雍正四年（1726）八月初六日，主持改土归流的鄂尔泰拟定了分别流土考成法，上奏雍正帝。鄂尔泰指出，自明代以来，土司与流官同样授与职衔，但无考成，因而地方官无法约束土司。现在地方命盗之案日增，就在于土司考成不严，有时官府通缉凶犯，而土司知情故纵，流官亦束手无策。欲求地方安宁，必须严格土司考成。建议制定分别流土考成法：盗由苗寨，专责土司；盗起内地，责在文员；盗自外来，责在武职。责在土司者，未减流官；责在文官者，未减武职；责在武职者，亦未减文员。以此三者，分别议罪，土司无辞，流官亦服。雍正帝接到奏折后，让兵部、都察院等衙门讨论。同年（1727）十二月二十一日，经各衙门讨论，雍正帝批准，清政府正式颁布了分别流土考成法，责令云南、贵州、四川、广西、湖南五省一体遵行。并且强调：土司如“故纵苗倮，扰害土民”即革职，至有养盗殃民者，题参严拿治罪。倘能严行约束，擒拿盗贼，奏明加级，以示鼓励。

雍正四年（1726）九月二十二日，福建安溪县发生了罢市事件。安溪县典史陈永芳奉上司差委，追征往年的屯地欠银，引起了人民的不满，为了反对官府的这项政策，安溪县人民实行了罢市。清政府对此极为重视，浙闽总督高其倬认定有“奸棍”从中倡导，下令捉拿为官者，并以残酷的杖刑，将这些为首群众活活打死。雍正帝闻讯，表示完全支持高其倬的做法，并批示说：“应如是惩治，以警刁顽”。虽然安溪罢市事件迅速平息，但它反映了人民对官府的憎恨，几乎是一触即发。

雍正四年（1726）正月，雍正帝历数允禩诸多罪状之后将其圈禁。此事在社会上引起了反响。支持、同情允禩的人加紧了活动。天津州民人郭允进自称遇洪觉禅师，得授韬略，书写传单，到处散发。内称“十月作乱，八佛被囚，军民怨新主”。因允禩被人视为“佛者”，且排行第八，故称“八佛”。所谓“八佛被囚”，实际上是指责雍正帝圈禁允禩。传单中还说，自雍正以来，旱潦灾荒不停。以此说明雍正朝政治之腐败。为了在朝廷内造成影响，郭允进还将传单塞进了刑部右侍郎塞楞额的轿内。雍正帝得到此事，即令直隶总督李绂等捉拿其人，追穷根源。并于同年五月十七日特颁谕旨，一一批驳郭允进之“妄言”，指出，其实乃允禩朋党之奸逆。后李绂上报，除郭允进之外，再未发现造言生事之人。并说郭允进“素有疯疾”。七月二十九日，刑部拟定将郭允进凌迟处死，雍正帝以其虽有悖逆之词，尚无叛逆之迹，改为立决枭示。

雍正四年（1726）春，正值青黄不接之时，广东米价昂贵，当时的广东巡抚杨文乾又要减少从官仓的粜米数额，致使奸商渔利，民人不堪其累，就连在这里的驻防兵丁亦大为不满。五月下旬，终于发生了广州民人聚众抢米事件。参加者，有平民百姓，也有驻防士兵。他们抢米厂，并打伤前来阻拦军官和士兵，随即到衙门说理，斥责奸商。（1726）五月二十六日，杨文乾将此事上报。雍正帝认为事态严重，遂派兵部左侍郎塞楞额急赴广州，会同署理广州将军阿克敦、巡抚杨文乾审究。不久，雍正帝了解了事情的真相，为了缓和阶级矛盾，于七月初一日颁下谕旨，指出：“凡各省地方有缺米或米价昂贵者，必系其地上年荒歉所致，而广东上半年奏报丰收，并未称荒歉。”这里显然带有指责之意。考虑到广东地处边区，为稳定局势，雍正帝要求今后必须做好粮食储备工作，以解决民食问题。抢米之事也就不了了之。

雍正四年（1726）二月二十四日，云南巡抚兼管云贵总督事务鄂尔泰，向雍正帝呈上了他的第一个请求在西南进行改土归流的奏折。内称：“云贵土司毒派夷众，恣肆梗顽。欲靖地方，须先安苗倮；欲安苗倮，须先制土司。”这个奏折引起了议论。原来，在此以前，已有许多人提出在西南地区进行改土归流的建议，均遭到雍正帝的驳斥。如雍正二年（1724），广西提督韩良辅请将广西土司改流，雍正三年（1725），署贵州巡抚石礼哈奏请进取古州，雍正帝一概未准，并提醒他们不可贪利图功，轻举妄动。正是由于皇帝的鲜明态度，使得鄂尔泰的建议一提出，即遭到许多人的反对。鄂尔泰坚持己见，并于三月二十日、四月初九日、四月二十五日、六月初二日、六月二十日、七月初九日连上数折，阐明了改流的目的、意义、方针和手段，反复强调：不改土归流，终非远计。特别对贵州长寨苗民阻拦官兵修建营房一事，鄂尔泰态度坚定，力主发兵进剿。贵州文武一闻进剿，“莫不骇目惊心”，甚至，“疏上，盈廷失色”。首先反对的是贵州巡抚何世璂，而后贵州总兵官丁世杰又提出三个不可进剿的理由，反对用兵。鄂尔泰驳以三不可不剿。这时，雍正帝一反常态，完全站到了鄂尔泰一边，全力支持改流，并说以前不同意改流乃因石礼哈等人“非能办理此事之人，故未允其请”。同时斥责韩良辅等人是“小知小见，乃攀枝附叶之举，非拔木塞源之策”。遂即将改土归流的大权交给了鄂尔泰，并要西南诸省官员，听鄂尔泰指挥，“不可另立主张”。于是，历史上规模最大的一次改土归流在西南诸省开始了。

雍正五年（1727）七月，清政府与沙俄签订《布连斯奇条约》后，双方派出界务官，勘分了中俄中段的整个边界，设置了界标。九月九日，订立《阿巴哈依图界约》，确定了从恰克图向东至额尔古纳河的边界；九月二十四日，订立《色楞额界约》，确定了从恰克图向西至沙宾达巴哈（位于唐努乌梁海地区的西北端）的边界。清政府根据《布连斯奇条约》以及前此在北京达成的初步协议，拟成总条约草案。雍正六年（1728）五月十八日，中俄双方代表在恰克图正式签字，称《恰克图条约》。这个条约是确认前此各项条约的总条约，共分十一款，有满、俄、拉丁三种文本，条约确认了《布连斯奇条约》规定的中俄边界：以恰克图和鄂尔怀图山之间的鄂博为两国边界起点，东至额尔古纳河，西至沙毕纳依岭（即沙宾达巴哈），以南归中国，以北归俄国。重申“乌第河及该处其他河流既不能议，仍保留原状”，双方均不得占据这一地区。条约规定，以恰克图为两国贸易的商埠，允许俄商每间隔三年到北京贸易一年，每次人数不得超过二百人。同时规定，中国协助在北京俄罗斯馆内建造东正教堂；接受俄国留学生来北京学习；以后双方不得收容对方逃犯，并严行查拿，送交对方守边人员。《恰克图条约》的签订，使俄国夺取了大片中国领土，而且取得了其他西方资本主义国家还没有取得的在贸易方面的利益。

雍正五年（1727）二月，《大清律集解附例》正式刊刻公布，还是雍正元年（1723）八月，雍正帝采纳了御史汤之旭的建议，任大学士朱轼为总裁，重修《大清律》。《大清律》始修于顺治三年（1646），大体上沿袭明律。因为当时修律的目的只是希望有法可依，因而仓促成书，极为粗糙。康熙时曾做过一些修改，以《现行则例》颁发执行，但对律文未作正式变动。因此，当汤之旭以《现行则例》有拟罪轻重不一，事同而法异等弊病，建议重修律例时，雍正帝即采纳了他的意见。雍正帝对重新纂修《大清律》的目的非常明确，那就是：“诘奸除暴，惩贪黜奸，以端风俗，以肃官方。”实际上就是要一方面镇压人民的反抗，一方面约束各级官吏的不法，以维护其“大一统”的封建秩序。在修订期间，雍正帝下谕，指示如何纂修，并“一句一字必亲加省览，每与诸臣辩论确商，折中裁定。”雍正三年（1725），完成《大清律集解》和《大清律增修统纂集成》。五年（1727）二月，正式刊刻公布，即《大清律集解附例》。重修的《大清律》仍分为名律、吏律、户律、礼律、兵律、刑律、工律七篇，三十门，律文四百三十六条，附例八百二十四条。并带有三个明显的特点。一是更加突出了法律作为专政工具的作用。它不仅全部继承了前律对人民进行统治的律文，而且更明确地把人民的一切反抗，包括利用宗教结社形式的反抗统统列入“法不容宽”之列，规定一律加以极刑。二是注重维护法律的严肃性及权威性，追求对律、例文字的准确表达，以使各级官吏在任何情况下都能“依律行事”，不出偏差。三是注意到了在惩治犯罪过程中的“公平”原则。如历代法典中都有的“八议”一项，雍正帝认为这是“不公平”的，“不可为训”。但为了不使人误解，他仍令载入律文，并写明保留“八议”的目的是在于“使应议之人咸知自重而不轻于犯法也”。重修《大清律》的颁布，说明封建立法思想日渐成熟。

雍正五年（1727）冬，雍正帝命圈禁延信。延信，清宗室，肃武亲王豪格孙。初封奉国将军，累官至都统。康熙五十七年（1718），从抚远大将军允禵率师讨策妄阿拉布坦，驻西宁，此间即与允禵结党。五十九年（1720），授平逆将军，率兵入藏，侵吞军饷银十万两。同年封辅国公。雍正帝登基，因诏允禵回京拜谒大行皇帝梓宫，遂令其摄抚远大将军事，此时延信又与同在西北的年羹尧结党。后授西安将军。雍正元年（1723）晋封固山贝子，寻晋封多罗贝勒。延于于西安将军任内玩忽职守、怠于军务，不事训练、滥保有贪婪罪官员九十余人。对此，雍正帝虽有耳闻，却未加过问。但是，不能让雍正帝容忍的是，延信不仅与允禵结党，包庇年羹尧，而且公开投靠允禵集团。因此，在惩治了允禵、年羹尧、隆科多，处理了允禵集团之后，便开始治延信之罪。雍正五年（1727）十一月初二日，雍正帝以其罪恶昭著，令革去贝勒爵，并交宗人府严审。同年（1727）十二月初六日，诸王大臣列延信二十大罪状，其中以党援罪为最重，共占七条，请求按律斩决。雍正帝为表示宽大，决定免死，于畅春园附近圈禁，侵吞军饷以财产抵，子孙黜宗室，降红带。

雍正五年（1727）六月，西藏发生阿尔布巴之乱，西藏地区出现动乱。这一事件引起了清政府的重视，雍正帝认为：“当趁此机，先将西藏事宜料理清楚，以为边防久远之计。”十一月初一日，雍正帝经与议政王大臣等商议，决定派大臣进藏料理，协助管理后藏事务的颇罗鼐平定叛乱，安定地方。并定由左都御史查郎阿、副都统迈禄前往，于明年春起程。雍正六年（1728）五月，查郎阿等由西宁出口，八月初一日至西藏，遂审讯业已就擒的阿尔布巴等首恶，将其凌迟处死，进而安抚地方。这时，驻藏大臣的任务主要是统领驻藏官兵，并督导颇罗鼐总理藏务。

雍正五年（1727）夏，雍正帝命将隆科多逮捕。隆科多，佟佳氏，满洲镶黄旗人，一等公佟国维子，孝懿仁皇后弟（即雍正帝舅）。在雍正帝继位的过程中，他起了重要任用，因而成为新政权的核心人物。雍正帝一登基就委以重任，并下令称他为“舅舅”。由于隆科多倍受宠幸，遂至忘乎所以，专断揽权，甚至对雍正帝也多有不恭之处。雍正二年（1724）十二月，雍正帝在河道总督齐苏勒的奏折上密谕：“近日隆科多、年羹尧大露作威福、揽权势光景，若不防微杜渐，此二臣将来必至不能保全。”实际上这是向臣下宣告了隆科多地位的动摇。隆科多也曾预料自己地位不稳，怕日后抄家，把一部分家财分藏到各亲友家及西山寺庙里，不料被发觉，反而给了雍正帝以罪柄。雍正三年（1725）五月二十二日，雍正帝向大学士、九卿等宣布了隆科多招权纳贿、擅作威福之罪。并说这是由于自己过于信任他，所以只有自责，但警告隆科多要解散党羽，洗心革面。六月，撤消了隆科多次子玉柱的乾清门头等侍卫、总理侍卫事、銮仪卫使等职。七月十二日，以庇护年羹尧罪，将隆科多太保衔削去。雍正四年（1726）正月，雍正帝令隆科多赴阿尔泰岭，与策妄阿拉布坦议定准噶尔和喀尔喀游牧地界，然后同即将来华的俄国使臣合议两国疆界，并说，若实心任事，可宽宥其罪。雍正五年（1727）闰三月，宗人府奏劾隆科多私藏“玉牒”（皇族家谱）底本，应以大不敬律治罪。诸大臣奏请待其议界完毕再行审处。六月初八日，雍正帝以议界不必非要隆科多，下令将他逮捕回京。十月初五日，诸王大臣列隆科多四十一大罪状，请求拟斩立决。雍正帝念其前功，免于正法，令将其于畅春园附近永远圈禁，夺其长子岳兴阿一等阿达哈哈番世爵，次子玉柱发遣黑龙江当差。雍正六年（1728）六月，隆科多死于禁所。