康熙二十四年（1685）九月十五日，监察御史钱珏弹劾山西巡抚穆尔赛不仅多加文水等县火耗，而且在嫁女时强索属官礼物。革职通判张谦勾结穆尔赛家人，借机妄诈属官财贿。康熙帝命将穆尔赛提至京师，严加审问。谕以“即今居官者，更有如穆尔赛贪污者乎？！如此文人，尚谓其不生事，嗣后九卿何可信用。”二十三日，因九卿会议穆尔赛强索礼物等事，再谕大学士等，斥责不据实俱议，苟且草率，致使地方官员横行无忌。强调“治天下以惩贪奖廉为要，嗣洁者奖一以劝众，贪婪者惩一以儆百。”十一月十四日，穆尔赛处以绞监候。

康熙二十五年（1686）三月初五日，康熙帝命纂修《一统志》，以大学士勒德洪等七人为总裁官，原任左都御史徐元文、内阁学士徐乾学等六人为副总裁官，翰林院侍读彭孙遹等二十人为纂修官。命陈廷敬和徐乾学专理管务。《一统志》始于元代，分省记录全国的自然与社会风情，即总括各地方志。康熙二十九年（1690）十二月，康熙帝准徐乾学请假省墓时，将《一统志》等书带归编辑。

康熙二十五年（1686）十一月十六日，康熙帝亲笔书写“学达性天”四字匾额，颁发宋代名儒周敦颐、张载、程颢、程颐、邵雍、朱熹祠堂及白鹿洞书院。另以此匾颁给张栻、朱熹曾讲学的长沙岳麓书院。

康熙二十五年（1686）正月十九日，云贵总督蔡毓荣题报苗民王腾龙等聚众劫掠，应行征剿。对此，康熙帝谕大学士：苗民赋性朴实，如其生事，皆因地方官不据情抚恤，反而强行索取马匹、金银等物，诛示不已，遂生衅端！前此吴三桂时，因其对苗民不断勒派，也有此类事发生。二月二十三日，严斥蔡毓荣等云贵、四川、广西各官对苗民“不唯不善加抚绥，更尔恣意苛虐！”命九卿等会议立法，令这些官员痛改前非，对苗民推诚示信，遵其习俗，化导安辑，使其乐业。

康熙二十五年（1686）四月初一日，理藩院疏言：达赖喇嘛所遣噶尔丹西勒图，约于本年闰四月至喀尔喀墨尔根台吉处，应遣大臣莅盟。康熙帝命理藩院尚书阿喇尼等四人前往。另遣员分赴右翼扎萨克图汗、额尔德尼济农盆楚克拉布坦、色冷阿海台吉、达尔玛希礼、遵义盆楚克台吉、额尔克济农、左翼土谢图汗哲布遵丹巴胡图克图、车臣汗、信顺厄尔克戴青、墨尔根济农诸处。复在敕谕中强调“中外一体，务使交相辑睦，共享升平”。并分析了左、右翼扎萨克之间的矛盾，希望通过阿喇尼和达赖喇嘛使者共同主持的喀尔喀蒙古诸部的会盟，尽释旧怨，照旧安居。是时，喀尔喀右翼扎萨克图汗死，其子噶尔旦台吉请袭父职。康熙帝允准，命阿喇尼就便往祭。

康熙二十六年（1687）二月十六日，刑科给事中刘楷请禁淫词小说，康熙帝谕示说：淫词小说，人所乐观，实能败坏风俗，蛊惑人心。遂令严行禁止。

康熙二十六年（1687）三月初七日，康熙帝批准大学士等奏请，调整全国总督建置，合并浙江总督、福建总督为浙江福建总督，另有五个总督是江南江西、广东广西、云南贵州、湖南湖北、四川陕西。直隶、山西、山东、河南等省不设总督，而设巡抚。

康熙二十六年（1687）十二月二十一日，山西道御史陈紫芝弹劾湖广巡抚张汧，到任未久，作恶多端，凡所属地方，盐引、钱局、船埠，无不搜刮勒索，甚至汉口市肆招牌，也按数派钱，吞为己有。康熙帝命将张汧革职，又命直隶巡抚于成龙、山西巡抚马齐、都察院左副都御史开音布驰驿前往，将开汧捉拿审问。此案还涉及枝江县知县赵嘉星等贪赃枉法者。康熙帝谕大学士等：科道臣职在纠参，张汧如此贪婪，无人敢言。陈紫芝独能弹劾，甚为可嘉！命传谕吏部，即令内升，以示鼓励。

康熙二十七年（1688）五月初四日，就礼部题请旌表山西省烈妇荆氏事，康熙帝说：夫死而殉，日者数禁。今见京师和各省，殉葬者尚众。人命至为重大，而殉者令人恻然。夫寿夭者，只能如此，何为此而自殒妇身！轻生从死，反常之事。如因此而更加旌表，则殉死者益多，有何益处？此后，王以下乃至普通百姓，妇女从夫而死事，永行禁止。

康熙二十七年（1688），湖广督抚议罢兵裁饷，消息传出，标兵群情激愤。五月二十二日，标兵夏逢龙，反对裁兵，在武昌聚众起事，其兵数千均为当年平定三藩之乱时进征云南劲卒。夏逢龙自称总统兵马大元帅，下设总兵等文武官员，其势甚盛。湖广巡抚柯永升投井而死，布政叶映榴自刎身亡，总兵许盛中箭败逃。夏逢龙率兵接连攻占嘉鱼、咸宁、武昌、蒲圻、汉阳诸县。六月初三日，康熙帝命都统瓦岱为振武将军，率兵征讨。六月初六日，命河南巡抚丁思孔为湖广巡抚，正黄旗都统巴浑德代替围剿兵变不利的荆州将军噶尔汉。七月初二日，夏逢龙部在应城一带被清军重创，退往德安。七月十五日，湖广提督徐治都大败夏军于鲤鱼潦，杀其将卒四千余人，俘获三百余人。十八日，清军收复汉阳，夏部在武昌文武官弁献城投降，夏逢龙逃至黄州府。二十日，夏部黄州总兵献城降清，夏逢龙被擒，磔斩军前。武昌、黄州诸府县相继恢复。是年，响应夏逢龙者有：江西南昌李美玉、袁大相等，宁都佃户也借此据寨抗租，号曰“佃兵”，不久即分别失败。