康熙十年（1671）二月二十六日，康熙帝命纂修《孝经衍义》，授翰林院掌院学士熊赐履为总裁官。康熙二十八年（1689），该书由礼部右侍郎张英等编纂完成。康熙帝阅后甚感满意，命颁发群臣，复命刑刻印行。

康熙十年（1671），清政府为鼓励垦荒，规定垦田二十顷以上者，试其文义，通者授县丞，不通者授百总；垦田一百顷以上者，照例授知县、守备之职。因官员谎报垦荒数目，致使百姓被迫赔累者，准予勘明后害免。

康熙十年（1671）三月二十六日，江宁巡抚马祜疏言：江南的苏州、松江、常州三府和浙江的杭州、嘉兴、湖州三府，其河水均由济家河口、吴淞江口入海，现年久淤塞，以致去年湖水泛滥成灾，请敕工部，传檄总督、巡抚迅速建闸开浚。逾月，江南江西总督麻勒吉等人就此问题具体提出：请以以上六府漕米折银十四万两，留充河工经费，即均摊六府所属之地，分年按亩征还。户部议准。康熙帝下旨：这些府县本已受灾，又令多派征还，苦累百姓，免除派征之议，余如所请。次年，这项工程全部完工。

康熙十年（1671），京口将军李显贵勾结镇江知府刘元辅，违例折扣兵丁草料。浮算库银，贪赃枉法。是年七月初，刑部等衙门会审此案时提出：李显贵、刘元辅俱应照例斩监候，但刘元辅父刘泽溥曾在山西阵亡，故应免其死，枷号鞭责。康熙帝颁旨：李、刘二人身为封疆大臣，大负委任，罪行重大。刘虽有其父死难之功，但“婪赃坏法”，均应斩首，秋后处决；总督麻勒吉、副都统张元勋、张所养各削所加一级，革去部份世职，仍留原任。

康熙十年（1671）正月，靖南王耿继茂旧疾日剧。此前，他曾于顺治八年（1651）继嗣为王。顺治十七年（1660），移镇福建，为清初汉官中四大藩王之一。耿精忠是其长子。因此，他于病重之时疏请由耿精忠管理该藩军务，得到康熙帝批准。五月初四日，耿继茂病逝。七月，耿精忠承袭王爵，仍镇守福建。

康熙十一年（1672），比利时天主教士南怀仁正奉命编制历法，杨燝南却作《真历言》一书，讥讽钦天监历。于是，南怀仁于该年八月疏参杨燝南。康熙帝命大学士图海等三人，学士哈占等六人及九卿科道会同验证。他强调“历法乃国家要务，关系非轻”，“朕于内外，总无异视。”命他们勿执偏见，谁是谁非，在验证后定论。务必使历法永行无弊。结果，以杨燝南不谙飞灰候气法，无从验证入奏。杨燝南被送交刑部议罪。

康熙十二年（1673）八月，康熙帝命礼部左侍郎折尔肯、翰林院学士兼礼部侍郎傅达礼等前往云南、会同平西王吴三桂及总督、巡抚等，议商布置官兵防地，管理该藩撤兵起行等事。但是，当折尔肯等到达云南后，吴三桂则谎称于是年十一月二十四日起行，而实际上，他则与其部下、都统吴应麟、吴国贵、副都统高得捷，其婿夏国相、胡国柱等密谋叛清。同时，他又安排亲信党羽，严守关隘，对过往人等，只准进，不许出。同月二十一日，他公开亮出反叛旗帜，胁迫云南巡抚朱国治同叛，朱国治因拒绝而当即被杀。云南提督张国柱、贵州提督李云深等将领均从其叛。吴三桂自称天下都招讨兵马大元帅，建国号周，以次年为周王昭武元年，铸钱曰“利用通宝”。扣留折尔肯等大臣。命其部属一律剪辫蓄发，改换汉装，并亲自祭奠被他杀死的南明永历帝。军队旗色皆白，步骑则以白毡为帽。封冯苏为布政使、彭化南为云南知府、张国柱与马宝为公爵、王屏藩同李本深等人为将军。复命马宝等将率大军自贵州向湖广进兵，王屏藩等则统领叛军由四川伺攻陕西。未久，吴三桂又致书平南王尚喜、靖南王耿精忠以及贵州、湖南、湖北、陕西、四川等省的熟识将吏，同举叛旗。十二月，吴三桂统兵东行，进驻贵州。马宝所部前军兵临贵阳，巡抚曹申吉出降。贵州总督甘文焜知情势骤变，匆忙领十余人乘马逃出贵阳，及至镇远，清军守将已降叛军，甘文焜自尽身亡。是年，吴三桂率叛军攻进湖南，迅速占领了沅州、常德、衡州、长沙、岳州等地。清军极少准备，节节败退。吴三桂所向无敌，举国震动。

康熙十二年（1673），康熙帝下令撤藩，将吴三桂、耿精忠、尚可喜三藩撤除，将其军权、财政权及用人权收归中央，结束其各拥重兵，自雄一方，尾大不掉的局面。清廷撤藩令下达后，吴三桂即密谋叛清。十一月二十一日，他杀了云南巡抚朱国治，以所部兵力起兵反叛清廷，亮出反叛大旗，吴三桂自称天下都招讨兵马大元帅，建国号周，以次年为周王昭武元年，铸钱"利用通宝"，命部属剪辫蓄发，改换汉装，亲自祭奠被他杀死的南明永历帝。军队旗色皆白，步骑皆以白毡为帽。吴三桂起兵初期兵势极盛，连克大城，清军则因准备不足而节节败退。在这种形势下，康熙十三年（1674）三月，靖南王耿精忠叛于福州，康熙十五年（1676）二月，平南王尚可喜之子尚之信叛于广州，至此，三藩之乱业之形成，战火遍及半个中国，一直到康熙二十年（1681），三藩之乱才告平息。

康熙十二年（1673），杨起隆假借崇祯皇帝三太子之名在京师起义。康熙十二年（1673）年底，吴三桂在南方起兵反叛清朝，京师气氛非常紧张。杨起隆决定乘机在京师起事。他自称朱三太子，建年号“广德”，起义军称“中兴官兵”。但起义前事情泄露，起义军被清军镇压，杨起隆乘机逃走。康熙帝闻知此事，下谕严查此事，捕杀了李株等200余人，京师惶恐，百姓纷纷准备逃往西山。为了安定时局，安抚民心，全力平定吴三桂叛乱，康熙帝接连颁布"抚安百姓"谕，又命令将被捕的起义者凌迟处斩，赦免其家属。这之后，又有人冒名杨起隆秘密抗清还有杨起隆的旧部下公开扯义旗举事，不过都被清廷镇压、杀害。

郑经于康熙十三年（1674）参加三藩之乱，将台湾政务与副制使陈永华。陈永华胸有韬略，为政廉洁，严于执法，百姓安居。然而，郑经诸弟却恃势骄横，抢夺民田，欺压良善。陈永华屡禁不止，遂以郑经长子郑克（藏土）年已十六，聪明果断，宜行“君行则守”之典，请其监国。郑经准陈永华所请，并于康熙十八年（1679）四月初六日遣礼官郑斌携谕抵台湾，同陈永华共立郑克（藏土）监国，号曰“监国世孙”。