝大学士朱国桢一门败落之际，以银千两将朱国桢生前所撰明史稿本购得，并广聘名士，增补天启、崇祯两朝史事，辑成《明史辑略》，未及刻印而庄廷鑨就于顺治十二年病故。其父庄允城费时五年，于顺治十七年冬将书刻成，刊行于世。由于书中有诋毁贬斥清统治者的文字，如称清太祖为建州都督，直呼努尔哈赤；再如自天命至崇德皆不书其年号，相反于南明隆武、永历则大书特书等等，因而书刊行后，不断遭至恐嚇，索取钱财。时归安县知县吴之荣罢官居家，欲通过索诈而偿还八万两赃款以复官。于是，他指使前任浙江粮道李廷枢向湖州知府陈永命告发此事。不料，陈永命早已接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。庄允城也不向吴之荣行贿。这就使吴之荣恼羞成怒，乃将购得的初刊本呈交法司。清统治者得悉消息后，为压制一切公开的或潜在的反清行动或思想，遂兴大狱。凡刊刻、参校、藏书、售书者，以及失职之官吏，均株连治罪。此案直至康熙二年（1663）才最后了结。

顺治初年，清廷从京畿圈占的土地中，拿出一部分给皇室，于是出现了皇庄，也称官庄。据史载，当时共设官庄一百三十二所。每庄给田三百晌（每晌合六亩），庄头各给绳地（一绳为四十二亩）。官庄由内务府会计司管理，故又称为内务府官庄。后来，又以近畿土地不足，“展边开垦”，在盛京（今沈阳）等寺设置八旗庄田。顺治十八年（1661），清廷在盛京丈出地亩三十二万九千余顷，以其中的二十七万六千余顷为旗地。官庄按生产种类，又分为粮庄、豆秸庄、稻庄、菜园、瓜园、果园、蜜户、苇户、棉靛户等等。各庄均有庄头，役使数量不等的壮丁，生产出来的粮、草、菜蔬、家禽等，供皇室衣食服用，或折成银两，交内务府会计司。

自康熙元年（1662）至康熙三年（1664），据管理福建安辑投诚的官员贲岱疏报：郑氏部众共投诚文武官三千九百八十五名，食粮兵四万零九百六十二名，归农官弁兵民六万四千三百三十名，眷属人役六万三千余名，大小船只九百余艘。其中，有郑经亲属郑缵绪、忠明伯周全斌、威远将军翁求多、永安候黄廷、副统领何义等文武要员。

康熙元年（1662），张志聪因病去世。张志聪，字隐庵，浙江钱塘人。明代末年，他继承杭州庐之颐医道，筑侣山堂，与志同道合者讨论医学。注有《素问》、《灵枢》二经，集诸家之说，其学问之高，世人公认。此后，又注有《伤寒论》、《金匮要略》。他对《伤寒论》致力最深，历时二十年，几易其稿，始成书，达到了使后学者“取之有本、用之无穷”的目的，颇得治医学者称赞。张志聪在医学方面的著述，还有《侣山堂类辨》、《针灸秘传》等。