顺治二年（1645），清廷下诏纂修《明史》，以内三院大学士洪承畴、冯铨、范文程、刚林等为总裁官，以学士詹霸、宁完我等为副总裁官，并选取纂修、收掌及满、汉字誊录等官。但是，当时明朝灭亡不久，档案史料散失极多，实录也很不全，明熹宗天启实录就是缺天启四年纪事，天启七年六月及崇祯一朝事迹俱缺。这就给纂修《明史》带来很大困难。为此，大学士刚林在顺治八年二月向清廷提出建议，以重金购求天启、崇祯实录以及邸报、野史、外传等书籍。但由于当时清廷忙于进行统一全国的战争，无暇顾及此事。修史的条件既不成熟，自然也就无成绩可言了。

顺治二年（1645）七月二十四日，清廷准户部奏，于西陲招商市茶，给予勘合，以易“番”马，“酌量价值，两得其平，无失柔远之义”。上年曾定茶马交易条例，每茶一篦重十斤，上马给茶篦十二，中马给九，下马给七。本年起，年差御史辖五茶马司，通接“西番”关隘处所，拨官军巡守，如有私茶出境，即捉拿赴官治罪。

顺治二年（1645）闰六月初七日，南明礼部尚书黄道周、南安伯郑芝龙奉明太祖九世孙、唐王朱聿键监国于福州。二十七日，朱聿键在福州称帝，改福州为天兴府，建元隆武（隆武有光武中兴之义）。封黄道周为吏部尚书兼武英殿大学士；郑芝龙为平虏候，主持军事。这是南京失陷后，南明建立的第二个政权。八月，隆武朝廷君臣议战守，决定把浙闽交界的仙霞岭作为防线，以兵十五万人把守，制止清军南下；招兵买马，编练行伍，准备明春进兵，收复失地，实现中兴。但是，隆武王朝一开始内部纷争十分激烈，郑芝龙一派和黄道周一派互相倾轧，势如水火。尤其是郑芝龙，他之所以拥立隆武帝，是要打着隆武的旗号，政治上扩张势力，经济上保持和扩大自己的巨大财产，并寻机出卖隆武帝，以投降清朝，换取更大的荣华富贵。因此，郑芝龙把持的隆武王朝和弘光小朝廷一样一事不作，一矢不发，拥兵不战。顺治三年八月，郑芝龙按照与降将、清军五省经略洪承畴所订密约，尽撤仙霞岭防线的兵力。八月十七日，清军从容进入福建。隆武帝于二十一日逃到汀州（今长汀县），二十八日被俘获，并被押回福州斩首。隆武王朝至此复灭。

顺治二年（1645）六月初一日，吴江进士吴日生和举人孙兆奎等人，听到清兵南下的消息，聚集一千多人，屯兵在太湖边上的长白荡，准备截击清兵。太湖和洞庭湖上的各路义军也纷起响应，一时声势浩大。他们用白布裹头，被称为“白头军”。接着，吴日生就率领“白头军”攻进吴江县城，杀掉降清的知县朱国佐，还与驻吴淞的明总兵吴志葵取得联系，准备共同收复苏州。但由于吴志葵不积极支援，攻打苏州的战斗失败了。清廷听到吴江失守的消息，连忙调集军队前来围剿。吴日生指挥千余只渔船，半路截击，把清军打得落花流水。清廷不甘失败，再派降将李成栋和松江提督吴胜兆层层围剿，吴日生寡不敌众，泅水潜逃。不久，他又回到长白荡，重新整编军队，制旗铸印，设官分职，阵营为之一新，并从长白荡到淀山湖建立了许多白头军抗清的根据地。次年六月，正当白头军准备攻打嘉善时，吴日生由于误中了清知县刘肃之的诈降计，被捕并解至杭州处死。

顺治二年（1645）六月二十四日，清江阴知县方亨到任，限军民三日内剃发，否则格杀毋论，引起了全城军民的公愤。闰六月初一日，城北人民首先举起义旗，立刻得到成千上万人的齐声响应。他们振臂高呼：“头可断，发决不可薙！”杀死方亨，举主薄陈明遇为首领，发动抗清斗争。面对潮水般涌来的清军，陈明遇又推荐有军事组织才能的前任典史闫应元统率军务，全权指挥守城。在闫、陈的指挥下，城乡十余万军民，团结一致，修缮城池，筹备军粮、火器和弹药。在八十天的战斗中，江阴人民不仅拒绝了降清的南明将领刘良佐的多次诱降，还打败了清军无数次的猖狂进攻，使众多的清兵战慄无人色，“无不以生归为祝”，清廷三个王爷、十八员战将被打死。清军在江阴军民的顽强抵抗下，始终攻不破城池。最后，调集大炮，疯狂地向城池连续轰击，八月二十一日，终于攻破江阴城。闫应元、陈明遇和十余万军民在街巷中同清军肉搏，最后壮烈牺牲。

顺治二年（1645）四月二十四日，清廷明令各省“俱除匠籍为民”，免征“京班匠价”。官府手工业及官府需用的匠役，均改为雇募制，实行计工给值。这就使手工业者从世袭的匠籍制下解放出来，获得比较自由的身份地位，从而提高了手工业者的劳动积极性，促进了清初手工业的发展。

顺治二年（1645）七月，御史吴达首劾大学士冯铨，拉开了汉官交章弹劾冯铨的序幕。冯铨，字振鹭，又字伯衡，号鹿庵，顺天涿州（今河北省涿州市）人。明万历时期，他官至查禁院检讨，天启时投靠阉党魏忠贤，成为其党羽中的头面人物。清初，冯铨受到摄政王多尔衮的恩宠和重用，因而也就引起了一些反对阉党的汉官不满。御史吴达在弹劾书中含沙射影地称冯铨是“贪墨败类”，应予废黜。一个月后，弹劾冯铨事进一步扩大。给事中许作梅等三人、御史王守履等六人，交章弹劾冯铨系魏忠贤党羽，仕清后揽权纳贿，应将其斩首。御史李森先言词最为激烈。他一方面把明亡之因与冯铨的历史紧密相连，另一方面又指出了刑部对冯铨之罪不敢问的原因，并表示对此类奸相误国深感忧虑，要多尔衮立彰大法，戮冯铨于市，颁告其罪于天下。显然，此次弹劾大有明末党争再现之势。多尔衮对此极为重视，亲自于重华殿审理。当时刑部大臣启奏汉官所劾不实，俱应反坐。当多尔衮面质时，冯铨仰仗多尔衮恩宠，逐条反驳。多尔衮也认为冯铨剃发在先，遵法勤职，功不可没，同时他又出于憎恨臣下结党，偏袒冯铨，严厉斥责了各汉官。廷讯结果，汉官所劾诸事“俱无实迹”，“前朝旧事不当追论”。事过几日，弹劾冯铨的各汉官不是被夺官，就是降调。冯铨在这场风波过后，更为多尔衮所宠信。

顺治二年（1645）六月二十五日，摄政王多尔衮下令，改南京为江南省，应天府为江宁府。

顺治二年（1645），随着清军南下，湖广和安徽一些地区的农民军及明宗室、官吏等纷纷起兵抗清。湖广进士周损、王光淑等在蕲水和麻城，建立了蕲黄四十八砦，与安徽英霍山一带的农民军联合起来，以明宗室石城王朱统为最高首领。之后，他们率师东进，与江北打着史可法旗号的义师并肩作战，连克句容、高淳、太平等县，一度进逼南京。顺治七年二月，又率军与清兵激战于潜山、太湖间，兵败后被俘，解往南京处死，这支部队也几乎被消灭。

顺治二年（1645），当清兵南下的风声越来越紧时，宁波知府朱之葵准备剃发降清。消息传到城内六个穷秀才、平时爱议论时局并对地主豪绅们不满的董志宁、王家勤、毛聚奎、华夏和张梦锡（时又称为“六狂生”）的耳朵里，使他们义愤填膺，就想铲除朱之葵，起兵抗清。于是，他们用言语激励城内的一位开明绅士钱肃乐，使其打消了效法刘宗周绝食殉难的念头，积极组织抗清队伍。五月十二日，钱肃乐和“六狂生”在宁波城隍庙的广场上聚集了数千人，大家一致决定保守城池、抗击清兵，并公推钱肃乐为首领，知府朱之葵吓得仓皇溜掉。不久，应钱肃乐之请，定海总兵王之仁来到宁波，即与钱肃乐和“六狂生”议定了划江而守、抗击清兵的计划。