咸丰三年（1853）六月，太平天国正式在天京朝天宫开炉铸钱，设专官司其事，共四人，职同指挥。试制多时未成，直至次年五月以后方才成功。太平天国钱币分金币、银币（两者非通用品）、大钱、中钱、小钱诸种。金状若铜钱，中间方孔未穿透，银币分大小两种。，小者如小铜钱。大钱似为开炉钱或镇库钱，又有如吉利钱者，重八点一二五公两。中钱有当百钱、五十钱、十钱多种，轮廓与外国银圆相似，每枚重五钱至一两不等。小钱当一文，为最主要的流通货币。各种钱币一般为圆形方孔（间有圆孔），正面为“太平天国”四字（初期作“天国”，也有作“太平”者），背面为“圣宝”二字，间有作“通宝”者，还有不刻者，种类较杂。太平天国早期曾以锡造金田起义钱，面文为“太平通宝”，背上刻云龙、风虎，且有“会风云”三字，后期在地方江苏苏州、浙江杭州等地也有铸造，不如前期严整划一。太平天国铸钱不计工本，讲求质佳工良。大钱量重，尤为精美。因其质量远较清朝“咸丰通宝”、“同治通宝”为佳，故不论清廷如何严禁，仍多有流至清朝统治区者。

咸丰三年（1853）五月，清政府为解财政拮据之急，开始发行当十钱。自鸦片战争以来，特别是太平天国起义爆发后，连续不断的内忧外患，使清王朝财政日益困窘。为解燃眉之急，遂开始实行通货膨胀政策。首先是减重小钱的出现。按雍正年间定制：每枚制钱应重一钱二分，每千枚应重七斤八两。道光年间开始出现不足重量铜钱，每千枚仅重四、五斤，工部宝源局与户部宝泉局所铸之钱也大小不一，且有掺铅过多现象。咸丰三年五月，清廷批准铸造发行当十钱，每枚仅重四钱四分。以后，当五十、当百、当五百、当千大钱相继出现。皆远远不足规定重量，其中当千大钱每枚仅重二两。咸丰七年又出现铸铁制钱和铅钱。后这些新钱因币值不足，难以流通，不得不停止铸造，但因此而造成币制败坏，金融混乱，财政拮据问题不但未能解决，反而愈加严重。

咸丰三年（1853）四月十二日，太平军春官正丞相胡以晃、夏官副丞相赖汉英、殿左一检点曾天养、殿右八指挥林启容等，奉东王杨秀清之命，统帅战船千余只溯江西上，大举西征。十八日，西征军进占安徽西梁山、裕溪口、雍家镇。五月初一日占池州，初四日攻克安庆。赖汉英、曾天养、林启容等继续西进，初七日占江西彭泽，十二日占湖口，十六日占南康府，人民缚知府恭安、知县罗云锦近迎太平军。十七占吴城镇，十八日围攻南昌。清江西巡抚张芾、湖北按察使江忠源等顽强固守，赖汉英乃决定先攻占附近州县，断其接济，再全力攻城。于是丰城、瑞州、饶州、乐平、景德镇、浮梁、都昌等地先后为西征军攻占。五月二十七日，太平军国宗石祥祯、韦俊等率军进援江西。六月十八日，曾国藩亦遣知州朱荪诒率湘勇一千二百人自长沙援江西、训导罗泽南，编修郭嵩焘等率军数千驰援。七月二十四日，西征军攻湘军罗泽南、朱荪诒、郭嵩焘等于南昌附近。后杨秀清以西征军攻南昌三月不下，命撤围北上，八月二十七日占九江。后西征军分兵两路：一路由石祥祯、韦俊率领，沿江西上攻入湖北；一路由胡以晃、曾天养率领，自安庆经略皖北。赖汉英以攻南昌不力，革职调回天京。

咸丰三年（1853）四月初一日，太平军天官副丞相林凤祥、地官正丞相李开芳率太平军精兵两万，自扬州出师北伐。随后，春官正丞相吉文元、殿左三检点朱锡琨亦分别自浦口、六合相继统军北上。北伐军本着“师行间道，直趋燕都”的战略方针，一路过关斩将，连克仪征、浦口、滁州、凤阳、怀远、蒙城、毫州等地。五月初六日大败清河南巡抚陆应谷部，于初十日占领归德（今商丘）。本计划在此渡河，因清军封锁了一切船只，遂西进攻开封。不克，继续西进，于汜水、巩县一带觅船渡过黄河。七月二十八日，自济源入山西、克垣曲、绛县、曲沃、平阳、洪洞，经屯留，占潞城、黎城，折回河南，自涉县、武安入直隶，击败清钦差大臣直隶总督讷尔经额所部万余人，乘胜占沙河。八月十一日，进兵距保定六十里之张登店。清廷大震，京师设巡防所，宣布戒严，咸丰帝准备逃往热河，三万多户官民逃出北京。但北伐军并未直接北上，而是东进克献县、交河、沧州，前锋直达杨柳青，进攻天津。由于天津布防严密，且时近冬令，太平军不惯寒冷，攻天津受阻，乃屯兵于静海，独流一带，过冬待暖。是时，清科尔沁郡王僧格林沁、钦差大臣胜保等屯兵于杨村一带，与太平军形成对峙局面。咸丰四年正月，北伐军在既缺粮草，又断音信的情况下，主动放弃静海、独流，步步为营地向南撤兵，希望与援军会合，但这一计划始终未能实现。

咸丰三年（1853）三月二十日至二十五日，英国香港总督兼出使中国全权代表文翰访问太平天国首都天京。先是，当太平军沿江东下时，英国驻上海领事阿礼国向文翰建议，由英国出面帮助清廷镇压太平天国，并借此向清廷索取更多的特权，但当文翰赶到上海，准备找两江总督陆建瀛谈判此事时，陆建瀛已死，南京已为太平军占领。于是，文翰改变计划，派翻译密迪乐至前线了解太平军情况，得出结论：清朝在南中国的统治权已不复存在，如果外国进行干涉，只能无限期延长兵灾与混乱。六月，英、法、美先后宣布“中立”。十五日，文翰自上海前往天京，考察太平天国实况，探寻其领导人对外国的态度。当文翰一行的座舰驶入太平天国水域时，太平军镇江、瓜洲炮台开炮示警，英舰被迫停驶，说明原委，始得通过。二十日，文翰及其随行人员翻译密迪乐、“哈尔士”号舰长费尔班、帮办事务吴德格等抵达天京。先派密迪乐等拜会北王韦昌辉和翼王石达开，表示英国将“绝对保守中立”。对此，韦昌辉等明确回答：“尔等如帮助满人，真是大错，但即令助之，亦是无用的”。又表示，只要英国不助满人，彼此可以相安无事，甚至成为亲密的朋友。次日，文翰书面照会太平天国，要求承认中英《南京条约》及英国在中国的种种特权。二十三日，东王杨秀清复照文翰，表示如其中心归顺，愿为藩属，则许其“头人”及“众弟兄”随意来天京，或效力，或通商，悉听其便。二十五日，文翰离开天京，行前再次声明英国在华之条约权益，希望太平军进抵上海时，不要侵犯英人生命财产，若遭侵犯，必将引起与鸦片战争相同的结果。二十六日，文翰抵镇江，派密迪乐会见守将罗大纲。罗大纲警告英人勿助清兵，勿售鸦片。二十八日，文翰回到上海，此次访问，使文翰了解了太平天国对外政策，虽令其大失所望，但也亲眼看到太平军强大的实力，不敢冒然公开帮助清政府，决定暂时采取观望的态度。

咸丰三年（1853）三月，雷以諴奏请在河南、江苏等地推行厘捐。太平天国起义后，清政府税收减少，军饷激增，部库储存渐趋枯竭。咸丰三年二月底，帮办扬州军务刑部侍郎雷以諴采纳幕客钱江建议，在扬州里下河地区仙女庙、邵伯、宜陵等镇劝谕米行“捐厘助饷”，随即奏请朝廷于河南、江苏等地府县广泛推行“抽厘”。抽厘亦称“厘捐”，是对运销过程中的日用必需品抽收百分之一税款，作为临时性筹款措施，实为变相捐输。厘捐分“活厘”（亦称“行厘”，抽行商之货物通过税）、“板厘”（亦称“坐厘”，抽坐商交易税），又分“从量抽厘”与“从价抽厘”。后经胜保奏请推行于其他各省，咸丰五年，湘、鄂、川、新、奉、吉、皖、闽等省相继仿行。咸丰七年，胜保复奏请于全国各省一律办理。后名目日见繁多，如统税、统捐、产销税、铁路货捐等等，且税率极不一致，并不限于值百抽一。太平天国被镇压后，清政府并未将厘捐撤消，继续征收，直到清末。民国二十年（1931），民国政府始将其正式裁撤。

咸丰三年（1853）二月二十日，太平天国正式定都南京，改名“天京”。太平军占领南京后，何云何从？又在太平天国两位主要领导人洪秀全与杨秀清之间产生了分歧。天王洪秀全主张分军镇守江南，主力直趋中原，取河南为基业，直捣北京。东王杨秀清却计不出此。认为攻克南京标志着革命已取得决定性的胜利，产生了“建都即成，天下大定”的思想，假借“天父下凡”，压洪秀全同意建都南京。于是，太平天国“奉天体天之意”，将南京改名“天京”，并发布《建天京于金陵论》，正式建都于此。

咸丰三年（1853）正月初二，太平军自武汉出发，水师战船万艘，顺流东下，陆军于两岸屏障水师，长驱直捣南京。先是，太平军连克武汉三镇，威胁苏皖，震撼豫蜀，使清廷大为惊慌。咸丰帝将钦差大臣署湖广总督徐文缙革职拿问，以向荣为钦差大臣，专办两湖军务，又破例增设两钦差大臣：一为署河南巡抚琦善，率军进防信阳、新野；一为两江总督陆建瀛，督师扼守江皖。是时，在太平军内部，针对今后战略，产生三种意见，争论十分激烈：一为北进河南，问鼎中原；二为西入巴蜀，“再图四扰”；三为东下江南，占领南京。最后，杨秀清人心所向“天父下凡，令其直犯江宁”，确定了顺江东下，取南京以为根本，徐图进取的战略方针。其时清廷的长江下游一带防御薄弱。钦差大臣向荣跟在东进的太平军身后，只知尾随，不敢追击。太平军在文济老鼠峡下巢湖一战，阵斩清寿春镇总兵恩长，击溃所部清军约三千人，两江总督陆建瀛闻讯逃回南京。太平军连下九江、安庆、芜湖，正月二十九日直逼南京城下，陆军占据雨花台，水师扎营于水西门外。南京城内一片惊恐，文官“茫然不知守御”，武将“原不知武为何事”。守城清兵五千，半数为驻防八旗，外加乡勇万余，“皆市井无俚”，城未破已四散逃命。太平军兵临城下，一面积极准备攻城，一面宣传革命宗旨，动员群众支持。在人民群众的支援下，太平军于二月初十日以地雷轰塌南京北城仪凤门，攻破外城，斩陆建瀛；次日分别从南城聚宝门及水西门、旱西门入城，破内城，杀江宁将军祥厚、副都统霍隆武等。前后不过十二天，整个南京遂为太平军占领。

咸丰三年（1853），湖南爆发朱九涛领导的天地会起义。朱九涛本名邱昌道，湖南郴州人，天地会大首领，假托朱明后人。咸丰元年改名为朱九涛，以“广东老万山”为本堂堂名，组织群众，准备起事。咸丰三年，朱九涛与王大才、黄中环等率众数千人在郴州发动武装起义，自称“太平王”，击败知州戚天保，击毙团总喻德拉，活动于郴州及永兴一带，以油榨墟为基地。湖南巡抚骆秉章闻报，派悍将罗泽南率湘勇前来镇压。咸丰四年，油榨墟失守，朱九涛率起义军突围，次年在郴州周源山被戚天保捕杀，起义失败。

咸丰三年（1853）十一月二十四日，东王杨秀清借口洪秀全苛责女官，假托天父附体，杖责天王洪秀全。杨秀清本为紫荆山烧炭农民，在当地据有一定号召力，经冯云山介绍加入拜上帝会。道光二十八年三月，杨秀清借营救冯云山之机，取得“代天父传言”的特权。太平天国起义后，杨秀清英勇善战，足智多谋，成为地位仅次于洪秀全的太平军实际领导人。咸丰三年十一月二十四日，杨秀清借口洪秀全苛责女官，假托天父附体，要对洪秀全杖责四十。北王韦昌辉等再三恳请开恩宽恕和代为受杖，均遭拒绝，直到洪秀全俯首听命，接受杖责，方才罢休。事后，洪秀全忿，借杨秀清上朝劝慰之机指桑骂槐，杨秀清针锋相对，隐约警告。双方假戏真做，彼此心照不宣，最终以相互妥协而告结束。