光绪二十四年（1898）四月二十五日，即光绪颁布“明定国是”诏书后第三天，翰林院侍读学士徐致靖奏上一折，向皇帝保荐康有为、黄遵宪、梁启超、张元济等“维新救时之才”。二十八日，光绪帝第一次召见康有为，商量和确定变法的步骤和措施。召见中，康有为向光绪陈述中国所面临的危亡形势，提出要尽变旧法，请求光绪统筹全局中。“先开制度局而变法律”。还建议大胆择用有才之士，允许他们上条陈，协助办理新政。康有为还着重指出了八股试士的危害性，并对答了译书、游学、游历等事。对康提出的各种看法和主张，光绪均表同意。召见后，旋准康有为专折奏事，并任命他在总理衙门章京上行走。康有为利用专折奏事的特殊待遇，不断地上奏折、递条陈，提出了一系列新政建议，如开制度局议行新政、奖励工艺创新、振兴商务、开矿筑路、裁撤厘金、废八股改试策论、兴学校、办报馆、禁缠足、裁旧军练新兵等等。百日维新期间，光绪颁布的改革诏令，推行的新政，在许多方面，尤其在文教、军事方面，直接采纳了康有为的建议。

延年会是戊戌变法时期湖南的维新团体。光绪二十四年（1898）闰三月初五日，由谭嗣同、熊希龄等倡立于长沙《湘报》馆内。该会力主改革烦琐礼仪和无所事事、虚耗光阴的陋习，提倡省去无谓应酬、纷扰，珍惜时间，提高办事效率，一日程数日之功，一年办数年之事，规定凡有要事商谈，须先致函相约，过时不候不见；会谈只可言事之本末，言毕即行，不得无聊闲谈。戊戌政变后解体。

保国会是戊戌变法期间维新派的重要政治团体，康有为等发起，光绪二十四年（1898）三月二十七日，成立于北京粤东会馆。议定章程三十条，主要内容为：一、“以国地日割，国权日削，国民日困，思维持振救之，故开斯会以冀保全”；二、以“保国、保种、保教”为宗旨；三、讲求变法，研究外交，谋求经济实效，以协助政府治理国家。还规定在北京、上海设总会，各省、府、县皆设分会。保国会先后集会演说三次，意在合群策、群智、群力，发愤救亡，推动维新运动。由于封建顽固派的攻击、威胁、破坏，一些投机分子畏祸退出，会员由二百人减到百人左右，不久便不得不自行停顿。尽管保国会因被破坏而夭折，但它的宗旨以及康有为、梁启超等人在会上发表的演说，却在天津、上海、广东各地报刊登载，影响很大。

光绪二十四年二月（1898），杨锐等联合旅京川籍同乡，在北京四川会馆发起成立蜀学会，以期互通声气，共同讲求变法维新。三月，扩大加入保国会。

光绪二十四年（1898），为偿付《马关条约》规定的第四期对日赔款，右中允黄思永于正月初九日奏请筹借华款，造自强股票。经户部议决，定名“昭信股票”，寓“以昭信守”之意。正月十四日，正式颁发。二月初九日，户部又拟定具体章程十七条，规定公债发行总额为库平银一亿两，面额分一百两、五百两、一千两三种，共印造一百万张，年息五厘，分二十年还清，前十年付息，后十年本息并付，以田赋、盐税作担保。由户部设昭信局，各省设分局，办理公债发行及偿还事宜。债票准许抵押售卖，但须报局立案。募集债款十万两以上者，由各省报请给奖。“昭信股票”发行后，流弊甚多，遭舆论谴责。同年七月二十二日，经户部奏准，著即停办。

光绪二十四年（1898）正月初三日，康有为被召到总理衙门，由李鸿章、翁同龢、荣禄以及刑部尚书廖寿恒、户部侍郎张荫桓五大臣“问话”。康有为再次申说了变法的主张，并提出了变法的步骤，同时批驳了荣禄、李鸿章等人的诘问，受到了翁同龢的赞赏。初四日，翁同龢把延见康有为的情况向光绪帝作了汇报，并对康加以保荐。光绪拟召见康有为，受到奕訢阻拦。于是，光绪帝命康有为把所有建议书面递呈。正月初八日，康有为上了《应诏统筹全局折》，吁请光绪皇帝决行变法，指出：“变则能全，不变则亡；全变则强，小变仍亡”。他提出了变法的具体办法：一、“大誓群臣以定国是”；二、“立对策所以征贤才”；三、“开制度局而定宪法”。制度局下分设法律、度支、学校、农局、工局、商局、铁路、峠、矿务、游会、陆军、海军等十二局，分别推行各项新政。上书还谈到了派员出国游历、翻译西书、变通科举等问题。《统筹全局折》是资产阶级维新派政治改革的全部要求，也是戊戌变法的施政纲领。光绪帝看了这个奏折，非常满意，更加坚定了变法之志。

光绪二十三年（1898）十二月十三日，康有为欲继强学会未竟之业，邀合旅京广东人士二十余人，在南海馆发起成立粤学会，数日一集，倡导变法图强。又以各会馆皆为京官会集之所，欲“因而导之”，遂草一疏，交御史陈其璋上奏，请将京师同文馆群书颁发各省会馆，以便各京官讲求，了解西学。三月，扩大加入保国会。

光绪二十五年（1899）秋冬间，北京郊县即有一些青少年暗中习练神拳。随着山东、直隶义和拳运动声势的扩大，北京义和拳活动也逐渐由远郊僻静处向中心地带发展。先是北京城邻近郊县拳民，开始进入北京城近郊。光绪二十六年（1900）三月间，城内东单牌楼西裱褙胡同于谦祠堂内，出现了城中心地区的第一个义和团坛口。景山后墙外空地，此刻亦成义和团练拳最活跃的场所，“肩挑负贩者流，人人相引习拳”。入四月后，北京义和团团民中纷纷传言，说是在西郊温泉山煤洞中，掘出一块明代刘基（伯温）预言石碑，碑文有“最恨和约，误国殃民”；“上行下效，民冤不伸”；“趋炎附势，肆虐同群”；“红灯夜照，民不迷津”；“义和明教，不约同心”；“待到重九日，剪草自除根”等语，依此碑文，义和团团民准备在九月初九日起事，击杀洋鬼子。五月初，冀中和顺天府属各州县团民不断涌入北京，北京义和团声势更壮。五月十二日，义和团在北京外城示威，高呼“杀洋鬼子”，群情激奋。十三日，清政府调董福祥甘军入京，驻扎天坛。义和团首领李来中派人前往活动，使甘军士卒加入义和团者超逾五百，其中以虎神营、神机营中士卒最多。甘军中的满族将士，几乎都参加了义和团。十四日，清廷中主张招抚义和团的一派得势，慈禧太后亦下招抚决心，承认义和团为合法团体，默许其入京。从此，京外义和团团民昼夜鱼贯进入京城，日以千计，到处设立神坛拳厂，北京城顿时成为义和团的世界。义和团有宫中贵族支持，甘军响应，威力更大，以致扬言“愿得一龙（指光绪皇帝）二虎（指奕劻、李鸿章）头”。不久，“京师里九外七各城门，皇城各门，王公大臣各府，六部九卿文武大小衙门，均派义和团民驻守”。端王载漪等甚至带领数十名卒义和团团民入宫，查验二毛子（指教民）。五月十七日，北京的义和团开始焚烧教堂，搜杀教民。慈禧太后又感到“京城内外，扰乱已极”，于十八日下诏：“拳匪滋事扰及京城地面，着步军统领衙门迅饬派出弁兵练勇，严行查拿，将首要各犯悉数务获惩办，并解散余党。”十九日，慈禧太后召李鸿章、袁世凯入卫。二十日，义和团和部分清军向西什库天主教总教堂发起猛攻。此时，进入京城使馆的联军先遣队士兵组成巡逻队，经常上街击杀义和团民，各国使馆官员亦参与其间。十九日，他们杀戮义和团民近百人。德国公使克林德，比利时公使姚士登等，均多次带兵捕杀义和团，杀害团民数十人。由于联军先遣队经常以使馆为据点，攻击枪杀义和团，激起了义和团民的极大愤慨。于是，义和团与董福祥甘军一道，于五月二十四日，对各国驻京使馆发起围攻。克林德等人亦于当日，被虎神营士兵在东单牌楼击毙。围攻战持续了五十六天，团民们奋不顾身地进攻战，把北京的义和团运动推入高潮。

光绪二十五年（1899）春季，天津地区开始出现一些义和拳的群众性活动。秋季以后，天津西郊、南郊义和拳的活动明显增多。到了光绪二十六年（1900）初，义和拳公开亮出义和团的旗号，在天津城内，活动更加公开化，他们“痛诋洋人，仇视教民”。二月初，义和团匿名揭帖贴遍天津，号召拳民于三月初一日起事，攻打天津的外国租界。二、三月间，天津城内外，时有幼童、青年演练义和拳，又有青少年妇女演练红灯照，不少清兵亦参加义和团，声势日渐高涨。天津地方当局对义和团的公开活动十分不安，认为“必酿巨祸”，从直隶总督裕禄到天津知县阮国祯，最初都主张对义和团加以查禁和镇压，正在这时，迅速流传的著名揭帖《只因鬼子闹中原》在天津城内出现。揭帖道出了义和团出现的原因、斗争方式及其目的：“助神拳，义和团，只因鬼子闹中原。劝奉教，真欺天，不敬神佛忘祖先”。“不下雨，地发干，全是教堂遮住天”。“神发怒，佛发烦，一同下山把道传。非是邪，非白莲，独念咒语说真言。升黄表，焚香烟，请来各等众神仙。神出洞，仙下山，附着人体把拳传。兵法艺，都学全，要平鬼子不费难。拆铁路，拔电杆，紧急毁坏火轮船”。“大法国，心胆寒，英、美、法、俄势萧然。洋鬼子，全平完，大清一统太平年”。进入四月，天津已是拳坛林立，其中以庞维（庞围）、林黑儿（黄莲圣母）两支最为著名。为赶制武器，业冶铁者，家家铸刀，丁丁之声，日夜相继。清地方官府曾出告示禁止冶铁，拳民闻讯，纷集县署，逼官驰禁，官方被迫从之，冶铁锻刀者遂遍街巷。五月十二日，安次县义和团乾字团，首领杨寿臣率数百名团民进入天津。接着，静海一带义和团著名首领曹福山率数千乾字团团民入津，五月下旬，有“天下第一坛”之称的义和团首领张德成又率七千团民进驻天津，裕禄失去对天津的控制。从进入五月以来，天津义和团已开始抗击外国侵略军的战斗，他们首先与在大沽登陆的外国侵略者开战。五月初六日，独流镇团民与俄国哥萨克马队冲突，团民死二、三十人。初十日，义和团在天津郊外又与侵略军发生了战斗。此时，天津租界内已进驻联军三千余人，他们开始炮击义和团。十八、十九两日，天津义和团焚毁城内教堂八处。二十日，俄军用机枪扫射前往天津火车站的义和团，三四百名团民死亡。二十一日零点五十分，法、英、俄等国联军从海面和炮台后侧同时猛攻大沽炮台，天津镇守总兵罗荣光率守台官兵奋勇还击，激战六个多小时，打死打伤联军一百三十余人，击伤敌舰六艘，但北洋海军统领叶祖珪贪生怕死，临阵脱逃，守台将士被迫放弃炮台。从此，法、德、英、俄、日等国联军纷纷从大沽登陆，进入天津，天津义和团开始了抗击联军的更英勇的战斗。

光绪二十五年（1899），山东清平县义和拳改称义和团。同年夏季，清政府转变了对义和拳一味绞杀的政策，改行抚剿兼施的策略。毓贤接任山东巡抚后，奏请朝廷承认义和拳为合法民间团练，正式改义和拳为义和团。此后，义和团争得了合法地位，各地义和拳也陆续改称义和团。毓贤对义和团的招抚政策，使山东义和团迅速扩展，团众四处攻打教堂，驱逐教士，与助教士为虐的地方官员作对。光绪二十五年九月，朱红灯在平原县杠子李庄，首先树起“兴清灭洋”的大旗。此后“顺清灭洋”、“保清灭洋”、“扶清灭洋”等口号都陆续出现，后来大都统一为“扶清灭洋”。同时，日趋高涨的义和团运动也波及直隶、天津。袁世凯任山东巡抚后，极力镇压义和团，山东的义和团向华北、京津等地发展，进一步推动义和团运动的高涨。