清政府宣布实行“新政”后，在外国资本主义列强的要求下，对传统的官制和机构一些形式上的改变。光绪二十七年（1901）六月初九日，清政府宣布撤消总理各国事务衙门，改设外务部。该旨令宣称：“现当重定和约之时，首以邦交为重，一切讲信修睦，尤赖得人而理”，因此对总理各国事务衙门进行改组。外务部“班列六部之前”。派奕劻总理外务部事务，王文韶为会办大臣，瞿鸿礻几为尚书，余寿朋、联芳为右侍郎。

辛丑条约签订后，列强为加强对中国的控制，要求清政府进行所谓“改革”。清政府鉴于国民不满情绪日益高涨，统治日趋不稳，也不得不对传统方式做改弦更张，遂公开表示将实行“新政”。光绪二十七年（1901）三月初三日，清政府下令设立督办政务处，以为推行新政的办事机关。派奕劻、李鸿章、荣禄、王文韶、昆冈、鹿传霖六人为督办政务大臣（后又增派瞿鸿礻几）、刘坤一、张之洞（后又增派袁世凯）遥为参预。政务处下设提调二人，章京若干。该处负责制订新政各项措施，掌管各地官吏奏章及办理全国官制、学校、科举、吏治等事务。光绪三十二年（1906）督办政务处改为会议政务处，次年并入内阁。

1901年1月29日，慈禧太后下诏变法，要“取外国之长”、“去中国之短”。开始实行“新政”。在“新政”推行的最初三年里，比较突出的有三件事。第一是提倡和奖励私人资本办工业。1903年9月，朝廷成立了商部，由前一年曾被派往英国、法国、美国和日本考察的皇亲贵族载振担任尚书，工矿业和铁路都归这一部管理。第二是废除科举考试制度，设立学堂，提倡出国留学。1901年清廷即命各级书院分别改为大学堂、中学堂、小学堂，引进新式教育。1904年1月，张之洞等制定通过了学堂章程，将普通教育分为初等、中等、高级教育，这就是具有近代化性质的“癸卯学制”。从1906年起，停止科举考试，一律从学堂选拔培养人才。中国延续了1000多年的科举考试制度，从此结束。第三是改革政制与军制。1903年12月，清廷成立练兵处，以奕劻总理练兵事务，袁世凯为会办大臣，袁世凯实际掌握了练兵大权。清末新政，在实际操作上是戊戌新政的继续。它是在不触动旧有的封建势力的基础上采取的防危补救措施，从某种程度上讲，它是清廷向西方列强讨好的一种表现。

光绪二十七年（1901）八月二十四日，慈禧太后偕光绪皇帝及文武百官自西安启程返京。当时，“仪卫甚盛，发卒数万人，各省所供献太后私财六七百万，尽辇之而东”，车辆多达三千余乘。他们出潼关，途经洛阳、开封，于十一月二十四日（1902）在直隶正定改乘火车到省城保定。二十八日，慈禧太后等自保定乘火车至北京马家堡车站，遂乘舆经永定门入正阳门还宫。慈禧太后进宫后，随即令人挖掘出逃前埋葬的金玉宝器，因未丧失兴奋异常。十二月九日，慈禧太后接见各国驻华使节。这是她第一次在召见中公开露面，给各国使节以前所未有的礼遇。二十三日，慈禧太后又接见北京公使团的夫人们，并问候曾被义和团围困过的使节夫人。

光绪二十七年（1901）春，直隶广宗县官绅和教士议定“地方赔款”，赔偿当地教会损失京钱二万吊，引起当地民众的义愤。民众推举武举出身的景廷宾（1861－1902）为首领，抵制地方赔款。该年冬季，新知县魏祖德到任后，强令各村每亩摊派赔款捐四十文，再次激起民仇。景廷宾传帖聚众，遂在城郊武装示威，宣称“所有地丁捐款概不缴纳”，赢得全县民众的响应，景所在的东召村成为抗捐运动中心。光绪二十八年（1902）二月，袁世凯派练军前往广宗镇压，炮轰东召村，景率众转移巨鹿县。三月十六日，景廷宾率数千民众在巨鹿厦头村宣布起义，自号“龙团大元帅”，竖起“官逼民反”“扫清灭洋”大旗。起义军迅速扩展到近四万人，多为原义和团团民，转战巨鹿、邢台、唐山、内丘、新河、平乡等县。起义军提出“复仇雪耻”的口号，向洋教士、洋教会发起攻击，在威县处死法国教士，使冀、鲁、豫边区震荡不已。清政府在列强的催逼下调兵遣将前入镇压。袁世凯令段祺瑞、倪嗣冲猛攻起义军。法、德、日等国侵略军六千余人也从北京直赴南宫、冀州助剿。四月初二日，清军围攻起义中心广宗县件只村，村落在炮火中化为焦土，景廷宾等经死战突围。但不久广宗、巨鹿、威县、南宫等处根据地相继陷落，景被迫向山东、河南边境退却。五月，景廷宾在临漳兵败被俘。六月，在威县英勇就义。景死后，余众四散，起义遂告失败。

光绪二十八年（1902）初，英、美、日、葡等国向清政府表示，若中国能参照西方律例，对刑律进行改革，则放弃其领事裁判权。清政府感到“墨守旧章授外人以口实，不如酌加甄采（外国刑律），可收长驾远驭之效”。遂于四月初六日，派刑部右侍郎沈家本、驻美国公使伍廷芳“将一切现行律例，按照交涉情形，参酌各国法律，悉心考订，妥为拟议，务期中外通行，有裨治理”。把修订《大清律例》纳入“新政”范畴。沈家本、伍廷芳受命后，参照西方和日本等国的刑律，将《大清律例》中相互重复，已经停止以及特别残酷的封建判刑条例进行了合并和删除，把充军、流刑、徒刑改为服劳役；废除了凌迟、枭首、戮尺、缘坐、刺字等酷刑；把笞、杖改为处罚金，轻罪禁用刑讯；将虚拟死罪改为流刑、徒刑。光绪三十一年（1906）三月二十日，清政府采纳了沈家本、伍廷芳的部分修订意见，宣布删去《大清律例》中凌迟、枭首、戮尸、刺字等酷刑。随后又颁布“恤刑狱”若干条，“禁止刑讯、拖累、变笞杖”。

光绪二十八年（1902）底，政务处督办大臣奕劻奏请在七部之外新增设商部，“以为振兴商务之地”。清政府允其所请。光绪二十九年（1903）七月十六日，商部正式成立。奕劻之子载振补授商部尚书，伍廷芳、陈璧补授左右侍郎，后又聘东南实业巨人张謇充当商部头等顾问。八月初六日，清政府命将全国路矿事务归商部办理。商部成立后，颁发了《商部章程》、《奖励公司章程》、《重订铁路简明章程》、《劝办商会简明章程》、《矿务暂行章程》、《公司注册试办章程》等一系列举办商务、奖励实业的章程。同时还奏请设立路矿农务工艺各项公司，通饬各级官吏及局卡委员，“一律认真恤商持平，力除留难延搁各项积弊，以顺商情而维财政。”商部还认为“商之本在工，工之本在农，非先振兴农务，则始基不立，工商亦无认为资。”遂提出清查地亩，辨别土宜以及兴修水利，发展畜牧，设立农务学堂与农事试验场等建议。

光绪二十八年（1902），晚清著名科学家华衡芳逝世。华衡芳是江苏金匮县（今无锡人），生于道光十三年（1833）。他幼年时偶得一残缺不全的明代数学家程大位所著《算法统宗》“读而好之”，“不数日而通其术”，从此对算学发生浓厚兴趣，经常到书坊搜集算学书籍。在其父支持下，他得以纵览中国古代算学著作。后到上海入由外国传教士麦都思创办的墨海书馆，接触到西方近代自然科学知识。咸丰九年（1859），由他著文，近代著名科学家徐寿作图的《抛物浅说》完成。华氏研究成就的日高，引起洋务大吏的重视。同治四年（1865），华衡芳应召到江南制造局，协助徐寿主持技术事务。后参加制造局译书馆的工作，与外国译员合作译出《金石识别》、《地学浅说》、《代数术》、《微积溯源》、《三角数理》、《合数术》等有关地质、矿物和数学方面的书籍。与此同时，他“潜心著述”，先后撰就《算学笔谈》、《开方别术》、《积较术》、《开方古义》、《循环小数考》等数学著作。华衡芳把一生的大部分精力献给了中国的数学事业，甚至无暇顾及家庭，妻死子亡，他都未能亲自料理后事。除了科学研究和数学之外，华衡芳对地位利、禄十分淡漠，甚至他溘然离世，“未尝一涉宦途”，“敝衣粗食，穷约终身”。

光绪二十八年（1902），夏曾祐撰写的《最新中学中国历史教科书》完稿。这部教科书只将中国古代史写到隋朝，但却是近代中国人用进化论观点指导历史研究的第一次尝试。在该书中，夏曾祐把中国历史置于上古、中古、近古连续发展的过程中去思考，强调古今事变的因果联系，并将其反封建专制主义思想贯穿于全书。该书最引人注目的是关于历史分期的见解。其中“中国五千年之历史，战国为古今之大界”，并具体分析了战国时期各种改革，认为其中的军政改革，“此事与家族社会与国家社会不同之界，较他事为尤甚”，实为战国封建说的初次猜测。其中“清代二百六十一年为更化时期：此期前半，学问政治，集秦以来之大成；后半，世局人心，开秦以来所未有。比盖处秦人成局之已穷，而将转入他局”。道光以后，与天下相见，数十年来，乃骎骎有战国之势，于是识者知其运将转矣。实为划分古代与近代史分期的首次尝试，是近代史学史首出的卓见。夏曾祐还在书中“历史之益”一节中，强调“夫读史之人，必悉其史中民陈，引归身受，而后读史乃有益”，即让人从史书中汲取教益。这部从形式到内容都十分新颖的历史书，使人耳目一新，深得当时读者欢迎。

光绪二十八年（1902）十月九日，由梁启超主编的《新小说》月刊在日本横滨创刊。主要编辑者有韩文举、蒋智由、马君武等。刊特以发表小说为主，兼及诗歌、戏曲、笔记和文艺理论。创刊号上，发表了梁启超的小说理论名作《论小说与群治之关系》。文章对小说的社会作用、社会影响、在文学中的地位及艺术特点等问题，进行了全面的论述，并第一次提出小说必须改革的主张。梁启超在该文中指出：“欲新一国之民，不可不先新一国之小说”，“欲新政治，必新小说”，对此后小说理论研究的展开、创作的繁荣产生了深刻的影响。在创刊号上，还发表了梁氏的小说《新中国未来记》，此后还连载了吴趼人的《二十年目睹之怪现状》等作品，或暴露当时社会的阴暗，或提出社会改革的设想，多与时局政治相关，染有浓厚的改良主义色彩，开创了晚清小说发展的新阶段。《新小说》的创刊，可视为近代中国粗具规模的新型小说刊物的发端，它与后来创刊的《绣像小说》、《月月小说》、《小说林》被称作晚清四大小说杂志。