康熙二十一年（1682）八月十三日，康熙帝准大学士明珠等人奏，将平定三藩之乱的方略等详细始末，著成一书，“以垂永久”。于是，决定纂修《平定三逆方略》。十月十八日，以大学士勒德洪、明珠、李霨、王熙、黄机、吴正治为总裁官，内阁学士阿兰泰、达岱、张玉书、翰林院掌院学士牛纽为副总裁官。该书原写为《皇上平定三逆神武方略》，后定为《平定三逆方略》。

康熙二十一年（1682），第五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措逝世。明天启三年（1623），他年仅六岁即被迎入拉萨哲蚌寺供养。二十五岁时，他与班禅四世遣人赴青海，密请厄鲁特蒙古固始汗带兵入藏，惩治对黄教进行摧残的教派和贵族，黄教与其寺院得以不断发展。后将西藏首府由日喀则迁往拉萨，兴建布达拉宫，工成，即迁入住。他还命喇嘛到盛京，向清太宗上书通好。顺治年间入京，受册封达赖喇嘛金册金印。晚年潜心研究经典，著书立说，政事则交与第巴桑结嘉错主持。阿旺罗桑嘉错的名著有《相性新释》、《西藏王臣史》等。

康熙二十二年（1683）五月，康熙帝催促福建水师提督施琅进取澎湖。六月十一日，施琅在铜山动员随征诸将，十四日，施琅率2万余名水师，300余艘战船，向澎湖进军。二十二日，清军与郑氏军队进行了一场激烈博斗，鏖战一日之久，攻下澎湖列岛，刘国轩仅率大小31只船败回台湾。郑克塽见大势已去决定降清。七月二十七日，郑克塽派官员到施琅军前，缴延平王册印、招讨大将军印以及公侯伯将军督印，八月十八日，郑克塽率文武官员剃发，跪听宣读赦免安抚诏令。康熙二十三年（1684）康熙帝命郑克塽来京，编入旗下。至此，清政府消灭了最后一支奉明为正朔的抗清力量。康熙二十三年（1684）四月十四日，康熙帝决定采纳施琅奏议，在台湾设立一府三县，即台湾府（府治设在今台南市）和台湾、凤山（今高雄）、诸罗（今嘉义）三县，这样，台湾开始置于清政府的管理和保护之下。

康熙二十二年（1683）八月十五日，清廷得到施琅《台湾就抚疏》，内称台湾土地千余里，户口数十万，或去或留，事关重大。议政王大臣会议为：台湾弃守事，待郑克塽等率众登岸后，令侍郎苏拜与福建总督、巡抚、提督会同酌议具奏。十七日，姚启圣在《舆地既广、请立规模》一疏中分析了台湾的政治、经济和地理形势，坚决主张“守不可迟”。姚启圣是当时提出台湾必留的第一人。此后，福建其他官员以台湾“留恐无益，弃虞有害”。内客学士李光地甚至提出荷兰本无大志，故台湾即使为其所有，也听之任之，只要它纳贡通款，就是永逸长安之道。十二月，施琅至福州，同苏拜等议商台湾善后诸事，主留。二十二日，施琅上《恭陈台湾弃留疏》，痛陈弃台之弊。他详细分析了台湾地势、物产后指出：台湾“实肥饶之区，险阻之域”，为了江浙闽粤四省“左护”，因此，弃留之际，至关重要。主张统辖台湾，巩固边防，维护统一，防止荷兰等国侵略。否则，如再让荷兰占领，实乃种祸！况且，台湾与澎湖互为犄角之势，放弃台湾则澎湖孤悬海外，很难固守。总之，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边疆”。康熙二十三年正月二十一日，大学士李霨、王熙支持施琅疏言。康熙帝对此予以高度重视，他明确谕以“台湾弃取，所关甚大”。“弃而不守，尤为不可”！至此，清廷对台“弃留之争”遂告结束。

康熙二十二年（1683）五月，据守在台湾、澎湖的郑氏，仍坚持不剃发登岸。康熙帝得报，催促福建水师提督施琅从速进取澎湖。施琅表示：利用南风进取，较为稳当；郑氏内部已人人思危，而守澎湖者是名将刘国轩，经澎湖一战，刘或死或败，郑部则势尽胆丧，台湾可不战而克；七日内，必克澎湖。六月十一日，施琅在铜山大会随征诸将。时值酷暑，台风甚盛，他动员部下：毋惮署！兵法有山，出不意，攻无备。复聚米做地势，详细布置入港、泊船、进战诸方案。命大书主将姓名于各船风蓬上，以利赏罚。是月十四日，施琅率水师二万余名、战船三百余只，自铜山绕道澎湖南，全速前进。十五日，克取猫屿、花屿，晚，泊师澎湖。刘国轩亲领郑军二万余人，战船二百余只镇守；在澎湖沿岸，凡属可登处，筑短墙，置腰铳，环二十余里为壁垒；澳外以炮船列阵，岸上有大炮支援。郑军大炮船共二十余艘，每艘之上有三、四千斤红衣大炮一门，熕二十余门，铳一二百门不等。十六日，施琅指挥船队进攻，先锋蓝理等率七支战舰，直冲郑军水阵。刘国轩船队迎战。时南潮已发，郑军四面合围，施琅亲督帅舰，援救诸将，“流矢伤目，血溢于帕”。双方各在作废，施琅退兵，刘国轩也因军中缺粮而不追。自十七日至二十日，施琅将清军集结于澎湖罩屿，并为一举攻克澎湖做了充分准备。其间，他严申军令，赏罚分明；克取虎井、桶盘屿；亲驾小船，细查地势；命以“老弱骄兵”计，不断擂鼓，佯装登岸势，迫使守卫炮台郑军不敢助战，刘国轩兵势益孤。二十二日晨，施琅鼓动全军说：“今日之行，期在必胜！”命兵分二路，各由五十支战舰组成。东路为奇兵，准备夹攻；西路为疑兵，牵制郑军。又命五十六支战船分为八股，每股七支，再分三层。另外八十支战船为拒不接受。施琅居中督战，下令直冲郑军船阵。刘国轩倾全军抗拒。是役，炮火交加，声如雷吼，烟焰蔽日，咫尺难辨。清军将士奋勇争先，拼死交战，鏖战终日，大获全胜，攻取了澎湖列岛。以杨德为首五千余郑部官兵倒戈归降，余者全部被歼。刘国轩仅以大、小船三十一支败归台湾。清军水师总兵官朱天贵、游击郑邦试等三百二十九名将士阵亡，另有伤者一千八百余名。康熙帝称赞施琅“筹划周详，调度有方”。命从优议叙、抚恤有功官兵。

康熙二十二年（1683）四月初五日，康熙帝批准兵部题请任免从叛官员标准：各省副将以下从叛副官，投诚后，立有军功八次者留用。不及八次者议革，但如有效力军中，素有劳绩，才堪任用者，只要本省总督、提督保题，仍引见录用。

康熙二十二年（1683）三月初八日，康熙帝在与大学士讨论了为反击俄国入侵者所作准备诸事后，下令勘察河道、修建船舰，进行试航、确定运送军粮的路线和地点。盛京刑部侍郎噶尔图回奏：可在吉林造船百艘，由伊屯门（吉林伊通）运粮至松花江，并在伊屯门、伊屯口（伊通河口）筑粮仓存贮。康熙帝又谕黑龙江将军、宁古塔副都统萨布素：六月以后所需粮饷，应在乌喇造船五十艘，驰往黑龙江、松花江交汇处，由萨布素等顺流迎取。四月初四日，因清军已移驻黑龙江，蒙古乌朱穆秦部发兵、索伦部准备军需物品，均声言捕鹿，以疑俄军。初八日，命宁古塔将军巴海留守乌喇，由萨布素等统兵前往。待七、八月间兵至雅克萨后，根据形势，奏明进兵时间，另派京城每旗五十名士卒前往，可于冬季进取。如冬季不便克取，到期再议别策。选上驷院马二千匹，发往索伦地方放牧，京城旗兵到此，可换马前进。七月初，由梅利尼克率领的俄国六十七名哥萨克兵，自雅克萨入侵中国额苏里地方，遭到清军包围，大部交械投降。七月二十九日，议政王大臣等议，赏俄军降者宜番、米海罗莫罗对二人衣帽，释放余者，由户部安置，并命宜番将理藩院书信带回。信中写道：俄方违背前约，既不将叛逃根特木尔送还，又侵我边境，扰害乃至焚劫我少数民族居住地区。所以，今命将出师，永驻额苏里。这样，清朝全面反击俄国入侵者的准备工作基本结束。

康熙二十二年（1683）八月初八日，郑克塽、刘国轩和冯钖范派副使何仕隆等人，携书致施琅，内称台湾兵民数十万，恐人心危疑不一，请速来安辑。此前，有人对施琅说：公与郑氏有三世之仇，今郑氏如笼中鸟，何不急灭之？施琅回答说：“吾此行上为国下为民耳！若其啣璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣。何私之与有？”八月十一日，施琅统领官兵、船只，自澎湖赴台湾。十三日，到达台湾鹿耳门。郑克塽率刘国轩、冯钖范等文武官员已预先剃发，并预制清朝旗号，遂在鼓乐声中亲迎施琅及其官兵。台湾百姓也壶浆迎师，接踵而至。其后，施琅宣读康熙帝敕谕，郑克塽等欢呼踊跃。施琅礼待郑氏家族，不究宿怨。他还敬重刘国轩，并说：他人不明白，定要断送一方人民性命！惟君明智，保身全国。施琅还亲撰祭文，告祭郑成功庙。文中表达了他对郑成功开发台湾的敬仰之情。十九日，施琅严肃军纪，分别颁布不准官兵占用民居和地方派办军资等具体规定，强调如有违反者，定加严惩。二十日，颁布《谕台湾安民生示》，希望百姓毋荒农务，照常贸易。规定本年纳谷十减其四，其他一切杂派差徭，尽行蠲免。台湾出现了“市肆不惊、耕耘如故”的稳定局面。康熙帝喜而赋诗：“海隅久念苍生困，耕凿从今九壤同”。加授施琅为靖海将军，封靖海候，世袭罔替。

康熙二十二年（1683）七月，福建总督姚启圣疏请对郑克塽颁赦招抚。是月二十七日，康熙帝在敕谕中希望郑克塽等诚心投归，率众登岸，他将从优录用，妥善安置。康熙帝还强调说决不失信于天下。同日，郑克塽派兵官冯钖珪、工官陈梦炜同侍卫吴启爵、笔帖式常在来到施琅军前，缴延平王册印、招讨大将军印及公候伯将军都督印。八月十八日郑克塽率刘国轩、冯钖范等文武各官剃发，跪听宣读赦抚。康熙二十三年二月，康熙帝命郑克塽来京，编入旗下。明朝后裔郑部及文武各官在直隶、河南等省安置。康熙二十三年（1685）十二月十三日，郑克塽等到京。康熙帝授郑克塽公爵，授刘国轩、冯钖范伯爵，俱隶上三旗。郑部文武各官二千余名及明宗室、鲁王世子朱桓等均于福建附近各省安置。郑军四万余名，愿入伍或愿归农，均听其自己选择。自郑成功兴师抗清，至郑克塽，奉南明永历为正朔，历三世，计三十七年；郑成功于顺治十八年（1661）驱逐荷兰殖民主义者并收复了台湾，至康熙二十二年（1683），台湾同大陆重归一统，凡二十三年。

康熙二十三年（1684）五月初一日，吏部题：八旗汉军官既与汉族官员一体升转，必须通晓文义。决定对现任汉军侍郎以下、有无品级笔帖式以上及候选，候补内外员缺官员进行考试。文义通者，仍留补用；不晓文义者，停其以文职用；无品级者即行罢斥。考试内容以作文、翻译二种并行，听其自选；地点定于太和门前，时期则在本月十八日。考试结果，交白卷者八百人。康熙帝令俱都解任，命其读书，待学成后考试补用。其中弓马娴熟者可于各旗中武职补用。次年四月初十日，康熙帝亲自考试各部院八旗汉军等官，内有去年交白卷官，亲定试题六道，各随其便，作满、汉一篇。结果交白卷官达二百六十九人。内阁学士常书对考试作弊官明知不举，蒙蔽行诈，被革职，降为三等侍办。康熙二十八年（1689）四月十一日，康熙帝命凡部院衙门未经考试者、内外候补者，康熙二十五年（1686）考试时考五等及交白卷者，以及各项监生，俱在乾清门集中考试，并亲命二道试题。五月十四日，命引见本次考试中一、二等官员。