康熙十五年（1676）七月，耿精忠部中都尉徐光武看到郑经军威日盛，耿军人心惶惶，于是，他秘密派人携书，驰赴衢州守将马九玉，令速请清军入闽。逾月，马九玉遣心腹向奉命大将军、康亲王杰书纳款。是月十六日，马九玉率军绕道常山、玉山，由河口分水关进入福建。杰书命宁海将军喇哈达、都统赖塔等将士尾随其后。二十日，清军进入福建关隘仙霞关，耿部守将献城迎降。二十一日，清军收复浦城。九月，赖塔等部清军克建阳、建宁等府城。同月，杰书统兵至延平，耿部守将耿继美等开城降清。同时，耿精忠遣子献印请降。十月，杰书率师至福州，耿精忠出城迎接，清军入城安民，传檄各府县。复连取郑经所据兴化、泉州、漳州等府。次年二月，除郑经尚据厦门外，清军收复了福建全省。

康熙十五年（1676）九月，耿精忠降清，尚之信势益孤。耿仍留靖南王爵，证实康熙帝所言，“如输诚悔罪，仍许自新。”康熙十五年（1677）十二月，尚之信命人携密疏来到扬威大将军、简亲王喇布军前，请予准降。喇布立即代奏。九月，康熙帝谕尚之信，将其已往之罪并其属下官兵全部赦免，准立功自赎。康熙十六年五月，尚之信率广东省城文武官兵民等剃发归降，并派其弟尚之瑛往韶州，迎接镇南将军莽依图所统清军。六月初三日，康熙帝命尚之信袭其父尚可喜平南亲王爵，出兵往征湖南。然而，自此之后，尚之信以各种借口，拒绝出兵，驻兵不离省城。康熙十七年（1678）正月，清军接连败与吴三桂军，广西危机。康熙帝即命尚之信火速进兵广西。尚之信则已沿海有警，兵力有限，难以分兵回奏。复以高、雷、廉三州府初定，人心不稳，仍请留驻广州。康熙十八年（1679）七月，尚之信疏称所患痢疾加重，擅自将横州等地前线兵撤至广州。其间，永兴危机，他坐视不救；从征之师，又密嘱勿进。尚之信本性残暴，酗酒伤人，视为常事。对藩下投清官员，他非辱即杀，引起极大民愤。康熙十九年（1680）三月，尚之信偶赴广西武宣。护卫张永祥等赶至京城，首告尚之信诸多罪状。康熙帝即命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄托等以巡视海疆为名赴广东查实，如罪证确凿，可令都统王国栋将他逮捕。五月二日，宜昌阿与王国栋传檄正在武昌的总督金光祖。金随即兵围武昌，逮捕尚之信并将其押回广州处死。两广局势渐趋稳定。

康熙十五年（1676）八月，清军进入了福建关隘仙霞关，连克浦城、建阳、建宁等府县。郑经也在夺得漳、泉、汀府府后，复取兴化，兵锋直指耿精忠所据省城福州。是时，耿部守潮州、海澄等地官兵纷纷降郑，而白显忠一部在江西又被清军大败，连失建昌、饶州、广信等府县，曾养性部则在浙江被清军所阻。福州势危。九月，奉命大将军、康亲王杰书以军帖形式劝耿精忠归降，其书称：“郑经与尔有仇，尔当助大兵进剿立功，何久事仇人为叛逆？”许以为他保题，仍为王爵，镇守福建。耿精忠知势不可为，乃生降意。同月十九日，耿精忠剃发易服，遣子耿显祚等向杰书献印请降，兼迎清军入城。逾月，杰书率师至福州，耿精忠领文武官员出城迎降，献上所属官兵印册。清军入城安民，传檄所属郡县。耿精忠向杰书请求立功赎罪。康熙帝命耿精忠保留靖南王爵，统所部征讨郑经以自赎。耿部兵丁照额留用，余者另行安排。复命其弟耿昭忠为镇平将军，驻福州，统辖靖南王藩下留守官兵、家口。康熙十六年三月，耿精忠会同其他清军，率部攻潮州，郑部刘进忠降。八月，康熙帝命耿精忠仍驻潮州。康熙十八年（1679）十月，因福州满洲兵即将撤离，康熙帝虑耿精忠又生他变，谕杰书促其来京陛见。康熙二十一年（1682）正月，康熙帝待耿精忠旗下人员全部由福建撤至京城后，传旨：革去耿精忠王爵，即凌迟处死，其子耿显祚革职处斩，党羽白显忠、曾养性、刘进忠等八人凌迟处死，黄国瑞等十五人处斩，耿精忠、刘进忠首级悬挂示众。

康熙十六年（1677），吴三桂仍坚守衡州（湖南衡阳）。然而，清军的包围圈已逐渐紧缩。吴三桂于穷迫之时萌生称帝自娱念头。于是，他授意文武官员接连劝进。康熙十七年（1678）三月初一日，他在衡州称帝，建元昭武，国号周，以衡州为定天府，册封妻张氏为皇后、吴应熊庶子吴世璠为太孙。设六部，置百官，大封诸将为国公、郡公、候、伯，颁造新历，并在云南、贵州、四川、湖南举行乡试。殿瓦不及易黄，便用黄漆涂饰。搭盖芦舍数百间，权做朝房。筑坛衡山，为祭告天地之处。是日原本晴天，忽然狂风陡起，暴雨骤降，吴三桂称帝礼不得不草草结束。时清军已收复永兴，而永兴乃衡州门户，相距仅百余里。为此，吴三桂倾剿而动，攻打永兴。战斗异常激烈，清军拼死坚守。其间，吴三桂初患中风，又病噎膈，未久，又因饮食不善，染急性赤痢。八月十七日，他在衡州病死，年六十七岁。吴世璠奔丧至贵阳，夏国相、马宝等拥他继帝位，改元洪化，以昆明五华山平西亲王府为宫城。吴世璠以大学士方光琛、国公郭壮图为心腹，封夏国相为上柱国左丞相、马宝为元帅。

康熙十六年（1677），吴三桂分兵进犯广东韶州等军事要地，叛乱之势再次扩大。八月，两广总督金光祖疏奏求援，镇南将军莽依图复以韶州紧急奏报。康熙帝谕示：这都是因定远平寇大将军、安亲王岳乐和征南将军穆占拥兵坐守长沙所致，命穆占率部速赴乐昌，截断吴军入韶州后路，命尚之信亲统官兵驰援韶州。九月，吴部金吾左将军胡国术和亲军骁骑前将军马宝挥兵一万余人，与清军在韶州莲花山等处展开激战。清军奋勇拒战，分兵夹击，破吴军四营，斩获甚众。吴军大败而逃。逾五日，胡国柱部又弃帽峰山而溃，韶州转危为安。康熙帝感到韶州地方重要，先从莽依图请，留额楚等守韶州，后又虑及军情不能延误，命额楚以江宁将军印统领军马，贝勒参赞军务。

康熙十六年（1677）二月，吴三桂部总兵官关世荣等率官兵家口一万余人至赣州投诚。同月，郑经部总兵赖鄂球率官兵一万余名投清。六月，归诚者有吴部总督董重民、刘进忠部总兵陈玉连等。次年，吴部吉安将军韩大任率文武官员九百五十四名、兵丁一万三千余人降清。降清叛军官兵总计三万五千一百余人。康熙十八年底，吴部将军、总兵等文武官员三百八十二名、兵丁一万四千三百余投诚。康熙二十年（1681）四、五月间，吴部各级将领宋国辅、张国柱等十七人，各率所部官兵及印札投清。这些对于清军尽早平定吴三桂之老巢云南起了推进作用。

康熙十六年（1677）七月二十九日，康熙帝召大学士索额图、李蔚等大臣，论及朋党之害，谕示：人臣服官，惟当一意奉公。如若分立门户，私植党羽，始则蠹国害政，终必祸及身家。历观前代，莫不皆然。他指出：那些暗结党羽者，形迹诡密，然其背公营私，人必知之。因为他们“凡论人议事之间，必以异同为是非，爱憎为毁誉，公论难容，国法莫逭。百尔臣工，理宜痛戒！若夫汲引善类，不矜己长，同寅协恭，共襄国家。诚如宋代欧阳修所云，君子同道为朋者，是又不可以朋党论之。

康熙十六年（1677）三月二十七日，康熙帝谕吏、户、兵部：自吴三桂叛乱以来，各平叛地方的文武官员，或矢志固守、尽节封疆，或坚贞不屈，惨遭杀害，或从容就义，全家殉难。“此皆为国捐躯，克全忠节，深为可悯。”著各省总督，巡抚查明殉难官员的骸骨及遗下孤苦无依的妻、子，俱准动用正项钱粮，送其各归故里，以慰忠魂。

康熙十七年（1678）以来，福建总督姚启圣一再力荐施琅，称他“廉勇优长，威名素著，深识水性”，甚至愿以全家百口担保，请授施琅重任福建水师提督，以便以施琅为先锋，同取台湾，相辅成功。康熙二十年（1681）七月，康熙帝授施琅福建水师提督，加太子太保，谕以当与福建总督、巡抚等官同心协力，以清海疆，勿负委任至意。十月，施琅到任，即疏言理当独任进征台湾，姚启圣早有亲定台湾之志，因此深感失望，也疏请“宁愿战死海上，而断不肯回厦门苟且偷生。”又从战前准备、总督职责等方面具疏驳斥施琅。康熙二十一年（1682），姚启圣患背疽日重，毫不惦念妻、子等人，惟以不得台湾为憾。同年八月，康熙帝斥责施琅，仍命施、姚同征。但是两月后，议政大臣会议、大学士明珠等人均同意施琅专征，认为两人同征，则难免彼此掣肘。同时，施、姚在进征的时机等方面也确多分歧，容易使矛盾激化。十月初六日，康熙帝决定施琅根据时机，独自往征，命姚启圣等协助施琅，催运粮饷。姚启圣夙愿既失，仍以大局为重，昼夜督修战船，带头捐赠随征官兵俸饷，并将家中的银盘杯碗、金银首饰全部捐出。官兵见此情景，相视感叹，莫不涕零，各矢用命！但是，在施琅规取台湾前后，施琅、明珠及其他大臣对姚启圣时进微词，康熙帝误听谗信，对他屡加谴责。致使姚启圣蒙不白之冤，忧愤交加，病势日危，遂于康熙二十二年（1683）悄然辞世，终年六十岁。

康熙十七年（1678）闰三月十六日，因郑经仍据守厦门，接连进兵海澄，清军在海澄保卫战殊为艰苦，康熙帝令福建仍照顺治十八年（1661）定例，立界迁海，将界外民尽迁内地，严海禁，绝往来。对被迁人民，豁免本年地丁额赋与差役杂项。康熙十八年二月，清廷把福建福宁至诏安一带百姓，尽逐入内地。又量地险要，或十里，或二十里，筑小寨，设守兵，限以界墙。于是，滨海数千里没有人烟，沿海众多百姓倍受其害。