顺治十二年（1655）十月十八日，顺治帝以漕运至为重务，常拖欠稽迟，谕令户部：以后除漕运总督外，各省督抚亦当分任责成。除湖广漕粮暂留充饷外，江南、江北、浙江、江西等处，命该督抚督率所属各粮道及州县卫所等官恪遵漕规，冬兑春开，依限到淮；河南、山东督抚应督率所属征兑开行，察催北上。后又议定：各省漕粮征收限十月分内，兑运限十一月分内；过淮、江北限十二月分内，江南、江宁、苏、松等处限正月，江西、浙江限二月；不过淮之山东、河南限正月尽数开行。督抚、粮道、监兑官计违限一至三月以上者，各降罚有差。

顺治十二年（1655）九月二十五日，顺治帝颁赐异姓公以下、文官三品以上“御制”之《资政要览》、《范行恒言》、《劝善要言》、《儆心录》各一部。其目的就是要汉族官僚做忠于清朝的忠臣孝子、贤人廉吏。

顺治十二年（1655）七月初十日，清廷制定了恤刑条例：凡恤刑官审录罪囚，有死罪可矜疑及事无佐证可结者，具奏处置；流徙以下罪，减等发落；笞罪赦免；赃犯侵盗官银五十两、粮一百石以上者仍监追，如应还官银不及五十两，并入官给主百两以上，监追至五年，或正犯身故、逮及子孙，勘无家产者，奏请豁免。后又规定：每遇恤刑之年，内外一体停决。

顺治十二年（1655）六月初二日，清廷制定了赐恤外藩蒙古王公例：亲王去世，赐牛一头，羊八只，酒九瓶，纸一万张；郡王以下各有差。

顺治十二年（1655）十一月初五日，顺治帝下令将纳贿行私之巡按顾仁处斩。先是七月初九日，顺治帝派顾仁等巡视各地，临行前告诫他们说，作为皇帝耳目之官，出而代巡，一定要真心勤瘁，洁己率属；如果以为君门万里，任意行私，贪赃坏法，即使铢两之微，必诛无赦。然而时过三月，吏部书吏章冕叩刎颈叩阍，讦告巡按顾仁悖旨婪赃、陷害无辜。顺治帝对此案重视。为查明章冕所告是否起初，即命将顾仁押解来京，由他亲自会同内大臣严加审理。结果查明：顾仁悖旨藐法，滥收用旧时蠹役六人，又欲向章冕索取贿赂，不遂所欲，即枉法责治，远发真定府，企图将其毙命灭口；刑部司官贺绳烈也居间行贿，为虎作伥。这使顺治帝极为震怒，将顾仁处斩、贺绳烈处绞，同时还将推荐顾仁的王尔禄、王永吉、曹溶等分别降调。十一月二十九日，顺治帝又将顾仁案通报全国，警告巡方各御史，倘有似此违法受贿犯赃者，即行正法，决不宽宥。

顺治十二年（1655）六月初十日，清廷命名宫禁为紫禁城，后山为景山，西华门外台为瀛台。

顺治十二年（1655）五月初八日，叔和硕郑亲王济尔哈朗病逝，终年五十七岁。顺治帝亲政后，济尔哈朗是唯一在世的清朝开国宗室元勋，虽被削夺了政治权力，依然拥有很高的地位，非常关心清朝的一统大业。顺治十二年五月初，他病危时，顺治帝亲往探视，当被问及遗嘱时，回答说：自己身受太祖、太宗和顺治三朝厚恩，以攻取云贵、殄灭永历、统一四海为念。济尔哈朗死后，葬于北京西直门外白石桥，立碑纪功，谥曰献。

顺治十二年（1655）二月二十日，喀尔喀大喇嘛泽卜尊丹巴胡土克图（又译作哲布尊丹巴呼图克图）遣使赍表文到京，向顺治帝敬献佛像、马匹和貂皮等物，与清通好。泽卜尊丹巴胡土克图，名札那巴札尔，顺治初年得到五世达赖喇嘛和四世班禅额尔德尼的支持，在喀尔喀蒙古地区传播黄教，成为该地区的政教领袖。他与清通好后，清在喀尔喀设置土谢图汗、车臣汗、丹津喇嘛、墨尔根诺颜、毕席勒尔图法、鲁卡藏诺颜、车臣济农、坤都伦陀音八札萨克，定例每年各进贡白驼一、白马八，谓之“九白年贡”，清廷赏每札萨克银茶筒一、重三十两，银盆一，缎三十匹，青布七十匹。这就促进了清朝和蒙古地区的联系，也加强了中央政府对蒙古地区的统治。

顺治十二年（1655）二月初七日，和硕亲王济尔哈朗上疏顺治帝，要求他效法古制，设立起居注官，置诸左右，使之一一记载皇帝言行，“以垂宪万世，传之无穷”，获得了顺治帝赞许。这是有清一代设立起居注官的开始。

顺治十三年（1656），毛晋校刻的《十七史》成书。毛晋，字子晋，号潜在，明末清初著名的藏书家和刻书家。入清以后，毛晋汲古阁藏书达八万四千册，雄踞江南。他利用这一有利条件，积极组织力量刻印《十七史》。汲古阁楼下两廊前后住满了刻印工匠，规模在海内刻书作坊中首屈一指。印书所用的纸，毛晋特地派人到江西定造，厚的称作“毛边”，薄的称作“毛太”（这些纸名以后仍被沿用而不废）。他在清兵南下，乡里遭劫及动荡不安的形势下，不改初衷，拖着有病之躯，率领子孙、工匠不问寒暑，夜以继日地辛勤工作。顺治十三年，《十七史》终于校刻完成。后人评论说，该书之刻“功于史学伟矣！”