雍正七年（1729）以后，清政府决定对准噶尔部用兵，为此，加重了陕甘人民的负担。本来，甘陕人民在允禵、年羹尧、延信等人统治下已很贫困，再加此项军需，致使人民群众的不满情绪大增。在陕西，有人对雍正帝的政策表示怨恨，也有人公开指责。为了缓和这一矛盾，保证前方作战的顺利进行。雍正九年（1731）四月初八日，雍正帝派左都御史史贻直、礼部侍郎杭奕禄为宣谕化导使，率领翰林院庶吉士、六部学习人员，以及国子监肄业的选拔贡生等，带谕旨前往陕、甘二省“开导训谕”，以“觉悟愚蒙”。雍正帝谕示说：对准噶尔用兵用“奉天讨罪，除暴安民”，实属万不得已而为之。而厉兵秣马，诸务纷繁，“虽不敢取办于民财，恐不免借资于民力”。对陕、甘百姓之苦，朝廷已倍加优恤，曾多次蠲免钱粮。今陕西之议论，必有允禵、年羹尧等胁从之党从中煽动。百姓切不可听信小人摇唇鼓舌、诽谤朝廷之言论。如果“能笃尊君亲上之义，消亢戾怨怼之情”，必可使前线早日报捷，边塞永宁，二省人民亦可安居乐业。

雍正七年（1729），因准噶尔部首领噶尔丹策零屡次骚扰喀尔喀，而且藏匿青海叛军头子罗卜藏丹津，清政府决定出兵讨伐，以安定北疆。特命领侍卫内大臣傅尔丹为靖边大将军，屯阿尔泰，出师北路；川陕总督岳钟琪为宁远大将军，屯巴里坤，出师西路，分进合击。噶尔丹策零闻讯，施缓兵之计，于雍正八年（1730）五月，遣使入京，声称本欲将罗卜藏丹津解送朝廷，因闻清兵出动，暂行中止，如能赦其既往，愿听从清廷命令，解送逃犯。雍正帝见此，遂令暂缓一年进兵，要岳钟琪、傅尔丹回京议事，西路军务由副将纪成斌代理。纪成斌命副参领查廪领士卒万人驱赶驼马放牧于科舍图卡伦一带（位于哈密与巴里坤之间）。当时天已寒冷，查廪竟将牧放事委之部下五十人，自己却率众躲进山里避寒，而且终日置酒挟娼。十二月，噶尔丹策零遣宰桑祃木特率兵二万，突然袭击科舍图卡伦，劫掠驼、马十几万头。查廪逃遁，求救于总兵曹勷。曹仓猝出战，大败。清西路军总兵官樊廷，副将冶大雄等得报，率兵两千，与祃木特等激战七昼夜，救出了两处卡伦兵。后又合总兵官张元佑杀退准军，夺回大部分驼、马。雍正帝得知战况，令傅尔丹等速赴军营，准备讨伐噶尔丹策零。科舍图之战，使准噶尔贵族与清政府的关系又一次破裂，终于导致了大规模的武装冲突。

雍正七年（1729），在军机处建立的同时，清代的一项新制度――“廷寄”制度也同时产生了。“廷寄”是谕旨的一种下发形式。军机处代皇帝起草的谕旨，一种是先经过内阁，以次及于部院，层层下发，称为“明发”，这种谕旨无须保密。另一种需要保密的，则不经过内阁，由军机处本处密封，经驿站传递，直达收件人，称为“廷寄”（又称“字寄”、“寄信”）。“廷寄”的内容，均为机密要事，下发时，根据缓急程度，分为日行三百里、四百里、五百里、六百里，及六百里加快几种。经军机大臣张廷玉的规划，“廷寄”形成了一种制度。凡给经略大将军、钦差大臣、参赞大臣、都统、副都统、办事领队大臣、总督、巡抚、学政的叫“军机大臣字寄”，凡给盐政、关差、布政使、按察使的，叫“军机大臣传谕”。字寄、传谕封函的表面均注明“某处某官开拆”，封口处盖有军机处的印信。“廷寄”制度的建立，进一步加强了中央和地方的联系，使皇帝的意志可以畅通无阻地直达地方。

雍正七年（1729），清廷开始对准噶尔用兵，为保证这场战争的顺利进行，一切军政保密大事均需随时处理。于是，该年（1729）六月十日，雍正帝下令在内阁之外建立军机房，“其军需一应事宜交与怡亲王、大学士张廷玉、蒋廷锡密为办理。”这就是军机处的最初建立。雍正十年（1732）三月，改名“办理军机处”，简称“军机处”。它一成立，即取代了议政王大臣会议及南书房的地位，成为施政发令的中枢机构。军机处本为军务而设，非正式机务，军务结束即应裁撤，由于这个机构便于皇帝对军政大事的独裁，所以一经成立即常设不废。军机处设有军机大臣，一般为四、五人，以亲王、大学士、尚书、侍郎兼任，均由皇帝亲自任命。军机处的职责是“掌军国大政，以赞军务。”军机处的特点有二：首先是处理政务迅速，其次是办事机密。军机处的性质，决定了它地位的显赫。自从设立军机处，清代的皇帝就真正做到了朝纲独揽，集权于一身。

雍正七年（1729）四月，清政府决定废原四川天全六番招讨司，并于其地置天全州，隶雅州府。天全六番招讨司分正、副二司，分别由高氏、杨氏二土司世袭。在鄂尔泰主持西南诸省改土归流的过程中，川陕总督岳钟琪分析了天全六番招讨司的情况：其地界连雅州名山、芦山、荣经各县及黎州守御所等处，境内多汉民，语言、服食与内地无异，且民性淳朴，通晓文义，土地亦肥沃充裕。清政府推行改土归流的目的之一，是要在西南各省获得更多的经济利益。因此，岳钟琪指出：“似此地方，皆非土司所得独踞之乡。”又兼该土司高若璠、杨自唐二人骄奢淫佚，残暴贪婪，罪恶多端，民怨若沸，久愿归流。岳钟琪遂于雍正五年（1727）正月二十九日，奏请将天全土司改土归流，至七年四月得以实现。

雍正七年（1729），李绂因科甲朋党罪，被捕入狱。李绂，字臣来，江西临川人，康熙四十八年（1709）进士。授兵部侍郎，雍正二年（1724）授广西巡抚。因政绩突出，于雍正三年（1725）授直隶总督。四年（1726）三月，李绂在赴京路过河南时，听说河南巡抚田文镜曾先后以各种罪名参奏信阳州知州黄振国、汝宁府知府张玢、息县知县邵言纶、固始县知县汪諴、陈州知州蔡维翰，而黄、张、邵、江都是康熙四十八年的进士。有人说田文镜无关排斥士人，“不容读书之人在豫省做官”。因此，李绂当面斥责田文镜“负国殃民”之罪，随后又上疏参劾田文镜“贤否倒置”，信任“本属市井无赖”之人。雍正帝十分器重田文镜，但又怕他被属员欺骗，故将李绂所奏转告他，听取他的意见。田文镜非科甲出身，尤恶科目之人，遂于四月二十七日上疏，指出，言“市井无赖”之人，本人必为进士。六月，他又以黄、张、邵、汪都是同年进士，提醒雍正帝防止科甲朋党，实际是针对李绂而来的。李绂坚持已见，继续为黄、张、邵、汪等人辩护。雍正帝讨厌他的置辩，加以申饬，并将他调离直隶总督要缺，改任工部侍郎。同年十二月，以发生谢济世参劾田文镜事，其内容与李绂所言完全相同，这就引起了雍正帝的重视，于是提出要严厉打击科甲朋党，并于五年（1727）二月向大学士、九卿等颁布了打击科甲朋党的上谕。雍正七年（1729），谢济世因文字获罪再次受审，供出当年参劾田文镜用李绂指使。于是，雍正帝即以科甲朋党罪将李绂下狱。直到乾隆帝继位，才给李绂恢复官职。

雍正八年（1730）十二月，准噶尔部噶尔丹策零袭击科舍图卡伦清军后，双方矛盾日益激化。雍正帝立即派傅尔丹急赴北路军营，组织讨伐噶尔丹策零。雍正九年（1731）四月，傅尔丹率北路军进驻科布多。六月，噶尔丹策零命大小策零敦多布率准噶尔军三万，进攻清北路军，同时派两千人围困鲁克察克（今新疆吐鲁番东南）、哈喇和卓（今新疆吐鲁番东南），以牵制西路军。六月十七日，准噶尔军有人至傅尔丹军营诈降，诡称：噶尔丹策零大军未到，仅有小策零敦多布率军“不过一千”，驻于距清营仅三日路程的察罕哈达，而大策零敦多布因途中有病，留驻和博克山。又散布：噶尔丹策零因与其妹夫不和，发生冲突，为其所败，所以大军未至。对于这些自相矛盾的消息，傅尔丹不加核实，以为机会到来，一面上奏朝廷，一面准备进攻。雍正帝接到情报后，命令大学士等转告傅尔丹，对各种情报“务加详审”，不可贸然行动。此时，北路军副都统定寿、永国、海兰等人也相继劝阻，但傅尔丹一意孤行，发兵一万，分三路进军。噶尔丹策零见傅尔丹就范，先以少量兵力及牲畜引诱清军前锋，而将主力二万埋伏于博克托岭山谷中。傅尔丹不知是计，冒昧趋进，及行数百里，仍不见准军营垒。七月五日，听说准噶尔军两千，驼马万余屯于博克托岭，遂派参赞苏图率兵三千往剿，以丁寿统兵一千五百为后援。先锋部队行不数里，忽“闻笳声远作，毡裘四合，如黑云蔽日”，喊杀之声山呜谷应，早已埋伏在此的二万准噶尔军立即把清军先锋部队围困于博克托岭山谷之中。傅尔丹闻讯，又派六千兵往援，此时先锋部队已伤亡惨重，溃不成军。于是清军移营和通泊（距科布多西二百里）。准噶尔军乘势掩击，包围和通泊，激战之后，清军且战且退，准噶尔军一路追杀。待傅尔丹逃回科布多，仅存二千人，副将军巴赛、查弼纳等俱战死。事后，傅尔丹被降职。

雍正八年（1730）六月，雍正帝在派使团赴俄国彼得堡祝贺彼得二世即位的同时，又派出一随队使团到伏尔加河地区慰问土尔扈特部。这支随队使团共二十人，以满达伊为首。他们在到莫斯科后，即转赴伏尔加河地区了解、探望、慰问土尔扈特的人民，为他们带去了祖国的温暖。雍正九年（1731）夏，雍正帝再次派出以班第巴依、昂邦纳依室、色楞格等人为首的一行五十三人的使团，前往伏尔加河地区慰问土尔扈特部。由于沙俄政府惧怕清政府加强同土尔扈特部的联系后不利于他们对土尔扈特部的控制和奴役，遂在使团到达恰克图后，断然阻止使团前往，致使这次出使半途而归，未得成行。

雍正八年（1730）五月初四日，怡亲王允祥病故。允祥自雍正七年（1729）十一月患病后，雍正帝倍加关怀。五月初四日，雍正帝闻知允祥病危，急赴王邸，待至，允祥已故。雍正帝悲恸不已，左右大臣恳请节哀，乃回宫。翌日，再临怡亲王丧礼，奠酒举哀，并辍朝三日。雍正帝之所以对这位兄弟有如此深的感情，是因为允祥在所有兄弟中是最忠实于他的。允祥是康熙帝的第十三子，雍正帝登极之后被封为怡亲王。由于雍正帝认为允祥“廉洁奉公”，遂于雍正元年（1723）命总理户部，开亲王管部之先例。在雍正初年打击允禩集团的斗争中，允祥一直是支持雍正帝的，这不得不使雍正帝倍感亲近。雍正三年（1725），直隶水灾，允祥奉命往勘，十二月上疏，建议兴修水利，设营田，被采纳，遂负责总理京畿水利。在他的督率下，直隶水利工程颇见成效，营田也取得很大成绩。雍正四年（1726），雍正帝赐亲书“忠敬诚直勤慎廉明”榜，并对群臣说：“怡亲王事朕，克殚忠诚，职掌有九，公而忘私，视国如家。在朝诸臣，‘忠勤慎明’尚多有之，若‘敬诚直廉’，则未能轻许”。后来又给允祥增仪仗一倍。雍正七年（1729）六月，允祥受命办理西北两路军机。十一月即患病。雍正帝在允祥患病期间，曾为其寻名医治病，待死后，又破格为其办理丧事。他本人素服一个月，又命诸臣常服，宴会一律不许举行。同时恢复其原名为“胤祥”（雍正帝登极后，诸兄弟均将“胤”字改为“允”字），许配享太庙，并批准白家疃等十三村民为其建祠之请求，拨官地三十余顷为祭田，免租赋。

雍正八年（1730）十月，署理广东巡抚傅泰看到《大义觉迷录》中，记录曾静门徒张熙供词中提到有一《屈温山集》，亦属反清著作，因而想到了广东的一位著名学者屈大均。屈大均，号“翁山”。傅泰认为，“温山”、“翁山”，虽字有别，但音相同，必为一人，遂下令查找屈翁山文集，后果于书肆购得屈翁山文集、诗集、文钞诸书。经查阅这些诗文集，发现其中凡遇到明朝称呼之处俱空抬一字，以示尊重，而对清朝，则“多有悖逆之词，隐藏抑郁不平之气”，于是案发。当时屈大均已死三十余年，傅泰密令拘捕其子屈明洪（时任惠来县学教谕）。十月十六日屈明洪闻讯投案自首，交出所存其父诗文及刊板，请正典刑。傅泰以此为线索，严加审讯，并于十月十九日，将审讯结果和屈大均诗文集上报雍正帝。后经刑部核议，按大逆律问罪，将屈大均戮尸枭示，其诗文集全部毁禁，雍正帝因屈明洪能投案自首，决定减等论处，流放福建。