雍正二年（1724）七月十六日，雍正帝颁发了御制《朋党论》。这实际上是一篇旨在讨伐允禩集团的檄文。雍正帝即位后，就感到了允禩集团对他的潜在威胁。由于允禩的多年经营，终于结成朋党，形成了一股势力。雍正帝为了打击这股势力，在登基之初先是采取了安抚政策，稳住他们。当他感到时机成熟时，便开始了向允禩集团发动进攻。御制《朋党论》便是一个信号。他对诸王、贝勒、满汉文武大臣说：“朕今御制《朋党论》一篇颁示，尔等须洗心涤虑，详玩熟体。如自信素不预朋党者，则当益加勉励，如或不能自保，则当痛改前非。尔等须扪心自问，不可阳奉阴违，倘自干国法，万不能宽。”《朋党论》的主要内容是指出臣子结成朋党，违背君臣大义和臣子事君之道，而朋党习气至今未改，现在必须彻底消除。它为日后处理允禩集团提供了依据。

雍正二年（1724）七月，雍正帝在下令推行“耗羡归公”的同时，还实行了“养廉银”制度。所谓“养廉银”，是在正俸之外发给官员的生活补贴和办公费用。“耗羡”在归公之前，均由地方官私征私用，或纳入私囊，或贿赂上司，弊端极大。实行耗羡归公后，耗羡的征收虽属合法，但收不归入州县，而属布政司，这就使地方官失去了一条生财之路。为防止于此之外再对百姓加征，以致出现新的贪赃枉法行为，雍正帝决定从耗羡归公部分提取一些给州县官作为生活补贴及办公费用，称为“养廉银”，希望以此培养官吏的廉洁之风，以后不再贪赃枉法。清代官员的俸禄很低，一品官年俸银一百八十两，二品官一百五十两，而从九品小官只有三十一两五钱。这微乎其微的薪俸不可能满足官吏的需要，因此，贪赃营私之事屡有发生。实行养廉银制度之后，官吏们可以得到几倍甚至几十倍于正俸的收入，这虽不能从根本上解决官吏贪污问题，但对减少贪污，还是能起到一定作用的。

雍正二年（1724）六月二十三日，雍正帝批准了户部侍郎塞德的建议，下令设立井田，拨京南霸州、永清、固安、新城等县的官田二百余顷，作为井田，选京城八旗内十六岁以上、六十岁以下无产业者前往耕种，满洲五十户、蒙古十户，汉军四十户，共计一百户，各授私田百亩，公田十二亩半。又给每户十二亩半年室庐场圃之用，官给盖房屋，按人口分配。另每户拨银五十两，购置耕牛、农具、种籽。规定私田收归井田户，公田收成于三年之后交公。并要求井田户于每年十月农事完毕，校围学射。为办好此事，还设置了井田管理处，派塞德前往料理。实行以后，愿去的人不多。鉴于此，雍正帝于五年（1727）闰三月初一日，下令强迫那些没有产业、游手好闲的旗人迁往井田处耕种，连同妻子同行。每户给地三十亩，给银十五两，每五户给牛三只。由于所去旗人不好好从事生产，反而卖掉耕牛、出租井田，管理官员又将井田分成等第，徇私掉换，以致井田非但没有建设，反而破坏甚重。至乾隆帝继位，便将井田改为屯田。

雍正三年（1725）、四年（1726）连续发生的汪景琪、查嗣庭案件，引起了雍正帝的警觉。由于汪、查二人均系浙江人，雍正帝认为二人在浙江必有影响，因此断定浙江风俗浇漓，有必要专派一官前去治理，稽察奸伪，或劝导，或惩治，务使浙江绅衿士庶有所儆戒，“尽除浮薄器陵之习，归于谨厚，以昭一道同风之治。”遂于雍正四年（1726）十月六日下谕九卿等，让他们研究具体办法。九卿建议仿唐朝贞观年间所置观风俗使，派官往浙江，省问风俗，稽查奸伪，授为浙江等处观风整俗使，并铸给关防（即清代临时性差遣官员所用之印信），以重职守。得到了雍正帝的批准。遂即委任河南学政、光禄寺卿王国栋为浙江观风整俗使。

雍正三年（1725）夏，直隶大水成灾。清政府在赈济霸州、保定等七十二州县厅水灾饥民的同时，决定经营畿辅水利，兴办水利田，并派怡亲王允祥、大学士朱轼率员考察。同年（1726）十二月二十三日，允祥等将考察结果上报，并绘图进呈，同时陈述直隶水利营田事，建议设营田，拣干练河员督率。雍正帝大为赞赏，遂命允祥总理其事。随后，设立了营田水利府，下辖四个营田局，负责兴办直隶水利营田事。雍正四年（1726），朱轼又提出加速营田工程的建议；鼓励民人开垦，照亩积多寡，给予九品以上、五品以下顶戴；凡到水利府工程处效力的民人，可视其承包工程量之大小，录用为不民职务的官员；降革官员赴工程效力者，竣工之后可以开复；流徙以上罪犯效力者，准予减等。雍正帝批准了他的建议，于是自雍正五年（1727）起，京畿营田便大力开展起来。营田工程有两项，一为修治河道，疏浚建闸，一是营造水田。雍正帝还调来江南、浙江老农教授水田耕作技术。营田很快收到效果，当年，官私垦田八千多顷，每亩可收稻谷五至七石。对于京畿营田，雍正帝一直坚持，收效明显。

雍正三年（1725）十二月十八日在处决年羹尧七天之后，雍正帝将汪景祺斩首枭示，妻子发遣黑龙江给穷披甲人为奴，亲兄弟、亲侄均革职，发戍宁古塔，五服内的族亲现任及候选、候补者一律革职，令原籍地方官管束。汪景祺，浙江钱塘（今杭州）人，举人出身。因仕途不得意，于雍正二年（1724）赴西安，任职于抚远大将军年羹尧幕府。谀称年羹尧为“宇宙之第一伟人”，功绩远在历代名将郭子仪、裴度等人之上。同年五月节前作《读书堂西征随笔》，献给年羹尧。内有诗句“皇帝挥毫不值钱”，意在讽刺康熙帝之书法，又有非议康熙帝谥号及雍正帝年号之文字。书中尚有《功臣不可为论》一文，乃年羹尧青海建功之后而作，针对舆论中功臣不能自处而遭屠戮的观点，加以驳斥，旨在责备人主，为功臣鸣不平。文章分析人主杀功臣的原因在于对功臣疑之，畏之，怒之，恕之。劝臣子不要做功臣，警告君主不要杀戮功臣。次年，年羹尧案发，在查抄年羹尧杭州住宅时发现了《西征随笔》一书。雍正帝憎恨汪景祺议论讥讽杀功臣事，但又不便发作；后终以其诗句中攻击康熙帝的地方，定为大不敬罪，并指为年羹尧同党。

雍正三年（1725）十二月十一日，刑部等衙门罗列年羹尧九十二大罪状，要求处以极刑。雍正帝念其前功而令自裁。年羹尧，汉军镶黄旗人，康熙三十九年（1700）进士。曾倍受康熙帝赏识。在雍正帝登基过程中，起到了十分重要的作用，因此，被雍正帝视为新政权的核心人物，加以重用和培植。雍正元年（1723）二月，授二等阿达哈哈番世职。三月，加太保衔，晋爵三等公，并全权处理西北军务。十月，因罗卜藏丹津于青海叛乱，被授于抚远大将军，赴前线平叛，又晋为二等公。次年三月，大功告成，叙平定青海功，晋爵一等公。对于维护新政权，打击允禩集团等，年羹尧也起到了决定性作用。因此，受到雍正帝的恩宠，加官、晋爵、赐第、赏金，接踵而至。但是，年羹尧妄自尊大，不守臣道，甚至雍正帝面前也“箕坐，无人臣礼”。他排除异己，结党营私，接受贿赂，侵吞军饷。雍正三年（1725）二月，出现“日月合壁，五星联珠”的自然现象，当时以为祥瑞，照例内外臣工上贺表，年羹尧贺表，因笔误，把“朝乾夕惕”语写成“夕阳朝乾”，雍正抓住不改。此事件后，山西巡抚伊都立、都统范时捷、川陕总督岳钟琪、河南巡抚田文镜等相继参奏年羹尧。四月，命交出抚远大将军印，调任杭州将军。六月，革去太保衔，严惩年氏子弟及同党。七月，降至三等公，革去杭州将军职。八月，再降至阿达哈哈番。九月，革去所有职衔。十月，遣人去杭州捉拿回京。十一月至京。十二月便由刑部等做出最后的裁决致死。

雍正三年（1725）十月，在京城发生了一起内务府佐领下人吵闹抢物事件。事情的起因，是因为裁减内务佐领下兵丁而引起。内务府佐领每年所需钱粮，在康熙三十年间，为三十余万两。而至雍正初，已增至七十余万两。为减少开支，雍正帝根据廉亲王允禩的奏请，决定削减内务府佐领兵丁的人数。此事引起了佐领下人的不满，他们认为这是要夺其钱粮，于是数百人聚集到允禩家吵闹，第二天又到内务府总管李延禧家吵闹，并抢去物件。步军统领阿奇图派兵捉拿为首者。雍正帝得知此事，认为是管理内务府的主要官员经理不善。遂于（1725）十一月初二日特颁谕旨，将管理内务府总管事庄亲王允禄罚俸三年，革去常明、来保内务府总管，来保枷号三个月，鞭一百。同时把为首闹事的五人交刑部监看正法，其余一部分人分别发往云南、贵州、四川、广西安插做苦差，若原系奴仆，则给该处兵丁为奴。

雍正四年（1726）六月，镇沅土府改土归流，土司刀瀚以强夺田地，奸占民妻罪拟斩监候，家属被迁往江宁。改流以后，朝廷派刘洪度署理镇沅府事。刘洪度清查土司强占的田地，共计七百零一顷另七十一亩，勒令征收田赋，触及了原土司上层的利益，土司族属、土目人等请求免课，未允，遂心怀不满，借机报复，以图恢复旧日的地位。由于刘洪度对民众亦“苛索银两”、“编粮苛刻”，在平民中也引起了反感。于是，土目刀如珍等煽动反对流官。雍正五年（1727）正月十七日，刀如珍带领数百人围攻知府衙门，他们杀死了刘洪度，并放火焚烧了衙署，抢走了库藏，放走了囚犯。随后据险顽抗，希图招安。云贵总督鄂尔泰发兵进讨，很快将刀如珍等捉拿归案。此事的发生，给清廷敲了警钟，鄂尔泰当即指出，土司族属冀图报复是主要原因，而刘洪度立法过严也给人以可乘之机。雍正帝亦希望，“经此一事，乃转祸为祥，使地方微员亦自知检束”。此后，清廷对新任流官的选任就格外慎重了。

雍正四年（1726）九月，雍正帝命允祥、张廷玉和工部、内务部府官员筹建他日后的陵寝。雍正五年（1727）四月，允祥选中了遵化九凤朝阳山地，雍正帝本人也表示同意。但动工之后，发现土质不好，遂弃而不用。因遵化地方没有中意的，又转向京都西南的房山，后因这里“地内皆砂”，又另寻他地。后雍正帝委派福建总督高其倬与允祥勘察。高其倬以通晓天文地理著称，经他与允祥调查，选中了易州泰宁山太平峪地方，认为这里“实乾坤聚秀之区，为阴阳和会之所，龙穴砂水，无美不收，形势理气，诸吉咸备”。雍正帝本人亦很满意，但他有个顾虑，即这里远离父、祖陵寝，与建陵一地之理不合。于是他在七年（1729）十二月让臣下为其寻找合理的根据。很快，大学士等奏称：汉唐诸陵虽都建于陕西，但亦不在一县之境。今选易州设陵，与古礼不为不合，且遵化、易州均在畿辅，离京城不远，完全可以建陵。这样，雍正帝算是有了根据，遂于雍正八年（1730）在易州兴工，至乾隆二年（1737）方告竣工。泰陵建有碑亭、享堂、隆恩殿、方城、明楼和地宫，此外还有一群石象生，整个建筑雄伟壮丽。雍正帝修建西陵，也引起了世人的猜测，有人说他狂妄自大，自建中心。也有人说他因谋夺皇位，无颜以见九泉之下的父亲，故而躲避。也有人认为他是迷信风水而另择佳穴。