康熙三十四年（1696），吴楚材、吴调候编、吴兴祚审定的《古文观止》一书刊行于世。吴楚材、吴调候好读经史，同时又擅长写作八股文，他们为了给当时的学童和其他读书人编纂一本启蒙读物，便从上起先秦、下迄明朝的众多文章中，选遍了二百二十二篇古文，辑成《古文观止》一书。编者认为这些文章都是古文中的数理化，所以便用吴公子季扎观赏乐舞《韶箭》时发出的赞词“观止矣”（好极了）来命名这部书。《古文观止》总计十二卷，吸收了宋代以来各种古文选本的优点，所选文章千百年来一直脍炙人口，许多是历来公认的佳作，比如韩愈、柳宗元、欧阳修、苏轼等人的文章。该书所选文章比较好地注意到了题材和文体风格的多样性，不仅有史传、论说文，而且有见闻札记、山水游记、杂文小品和其它应用文，基本上反映了古文绚丽多姿的面貌。此外，该书还破例选录了少量为历代传诵的著名的骈文和韵文。在编排上，该书以时代为序，眉目清楚。选文长短相间，繁简适中。每篇文章都有简要评注，见解精辟。当然，该书也存在一些明显的缺点，先秦诸子，如庄子、荀子、墨子、韩非都有许多精彩的作品，但本书编者囿于偏见，一篇也未选收。曹操的文章也被排斥在外。一些表现强烈民族气节的文章也未选入，这和清代实行文字狱不无关系。尽管如此，《古文观止》仍不失为一本好书，它对人们初步了解古文的内容，文体和风格，增长文史知识，认识古代社会，仍有一定的价值。

康熙三十五年（1696）九月十九日，康熙帝统兵启程，三次亲征噶尔丹。二十七日，喀尔喀贝勒根敦戴青遣员进贡请安，表示愿擒噶尔丹自效，康熙帝谕示：如擒噶尔丹，不必献俘，即在本处立决。十月初一日，康熙帝率军至鄂罗音布拉克，以费扬古兵士劳苦，遣官携银五千两至军前，酌买皮裘、牛羊给与兵士。初七日，康熙帝谕示，将昭莫多战役中所擒准噶尔男妇三千余人赐银赎出，使其父子、夫妻、兄弟完聚。十三日，康熙帝至归化城。十八日，为防噶尔丹流窜哈密，康熙帝命孙思克率甘州兵，博霁率西安兵进驻肃州，与副都统阿南会合，噶尔丹如来哈密，即行剿灭。二十日，得降人报，噶尔丹已于上月二十二日从枯伦贝尔齐尔向哈密方向行进，康熙帝表示，当乘此机会作速剿灭。二十六日，康熙帝离归化进至达尔汉拜尚地方，派官员招抚噶尔丹属下丹津阿拉布坦、丹津鄂木布。二十八日，康熙帝率军抵黄河边湖滩河溯地方。十一月初四日，准噶尔降人称，噶尔丹现存千余人，食用困乏，天时寒冷，溃散逃亡及冻饿而死者非常多。这期间，噶尔丹部下来降者极多。二十一日，康熙帝渡黄河经察汗布拉克至哲固斯台，并召费扬古驰驿前来商议军情。二十五日，康熙帝至东斯垓地方，召见准噶尔降人格垒沽英，派遣他返回准噶尔，并命员外郎博什希等携敕同往，招抚噶尔丹。二十七日，康熙帝传令班师。十二月初七日，回师抵杀虎口，十二日抵达大同城内，二十日返回京城。

康熙三十五年（1696）八月十一日，康熙帝派遣理藩院主事保住、大喇嘛晋巴扎木素、德木齐索诺木布等人前往西藏，往谕达赖喇嘛、达赖汗、班禅，第巴及策妄阿拉布坦，贬恶扬善，揭露第巴盗用达赖喇嘛名义，纵容噶尔丹及对抗清政府的罪行。康熙帝在给第巴的敕谕中写道：朕崇道法而爱众生，所以，对实心以护道法的人给以眷佑，对阴谋诱人以坏道法的人给以谴责。你第巴原系达赖喇嘛下面管事人，因你不违背达赖喇嘛指示，辅助道法，所以朕才对你加封。现在看来，你阳奉宗喀巴之教，实际上却与噶尔丹狼狈为奸，欺骗达赖喇嘛、班禅胡土克图，而败坏宗喀巴之教。先是，你以久故达赖喇嘛诈称尚存，派遣济龙胡土克图前往噶尔丹所在地乌兰布通，为噶尔丹诵经，选择交战日期；噶尔丹失败之后，又以讲和为词，贻误我军追赶，致使噶尔丹得以远遁。朕为众生遣人往召班禅胡图克图，你又诳骗班禅，说什么噶尔丹将要杀害，不使他来京师。青海博硕克图济农私下与噶尔丹结姻往来通使，你又不举发；实际上，如果没有你，博硕克图济农与噶尔丹之间不会相与联姻。噶尔丹相信了你唆诱的话，才不遵朕旨。现在西藏许多喇嘛都告诉我说，达赖喇嘛已圆寂九年。对此，你竟敢匿而不报丧，并支持噶尔丹兴兵对抗朝廷，罪恶甚大。何去何从，近期内速来奏报，否则，后悔无及。康熙帝遣使往藏，以及对第巴桑结错罪行的揭露，迅速改变了西藏的局势，加强了清政府对西藏地区的统治。

康熙三十五年（1696）二月三十日，康熙帝率中路兵启行，二次亲征噶尔丹。经沙河、南口、怀来，三月初十日出独石口。康熙帝谕示议政大臣等：出口以后，清晨启行，日中驻扎，每日一餐。十一日，户部侍郎思格色奉差在口外掘井，因不知一井能供多少人马饮用，被革职，充卒伍从军效力。康熙帝谕示：宿营时以井居中，派官兵看守，不得污坏，以便后队兵接替使用。十二日，康熙帝五鼓时即撤营起程，见军士还在营中或睡觉，或吃饭，经查才知行李到迟，影响了军士的歇息。此后，康熙帝每天都五鼓起床，亲自查看驮载出发后才启行，到驻营时，时间已近中午，行李已到，军士、马匹都可休息。十五日，康熙帝行军到达滚诺尔地方，雨雪交加，军士尚未安营。康熙帝穿雨衣站立路旁，等军士扎营完毕才进入行宫，军士都已炊饭才进膳。十七日，中路军两路会合，按次序前进。命照常日食两餐。十八日，康熙帝生日，停止庆贺筵宴。四月初四日，康熙帝抵达哈必尔汉，正值朝廷使者从噶尔丹处携奏章步行而回。议政大臣等议噶尔丹有逃走之意。康熙帝表示：若费扬古军按期抵达土喇，两路夹击，噶尔丹必不能逃脱。初十日，康熙帝率军至科图，时东路军未至，西路军又以士马困馁，请中路军缓行以待；途中又有俄国助兵噶尔丹的传闻。于是，扈从大臣中有人以噶尔丹已远逃为口实，力请康熙帝回师。康熙帝愤怒地说：此次进兵，筹画再三。我军既至此地，噶尔丹有可能被擒，怎么能懦怯退缩？十四日，康熙帝对黑龙江、盛京、宁古塔兵下达命令，屯扎索岳尔济山，以防噶尔丹东窜。十七日，因距敌已近，康熙帝谕令各营及哨口、斥堠、牧马处夜间不许张灯举火。五月初一日，康熙帝率军至拖陵布喇克地方，谕令随征总兵官岳升龙等：今已逼近噶尔丹，对敌交战时，副将以下有退怯违令者，正法奏闻。初三日，康熙帝指示作战军阵，内大臣长泰等按指示绘成阵图，命全军照图遵行。初七日，康熙帝率前锋兵在前，诸军依次张翼前进，驻于西巴尔台。入夜，康熙帝密谕各营空壁伏兵以待，并且亲自巡视营伍。当时，噶尔丹闻知康熙帝亲征之后，开始还不相信，说康熙汗不在中国安居逸乐，过此无水瀚海之地，难道是飞渡过来的吗？及至登北孟纳尔山，望见大军营地规模，御营黄幄龙幡，环以缦城，外为网城，军容极盛，才大惊失色，传令众人尽弃庐帐器械，连夜逃走。初八日，康熙帝知噶尔丹连夜遁逃，遂亲率前锋兵追赶，沿途获器械帐房等物不计其数。十二日，康熙帝至拖拉阿林，以领侍卫内大臣马思哈为平北大将军，率轻骑追剿噶尔丹，并往迎费扬古西路军。十三日，康熙帝率部班师，驻克勒河北。十四日，起程返京。途中，得知费扬古获昭莫多大捷，又进行必要部署。六月初九日，回到京师。

康熙三十五年（1696），著名学者颜元开始主持漳南书院。颜元，字易直，号习斋，河北博野县人。他八岁跟随僧人吴持明学习骑射剑戟及攻守兵法，后来又学习八股文，应考县试，曾说：“宁为真白丁，不作假秀才。”从二十三岁起，颜元开始办学墪教授子弟；与此同时，潜心学问，专攻理学，孜孜不倦，终于成为清代前期著名的启蒙思想家和教育家。颜元主持漳南书院工作时，已经六十二岁。他认为讲学应该广博，注意实践。他大胆提议改建漳南书院格局，建正厅三间，名为“习讲堂”。讲授武备，学习黄帝、太公及孙吴诸子兵法、攻守营阵、陆水战法并射御技击；讲授经史，学习十三经、历代诰制、章奏、诗文；讲授艺能，学习水学、火学、工学、象数。为了应付时制，还另设二科，一是静坐科，主要编著程朱陆王之学；另一为帖括科，学习八股举业时艺。这两科均不是主科。颜元还在习讲堂正厅大书楹联一幅：“聊存孔绪励习行，脱云乡愿、禅宗、训诂、帖括之套；恭体天心学经济，斡旋人才、政事、道统、气数之机。”颜元提倡的教育内容和文法，在当时具有新意；漳南书院的改制，在颜元一生中也占有重要地位。颜元主持漳南书院仅半年时间。同年八月中旬，漳水漫堤，发生水灾，漳南一带全部淹没，书院也荡然无存。由于资财有限，无力再举，颜元不得不怅然返家。他以教育振兴民族的理想遂未能实现。

康熙三十四年（1696）十二月十六日，为征讨噶尔丹，康熙帝谕示兵部，制定军令十六条予以颁布，主要内容是：大军出征，各部都统等官要检查武器装备，务期坚利，合乎规范，否则，视情节轻重罚银若干；启行后，兵众必须按队以次行进，不得零星散乱无秩序，违者鞭责示警；军行途中，不许离队、酗酒、喧哗、叫呼，不遵守者该管官即行捕责；所过地方不得扰害居民及蒙古部落，否则，从重治罪；凡军士逃跑，立刻缉拿，依定例治罪，该管官一并严处；下营务按旗列幕，不密不疏，如越旗乱次，前后搀杂，该管大臣官员分别治罪，兵役内有偷盗马匹器物者，按律治罪；发现敌人要立即飞报大营，若妄报不实，或传报迟误，有关官员立即正法，军前示众；严格值夜巡营纪律，无事人夜黑不得擅自行走，发现贪睡偷安现象，察出后严加治罪；与敌人接近，要加强侦察，稳妥布陈，井然有序，交战时所备援兵要及时出击；敌人败退后，严禁官兵掠夺牲畜财物，对贪行攫取者重惩不贷；敌军败退后，要立即派兵马追击，若遇伏兵，或敌军游骑，后队兵与敌接战，前队兵仍行追进；大军凯旋时，严禁售卖军器，或把军器留与蒙古人，违者从重治罪；驼马为全军重要军需物资，如有将遗失驼马隐匿、将疲乏驼马委弃、宰杀，要严加治罪；军粮关系至重，出生官兵要计口按日支领，不按名额禽从重治罪；大臣官员不得在大兵内抽取亲随；大军驻扎时，不得闲惰，要严格遵守各项军令。军令十六条的制定和颁布，为打败噶尔丹奠定了基础。

康熙三十六年（1697），法国传教士白晋所著《康熙皇帝》一书在巴黎出版。白晋，一六五六年生于法国曼城，一六八二年二月七日随法国天主教传教团到达北京。由于他博学多才，颇受康熙皇帝赏识。他曾为康熙帝讲授天文历法及医学、化学、药学等西洋科学知识，每日出入宫廷，与康熙帝过从甚密，因此，对康熙帝有较多的了解。康熙三十二年（1693）七月四日，康熙帝为招聘法国耶稣会士，令白晋回国物色人选，特封白晋为钦差。白晋欣然接受此项任务，于同年七月八日离开北京，康熙三十六年二月九日到达布雷斯特。他带来了康熙帝送给路易十四的礼品，向法国当局转达了康熙帝的旨意，同时，向路易十四上一奏折，即《康熙皇帝》一书。《康熙皇帝》一书简要叙述了康熙帝的文治武功，比较详细地介绍了康熙帝的品德、性格、生活、爱好等方面情况。书中写道：“康熙帝圣寿四十四岁，已经在位三十六年。他没有丝毫与当今皇位不相称的天资与品德。他威风凛凛、仪表堂堂、举止不凡，五官端正，双目炯炯有神，鼻子略显鹰嘴形，鼻尖鼓起。虽然脸上有几颗痘痕，但丝毫无损于他的美好形象。康熙皇帝精神上的美，远远超过他肉体上的美。他天赋极高，博闻强识，智力过人，明察秋毫。他有处理复杂纷繁事务的刚劲毅力，他有制定、指挥、实现宏伟规划的坚强意志。他的嗜好和兴趣高雅不俗，都很适于帝王的身分。他为人公正，伸张正义，倡导德行，爱护臣民。他具有服从真理的性格以及绝对抑制情欲的克己之心。”

康熙三十六年（1697），京师发生一起严重的杀人事件：大学士明珠妻被家奴用刀刺中腹部身亡。明珠，字端范，纳兰氏，满洲正黄旗人，康熙朝前期的权臣。居官期间，他贪污受贿，很快成为豪富，生活穷奢极侈。他曾大兴土木，建一园林，风廓水榭间，全部用白玉凿为花，贴在四壁上。还有宽十亩的水池，每到冬天，就用五彩剪成花、叶，浮在水面上作为荷芰，又用各色杂毛做成凫雁。他的妻和舍里氏，为人妒忌、残忍。他们夫妇二人起自寒微，关系和睦。只是和舍里氏从不许明珠与侍婢接近、交谈。一天，明珠偶然说起一个婢女眼睛长得特别好看。第二天，和舍里氏就让一个侍者捧一盒到明珠面前，侍者告诉明珠，盒中盛的就是婢女的双眼。婢女父亲痛愤女儿无辜惨被挖目，便乘和舍里氏一人独在房中，突然闯入，用刀刺进她的腹部，和舍里氏当场身亡。案件发生后，朝野震惊。此后相当一段时间，京师流传奴杀宰相妻事。婢女父后被判处死刑。

康熙三十六年（1697）五月十二日，福建宁化百姓数十人聚集在大洋庙内外，准备抢劫富户，抗击官府。原来，宁化地处深山，人民穷困。康熙三十五年农业欠收，至康熙三十六年四、五月间，百姓多已青黄不接。于是，民人伊禾首先宣传百姓，组织起来，反抗富豪，实行自救。在他的号召下，雷登九、黎四八、夏志、伍圣、叶庆、刘佛养等人，同聚在吴定祖家中，进一步商议抢劫富豪等事。他们将原存于神会的银两分发买猪，在康熙三十六年五月十二日，会集在大洋庙内外一边宰牲，一边发动百姓，还勒令五通庙祝鸣锣聚众。在县衙拿获数人之后，伍圣便率领数十名百姓拥至县堂，要求县官立即释放被捕之人；叶庆则沿街鼓舞招集平民；夏志高立城头，发表演讲，号召百姓；刘佛养鸣锣放炮，助势张威。造反的人们呼拥着来到阴念良家，伊禾手执鸟枪，争先上屋；雷登九首先夺取前门；黎四八从后门攻入；吴定祖等统率数十名百姓一哄而进，登堂入室，将富豪阴念良家所有器物抢劫一空。一时间，宁化县城百姓群情激奋，大街小巷纷纷议论此事，越来越多的人参加了造反的队伍。随后，刘佛养手执利器，夏志统率造反的百姓，又来到富豪雷冲斗、阴上升两家门前。正当造反的人们准备攻门入室时，县令带领防弁兵士赶到。造反百姓遂和官府发生争斗。经过拼搏，造反者寡不敌众，相继逃散。

康熙三十六年（1697）五月十二日，就山西巡抚等官贪污库银激起民变一事，康熙帝谕示议政大臣等：温保居官甚劣，苛虐百姓至于已极。不久前他自奏居官甚善，万民颂美，想为自己立碑。现在看来，沿途百姓对他恨之入骨，都表示不吃其肉无以泄心中之恨。温保不能和一般人相比，他曾为为学士官，知道朕平日爱惜百姓之意。甘度居官也非常庸劣。现今蒲州百姓发生变乱，逃入山中。如果山西地方官员平日稍能抚恤百姓，百姓也不会以逃亡山中相抗拒；甚至巡抚倭伦亲自到山里招抚，百姓也不顺从，还要求把温保、甘度拿到山中，当着他们的面正法。现在回想起来，温保、甘度等人居官十分汙浊，朘削小民实在可恨。象这样的贪官不加诛戮，其他人也不知道警戒。命尔等议政大臣、部院堂官会同议奏。议政大臣、部院堂官讨论后奏请：温保、甘度居家十分恶劣，都应当正法，以警众人。可先将他们严拿至京，交与刑部。康熙帝认为原任山西巡抚温保、布政使甘度，横征科派，激起民变，蒲州百姓恨之入骨。温保、甘度应立即斩首。璘将库内收贮银二万八千五百两侵没入己，应将孙毓璘照侵盗钱粮例斩监候。康熙帝最后决定：温保、甘度已经革职，从宽免死；孙毓璘依议应斩，先监候，秋后处决。