康熙三十二年（1693），北京东正教北堂正式成立。中俄尼布楚条约签订后，沙皇俄国一直力图通过东正教会在中国建立新据点。义杰斯使团就曾遵照彼得一世敕令，要求为俄商建造一所教堂，被清政府严词拒绝。当时，北京已有一批俄国东正教徒，他们是在雅克萨战争前后被清军俘虏、招降或主动投奔清朝的，大约有一百余人。清政府把他们编入镶黄旗满洲第四参领第十七佐领，安置在镶黄旗驻地北京城东北角胡家圈胡同，受到和旗人同等的待遇，由清政府供给住房、衣食，发给年俸，允许与中国人通婚，并给予信仰自由。康熙三十二年，这些定居北京的俄国人把康熙帝赐给他们的一座庙宇，擅自改成东正教教堂。主持这个教堂的神父马·列昂节夫，是康熙二十二年（1683）投诚、从雅克萨来到北京的。他利用清政府的优待，在俄国人的中国籍妻子及其各发展教徒。为了活动方便，他极力模仿中国的生活习惯，甚至剃发留辫，乔装打扮成中国人。俄国东正教会和沙皇政府对马·列昂节夫在北京的活动十分重视。后来，托博尔斯克区主教伊格那提给马·列昂节夫送来教会证书，把他的小教堂正式命名为“圣尼克拉”教堂。这个教堂当时俗称“罗刹庙”，后称俄罗斯北馆。这是沙俄在北京建立的第一个东正教堂。

康熙三十二年（1693）十二月初二日，经议政王大臣会议讨论后，康熙帝决定颁给西藏第巴金印。第巴或称第悉，是达赖喇嘛系统的总管人员。当时的第巴名桑结喜错，传为达赖五世之子。康熙二十一年（1682）二月二十五日，达赖五世圆寂后，第巴·桑结嘉错为了维护他个人的权势地位，竟秘不发丧，并于康熙三十二年十二月，以达赖五世的名义，上疏康熙帝，请求赐给金印。该疏中称：现臣已年迈，政务大半由第巴主管，第巴也和我一样，仰体圣意，实心行事。既然第巴已主持主要政务，乞求皇上给印封之，以为兴宠。与此同时，第巴桑结嘉错也以个人名义上疏，表示愿交玉印，乞给以金印。当时，由于第巴桑结嘉错一直对清政府封锁消息，康熙帝多次派遣京师喇嘛到西藏去了解情况，这些喇嘛不是被第巴桑结嘉错制造的假象所欺骗，就是被贿赂所收买，因而清政府始终未能得到有关西藏一些情况的确切消息。在这种情况下，康熙帝认为颁给第巴金印事关重大，便命议政王大臣会议讨论。议政王大臣会议讨论后认为，达赖喇嘛自颁给册印受封以来，恭顺职贡有年，现以其身已老，政事皆由第巴主管，为第巴乞封，以求兴宠；且第巴也表示感戴皇上恩眷，诚心乞请金印，有鉴于此，应同意他们的请求。于是，康熙帝决定颁给第巴金印，印文是“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王布忒达阿白迪之印”，明确规定了第巴的权限只是弘扬宗教，而不是主管行政。同时，收回明朝所赐的阐化王玉印。

康熙三十二年（1693）十月十五日，俄国使者义杰斯一行到达北京，几天后，受到康熙皇帝亲自接见。义杰斯原系荷兰族大商人，他申请从俄国财政部予支三千卢布现金和价值相等的貂皮及其它兽皮，到中国经商，俄国沙皇彼得一世批准了他的请求，并命令他持沙皇的国书出使中国。俄国政府给义杰斯的的训令内容包括：探明清政府对《尼布楚条约》和两国未定界的态度；向中国皇帝说明，关于两国在蒙古边境等地划界问题，俄国政府的态度；要求中国引渡居住在鄂嫩河畔的“俄国叛民”布里亚特人和温科特人，释放俄国被俘人员；探明中国各地商品行情，外国商人来华经商情况，以及俄国货物在中国的销售情况；要求清政府拨地供俄国建造一座东正教堂；“侦察”黑龙江流域的情况。义杰斯使节团在北京停留期间，曾受到清朝理藩院官员两次接见。理藩院就他提出的要求和其他有关事项答复说：关于划分蒙古地区北部边境的中俄国界问题，中国方面要求俄方迅速来函定期择地会商划定该段国界；中国不能接受俄国提出的送回“叛离”俄境的温科特人和布里亚特人的无理要求，至于俄国被俘人员愿意返国的，业已遣回；中国不同意俄国侨民在中国建立教堂；今后俄国派遣使臣来华，人员限二百人，如由边境统领派出则限五十人。当大学士等将俄国使节“进贡奏章”翻译进呈时，康熙帝说：外藩朝贡，虽属盛事，恐传至后世，未必不因此反生事端。总之，中国安宁，则外事不作，故当以培养元气为根本要务。

康熙三十二年（1693）十月初六日，重修山东曲阜孔庙落成，康熙帝派皇子允祉、胤禛前往致祭。在《御制重修阙里孔子庙碑》中，康熙帝称颂孔子是“为往圣继绝学，为万世正人心”，使尧、舜、禹、汤文武之道灿然于世，与天地共终，实是先贤。还是康熙二十三年（1684），康熙帝巡省东方，曾到曲阜祭祀孔子。他登圣人之堂，观其车服礼器，金石弦歌，徘徊很久，不愿离去。看到孔庙多历年所，丹获改色，榱桷渐圯，于是决定动用内帑，派专人前往主持修缮工作。重修工程从康熙三十年（1691）夏天开始，康熙三十一年（1692）秋天基本完成。庙貌一新，观瞻以肃。曲阜孔庙平面呈长方形，总面积约三百二十七亩，周围环以高墙，配以角楼，前后九进院落，殿堂楼阁四百六十余间，门坊五十四座，两千多块碑碣。重要建筑有棂星门，圣时门，大中门，奎文阁，十三御亭碑，大成门，杏坛，大成殿，寝殿，圣迹殿，诗礼堂，孔子故宅，金丝堂，鲁壁等。主体建筑大成殿，取“集古圣先贤之大成”意。殿高二十四点八米，阔四十五点七八米，深二十四点八九米，重檐九脊，斗拱交错，金碧辉煌。四周雕龙檐柱二十八根，前檐巨形石柱雕刻双龙戏珠、海涛祥云等图案，精美绝伦。殿内供奉孔子及其弟子和儒家历代先贤塑像。奎文阁原名藏书楼，飞檐三层，斗拱四重，黄瓦朱甍，面阔七间，进深五间，高二十三点三五米。阁底砖砌平台，重立支柱，工艺奇巧，观瞻堂皇。

康熙三十三年（1694）七月二十一日，康熙帝命大学士等在翰林官员内推荐长于文章、学问卓著之人。大学士等推荐徐乾学文章、诗赋颇为优良。于是，康熙帝命召徐乾学前来京城，修纂三朝国史、典训、一统志、明史等书。不料，徐乾学已在同年四月病逝。康熙帝闻知，深表遗憾。徐乾学是江南昆山人，康熙九年（1670）一甲三名进士，授编修。康熙十四年（1675），充日讲起居经注。康熙二十一年（1682），充明史总裁官。二十二年，迁翰林院侍讲。二十三年，迁侍讲学士。二十四年正月，康熙帝召试翰詹诸臣于保和殿，徐乾学列上等第一，被谕奖为学问优长，文章古雅。徐乾学奉命值南书房，擢内阁学士，充大清会典、一统志副总裁、教习庶吉士。康熙二十五年（1686），授礼部侍郎，充经筵讲官。康熙二十六年九月，擢左都御史。康熙二十七年二月，充会试正考官，迁刑部尚书。康熙二十八年，徐乾学因卷入大学士明珠等人党争，以原官解任，修总裁等项，照旧管理。十一月，因许三礼疏劾，徐乾学以年已六十，精神衰耗为词，上疏请求准假回籍，所编之书继续进行。康熙帝准其所请，并赐御书“光焰万丈”匾额。不久，因两江总督傅拉塔所劾，徐乾学被革职。徐乾学死时六十四岁。著有《澹园集》、《读礼通考》等书。遗疏进其所纂《一统志》，康熙帝命有司察收。

康熙三十三年（1694），清政府决定步军统领增设令箭十二支，以备随时调遣及宣传号令用。这标志着步军统领的职权又有所扩大。步军统领总辖京师内城的治安，并提督九门事务，事关重大。从康熙朝中叶起，清政府逐步扩大了步军统领的职权，令其兼管外城。康熙帝曾说：京城内外统辖必有专责，令其稽察奸宄，消弭盗贼，商民才得以安绪。这样，原来属兵部督捕管辖的城外巡捕三营，开始归步军统领管理，督捕、都察院、城所管事宜，也交与步军统领管理。步军统领职权进一步扩大，他全面负责京城内外治安保卫工作，所有旗、民人等，包括诸王在内，全在其严格控制之中。特别是皇帝出巡时，步军统领除派人跟随保卫以外，还在京城内外增加设防，加强巡逻，直到皇帝回京为止。步军统领之下不设副手，遇事可一人做主，且任期长，是皇帝身边最有实权的一个人物。康熙朝中叶以后清政府扩大步军统领职权，对康熙朝晚期诸皇子的夺嫡斗争产生了重大影响。隆科多从康熙五十年起担任此职，直至康熙帝去世。由于他是雍正帝的同党，在康熙帝病危之时，借助于他的力量，雍正帝才比较顺利地取得了帝位。同样，也正是因为雍正初年隆科多继续担任步军统领，雍正帝才比较顺利地巩固了帝位。

康熙三十三年（1694）闰五月，两江总督傅拉塔病逝于任所。康熙帝闻讯，谕示大学士：江南江西总督居官良善者，自于成龙以来，只有傅拉塔一人。傅拉塔和而不流，不畏权势，爱惜军民，甚属可嘉，要从优赐恤。傅拉塔是满洲镶黄旗人。姓伊尔根觉罗氏。康熙九年（1670），由笔帖式授内阁中书。康熙十七年（1678），升任内阁侍读。康熙十九年（1680），授山东道御史。康熙二十五年（1686），授陕西布政使。康熙二十六年（1687）三月，升任左副都御史，七月，升任工部右侍郎，十一月，转左侍郎。康熙二十七年（1688），授两江总督。傅拉塔任工部左侍郎期间，曾同礼部侍郎多奇往云南察审提督万正色与总兵王珍互讦事。到云南后，他注重调查研究，多方面听取不同情况，秉公办事，不怀私见。结果，万正色和王珍都受到了不同程度的处理。在任职两江总督期间，赣县百姓控告知县刘瀚芳私征银米十余万，并有多种不法事情。布政使、按察使等人对此曲为庇护，不认真查处。傅拉塔了解情况后，立即弹劾布政使多弘安、按察使吴延贵，赣南道钟有德包庇所属贪赃枉法，不行查实，迁延时间，从轻定拟。结果，多弘安、吴延贵、钟有德均被罢官。在勘察广东巡抚江有良、巡盐太常寺少卿沙拜互讦问题时，傅拉塔认真调查，掌握了不少两人受赃不法问题。最后，江有良、沙拜都被革职。傅拉塔自任总督以来，廉洁自持，实心奉职，深得江南官弁士民拥戴。

康熙三十三年（1694）闰五月初七日，康熙帝和大学士等议论理学，并进行评述。他说：初四日那天，在丰泽园召试翰林官，出“理学真伪论”题目。这是许多书中都有的成语。熊赐履见此题大拂其意，应抬头之字竟不抬写，不应用的话也随便乱用。原任刑部尚书魏象枢，是讲道学的人。以前吴三桂叛时，议政王大臣会议讨论发兵，魏象枢说吴三桂乃乌合之众，何须发兵？过去舜诞敷文德舞干羽而有苗格，今不凡用兵，抚之自定。与索额图发生争论，千万隔阂。康熙十八年发生地震，魏象枢密奏，速杀大学士索额图，则于皇上无碍。我当时就对他说，凡事都是由我处理，与索额图有什么关系。难道讲理学的也这样挟仇怀恨吗？还有李光地、汤斌、熊赐履，都是讲理学的，但彼此不也相和。李光地曾给德格勒讲易经，李光地请假回籍，我把德格勒召进宫中讲易经。德格勒上奏说，李光地熟精兵务，他本人愿意当将军提，皇上若将李光地授一武职，必能胜任。德格勒还上奏，说熊赐履所学甚劣，不是可用人。我想辨别他讲的话的真实性，就将德格勒、熊赐履等考试。汤斌见德格勒所作文章，不禁大笑，以至于手持的文章都掉地上了。汤斌向我解释说，德格勒文章不堪一看，臣一时不能忍笑，以致在皇上面前失去了仪态。而汤斌出宫后又向其他说，我自有生以来没有象这次这样说谎的，实在是不得已而笑。这哪象理学家呢！人应以忠诚为本，怎么能在人君面前说一种话，退下在他人面前又说一种话？现在汤斌虽然死了，李光地、德格勒还在。此外，熊赐履所著道统一书，王鸿绪奏请刊刻、颁行学宫；高士奇也为该书作序，乞请将此书刊行。我看此书内不当的地方很多。大凡是好书，虽不刻自然流市，否则，虽刻也没有益处。道学家怎么能这样务虚名？我讲这些，不过是想表示，我只是以治天下国家之道存之于心里，用不着去和这些人议论计较。

康熙三十三年（1694）二月十二日至三月初三日，康熙帝巡视京畿地区，先后到达凤河营、河西务、杨村、西沽、天津、王庆陀、信安镇、苑家口、赵北口、段村、李贤村等地，皇太子允礽、皇三子允祉、皇四子胤祯随行。在西沽，康熙帝看到运河及浑河决口，百姓受灾，良田受淹，便命直隶巡抚郭世隆、天津总兵官李振鼎，会同仓场侍郎常书，自通州至西沽、从西沽至霸州，巡查两边堤岸，将决口应修处勘查明白，立即修筑。在王庆陀，康熙帝谕示大学士等：通州仓米平价发粜，米价顿减，于百姓大有裨益；沿河一带州县已截留山东漕运，卖与百姓，只怕不肖地方官员，或增价卖给百姓，或卖贩卖人，以致百姓不得实惠。为此，他命巡抚郭世隆派人不时巡察。在蔡家营，仓场侍郎常书奏报巡查河堤的有关情况说：查看运河堤工发现，自通州至西沽地方，共冲决李家口等五处，应加修筑；白驹厂等五处，堤势危险，也应修理；桃花口、北龙潭口工程似可缓些时候。康熙帝听到这些情况后谕示：李家口等冲决五处，白驹厂等险堤五处，以及上桃花口等缓工二处，都关系到运河航道百姓的生活，不容忽视，应当加速修筑。对所需钱粮数目要做出计划，立即由直隶巡抚郭世隆组织人力实施，不要延误时间，以免影响运河两岸百姓的生计。五月二十日，康熙帝又对龙潭口等运河新堤工程进行了视察，五日后才返回皇宫。

康熙三十三年（1694）正月二十六日，河道总督于成龙因于河工事宜妄行陈奏，前后矛盾，被革职留任，戴罪立功。先是本年正月十八日，康熙帝谕示大学士，指出：为臣者者须行实事，不当沽取虚名。于成龙奏称害免民夫，但河道工程浩繁，不用民夫怎能把事情办好？现在所设官员，多年以来料理工程并无违误处。康熙帝还亲自召见于成龙，问道：你以前说靳辅糜费钱粮，并未尽心修筑河工，现在是否还这样认识？于成龙回答：臣现在就是按照靳辅的办法行事。康熙帝追问：既然这样，你为什么不把事情说明白，而偏要排陷他人？看来，你排陷他人容易，身任总河困难。康熙帝还指出于成龙对靳辅的指控，许多都不符合事实。这样，九卿在讨论给于成龙的处分时，建议革职枷责；康熙帝则以于成龙修河事未完，给以革职留任，戴罪立功处分。