光绪二十八年（1902）三月，蔡元培、蒋智由、章太谈、黄宗仰、林獬等在上海发起组织中国教育会，以便借办教育之名，鼓吹革命。同年冬，中国教育会正式成立于上海，蔡元培被推为会长。该会下设教育、出版、实业三部，揭橥其宗旨为“编订教科书，改良教育，以为恢复国权之基础。”会员共计一百余人。该会为收容南洋公学退学青年，曾创办爱国学社（南京陆师学堂退学学生亦来就学）、爱来女校、镜今书局、军事讲习会、同川学堂、女子俱乐部，编辑过《中国白话报》。该会的常熟支部办有后塔小学，同里支部办有自治学社。该会员亦经常为《苏报》撰稿，还曾在张园组织演说，进行革命宣传活动。光绪二十九年（1903）五月，《苏报》案发生后，该会重要成员章太炎被捕，会长蔡元培逃离上海，该会的活动基本停顿。

光绪二十八年（1902）正月，经管学大臣张百熙推荐，清政府任命吴汝纶为北京京师大学堂总教习。夏季，吴汝纶被派往日本，进行为期四个月的教育考察。在日本期间，吴汝纶写下《东游丛录》一书。吴汝纶归国后，其弟子又根据他带回的资料，编成《东游日报译编》一书。两部书均详细记述和介绍日本的学制、教育现状以及日本文字语言使用等内容，对清末教育改革产生了很大影响。

光绪二十九年（1903）初，署理两江总督的张之洞会同直隶总督袁世凯，奏请变通科举。谓科举阻碍新式学堂的兴建，请按年递减中额，在数年之后，彻底停止科举，呈入后未经覆议。同年底，张之洞与张百熙、荣庆复奏重定学堂章程后，又联衔重申“递减科举，注重学堂”。奏称“时势阽危，非人莫济，除兴学堂外，更无养才济时之术”。请自下届丙午科起，乡、会试每科分减中额三分之一，俟三科后中额减尽，即停止乡试；学政、科试取进学额，于乡试两科年限内，计两次岁考，两次科考，每次各减四分之一，俟学额减尽，即停止岁、科试，以后生员尽出于学堂。清政府允其所请，宣布递减科举中额。然而至光绪三十年（1905），列强侵凌日重，国内危机四伏，直隶总督袁世凯，会同盛京将军赵尔巽、湖广总督张之洞、两江总督周馥、两广总督岑春煊、湖南巡抚端方，于八月初四日联衔奏请立即停止科举。该奏折谓：“现在危迫情形，更甚曩日”，即以递减科举中额，期以三科减尽之法，已缓不济急。清朝廷“宸衷独断，雷厉风行，立沛纶音，停罢科举”。清政府接受袁世凯等人呈请，于当日谕告全国，“著即自丙午科为始，所有乡、会试，一律停止；各省岁、科考试，亦即停止”。延续了一千三百年的科举制度，至此寿终正寝。

光绪二十九年（1903）闰五月，因钦定学堂章程很不完善，清政府命张之洞同张百熙、荣庆重新厘定学堂章程。光绪二十九年（1904）十一月二十六日，张百熙、荣庆、张之洞复奏重订学堂章程。重定的章程规定：“立学宗旨，无论何等学堂，均以忠孝为本，以中国经史之学为基”，“而后以西学瀹其知识，练其艺能，务期他日成才，各适实用”。重订章程包括各类学堂的章程及译学馆、进士馆章程。另附有学务纲要、各学堂管理通则、各学堂考试章程、奖励章程等，是一份更全面的教育体系及管理的规定。清政府于当日即颁布该章程，谕即次第推行。该章程遂被称为《奏定学堂章程》，亦称为“癸卯学制”。

光绪三十一年（1905）八月初四日，清政府宣布废止科举后，山西学政宝熙随即于九月上书朝廷，谓学制“变更伊始，造端宏大”，欲令全国整齐划一，断非补苴罅漏之计所能为，一手一足之烈所能济，所以奏请于京师设立学部，以为“总汇之处”，专管学堂事务。经政务处会同学务大臣议覆，清政府于十一月初十日谕令设立学部，位在礼部之前，并将国子监归并学部。荣庆被任命为学部尚书，熙瑛、严修被任命为侍郎。第二年（1906）三月初一日，学部奏准教育宗旨为“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”，规定“无论大小学堂，宜以经学为必修之科目”。

光绪三十四年（1908），美国基督教青年会派遣体育干事爱克斯纳来华，在上海基督教青年会开办了“体育干事训练班”，组织了一些体育活动。为了扩大影响，上海基督教青年会决定发起组织较大规模的运动会。宣统二年（1910）九月十六日，全国学校区分队第一次体育同盟会在南京举行。这届运动会分三组比赛：一是全国高等组分区比赛；一是全国中等学校组分区比赛；一是圣约翰书院等六个学校的比赛。前两组以华北、华南、上海、吴宁（苏州、南京）、武汉五个区为参加单位。竞赛项目包括田径、足球、篮球、网球四大项。田径有五十码、一百码、二百二十码、四百四十码、八百八十码跑，一百二十码低栏，八百八十码接力，跳高，跳远、撑竿跳高，铅球、链球等十二个单项。经过四天角逐，上海区获高等组田径、网球两项冠军，总分第一。华北区获中等组总分第一。圣约翰书院获六校比赛总分第一。这是中国全国规模的第一次体育盛会，所以辛亥革命后称这次运动会为第一届全国运动会，共有一百四十名运动员参加了这次赛事，但没有女运动员参加。

宣统元年（1909），容闳自传《西学东渐记》由美国纽约亨利·霍尔特图书公司出版。容闳是广东香山南屏镇（今珠海）人，生于道光八年（1828）。容闳家庭贫寒，幼年被送入澳门外国人开办的学堂。道光二十七年（1847）赴美国，入麻省孟松学校。道光三十年（1850）考入耶鲁大学，旋入美国国籍，是中国最早的留美大学毕业生。咸丰五年（1855）回国，先后在广州美国公使馆、香港高等审判厅、上海海关等处任职。曾到太平天国天京（南京）访问，试图通过农民政权实现其振兴近代中国的设想。同治二年（1863），他入曾国藩幕，并为筹建江南制造局，赴美选购机器。后说动曾国藩、李鸿章奏请清政府派学生赴美留学，于同治十一年（1872）至光绪元年（1875）受命主持选派幼童赴美留学，后任留学学生监督，旋又任清政府驻美副公使。光绪二十四年（1898）参加变法维新活动。光绪二十六年（1900）在上海张园参加“中国国会”，被推为会长。宣统二年（1910）容闳邀孙中山赴美商谈，表示支援革命。该书原用英文写成，英文书名为《我在中国和美国的生活》，共二十二章。从其出身之时写到光绪二十七年（1901），比较详细地记叙了他经历的太平天国运动、洋务运动、戊戌变法和热心参与的教育、政治、经济活动。该书后由徐凤石、恽铁樵节译，由商务印书馆出版，改名《西学东渐记》。

宣统元年（1909）十一月十六日，宪政编查馆参议劳乃宣奏请清政府推行其“合声简字”。早在光绪十八年（1892），福建同安人卢戆章，仿拉丁字母笔形创“中国切音断字”字母，开始了近代中国人创制汉语拼音的活动。光绪二十六年（1900），参与戊戌变法的王照，受日本片假名启发，创制汉字笔画型拼音字母“官话合声字母”。后以被通缉钦犯身份在北京悄悄办塾推行，在京津一带得到传播，袁世凯亦赞成用官话合声字母对北洋军进行启蒙教育。劳乃宣征得王照同意后，在官话字母基础上补充方言字母，拟成宁（南京）音、吴（苏州）音、闽、广音等方言拼音方案，统称“合声简字”，“以方言为阶梯，以官音为归宿”，在南方推行。他任江宁提学使期间，曾在南京设立“简字半日学堂”，两年间教授学生数百人，这些人又“转相授受，推于江浙各属，通晓者甚伙；素不识字之妇女村氓，一旦能阅书报，能作函札，如盲者之忽尔能视”。他进京任宪政编查馆参议后，遂有建议清官方推行其汉语拼音方案奏折。

宣统元年（1909）三月二十六日，清学部奏准《变通初等小学堂章程》《变通中学堂课程》两项文件，咨行各省，遵照办理。《变通初等小学堂章程》分初等小学为三种：一为五年毕业的完全科；一为四年毕业的简易科；一为三年毕业的简易科，并规定了完全科、二种简易科的学科课程、授课时刻表。《变通中学堂课程》中将中学堂分为文科、实科两类。文科课程以读经讲史、中国文学、外国语、历史地理为主课；以修身、算学、博物、理化、法制、理财、图画、体操为通习课。实科以外国语、算学、物理、化学、博物为主课；以修身、读经讲史、中国文学、历史、地理、图画、手工、法制、理财、体操为通习课。文、实二科学制均为五年。