康熙十年（1671）正月，靖南王耿继茂旧疾日剧。此前，他曾于顺治八年（1651）继嗣为王。顺治十七年（1660），移镇福建，为清初汉官中四大藩王之一。耿精忠是其长子。因此，他于病重之时疏请由耿精忠管理该藩军务，得到康熙帝批准。五月初四日，耿继茂病逝。七月，耿精忠承袭王爵，仍镇守福建。

康熙十一年（1672），比利时天主教士南怀仁正奉命编制历法，杨燝南却作《真历言》一书，讥讽钦天监历。于是，南怀仁于该年八月疏参杨燝南。康熙帝命大学士图海等三人，学士哈占等六人及九卿科道会同验证。他强调“历法乃国家要务，关系非轻”，“朕于内外，总无异视。”命他们勿执偏见，谁是谁非，在验证后定论。务必使历法永行无弊。结果，以杨燝南不谙飞灰候气法，无从验证入奏。杨燝南被送交刑部议罪。

康熙十二年（1673）八月，康熙帝命礼部左侍郎折尔肯、翰林院学士兼礼部侍郎傅达礼等前往云南、会同平西王吴三桂及总督、巡抚等，议商布置官兵防地，管理该藩撤兵起行等事。但是，当折尔肯等到达云南后，吴三桂则谎称于是年十一月二十四日起行，而实际上，他则与其部下、都统吴应麟、吴国贵、副都统高得捷，其婿夏国相、胡国柱等密谋叛清。同时，他又安排亲信党羽，严守关隘，对过往人等，只准进，不许出。同月二十一日，他公开亮出反叛旗帜，胁迫云南巡抚朱国治同叛，朱国治因拒绝而当即被杀。云南提督张国柱、贵州提督李云深等将领均从其叛。吴三桂自称天下都招讨兵马大元帅，建国号周，以次年为周王昭武元年，铸钱曰“利用通宝”。扣留折尔肯等大臣。命其部属一律剪辫蓄发，改换汉装，并亲自祭奠被他杀死的南明永历帝。军队旗色皆白，步骑则以白毡为帽。封冯苏为布政使、彭化南为云南知府、张国柱与马宝为公爵、王屏藩同李本深等人为将军。复命马宝等将率大军自贵州向湖广进兵，王屏藩等则统领叛军由四川伺攻陕西。未久，吴三桂又致书平南王尚喜、靖南王耿精忠以及贵州、湖南、湖北、陕西、四川等省的熟识将吏，同举叛旗。十二月，吴三桂统兵东行，进驻贵州。马宝所部前军兵临贵阳，巡抚曹申吉出降。贵州总督甘文焜知情势骤变，匆忙领十余人乘马逃出贵阳，及至镇远，清军守将已降叛军，甘文焜自尽身亡。是年，吴三桂率叛军攻进湖南，迅速占领了沅州、常德、衡州、长沙、岳州等地。清军极少准备，节节败退。吴三桂所向无敌，举国震动。

康熙十二年（1673），康熙帝下令撤藩，将吴三桂、耿精忠、尚可喜三藩撤除，将其军权、财政权及用人权收归中央，结束其各拥重兵，自雄一方，尾大不掉的局面。清廷撤藩令下达后，吴三桂即密谋叛清。十一月二十一日，他杀了云南巡抚朱国治，以所部兵力起兵反叛清廷，亮出反叛大旗，吴三桂自称天下都招讨兵马大元帅，建国号周，以次年为周王昭武元年，铸钱"利用通宝"，命部属剪辫蓄发，改换汉装，亲自祭奠被他杀死的南明永历帝。军队旗色皆白，步骑皆以白毡为帽。吴三桂起兵初期兵势极盛，连克大城，清军则因准备不足而节节败退。在这种形势下，康熙十三年（1674）三月，靖南王耿精忠叛于福州，康熙十五年（1676）二月，平南王尚可喜之子尚之信叛于广州，至此，三藩之乱业之形成，战火遍及半个中国，一直到康熙二十年（1681），三藩之乱才告平息。

康熙十二年（1673），杨起隆假借崇祯皇帝三太子之名在京师起义。康熙十二年（1673）年底，吴三桂在南方起兵反叛清朝，京师气氛非常紧张。杨起隆决定乘机在京师起事。他自称朱三太子，建年号“广德”，起义军称“中兴官兵”。但起义前事情泄露，起义军被清军镇压，杨起隆乘机逃走。康熙帝闻知此事，下谕严查此事，捕杀了李株等200余人，京师惶恐，百姓纷纷准备逃往西山。为了安定时局，安抚民心，全力平定吴三桂叛乱，康熙帝接连颁布"抚安百姓"谕，又命令将被捕的起义者凌迟处斩，赦免其家属。这之后，又有人冒名杨起隆秘密抗清还有杨起隆的旧部下公开扯义旗举事，不过都被清廷镇压、杀害。

郑经于康熙十三年（1674）参加三藩之乱，将台湾政务与副制使陈永华。陈永华胸有韬略，为政廉洁，严于执法，百姓安居。然而，郑经诸弟却恃势骄横，抢夺民田，欺压良善。陈永华屡禁不止，遂以郑经长子郑克（藏土）年已十六，聪明果断，宜行“君行则守”之典，请其监国。郑经准陈永华所请，并于康熙十八年（1679）四月初六日遣礼官郑斌携谕抵台湾，同陈永华共立郑克（藏土）监国，号曰“监国世孙”。

康熙十三年（1674）二月，比利时耶稣会士南怀仁制成了黄道经纬仪、赤道经纬仪、地平经仪、地平纬仪、纪限仪、天体仪，并绘图立说，以《新制灵台仪象志》进呈。南怀仁升为钦天监监正，加太常寺卿，仍修历法。吴三桂叛乱发生后，康熙帝谕其监造用于山地作战的轻火炮。是年，南怀仁铸成约三百五十门新炮，并在芦沟桥试射，命中率极高，康熙帝脱下貂裘赏赐。这些轻炮火在平叛中发挥了重要作用。康熙十八年（1678），康熙帝准礼部议，将南怀仁制成的《康熙永年历》交翰林院，并令钦天监官生学习，永远遵照执行。

康熙十三年（1674）十月，因吴三桂、耿精忠等相继叛乱，清军分赴各省平叛，所需钱粮骤然增多，清廷遂复行捐助纳监例，简称捐纳。规定：现任文武各官和乡绅捐银二百两或米四百石者，准记录一次；捐银三百两和四百两或捐米六百石和八百石者则分别记录二次和三次；捐银五百两或捐米一千石者，准加一级。进士、举人、贡生捐银八十两和一百五十两或捐米一百六十石和三百石者，出任之日分别记录一次和二次；捐银三百两或捐米六百石者，出任之日准加一级。增生、附生、青衣等，视其捐银或捐米的不同数目，可转礼部送国子监读书。富民捐银一百两、一百五十两和二百五十两或捐米二百石、三百石和五百石者，分别给予悬匾示旌、九品顶带荣身和八品顶带荣身。凡属大计贪赃、丢城失地、盗骗钱粮、科场舞弊、作恶害民者及三品以上革职官员，不准捐纳。但是，如因逃人盗案、拖欠钱粮及贻误公务而被革职者，自四品官至九品官，视其不同捐银数目，给予原品顶带荣身。革去进士、举人者，捐银一百五十两或二百五十两，分别给予九品顶带和八品顶带荣身。此后三年间，因军需一再短缺，复广升捐纳条例，如纳米菽、马草、鸟枪、弓箭等等，清廷共得捐银二百余万两，而捐纳知县已达五百余人，太学生员增至数十万人。是年，清廷又定招民垦田酌量录用制，规定凡属贡生、监生、生员及百姓垦田三十顷以上者，奏过吏、兵二部，试其文艺程度，分别授予知县、县丞、守备、百总等官。但是，如地方官员对被招民垦田未足额数或垦田钱粮未经起解而擅具题者，照例议处。康熙二十年（1681），三藩之乱平定，清廷遂停止各种捐纳事例。

康熙十三年（1674）九月二十六日，兵部会议，因平叛需要，令内外满汉官员杆加一级。生员捐三十杆、闲散弟子捐四十杆，准进入国子监读书。富国捐四十杆，给予九品顶戴。三十日，康熙帝准所议。

康熙十三年（1674）八月，康熙帝准吏部议覆御史朱尚义疏言，“今闽粤督抚既设，将军守令将弁势必须才补用。”命满汉三品以上的大学士、各部尚书等堂官及八旗都统，凡有真正才能者，不拘文武，照例保举。吏、兵二部甄别录用，并派往平叛军前效力。倘若保举不妥，将保举官员照例议处。