康熙十七年（1678）二月因江西已定，康熙帝遂命安远靖寇大将军、贝勒尚善和宁南靖寇大将军、顺承郡王勒尔锦进取军事要地岳州。逾月，批准尚善疏请，命湖广总督蔡毓荣率绿旗兵五千名，同攻岳州。是时，吴三桂亲军水师右翼将军林兴珠自湘潭投清，康熙帝授其为建义将军，封候爵，吴部军心动摇。五月，康熙帝接受林兴珠谏言，谕扎营岳州的水师官兵，进入洞庭湖，并分驻君山等处，以切断岳州叛军同常德、长沙、衡州等地的联系。八月，康熙帝在谕示尚善等将帅的作战方案中强调：我船很多，应在小船内多装火器，乘夜袭扰，不使敌人有喘息之机。同月，尚善病死。贝勒察尼继任其职。十一月，岳州吴军粮饷危机，因而不断出击，欲通粮道，但均为清军击败。十二月，吴部岳州水师将军杜辉密书请降，事泄，杜辉及其共谋者多人被杀，吴军内乱，总兵陈华等吴部文武官兵投诚。康熙十八年正月初八日，吴部总兵王度冲、将军陈珀等率舟师降。岳州守将吴应麒知粮道已断，清军水陆围困，遂于本日弃城而逃。察尼等率清军收复岳州。

康熙十七年（1678）正月二十三日，康熙帝谕吏部：自古以来，凡一代之兴，必有博学鸿儒。清朝同样崇儒重道，培养人才。遂令在京三品以上官员及六科给事中与都察院各道监察御史，在外总督、巡抚、布政使、按察使，分别举荐不论已仕未仕学行兼优、文词卓越者，以便亲试录用。于是，大学士李霨等举荐原任副使道曹溶等七十七人。八月，吏部题奏，各省举荐的博学鸿儒人员，原令他们从速起程，今陕西李颙等二人，江南汪琬等九人、直隶杜越等二人、浙江应为谦、山西范高鼎、江西魏禧，均以病辞。陕西李因笃也以母老辞。于是，康熙帝再次颁旨：“该督抚作速起送来京，以副朕求贤至意。”康熙十八年三月初一日，博学鸿儒科在体仁阁考试，参试者一百四十三人，试题为“璿玑玉衡赋”和“省耕诗”五言排律二十韵。同日，康熙帝命吏部尚书郝惟纳等宣谕：“汝等俱有才学，原可不必考试，但考试正以显其才学，所以皇上敬重，特赐宴，为向来殿试所无，汝等需悉皇上至意。”三月二十九日，又谕吏部：取中一等彭孙遹等二十人，二等李来泰等三十人，授以职衔，俱纂修《明史》。其未中者或回任，或候补，或回籍，年老者予以职衔，以示恩荣。告病者不必补试。五月十七日，授取中邵吴远为侍读，汤斌等四人为侍讲，彭孙遹等十八人为编修，倪灿等二十七人为检讨。职衔均属翰林院官。

《芥子园画传》通称《芥子园画谱》。因刻于清初著名戏剧家李渔别墅芥子园而得名。康熙十八年（1679），该书由王概编绘出版，初集五卷系木板彩色套印。内容为山水谱。此后，王概兄弟王蓍、王臬等人又编二集、三集于康熙四十年（1701）出版，内容分为兰、竹、梅、菊四谱，八卷；花卉草虫、花木禽鸟二谱，四卷。该书为中国画技法图谱，浅明易懂，所以广为流传。清嘉庆年间，该书第四集《人物画谱》刊成，四卷，附《图章会纂》。

康熙十八年（1679）八月二十八日，抚远大将军图海疏报：进取汉中，兵分四路，拟于九月八日出师。康熙帝谕示：各路捷报纷至，宜乘此时早复汉中，速定四川，直捣穷追，勿使敌寇占据险要。九日，他又谕示陕西诸将：吴军溃散动摇，急应尽快进兵，否则，万一有变，使其再据云、贵、川，后悔无及。十月二十二日，奋威将军王进宝率部攻下武关。二十七日，其部猛攻鸡头关，吴部大将王屏藩撤向广元，清军恢复汉中府，大军已达陕、川边界。逾月，图海部和陕西提督赵良栋分别克取甘肃阶州、徽州，兵进四川。康熙帝相信王进宝和赵良栋，命两军继续前进，攻取保宁。康熙十九年初，赵、王二部分别攻克绵竹、成都、保宁。二月，将军吴丹收复重庆，吴部文武官员献城投降，达州等州县均被恢复，四川平定。康熙帝又谕赵良栋进剿云贵，命镇南将军莽依图等军也自两广分道进取。三月，赵良栋疏言进军方略，请以湖广官兵取贵州，另兵四路分散云南。康熙帝从其言，命录其疏，发诸路将帅酌议，敕将军以下诸臣，进征云南，严禁官军抢掠。八月八日，定诸路清军挺进云南路线：扬威大将军、简亲王喇布筀产由广西进，定远平寇大将军、贝子彰泰等由沅州取贵州，勇略将军赵良栋和吴丹在攻克遵义后直取云南。吴部将领海潮龙率部至赵良栋军前投诚，愿为前驱。十一月，彰泰部在连克贵州诸府县后，直攻省城贵阳，吴世璠等统官兵于夜间逃走。安顺等府一一收复。至康熙二十年三月，贵州全省已定。同年正月彰泰、平南将军赖塔、绥远将军蔡毓荣诸部先后到达昆明附近。二十日，吴部将军胡国炳率一万余名马步军，在城外与清军激战，胡国炳被斩，吴军大败，逃入城内。四月，赖塔等挥军掘壕，围困昆明，吴世璠据城死守。康熙帝命振武将军佛尼勒与赵良栋两军，急速追剿援助昆明的吴军官兵。五月，清军收复失地益多，吴军来降将领和士兵日众，昆明势危。三藩之乱的最后平定已为期不远。

康熙十八年（1679）七月二十八日上午九时至晚七时京师发生强烈地震。是时，地声如雷轰，其势如涛涌，白昼昏黑。震倒顺承、德胜、海岱、彰仪等门，坍毁城墙，难以数计。宫殿、官廨、民居，十倒七、八。压伤大学士勒德洪，压死内阁学士王敷政、掌春坊右庶子翰林侍读庄冏生、原任总理河道工部尚书王光裕一家四十三口，其他文武官员、命妇死者甚众，士民死者更不可胜记。二十九日、三十日，复大震，通州、良乡等城俱陷，地裂成渠，流出黄黑水，黑气蔽天。有一名总兵官眷途经通州，家属八十七人因房屋倒坍被压死，仅活三口。康熙帝在景山避震三昼夜。臣民生者露宿街头，枵腹惊惧，死者秽气薰天。此后，时有微震。八月八日、十二日、十三日又大震如初，京城附近三百里内，压死人民极多！十九日至二十一日，降大暴雨，九门街道，积水成河。二十六日晚和九月二十五日，京师再次大震。此次地震波及范围西至陕西、甘肃，北到辽宁，南及江苏、安徽等十省区。七月二十八日首次强震时，康熙帝即谕户部速议救灾措施，命八旗都统亲行详察，命满汉御史协助京师五城御史详细了解塌房伤人的情况。二十九日，户、工二部议定了对无力修葺倒塌房屋和无法棺殓死亡人口的给银数目，康熙帝以其数目尚少，命发内库银十万两赈济灾民。同时，他对于因平叛在外的士兵家属及其住房的被灾情况尤为关切。八月初二日，谕户部：因官员兵丁房屋损坏甚多，凡四品以下官，现领半俸者，此次仍给全俸，兵丁等发给两月银钱。十五日，派官告祭天坛。九月十八日，余震不止，康熙帝亲率诸王、文武官员到天坛祈祷。十一月十四日，谕免受灾最重的通县、三河、平谷本年全部地丁额赋，其余灾情较轻的州县也酌情豁免。康熙十九年四月十八日上午九时至下午一时，京师再次大震，其声如雷。二十九日，自下午五时起，连震四次，房屋摇动，官民再次撤夜露宿，直至五月十八日，余震尚未宁息。

康熙十八年（1679）正月，清军克复岳州，康熙帝命安远靖寇大将军、贝勒察尼等分兵速取湘阴、长沙。吴三桂部长沙守将、金吾左将军胡国柱因岳州已失，恐长沙不能久守，遂于二十九日率部弃城而走。定远平寇大将军、安亲王岳乐挥兵入长沙。同日，宁南靖寇大将军、顺承郡王勒尔锦率大军渡过长江，收复松滋、枝江、宜都诸郡县，乘胜南下湖南，克澧州。不久，岳乐部挺进衡州，与扬威大将军喇布和江西总督董卫国会合，察尼派舟师往援。以上将帅在本月内相继克取衡山、湘阴、华容、湘潭、来阳。二月十三日，喇布部攻打衡州，冲入城内，吴部亲军前将军吴国贵、上柱国左丞相夏国相率部逃逸，清军克衡州府城。勒尔锦奉命与察尼会师，进取常德。吴军焚常德城，吴部按察使陈宝钥献城降。三月，清军复取南安乡、桃园、归州、巴东、宝庆、祁阳等府县。征南将军穆占部连下永州、道州、永明、江华、东安、全州、新兴等府县。四月，广西总督金光祖复浔州府。六月，吴部将军马承荫率官兵三万，献柳州投诚。八月，清军攻取柳城、融县。同月，岳乐部在武冈一带重创吴军，吴国贵中炮死，胡国柱率余众逃遁。九月，广西、湖南连续被清军收复。

康熙十九年（1680），著名历算学家薛凤祚因病去世，终年八十一岁。薛凤祚，字仪甫，山东淄川人，自幼喜学历算。顺治年间，他同波兰传教士穆尼阁讨论数学，始改从西学算法，同时，并不拘泥于穆氏之学。薛凤祚所学贯通中、西，被誉为一代历算学家的“功首”。著有《天学会道》、《算学会通正集》、《致用》、《西域表》、《今西法选要》多种著作，内容涉及天文、数学、医学、物理、水利、火器各方面。

康熙十九年（1680）十一月，康熙帝谕大学士等：崇尚清节，乃国家为治要务。为官者皆清廉自守，则百姓自安。他强调说：清廉原不在贫富，谓富者必贪，而贫者必廉，并不正确。当视其居官之心如何。终康熙一朝，奖廉惩贪始终是康熙帝大力倡导并付诸实施的大事。

康熙十九年（1680），给事中李迥条奏船只出海贸易事。九卿詹事科道会议，请令各省地方官查覆再议。八月十六日，康熙帝听取大学士的见解，明珠上奏：福建除鸟船外，尚有其他船只，虽不甚大，也可出海。李霨上奏：船若太小，难于出海。冯溥上奏：出海贸易，对民生非常有利。康熙帝：开海禁之意，原为有利于穷民生计。如只准大船入海，恐百姓无力营造大船，应许以各听其便。十一月，福建总督姚启圣等又题请与开“海禁”相关的“还界”一事，认为若迁界则上可以增国赋，下可以遂民生，并可以收鱼盐之利。康熙二十年二月，清廷决定开海禁。

康熙十九年（1680）初，郑经水师集中于海坛。二月，福建水师提督万正色率官兵二万八千余名、战舰二百四十艘主攻海坛，福建巡抚吴兴祚、总督姚启圣、陆路提督杨捷分别负责声援、策应。二月二十三日，万正色等击沉郑军船舰十六只，歼其三千余人，海坛遂克。郑经知海坛既失，厦门难保。而郑部总兵吴桂、罗士铃等纷纷致书杨捷，详述厦门支援之势，愿为前导，投放报效。杨捷遂兵分三路，直取厦门。郑经本想调兵反攻，但是军中久已无粮，而朱天贵又败于崇武，陈昌献海澄降清，刘国轩退回厦门。于是，郑经知势不可为，焚演武厅行营，率余众登舟返回澎湖。厦门总兵黄瑞面对清军强大攻势，率部投降。厦门遂于二月二十八日为清军所复，万正色率师入城。杨捷遂与姚启圣等合兵一处，乘胜克取金门、铜山。三月十四日，奉命大将军、康亲王杰书等疏报，福建沿海诸岛均为清军收复。