乾隆三十年（1765）八月二十日，根据黑龙江将军富僧阿等奏请，清政府定巡查与俄罗斯疆界例：自黑龙江至格尔必齐河口，计水程一千六百九十七里，自河口行陆路二百四十七里至头堪山；自黑龙江入精奇里江（今结雅河），北行至托克河口，计水程一千五百八十七里，自河口行陆路二百四十里至兴堪山；自黑龙江经精奇里江，入西里木第河口，复过英肯河，计水程一千三百零五里，自英肯河口行陆路一百八十里至兴堪山；自黑龙江入钮曼河（今布列亚河），复经西里木第河入乌默勒河口，计水程一千六百十五里，自河口行陆路四百五十六里至兴堪山。呼伦贝尔与俄罗斯接壤之额尔吉纳河，处处设有卡座，直至珠尔特地方。自珠尔特至莫里勒克河口，添设二卡；于索博尔罕添立鄂博。黑龙江城与俄罗斯接壤处，有兴堪山绵亘至海。以上地区，每年派官兵，于六月由水路与捕貂人同至托克、英肯两口及鄂勒布、西里木第两河间遍查，呈报将军；三年派副总管等于冰解后，由水路至河源兴堪山巡查一次，最后均报兵部备案。

乾隆三十年（1765）正月，乾隆帝开始第四次南巡。行前，诏免江苏、安徽、浙江三省历年因灾未完地丁、漕项银两。十六日，奉皇太后由京师发，免直隶、山东经过州县本年额赋十分之三。二月，渡河，阅清口东坝木龙、惠济闸。免江苏乾隆二十八年以前熟田地丁杂款旧欠，以及经过地方州县本年额赋之半。闰二月初一日，至苏州。谒文庙，免江宁、苏州、杭州附郭诸县本年丁银。免浙江经过地方本年赋税过半。初七日，奉皇太后至杭州。至海宁阅塘工，命将五百三十丈绕城石塘，全部筑成三层坦水，原来二层坦水内有桩残石缺处，查明更换，以收护城保塘长效。观潮后，回杭州。加沈德潜、钱陈群太子太傅。三月，幸焦山，奉皇太后驻跸江宁府，亲至明太祖陵奠酒，临视尹继善署。十一日，奉皇太后渡江。阅高家堰堤工，奉皇太后渡河。召尹继善入阁办事。四月十二日，驻跸德州，命简亲王丰讷亨等奉皇太后从水路回程。乾隆帝由陆路，于二十一日返京。二十四日，迎皇太后居畅春园。

乾隆三十年（1765）二月，新疆乌什回民起义。清政府驻乌什城大臣素诚酗酒宣淫，“甚至留各伯克妻于署，令兵役裸逐为乐”，民众痛恨无处投诉。同时，他还任意加重当地的徭役和赋税，对回民朝廷种种科派和苦累。乌什城阿奇木伯克阿布都拉“暴戾无亲”，经常纵容属下强行抢买回民布匹粮食，夺去他们肥壮的马匹羊只，却将瘦弱的加倍抬高价钱卖给百姓。因此，乌什人民与驻地满回官员之间的矛盾日益尖锐。乾隆三十年二月，素诚强征当地回民二百四十人运送沙枣树，派赖和木图拉负责护送，但却不告知运送地点。运送夫役向阿奇木伯克阿布都拉询问，阿布都拉不仅不告诉，反而用木棒责打询问者。回民忍无可忍，于二月十四日夜里，在赖和木图拉的率领下，拿起武器，进攻驻守乌什的清军，素诚和阿布都拉登山抗拒，被起义都包围。素诚自杀，阿布都拉被擒。乾隆三十年（1765）八月十五日，清军攻进乌什城，乾隆三十年八月十五日，明瑞督兵竖云梯登城，经过激战，城被攻陷。清兵入城，尽诛丁壮，将幼童与妇女发往伊犁。乌什城回民坚持七个月之久的起义终于被镇压。

乾隆三十一年（1766）七月十四日，在乾隆帝秋狝木兰期间，皇后那拉氏忧愤而死，年约五十。皇后那拉氏，佐领那尔布女。雍正时为皇子弘历的侧室福晋。乾隆二年（1737），册为娴妃。乾隆十年（1745），进封娴贵妃。孝贤皇后死，又进封皇贵妃，摄六宫事。乾隆十五年（1750）册立为皇后，历次巡游，都随乾隆帝同行。乾隆三十年（1765），乾隆帝四巡江南，抵杭州，因皇帝宴游失度，皇后极力劝谏不听，遂怒而剪发，以此忤旨，乾隆帝以其犯国俗之忌，命人将她先送回京师，从此失宠。三十一年七月，乾隆帝得知皇后那拉氏去世消息后，命“所有丧仪止可照皇贵妃例”办理。后来被安葬在裕妃园寝，未能如孝贤皇后那样葬于胜水峪地宫之内。皇后那拉氏生二子：永璂、永璟。女一，早死。

乾隆三十一年（1766）正月初一日，乾隆帝以国家安宁，疆宇式辟，北庭、西域二万余里尽隶版图，外有耕屯之收获，内无粮饷之馈劳，而且连年丰收，仓有余粟。命所有湖广、江西、浙江、江苏、安徽、河南、山东应输漕米，著照康熙年间例，于乾隆三十一年（1766）为始，按年分省通行蠲免一次。各省蠲免次序为：山东、河南、江苏、江西、浙江、安徽、湖南、湖北。此次蠲免漕粮，总计约四百万石。

乾隆三十二年（1767）十二月，明瑞率军破蛮结之后，孤军深入，行至小猛育，粮尽援绝。乾隆三十三年（1768）二月初十日，战败自缢而死。清军在蛮结重创缅军后，本已人困马乏，粮饷不继，处境险恶。领队大臣扎拉丰阿、观音保劝明瑞乘胜回木邦，整旅再进。明瑞忿而不听，率军继进。行至象孔。离阿瓦仅七十里，但导引无人，迷失道路，粮食将尽。明瑞知道会攻阿瓦无望，又怕猛密军已至，自己身为将军退兵，依法当斩。其实，额尔景额进军猛密时，途次老官屯，为敌所阻，相持月余病死，诏命其弟额尔登额代替，战益不利，而明瑞不知。明瑞闻说猛笼有粮，且地近猛密，遂至猛笼就食，果得粮二万余石。时至岁暮，驻七日始行。因不得猛密消息，决定取道大山，转由木邦还师。此时缅人得知清军粮尽，派兵追击。明瑞等领兵且战且退，与诸将轮番与敌交战，故日行不过三十里。至大山附近之蛮化，清军扎营于山顶，缅军扎营于山腰。明瑞以敌军轻我太甚，决意设计回击。于是令兵士于次日五鼓，照往常吹号角三遍，而预伏大军于深箐，敌军闻号角之声，以为清军将退，争相上山。不料清军枪炮齐发，四面进逼，敌无去路，死者约四千人。自是，不敢再追，每夜在数十里外开炮轰击数声则止。清军留蛮化五日，以所获牛马犒师。后得波龙人导引，从间道退出。在明瑞军陷入困境的同时，原来留守木邦的珠鲁讷等五人千人，也在缅军攻击下，全军覆没。至此，明瑞军与内地联系全部断绝。乾隆帝得知明瑞军孤军深入，久无消息，多次下令额尔额援救木邦，而他却畏敌如虎，不敢径进，反而绕道退回宛顶，逗留不前。明瑞孤军奋战，退至距宛顶约二百里的小猛育，遇敌兵四五万人追击。清军分七营拒战终日，明瑞以援军不至，无法生还，遂分遣诸将率兵士乘夜退去。而自己与观音保等领亲兵侍卫数百人殿后御敌，终于力尽不支。观音保与遗矢刺喉而死；明瑞身负数伤，怕落敌手，力疾行二十里，割发授家人归报，自缢而死。乾隆帝闻报，以额尔登额屯兵宛顶，观望不救，逮至京师，凌迟处死。又命大学士傅恒为经略，阿里衮、阿桂为副将军，舒赫德为参赞，再征缅甸。

乾隆三十二年（1767）五月，明瑞以云贵总督兼征缅将军赶赴永昌，先后调集满汉官兵二万六千余人，议定两路出师，会攻缅甸国都阿瓦。九月二十四日，清朝大军分路出境，一路由明瑞统兵一万七千，由宛顶向木邦攻锡箔；一路由参赞大臣额尔景额领兵九千，由虎居关往才老官屯攻猛密，约于阿瓦会师。明瑞统军出发时，正值连日大雨，山路泥泞，人马阻滞，行进迟缓。至十月初十日，始到宛顶。十八日进入木邦，缅兵已经弃城而去，遂留兵五千，令参赞珠鲁纳统领驻守。明瑞率兵一万二千继续前进。十一月，造浮桥渡大垒江抵锡箔，缅兵千人退守大生桥南岸。清军绕道过江，击溃敌兵，斩杀五百余人。十一月二十九日，到达蛮结附近，缅兵数千突然从密林冲出交战，明瑞麾军厮杀，斩敌二百余人，敌兵退去。明瑞登山了望蛮结形势，见敌人甚多，所设十六寨，俱在险要处，密林之内，隐约见有埋伏，复列象阵。明瑞遂与诸诸商定先攻中坚之策。十二月初二日，领队大臣观音保领兵先据山左，哈国兴等分三路登山，向下俯冲，直逼大营；明瑞等率先冲击，兵士奋勇，先以刀砍伤大象，使其倒奔，冲突缅兵，敌军败退。黔兵十余人奋勇跳入大寨木栅内，众兵乘势攻入，缅兵披靡。一连又破三垒，战至二更，其余十二寨之敌乘夜遁去，蛮结尽破。这一仗计杀缅兵二千余人，明瑞督军作战，被击伤一日，犹自坚持指挥。捷报至京，乾隆帝十分高兴，嘉赏众将，授明瑞一等诚嘉勇毅公。

乾隆三十二年（1767）五月，蔡显《闲闲录》文字狱案发生。蔡显，字景真，号闲渔，江苏华亭人，雍正年间举人，在家乡教书为业，著有《闲闲录》、《红蕉诗话》、《宵行杂识》等书，自行刊刻流传。这些书中记载了一些地方官绅的不肖言行，被当地官绅怨恨。于是，他们摘取书中的一些诗句，诬指为怨望讪谤之词，又散发匿名揭帖进行陷害。蔡显自信无罪，便携带自己的书籍向当地官府自首，希望当事者为之剖白。不料这些官员竟将书内失志怨愤之语指为罪证，将蔡显定凌迟处死罪。乾隆三十二年（1767）六月初五日，乾隆帝以蔡显身为举人，造作书词，恣行怨诽，情罪重大，重新审理此案。先阅原书签出各案，多为侘傺无聊、失志怨愤之语，尚无诋毁朝政字句。及细检《闲闲录》等书未被签出之处，见有称戴名世以《南山集》弃市，钱名世以年羹尧案得罪；又有：“，风雨从所好，南北杳难分”；“莫教行化乌肠国，风雨龙王行怒嗔”。等诗句，乾隆帝认为这是“有心隐约其词，甘与恶逆为伍”，命将蔡显改为斩决，其子蔡必照改为斩监候，将蔡显书籍通行销书毁版，所有为书作序和帮助校刻的二十四名学者，分别遣戍边远地方。

乾隆三十三年（1768）四月，缅甸因与暹逻交战，不想再与中国构衅。遂放回清军被俘士兵，令其代为致书清军统帅，请求纳贡息兵。副将军阿里衮据以奏闻，乾隆帝不允，决计再次对缅甸大举进攻。他下令从东北、福建、四川、贵州等省调拔满汉水陆官兵四万余名，派往云南军营待命；又将各地贮存、制造的冲天炮、九节炮、火箭、火罐等军用武器，以及避暑祛瘴药物等送往军前备用，还拨银二百万两，备马五六万匹以济军需，至年底准备就绪。乾隆三十四年（1769）二月，正式授傅恒经略敕印，并设宴为诸将送行。傅恒于二月二十一日离京，三月二十四日至滇。四月，与阿里衮、阿桂等议定进兵方略。傅恒力排众议，决定提前于七月出兵，又定三路进兵计划：一路由傅恒统率自戛鸠江（又称槟榔江）出河西，经猛拱、猛养，取木疏，直捣阿瓦，是为正师。一路由阿桂率领自江东，经猛密南行，为偏师。一路由阿里戛等率福建水师由江顺流而下，以为策应。当年七月二十日，傅恒自腾越起程，率军渡戛鸠江西行，猛拱、猛养献象、牛、粮食而归服。时缅甸正值秋收期，不及迎战，所以傅恒军行二千里，兵不血刃。但途中雨多路滑，驮马倒毙，兵士食宿不易，再加天气炎热，生病的人很多。傅恒改变原定取木疏、攻阿瓦的计划，收兵回归。十月，再率师至蛮莫与阿桂等相会合。大军将出伊洛瓦底河，缅军已列舟扼住江口，又分兵两岸拒敌。于是，哈国兴将水师，阿里衮、阿桂将陆军，分别在两岸前进。东岸敌先至，阿桂令矢铳齐发，骑兵劲旅从左右冲入，敌兵大溃。哈国兴等率舟师乘风进攻缅军水师，敌船自相撞击，杀溺数千人，河水变赤。西岸阿里衮军也连破敌栅，其余敌兵逃去。清军三路大捷。此时，傅恒与阿里衮染时疫病倒，诸将商议不攻陛瓦，可就近攻取老官屯。不料老官屯依坡临河，寨栅构筑十分坚固严密。清军进攻旬日不得进，采用大炮轰击，以火药炸，均不能破其栅；用老藤拉勾，又被敌兵砍断。而其栅有水门可通舟，故运粮械不绝。后阿桂拨战舰五十艘截其运道，敌始惧，方遣使乞和。当时，清军因水土不服，病者极多，加上战斗中伤亡，四万多官兵，只剩一万三千人，减员过半。阿里衮于十一月病故，傅恒也卧病不起。在这种情况下，闻敌方求和，诸将皆争请罢兵。在乾隆帝允准后，傅恒遂派哈国兴等前往敌寨议和，经过谈判，议定：缅甸对清朝称臣纳贡，归还俘虏，交回侵占土司之地；清朝以木邦、蛮莫、猛拱、猛养诸部人口，付还缅甸。乾隆三十四年（1769）十二月和约既定，清军即焚舟、镕炮撤兵。傅恒还京后，不久即忧愧而死。这场历时四年、耗帑一千三百万两的征缅战争遂告结束。

乾隆三十三年（1768），著名学者齐召南去世，终年六十六岁。齐召南，字次风，号琼台，晚号息园，浙江天台人。乾隆元年（1736），召试博学鸿词，授翰林院庶吉士，充《大清一统志》纂修官，武英殿校刊经史官，《明鉴纲止》馆纂修官。八年（1743）充日讲起居注官。乾隆十二年（1747）充《大清会典》及《续文献通考》纂修官。翌年，授礼部侍郎。十四年（1749），以母老已病辞官。归里后，主教蕺山、万松两书院。不久因同族齐周华文字狱，以循隐罪，拟流，抄家。乾隆帝念其年老赦免，给还部分财产，作为养赡之资。齐召南以病残之身，兼以恐惧抑郁，乾隆三十三年去世。齐召南性机敏，善考订，尤其熟悉史地掌故。所著有：《水道提纲》、《历代帝王年表》、《后汉公卿表》、《史汉功臣候第考》等。其《水道提纲》专考河流，以郦道元《水经注》，明于西北而暗于东南，且对域外水道未详；黄宗羲《今水经》知南而不知北，固作此书予以补正。书中以巨川为纲，以所汇众流为目，故名纲目，条理清楚，注解详明，足资研究史地者参考。齐召南精于经史，所作《尚书》、《春秋》、《三传》、《礼记》等注疏考证及《汉书考证》后序诸篇，于经传源流得失，史籍版本异同，原原本本，无不洞悉。齐召南与杭世骏同试词科，同官翰林，交情最密，相知最深。杭世骏称《一统志》内河南、山东、江苏、安徽、福建、云南六省，皆齐召南所强加。外藩属国，向无底本，为齐召南所创新稿。明史纲目前纪二卷，神、光、熹三朝，为齐召南所新辑。武英殿经史考证，齐召南立功尤多。齐召南一生为学，自天文、历律，以至山川、舆地，无不究习。其《宝纶堂文钞》八卷及《续集》十八卷，为门人及后人所编辑校刊。