康熙四十六年（1707）正月二十二日，康熙帝从京师出发，开始第六次南巡。二十五日，在静海县杨柳青登舟。二月初一日，康熙帝舟泊德州第六屯，对贵州巡抚陈洗密折奏报土司情形颁布谕旨，强调以不生事为主。十五日，康熙帝舟抵江南台庄地方，康熙帝登岸接见耆老，询问农事、生计。二十日，康熙帝由清口登陆，详视溜淮套，见地势甚高，开挖新河工程艰巨，即使挖成亦不能直达清口，无助于泄出高家堰堤下之涨水，因此否决阿山等人所拟方案，命疏浚洪泽湖各口，以利泄水，挑浚蒋家坝、天然坝一带旧河，以通粮船。康熙帝还责备原议溜淮套开河方案坏民田庐、毁民坟塚。二十一日，命将沿途所立开河标竿尽行撤去，百姓见后，均踊跃欢呼万岁。康熙帝晓谕马齐等人说：凡天下事行之有益，自应速办；无益，断不可轻举。好似人身有病，才可用药饵针砭，如果无病，有人说割肉可以延年益寿，继不能听。开河道理也是如此。二十二日，康熙帝对河道总督张鹏翮不随时巡视河堤，唯以虚文为事提出斥责。此后，与此有关官员均革职、降级。三月初六日，康熙帝由扬州抵达江宁府，初八日，检阅江宁驻防官兵，初九日，亲往明太祖陵行礼。十一日，康熙帝离江宁。十六日抵苏州。十七日，密封敕谕致工部尚书王鸿绪，询问有关官员骗买苏州女子事情。二十日，康熙帝离苏州。二十三日至松江府。二十四日检阅松江提标官兵，表彰江苏按察使张伯行居官清廉，并提升为福建巡抚。二十八日，康熙帝离松江。四月初二日抵杭州，初五日检阅驻防官兵。十二日离杭州。十五日至二十一日，康熙帝在苏州。二十四日抵扬州。五月初二日，向张鹏翮等河官谕示治河形势及方略。二十二日，康熙帝返回京城。

康熙四十六年（1707），清政府明确实行禁止天主教政策。最初，利玛窦为传播天主教来到中国。由于利玛窦规矩，天主教与中国传统文化、习俗没有发生冲突，所以康熙帝承认传教士信仰宗教自由，出巡时还曾亲临教堂赏赐。康熙四十四年（1705），罗马教皇十一世派遣使节多罗到达中国，干涉天主教中国教民尊孔祭祖，把中国习俗视为异端，干涉中国内政。这样，天主教传教士就同中国传统文化、习俗发生冲突，并且干扰了清政府正常的统治秩序。对此，康熙帝不能允许。他谕示多罗：近日西洋来人很杂，先将定例晓谕明白，以便后来人遵守法度，不致违反。以后，西洋来人不再回去者方准到内地居住；如果今年来明年去，此种人不许居住。此种人就好比立在大门前，议论人屋内事，既多事，又不令人信服。经过康熙帝的斥责和限制，康熙四十五年，多罗离开北京。此后，康熙帝敕令：凡在华传教士，需领执照并表示永住中国，才许留住；不遵守利玛窦规矩者驱逐出境；领执照长住中国者，和中国人一样受到保护。康熙四十五年十二月，清政府颁发执照。康熙四十七年，清政府对颁发的执照进行了核查，凡不领执照的传教士解送澳门，驱逐出境。清政府实行禁止天主教政策，有效地抑制了西方早期殖民主义者，保证了清朝封建国家的政治独立而不受干扰，与此同时，也并没有影响对西方先进科学文化的吸收。

康熙四十七年（1708），《佩文斋书画谱》一书修成。该书是孙岳颁、王原祁等人奉康熙帝敕命编纂。全书一百卷，其中论书十卷，论画八卷，历代帝王书二卷，书家传二十三卷，画家传十四卷，无名氏书六卷，画二卷，御制书画跋一卷，历代帝王书跋一卷，画跋一卷，历代名人书跋一卷，画跋七卷，书辨证一卷，历代鉴藏十卷。该书分门列目，考证精详，所引书共一千八百四十四种，每个条目下均注出处，搜罗极为广博，是关于论书画、书画家小传和书画题跋的巨著。

康熙四十七年（1708）七月初日，《平定朔漠方略》成书。该书始编于康熙三十五年七月初四日。当时，康熙帝召议政大臣、满汉大学士、尚书、侍郎、学士等，示以北征噶尔丹机宜。诸臣敬阅毕，上奏：噶尔丹穷荒巨寇，煽惑群心。皇上为中外生民计，亲统六师，远涉绝漠，庙谟神算，百日之内，必奏凯旋。于是，翰林院掌院学士常书、张英奏请，将皇上征讨噶尔丹所记言行编成书，即可垂于后世，也是一朝盛事。康熙帝允准，并正式命内阁、翰林院负责编撰。十二年以后，《平定朔漠方略》编成，康熙帝亲写序文，其中说：厄鲁特蒙古噶尔丹赋性凶残，中怀狡诈，戕贼其兄弟，兼并四部，蚕食邻封，其势日张，其志益侈。积寇一日不除，则疆圉一日不靖。《平定朔漠方略》总计四十八卷，温达等奉敕编纂。记事起于康熙十六年六月，止于康熙三十七年十月，主要载述清政府与厄鲁特蒙古各部交往中康熙帝的上谕，以及有关材料，有些内容为清圣祖实录所不载，是研究清朝前期清政府与厄鲁特蒙古各部关系的重要史料。

康熙四十七年（1708）六月，《清文鉴》一书全部编成，总计二十一卷。早在康熙十二年（1673）四月，康熙帝就提出要编修一部满文字书。当时，他对侍臣讲述了编纂这样一部书的重要性及必要性：恐怕后生满洲子弟渐习汉语，竟忘满语。且满汉文义照字翻译，很多可以通用，现今译者尚知其意，后生子弟未必知此。康熙帝把编书的任务交给翰林院学士傅达礼，令他将满语照汉文字汇发明，某字应如何用，集成一书，以有益于后学。在编修过程中，儒臣们分类排纂，每天缮稿进呈，康熙帝亲自加以审订，大到天字地理，小到名物象数，十二字母，五声切音，全都包括在内。这样，经过三十多年努力，《清文鉴》终于告成。康熙帝赐王以下、内外文武大臣各一部，并亲自撰写序言。两年以后，康熙帝又命教习唐古特书的官员阿尔必特祜、乾清门侍卫拉锡，会同蒙古侍读学士、中书等，编纂了《满洲蒙古合壁清文鉴》，一边写满洲字，一边写蒙古字。《清文鉴》的出版，虽然并未能将各地满语方言全部厘定与统一，但是它保证了官方通行的书面满语的规范与纯正，不仅便利于当时的流通与应用，而且对后世亦有很大教益。

康熙四十七年（1708）九月四日，康熙帝废除允礽太子位后，清廷的储位之争更加激烈。皇长子允禔认为康熙帝立嫡不成，必定立长，于是积极活动。但是，他错误地估计了形势。康熙帝察觉到他的野心后，立即宣布：允禔秉性躁急、愚顽，不可立为皇太子。允禔见自己夺储无望，便向康熙帝推荐与自己关系密切的皇八子允禩，还利令智昏地奏请康熙帝杀掉允礽。这些使康熙帝认识到，如果允禔和允禩结成同党谋取帝位，后果将不堪设想。于是，康熙帝采取了必要的防范措施。不久，发现允禔与一个会巫术的人有来往，企图用巫术镇魔允礽；允礽母惠妃又向康熙帝奏称允禔不孝。在这种情况下，康熙帝命革除允禔王爵，严加幽禁。皇长子允礽失势以后，皇八子允禩势力骤增。允禩精明能干，党羽多，声势大，在朝中也有一定威望。他积极活动，谋取太子位。但是，康熙帝很快也发现允禩有政治野心，特别是发现他署内务府总管事以后，到处拉拢人，博取虚名，甚至将皇帝所赐恩泽，归功于己，侵欺皇权。于是，康熙帝又以交结党羽，谋害允祁等罪名，将允禩锁拿，交议政处审理，并革去贝勒爵位。在锁拿允禩时，皇十四子允禵保奏允禩无谋害允祁之心，使康熙帝十分震怒，拔刀欲杀允禵，多亏皇五子允祺及时跪抱劝止，才避免了一场流血事件。储位空虚，诸皇子夺储之争日加剧烈，康熙帝决定把缺位补上，以堵塞诸皇子争储之路。康熙四十八年（1709）正月二十一日，康熙帝复立允礽为皇太子；三月，遣官告祭天地、太庙、社稷，授皇太子以册宝。

康熙四十七年（1708）九月四日，康熙帝巡视塞外返京途中，在布尔哈苏台地方，把诸王、大臣、侍卫、文武官员等召集到行宫前，流泪宣布废除允礽太子位。当时，皇太子允礽跪在地上，康熙帝垂泪宣布他的罪状，主要内容是：专擅威权，肆恶虐众，将诸王大臣随意捶挞；穷奢极欲，衣食所用已经超过皇帝标准，仍不满足；恣取国库钱财，遣人拦截蒙古等部入贡使者，抢夺进贡皇帝的物品；对亲兄弟无情无意，对诸皇子不闻不问；结党营私，窥伺皇位，探听皇帝起居动向，企图害死皇帝。康熙帝最后谕示大臣们说：不能让这样不孝不仁之人为国君，否则，国家必被败坏，人民必遭涂炭。说毕，康熙帝痛哭倒地。在大臣们规劝下，他恢复常态，命文武官员发表意见。众王公大臣都表现出非常难过，不敢多说一句话，只是连说皇上所见，非常英明。同日，康熙帝为了打击允礽的政治势力，下令将格尔芬、阿尔吉善、二格、苏尔特、哈什太、萨尔邦阿等人立行正法，将杜默臣、阿进泰、苏赫陈、倪雅汉等人充发盛京（今沈阳），将允礽即行拘执。十六日，康熙帝回到北京，即把诸王、贝勒等副都统以上大臣召到午门内，宣谕拘禁太子允礽事情，康熙帝又亲自撰写祭文，在十八日告祭天地、太庙、社稷，还把允礽转移到咸安宫幽禁。二十四日，把此事颁告全国百姓知晓。

康熙四十七年（1708）九月，张英病逝，终年七十二岁。张英，字敦复，又字梦敦，号乐圃，江南桐城（今安徽省桐城县）人。他于康熙二年中举，康熙六年考取第二甲第四名进士，改授内弘文院庶吉士。张英在朝任职期间，曾随侍康熙帝达二十余年，是清初有影响的人物之一。张英在兼翰林院掌院学士期间，正职是礼部尚书。当时，正是乌兰布通之役后，康熙帝舅父、一等公佟国纲在平定噶尔丹叛乱的乌兰布通战役中阵亡。康熙帝非常痛心，务求隆重祭葬。但编修杨暄撰写的佟国纲祭文被康熙帝斥为极其悖谬，下令严惩杨暄，以惩戒将来。张英也因未能详审祭文而被革去礼部尚书，直到两年以后才官复原职。然而，不及两年，张英又因教习庶吉士之误而被连降三级。尽管康熙帝认为张英与那些言行相悖的假道学有很大不同，并且后来仍命他任教习，但是，张英却经过几次波折之后，总结了一套“安心之法”。他经常以白酒一杯、清琴一曲聊以自慰，非理事决不做，费力挽回事决不做，败坏生平、不可告人事决不做。在衙门里，一事当前，只往稳处想，不将迎于事前，也不留滞于事后。就这样，张英克服了往日形神交困的状态，终于又成为康熙帝十分信任的大臣之一。他升任为文华殿大学士兼礼部尚书，《平定朔漠方略》一书的总裁官。张英不仅是康熙朝的名臣，而且一生写了许多书，主要有《周易衷论》、《易经衷论》、《书经衷论》、《存诚堂诗集》等。康熙帝得知张英逝世的消息后，心情十分沉痛，赐祭葬加等，谥号文端。

康熙四十七年（1708）六月二十日，朱三太子案结，有关人被处以不同刑罚。还是同年二月十三日，闽浙总督梁鼐密折奏报“贼党窜聚情形”，就谈到为首者为一念和尚等，以朱三太子名义，安营于大岚山，有众一千余人，现除擒斩五名外，已陆续拿获八十余名。当时李煦也密奏浙江“贼情”说嵊县人张念一、张念二为首，以施尔远为军师，“煽惑民心”，纠众百余在慈溪县羊角殿，去年十一月二十五日官兵五十余人进剿，千总以下十余人被杀，绍兴府官兵再往剿，才把他们击败。已被捕获的施尔远等人供称：在四明大岚山有众千余，张念一、张念二即张君玉、张君锡，已在苏州拿获。十五日，浙江巡抚王然疏报拿获大岚山张念一、张念二等，康熙帝谕示张念一所供朱三太子及其子等速行追拿。三月实四日，梁鼐又以密折奏报大岚山情形，说派丁役扮作乡民前往察访，“走遍各山，细问土人，并无贼人屯聚处所，现今地方宁谧。”据查，张念一、张念二原系越狱逃犯，初时与叶天祥等六人结党，渐有附合者百余人。先在嵊县、慈溪等处行劫，继至阳觉殿分赃，千总娄汝初等带兵往捕，被伤致死。后因官兵追拿，分散逃匿。张念一与其党十五人逃至苏州被获。据供同伙者九十六人，今已拿获八十五名。不久，梁鼐再次密奏大岚山情形，说张念一等与江苏太仓“奸僧”一念似属两伙，为托名煽惑计，总以朱三为名。据查朱三改名何诚，有子六人，第三子已死，因缉拿太紧，妇女六口已自缢，第五、六子及孙一人已被捕获，朱三与其长子朱尧、四子朱壬在逃。闰三月十二日，曹寅密报浙江审张念一情形：所称朱三太子，不过借端煽惑，恐吓愚民，一时受刑，细问总属不符。一念和尚与张念一等实非同党。四月十二日，山东巡抚赵世显咨报缉获改名王老先生的朱三太子。据供，此朱三太子年七十五岁，是明朝后裔，名叫慈焕，排行第四。有子六人，第三子已死，其余均被拿获。妻、妾、儿媳各一，女三，均已自缢，康熙帝谕示：朱三是明代宗室，解往浙江议处。六月二十日，清政府审结朱三太子案及大岚山案。将朱三即王士元及其子朱壬等解至京城，问明正法。浙江案犯内张念一、张念二等七凌迟处死，朱兆琦等二十二人立斩，其余二十六人连同妻子发往宁古塔。十月初五日，朱三即王士元父子六人解至京城。朱三供认他真是明朝崇祯帝第四子，九卿等以为明崇祯帝第四子已于崇祯十七年前身故，又传唤明代老年太监均不认识，便以明系假冒，将朱三即王士元凌迟处死，其子五人俱处斩。

康熙四十八年（1709）十月十三日，著名文学家、学者朱彝尊逝世，终年八十岁。朱彝尊，字锡鬯，号竹垞，晚号金风亭长，浙江嘉兴人。他生于没落的宰相家庭，对明朝怀有眷恋之情，曾经漫游广东、浙江、福建等地，结交抗清志士张家珍、魏耕、顾炎武等人。康熙十八年，他应博学鸿儒，授检讨，纂修明史。他博学通才，工诗词，写诗二千多首，词六百余首，在清诗词界，是浙派诗和浙西词的领袖。他还辑成《明诗综》一百卷，收明代三千首四百余家诗歌；又纂《词综》，收唐宋金元词五百余家。朱彝尊还致力于经史之学，学问功夫深厚，著有《曝书亭集》八十卷，《经义考》三百卷，以及《竹垞文类》、《日下旧闻》等。