咸丰四年（1854）四月，太平军西征军队在湖南湘潭为湘军所败。先是，三月初十日，西征军再克岳州。二十七日，林绍璋率部间道攻取湘潭，拟南北夹攻长沙，曾国藩于二十八日派副将塔齐布率湘军陆师进犯湘潭，复以湘军水师总统褚汝航率炮船助战，所用大炮为英、美洋铁炮，远校土炮精利。四月初一日，湘军水陆并进，猛攻湘潭。太平军主将林绍璋指挥不当，内部不和，水师系临时以民船组成，战斗力较弱，致使作战失利。初三、初四两日，太平军陆路、水师接连受挫，初五日被迫自湘潭撤退，是役太平军前后水陆十战皆败，阵亡万余人，溃散亦以万计，船只被毁者近两千艘。林绍璋因此被革职，久未起用。湘潭之战后，太平军再次撤出湖南。湘军则长驱东下，直犯江西九江。从此太平军不得不以重兵对付湘军，不能再行支援北伐。

咸丰四年（1854）四月，太平军在湖南靖港大败湘军。是年正月，太平军西征进入湖南，连克岳州、湘阴，二月初九日攻克靖港，旋取宁乡。曾国藩率湘军反扑，太平军在宁乡、靖港作战失利，撤回湖北。湘军乘势攻势攻陷岳州，准备兼程东下，援救武昌，太平军重新集结兵力组织反攻，再度挺进湖南。三月初十日，太平军重占岳州，二十五日击败湘军水陆师，再克靖港，且以林绍璋部间道取湘潭，拟南北夹攻长沙。曾国藩为解长沙之危，派兵反扑湘潭，并亲自率领水师战船四十只，陆师八百人于四月初二日进攻靖港。太平军以猛烈炮火轰击湘军水师。曾国藩以水急风利，派人于两岸以缆绳牵舟缓行。太平军出队歼其牵缆之人，复以小划艇二百余只进逼敌船，乘风纵火，大败湘军水师，焚其战船之一。陆路湘军亦被太平军击溃。曾国藩损兵折将，愧恨交加，在靖港对岸铜官渚投水寻死，为其手下所救。

咸丰四年（1854）正月和四月，太平天国两次派军增援北伐。先是，咸丰三年冬，北伐军攻天津受阻，屯兵静海、独流一带，派人回天京请援。次年正月初七日，东王杨秀清派夏官正丞相黄生才、夏官副丞相陈仕保、夏官又副丞相曾立昌与冬官副丞相许宗扬等率部自安庆出发，增援北伐军。一路经安徽、河南、江苏进入山东。途中，北伐援军不断扩大队伍，吸收了大量起义农民、贫民及失业者。三月初，包围运河边工商业重镇临清。清山东巡抚张亮基、胜保及其先遣将军善禄等急忙增援临清。北伐援军击败张亮基、善禄等，于当月十五日攻占临清，清军逃出临清时，将城中粮草全部焚毁，使北伐援军无以为食。随即胜保及新任山东巡抚崇恩又包围临清，断绝了城中一切接济。北伐援军补给困难，部分新兵军心涣散，哗变、逃跑事件时有发生，乃于二十一日撤出临清，拟北上阜城。沿途新附者不听指挥，相率南行，清军乘机截击，北伐援军损失严重，二十七日退至清水镇。四月初一南退冠县，又遭地方团练及胜保马队前后夹击，新附者狂奔，全军溃败，遂由江苏丰县策马涉旧黄河，淤泥陷马蹄，除两千多人渡河南下外，其余全部殉难。曾立昌跃马跳河死，黄生才在冠县孔家集被俘，死于游击。渡河部队转战凤台展沟集，陈仕保战死，许宗扬逃回天京，被收入东牢。随后，太平天国又派燕王秦日纲领兵第二次北援，但刚到舒城，就兵败折回。此后，太平军主力既要对付围困天京的江南、江北大营，又要分兵于西战场与湘军激战，故再无能力组织北伐援军，实际上等于放弃了北伐部队。

咸丰四年（1854）十一月十八日，上海小刀会起义军在上海县北门一带重创法国侵略者及清朝官军，史称“北门之战”。是日晨，法军舰队司令辣厄尔联合清军向上海县城发动进攻，炮击北门城墙。在舰队炮火掩护下，约二百五十名法军攻入县城。小刀会起义军在潘启亮等指挥下奋起迎战，他们隐蔽在高大建筑物中间向法军射击，击毙法军多名，迫使其退出县城。法军退出后，清军随后涌入。潘启亮率起义军冲出建筑物，与清军肉搏，将其赶至城墙边缘，纷纷滚下城墙。是役，小刀会起义军共毙伤法军军官四名，士兵约六十名；清军二千余名。

咸丰四年（1854）八月，贵州桐梓一带爆发杨隆喜、舒裁缝等人领导的斋教起义。斋教又称“老官斋教”，系由明教演变而来的秘密宗教组织，崇奉弥勒佛，以“天国普有”为宗旨，与白莲教联系密切，素有反清传统。杨隆喜又名杨应龙，桐梓溱里九坝人，斋教首领。他利用斋教号召群众，聚集力量，密谋起事。舒裁缝为遵义大溪里芝麻坪人，以裁缝为业，走遍滇、黔，曾参加过咸丰四年初杨元保起义，失败后潜回家乡，与杨隆喜结为密友。八月初，杨隆喜、舒裁缝等人在九坝聚集斋教教众及贫苦农民千余人，攻占桐梓县城。建立起义政权，以杨隆喜为都督大元帅，建号“江汉元年”，并发布檄文，痛斥满清暴政，申明起义宗旨，受到当地各族群众的支持。起义军横扫黔北，势力达于黔、川边境。清廷急调黔、滇、川三省军队前往围剿。十二月中旬，川军攻陷起义军后方九坝、桐梓；下旬，滇军与黔军侵占了起义军主要据点遵义雷台山。杨隆喜率部退往黔西安底、都匀一带，二三月间战败自杀。五月，舒裁缝也被清军捕杀，余部溃散。起义失败。

咸丰四年（1854），贵州桐梓爆发“黄兵”起义。起义领袖是杨凤、陈寿、李时荣等。起义军皆以黄巾包头，自称“黄兵”，攻占黔北桐梓、仁怀一带。云贵总督罗绕典闻报，率军前来镇压。起义军南退余庆，在龙溪与官军作战失利，杨凤被俘牺牲。余部在邹辰保率领下继续斗争。咸丰九年被清军剿灭。

咸丰四年（1854）六月，广东天地会首领陈开、李文茂等起义反清。陈开、广东佛山人，驾船为业。该年六月十一日，陈开在广东南海县佛山镇率天地会会众举起义旗，建号“大宁国”，自称“军师”，“大王”，起义军号称十万，占据佛山。李文茂，广东鹤山人，原系粤剧艺人，早年加入天地会。陈开起义后，李文茂在广州北郊佛岭寺聚众响应，与陈开部汇合，起义军蓄发易服，头裹红巾，故有“红巾军”之称。旬日之间，连陷数十州县，使省城广州陷入“势孤援绝”境地。六月十九日，起义军围攻广州城。两广总督叶名琛纠集地方豪绅组织团练，并勾结外国侵略者进行抗拒。他先后从东莞、香山、新会、潮汕等地调练勇数万人到广州协助守城，又倚仗英、美、法等国船只运送援兵、粮食、武器等入广州城。起义军围攻广州达五月之久，未能攻克，于当年十一月底被迫撤退。叶名琛残杀起义群众，先后达十数万人之多。咸丰五年夏，陈开、李文茂会同广西天地会首领梁培友等率众四万余人，乘船千余艘，自广东肇庆出发，沿江西征，一路攻梧州，破藤县，经平南围攻浔州，于八月十七日攻克浔州府城。起义军在浔州建立革命政权“大成国”，改浔州为“秀京”，用“洪德”纪年。陈开称“镇南王”，设官分职，征收赋税，铸造“洪德通宝”。以李文茂为陆路总管，梁培友为水路总管，领兵先后攻克贵县、武宣、象州、平南等地。咸丰六年十月，陈开、李文茂、梁培友在梧州会师，决定陈开改称“平浔王”，驻浔州；梁培友称“平南王”，驻平南；区润称“平西王”，梁昌称“定北王”，分驻大湟江；李文茂称“平靖王”。广西巡抚劳崇光向湖南巡抚骆秉章求援，骆秉章先后派蒋益澧、刘长佑等率湘军大举入桂镇压起义军。咸丰七年，梁培友在廖洞堡阵亡。次年梁昌被俘牺牲。咸丰九年李文茂在庆远深山中病逝。区润在浔州病逝，咸丰十一年七月，广西按察使蒋益澧攻陷浔州，陈开被俘牺牲，大成国败亡。

咸丰四年（1854）五月，广东东莞天地会首领何禄聚众起义。何禄也称何六，广东顺德人，天地人首领。曾加入太平军。咸丰三年奉洪秀全之命回广东进行革命活动。次年五月，何禄在广东东莞石龙墟率天地会会众起义反清，拉开两广天地会起义的序幕。何禄起事后，广东各地农民纷纷起义响应。东江一带东莞、惠州、增城、博罗等地起义军皆推何禄为首领，率起义军参加广州围城之战，后继续活动于东莞一带。咸丰五年，两广总督叶名琛派官军前来镇压，起义军作战不利，何禄率众北上入湘南，相继占领郴州、桂阳、茶陵、永兴、酃县等地，以郴州为基地，与当地天地会起义军肖元发、焦玉晶、许月桂等部结合，共同抗击清军。咸丰六年，为湖南巡抚骆秉章所部王鑫、刘长佑等击败，两万余人牺牲，何禄于郴州毛栗墟被捕遇害。

咸丰四年（1854）二月，太平天国天京发生张继庚阴谋破坏案件。张继庚，字炳垣，江苏南京人，清朝禀生。咸丰二年秋，太平军进攻长沙时，曾随湖南布政使潘铎缒入长沙城，抗拒太平军。解围后，张继庚返回南京，协助清兵筹划城防。并募勇千余人助守城池。太平军攻克南京后，张继庚混入韦昌辉典衙内教书，化名叶知法（或作芝发、知发、子法），暗纠同伙，密盟谋叛。曾挑拨太平军湖南籍水营士兵与杨秀清亲兵互斗，并使人出城约清江南大营攻城。后虽因阴谋泄漏而破产，但张继庚因用化名而漏网。继与混入织营为总制的原南京监生吴复成合谋，煽惑水西门等处将士与杨秀清亲兵及织营人员约六七千人入盟。咸丰四年二月，师帅张沛泽发觉其阴谋活动，将张继庚逮捕，吴复成逃脱。张继庚被捕后诬陷太平军中两广、两湖籍将士为同谋，致使数十人无端遇害。咸丰五年，张继庚被杀。

咸丰四年（1854）正月，曾国藩建立一支新式团练武装――湘军，在镇压太平天国过程中发挥了巨大作用。随着太平天国的兴发、发展与壮大，清王朝统治陷入危机。作为其主要统治支柱的八旗兵和绿营兵，在强大的太平军面前，显得腐朽不堪，“文武以避贼为固然，士卒以逃死为长策。”面对这一现实，清朝最高经济者不得不将挽救危机的希望寄托在曾于镇压川楚白莲教起义中起过重要作用的地方团练武装身上。咸丰二年七月，太平军进攻长沙，咸丰帝特命陈孚恩帮办江西团练防堵事宜；十二月，太平军进攻武昌前夕，复命湖南在籍侍郎曾国藩帮同办理湖南团练乡民、搜查“土匪”诸事务；咸丰三年正月、二月间，又于南北十省中先后任命四十多位在籍大官僚为督办团练大臣。但是，这班大官僚大多昏庸之辈，所办团练往往成效甚微，只有曾国藩脱颖而出，靠练湘军起家成为挽救清王朝统治危机的“中兴名臣”。咸丰四年正月初一日，曾国藩从湘乡赶到长沙，开始筹练湘军。他深悉绿营中普遍存在的“兵不知将，将不知兵”，兵、将腐朽，不堪一击的种种弊端，故所练湘军依明代抗倭名将戚继光所创“戚家军”为模式，以家族、乡土、师生关系为纽带，网罗了一批文人士子作为将领。所有勇壮皆由各营营官自行招募，只服从营官一人，各营编列番号，互不统属，直接受曾国藩指挥。其陆师每营五百人，下分四哨，第哨八队，火器刀矛各半；水师每营四百余人，配有快蟹、长龙、舢板等船二十一艘，后增至勇壮五百余人，船三十艘。整个湘军从上至下彩层层相依、各对其上级负责的办法，由曾国藩指定统领，统领自选营官，营官自哨官，哨官自选什长，从而开创近代军阀制度“兵为将有”之先河，成为清代兵制一大变革。曾国藩以封建纲常伦理思想武装湘军，各级军官主要从文士中选拔，以儒教治军，同时还告别重视新式火器的运用，从外洋购置大批枪炮，用以装备湘军。因此，这只新组建的军队战斗力较已往的八旗兵和绿营兵强出甚多。咸古四年正月二十八日，湘军初步建成，计陆师十三营六千五百人，水师十营五千人，加上夫役、工匠等后备人员共一万七千余人（后逐渐扩大到十三万余人）。出征前，曾国藩发表《讨粤匪檄》，攻击太平天国崇奉洋教、杀人放火、荼毒生灵、毁坏纲常名教。他以封建卫道士自居，打出维护儒家传统的旗帜，故具有很大影响与号召力，成为太平天国的死敌。