康熙三十八年（1699）十二月，雷琼道成泰慎、游击詹伯豸等扰害黎族百姓，勒索花梨、沉香等物，致使黎族王镇邦等攻犯宝停等营，被逼起事。康熙三十九年十二月初二日，广东广西总督石琳、提督殷化行分别向康熙帝疏报此事，康熙帝颁发谕旨，命礼部侍郎凯音布、内阁学士邵穆布前往察审。十九日，刑科给事中汤右曾以琼州官员婪索起衅，疏劾总督石琳、巡抚肖永藻、提督殷化行，平时毫无察觉，事件发生一年后始行题报，是徇庇容奸，希图欺隐。康熙四十年八月十七日，石琳、肖永藻各降二级，殷化行降一级，原任琼州总兵官、现任汉军副都统康兴尧革职。

康熙三十九年（1700）五月，苏州踹匠罢工示威。这次斗争的起因，是由于短头（踹布业主）克扣工钱。结果，踹匠首领之令一出，千百踹匠随从，成群结队，抄打竟无虚日，以致包头吓得躲了起来，各什么地方也束手无策，没有人敢动工开踹，变乱形势，比以前任何一年都厉害。商民受困，将近一年。苏州是棉织业和丝织业的中心，在织布的染色工序上，需要众多的匠人，脚踹巨石，将染色布匹整压光结。踹匠多为精壮的青年工人，生活贫困，但他们相互团结，富于斗争性。在此之前，从康熙朝初年开始，苏州踹匠就多次发动反抗斗争。有一年，踹匠领袖窦桂甫因年荒米贵，发传单约会踹匠停工，要求增加工银。布商呈请官府弹压，窦桂甫被决杖驱逐。康熙三十一年（1692），又罗贵、张尔惠等领导踹匠，要求增加工资，捣毁官府告示，聚众殴抢货物。清政府出面干预后，许多踹匠被枷责，罗贵等十六人逃生。结案后，七十六家布商将官府命令刻立石碑，踹布工价，仍定为每匹一分一厘。康熙三十九年苏州踹匠罢工示威后，清政府为了加强对踹匠的管理，防患于未然，规定：嗣后苏州踹匠，要听众长洲县、吴县典史协同城守营委员督率包头约束，平日申明条教所开，察其行藏，不许夜间行走生事，以及酗酒赌博。包头要负责盘查踹匠来历，设立循环簿。尽管官府管束很严，直到康熙朝末年，苏州踹匠的斗争仍很活跃。

康熙三十九年（1700）三月初三日，清政府查明陕西官员贪污赈银一案，并对有关官员进行了处理。先是，陕西咸阳百姓张拱等叩阍，呈告康熙三十二年原任巡抚布喀等，以百姓缺乏种子不能耕种，应给银两购买，而官吏侵蚀并不发给。接着，布喀呈告川陕总督吴赫，于借百姓种子银中侵蚀四十余万两。康熙帝派遣刑部尚书傅塔腊、江南江西总督张鹏翮前往查审，并将吴赫解任审讯。案发后至今已经两年，直至康熙三十九年三月初三日，才查明当时种子银共计五十余万两，发给民间共三十九万余两，原同州同知蔺佳选、蒲城知县王宗旦、朝邑知县姚士塾、华州知州建中均侵扣用银与五十万两之数相符，布喀所告不属实。于是，清政府决定，将蔺佳选、王宗旦处斩监候，姚士塾、王建中已病故免议，侵扣银追还；吴赫于另案议罪革职，其他有关官员也分别给予处分。康熙帝对官员清廉问题十分重视，此后不久，他曾对大学士等人说：自古帝王用人行政，皆赖大臣荐举贤良。但是，大臣荐举有时也会有看不准之处，有的开始贤良而后又发生了变化。从今以后，朕只看居官操守是否清廉为主要根据，决定他的提拔与黜免。

康熙三十九（1700）二月，著名的“河西四将”之一孙思克病逝，年仅四十二岁。孙思克，辽东广宁卫（今辽宁北镇）人，隶汉军正白旗。他初为王府护卫，后授佐领、参领等职，又任甘肃总兵、凉州提督等官，在镇守河西地区中做出了贡献。他出任甘肃总兵官时，厄鲁特蒙古一些部落不顾地方官府劝阻，进至凉州（今武威）西南边的大草滩一带放牧，还扬言率大兵掠夺凉州一带。孙思克一面主动与厄鲁特蒙古各部首领联系，明罚定法以彰信用，讲修敦睦以市恩惠，开诚布公以结诚心，向灾恤患以修邻好；一面又安不忘危，整顿营伍，训练士卒，经过多年努力，终于使当地民族矛盾有所缓和，边防巩固，社会安宁。在平定噶尔丹叛乱期间，一次，孙思克率领七千绿旗兵和三千八旗兵分批从宁夏出发，沿黄河北上。在穿越大沙漠时，因水草奇缺，气候恶劣，人困马倒，行军缓慢。孙思克当即决定，他率领四千精兵先行，其余留在当地看护军粮。结果，全军不仅摆脱了困境，而且在追歼噶尔丹的作战中发挥了良好作用。大军凯旋时，康熙帝特别派遣侍卫远道欢迎他，还赐御笔诗扇一把，诗中写道：“天讨恭行日，军威战捷时。列营张犄角，扼吭有偏师。立见究追尽，能承节制奇。鹰扬资远略，宿望在西陲。”康熙帝召见他时，命他坐在御榻右侧，又赐御书“雄镇秦关”绫匾，以表他镇守河西三十余年的功劳。

康熙四十年（1701）五月三十日，康熙帝巡视塞外，胤礽等皇子九人随行。元月初八日，康熙帝至西巴尔台，见兴安境内喀尔喀蒙古各旗非常贫困，命各借马匹。各台吉内，凡无马者给牝马十，有马者亦补足十匹，令其蓄养蕃息，八年后将原马归还牧场。六月，康熙帝在塞外巡视途中，喀尔喀、四子部落、阿霸垓部、苏尼特部、翁牛特部、奈曼部、扎鲁特部、鄂尔多斯部、吴喇特部、科尔沁部、蒿齐忒部、喀喇沁部等各和硕亲王、郡王、贝勒、公、台进等，分别来朝见，各赐袍挂、缎匹、银两等物。七月初二日，领侍卫内大臣、公费扬古随康熙帝巡视塞外，于途中病重，康熙帝命停留一日，亲往探视，赐御帐、鞍马、蟒缎以及银五千两，遣内大臣、侍卫等护送返京。初三日，康熙帝抵乌兰布通。七月，康熙帝巡视途中，各蒙古部落亲王、郡王、贝勒、贝子、公、台吉等分别前来朝见，各赐银物不等。八月初三日，康熙帝驻桂勒尔毕喇地方，盛京将军贝子苏努、宁古塔将军杨福、黑龙江将军沙纳海、索伦总管觉罗阿图等率属下官兵朝见。初十日，康熙帝至索岳尔济山，见山势崇隆，是名胜地区，谕令此山今后禁止行围。九月二十一日，康熙帝回至京城。在康熙帝巡视塞外期间，九月初一日，费扬古病逝，给予祭葬。谥号襄壮。十七日，和硕简亲王雅布于随同出巡途中逝世，康熙帝命领侍卫内大臣公福善等护丧回京，赐银四千两，给予祭葬，谥号修。

康熙四十年（1701）五月二十二日，清政府从御史张瑗疏言，将京城西山碧云寺后明太监魏忠贤墓及碑二座扑毁。魏忠贤，河间肃宁（今属河北）人。万历时入宫。泰昌元年（1620）熹宗即位，他被任为司礼秉笔太监，后又兼掌东厂。他勾结熹宗乳母客氏，专断国政。天启五年（1625）兴大狱，杀东林党人杨涟等。自称九千岁，下有五虎、五彪、十狗等名目，从内阁六部到地方督抚，他都有私党，致使明朝政治更加腐败。崇祯帝即位后，他被黜职，安置凤阳，不久又命逮治，在途中畏罪自缢。

康熙四十一年（1702）夏，史学家万斯同逝世，终年六十五岁。万斯同，字季野，浙江鄞县人，从学黄宗羲，博通诸史。康熙十七年，荐博学鸿儒，推辞不就；康熙十八年徐元文监修明史，欲荐入史馆，又力辞不行。三十二年，王鸿绪任修明史总督，延请万斯同至家中，委以编纂整备。明史最后刊定，即以王鸿绪稿本为基础进行增删，而王鸿绪稿大半由万斯同撰写。万斯同精熟史书，淡于名利，奖掖后进，朝野上下均呼他为万先生。万斯同著有《历代史表》、《历代宰辅汇考》、《宋季忠义录》、《石园诗文集》。

康熙四十一年（1702）九月二十三日，湖广镇筸生员李半等叩阁，称镇筸苗民肆行杀掳，地方官不究于报。不久，给事中宋骏业疏劾湖广总督郭琇、巡抚金玺、提督林本直、总兵官雷如等；平时不能严饬属员加意抚辑，事发生后又不即时奏请剿抚，视民为儿戏，置封疆于度外，应予罢斥。康熙四十二年四月，吏部左侍郎傅继祖、工部右侍郎甘国枢奉旨查明，苗民抢掠，地方官隐匿不报属实，将郭琇、林本直革职，金玺降四级调用，雷如革职留任。不久，湖广提督俞益谟、偏沆巡抚赵申乔题报苗民抢掠，地方不靖，康熙帝为筹一劳永逸计，九月二十四日，决定按广东瑶民例，派大军剿抚。命尚书席尔达同副都统图思海、徐九如率前锋兵四十名前往，调荆州八旗兵及广西、贵州、湖南三省绿旗兵赴湖南苗区。十月初六日，康熙帝谕示：如苗人归降，只诛倡乱肆虐首犯，否则歼其抗拒不服者，不得玉石不分，滥杀无辜。还应设法用计招抚，委婉从事，不能尽恃勇力。十二月，“戒苗条约”宣布，主要内容有：苗民杀内地一人，定要两苗抵命；枪内地二人，定要拿全家偿还。苗民不许制造军器，如果执刀枪行走，就属叛逆，拿获后一定诛杀。有抗粮抗当差者，也是叛逆，也是捉拿正法。苗区有木材、木耳、药材、漆树可以生利，苗民若不劫杀，可让汉民进来教学教做，也可让汉民进来从事买卖，以土产换盐布，此可两得其利，以安享无穷之利。条约中特别强调，大军撤回后，苗民要改过自新，各安生乐业。

康熙四十一年（1702）正月二十日，康熙帝颁发诏旨，重修国子监等，由和硕裕亲王福全负责。至康熙四十四年十一月十四日，修缮完工。国子监位于京城安定门内成贤街，是清朝国家设立的最高学府。国子监的中心建筑是辟雍，专为皇帝讲学而建。康熙帝就曾在这里讲学，解说孔学经义。辟雍深广各五丈三尺，四角攒尖重檐顶，上有鎏金宝珠，覆盖黄色琉璃瓦，四面辟门，环以周廊和水池，池周有汉白玉雕刻的护栏围护，池上架起石桥，通向辟雍四门，构成辟雍泮水。避雍北面正房七间，名彝伦堂，是国子监藏书处所。两侧各有厢房三十三间，为率性堂、诚心堂、崇志堂、修道堂、正义堂、广业堂，统称六堂，是分科讲授处，讲授内容以孝悌、礼义、忠信、谦耻为本，以六经诸史为业。国子监内有监生近千人。他们中的有回族、藏族、蒙古族等少数民族学生，也有的是俄国、交趾、高丽（今朝鲜）等国的留学生。因此，国子监不仅是俊才荟萃之地，也是中外文化交流场所。

康熙四十一年（1702），江西瑞金百姓彭兼六组织佃户、编造檄文，康熙四十二年，他又联合黄淑行兄弟四人创立秘密宗教，聚众烧香，日散夜聚，千百成群，据田抗租，揭露田主苛虐，宣传田主如夺田另佃，需每亩赔银一两为“退脚钱”。