乾隆四十五年（1780）正月十二日，乾隆帝从京师出发，开始第五次南巡。扈从的有王公大臣、蒙古王公台吉、直隶官员、回部郡王台吉、四川土司等。这次南巡的目的，乾隆帝说是“省方观民、勤求治理”。南巡途中，他多次颁发谕旨，所有经过直隶、山东等地，本年应征要丁钱粮，蠲免十分之三；凡老民老妇，均加恩赏赉，以示优老引年至意。经过山东时，他派遣官员至曲阜祭祀了先师孔子。沿途他遣官祭已故河道总督靳辅、齐苏勒，大学士嵇曾筠、高斌等祠，亲自视察清口东坝等地堤工。此外，他还在杭州、江宁等地阅兵，召见和加恩江浙地区的士绅，拜谒了明太祖朱元璋孝陵，颁布了移风易俗的谕示。五月初九日，乾隆帝返回京师。

乾隆四十五年（1780）十二月初六日，清廷决定停鳌拜世袭公爵。先是，鳌拜被康熙帝宣示二十四大罪状拘禁，死后念其旧勋，追赐一等男爵，令其弟孙相继承袭。后雍正帝复其一等公世袭罔替。乾隆帝阅读实录后认为：鳌拜功罪迹状显然，若不核其功罪，明示创惩，在鳌拜一家之侥幸所关犹小，而后来秉钧执政者无复知所顾忌，将何以肃纲纪而杜佥邪？于是谕示，现袭鳌拜公爵德生出缺时，即行停袭公爵，仍照康熙帝所降谕旨，给予一等男爵，世袭罔替，以示国家法外施恩旧勋之意。

乾隆四十五年（1780）三月，文华殿大学士、云贵总督李侍尧，因贪纵营私，纳贿勒索，被革职削爵抄没家产，并且处以斩监候。李侍尧是八旗勋旧大臣之后，其四世祖李永芳乃闻名关内外的清朝开国元勋，娶太祖努尔哈赤孙女，尊称抚顺额驸。其子霸彦以功封一等伯，后追赠“昭信”名号。李侍尧父李元亮，官至户部尚书。李侍尧本人也深受乾隆帝赏识，被称为“天下奇才”，曾任副都统、工部侍郎、广州将军、两广总督、户部尚书、正红旗汉军都统。湖广总督、工部尚书、刑部尚书等职。他在云贵总督任上，收受题升迤南道庄肇金银二千两，通判素尔方阿银三千两，按察使任圻银五千两，临安府知府德起银二千两，东川府知府张珑银四千两。另外还收受素尔方阿送银五千两，德起送银五千两。还分别卖珠子两颗，勒要银五千两。总共赃银三万一千两。对于李侍尧纳贿罪，大学士、九卿等均主张处以斩立决，唯独户部左侍郎和绅主张处以斩监候。后经各省督抚讨论，乾隆帝决定对李侍尧处以斩监候，其家属予以宽待。

乾隆四十六年（1781）二月十三日，《四库全书总目提要》缮写完毕，呈进乾隆帝。在纂修《四库全书》过程中，纪昀、陆锡熊等人对采入书籍，分别编写内容提要，叙述该书大旨、著作源流、作者爵里及得失辨订等，按经、史、子、集分类。该书呈献乾隆帝后，直到乾隆五十四年才由武英殿刻版，总计二百卷。著录收入《四库全书》中三千四百六十一种，七万九千三百零九卷；存目中六千七百九十三种，九万三千五百五十一卷。共一万零二百五十四种，十七万二千八百六十卷。

乾隆四十六年（1781）十月二十九日，乾隆帝发布上谕说：向来各省驻防满洲，已安居百有余年，京城并无伊等近族。而京城满洲生齿日繁，若准其进京，无以为生，反为无益，是以概不准来京。自开辟新疆，分派官兵前往驻扎以来，在京满洲陆续驻防各省者甚多，此内亦有派往驻防时，因子弟在京当差，仍留在京的。如这些人在驻防处年老退休，没有所依赖的人，难免不流离失所，使人于心不忍。今后各省新派防人员内，如有年老退休，实在无依赖之人，而京师尚有子嗣，可以就养，该处将军等应当查明，准其回京。于是，清政府决定，满洲驻防官兵，退休回京就养的，一律自备资斧来京，不必由官办理。

乾隆四十六年（1781）九月二十八日，根据大学士阿桂所奏，清政府决定将武职官员虚额名粮纳入养廉。当时，各省武职大小官员，都有虚额名粮，阿桂奏请拟将此项归入养廉银，另行补充实额。他说：此项经费岁增三百万两，统计二十余年，即需用七千万两，岁久则难以为继。乾隆帝为此谕示：以即位初年，户部库银不过三千万两，今已增至七千余万两，且与其聚之于上，不如散之于下，而且在官多一分，即在民少一分；如以岁支增三百万两计，至乾隆六十年归政时，所用也不过四千余万，加以每岁入所存，其时库藏转即位时，自必尚有盈余。于是，乃决定武职官员虚额名粮归入养廉。

乾隆四十六年（1781）五月初三日，乾隆帝命各督、抚、府、道不许收属员门包，也不许设立管门家人。原来，在查抄革职总督勒尔谨家产时，从其家人曹禄名下抄出银一万数千两，并有金器等物。经军机大臣提讯，曹禄供称系历年在其主任上所积门包，营运生息所致。对此，乾隆帝认为，门包乃陋习相沿，不可不力为饬禁。督抚等养廉优厚，赡给身家外，一切延请幕友，赏给家人等项，还属宽余，不需任听家人向属员恣索门礼。况且督抚家人既向属员索取门包，则司道府厅等家人势必效仿，而州县官无力供给各上司门包，势必向百姓索取，如此层层朘削，于吏治民生关系极大。乾隆帝还指出，督抚原系封锁衙门，设有中军及巡捕等官以供稽查传禀，一应亲族奴仆俱例禁出入与属员接见。督抚等如果仍令家人传事，以致积收门包盈千累万，那还谈得上什么封锁呢。于是，为革禁流弊，乾隆帝遂命督抚至道府，今后概不许收受属员门包，各督抚传事禀话，交中军巡捕等官传禀，不许另设立管门家人。乾隆帝还强调，此项规定要每年汇奏一次，如有阳奉阴为，仍蹈故辙，或经科道参奏，或于别事发觉，该督抚欺饰之罪绝不宽贷。

乾隆四十六年（1781）九月初四日，钦差大学士、一等诚谋英勇公阿桂、署理陕甘总督李侍尧合奏：甘肃捐监冒赈案内牵涉到乌鲁木齐、巴里坤、哈密三处，额收粮十万石，济木萨、奇台、穆垒、昌吉等处收五万石。现在甘肃捏冒等弊俱经查办，乌鲁木齐等处，亦恐有挪移亏缺之处，请饬交新任都统明亮彻底清查。经过调查后发现，乌鲁木齐各州县官，自乾隆三十九年以后，就不照市场卖粮的实际价格报销，而是浮开多报。比如，小麦每京石用银不过八九钱至一两零九分不等，州县却每石一两八九钱具报。据各州县官供认，每石多报银三四钱或五六钱，通计各官历年侵冒银两一万两至数百两不等。各官还供认，通同舞弊，馈送都统索诺木策凌银两自一千两至数千两不等。结坚果，乾隆四十七年八月，乾隆帝做出裁定：收受馈送银一万两的原乌鲁木齐都统索诺木策凌令其自尽；原奇台县知县窝什诨侵用帑银四万余两，立即正法；侵蚀银一万两以上的德平、伍彩雯、王喆等人立即处斩，索诺木策凌管家人王老虎等即行处绞，其他有关人犯四人分别发往烟瘴地方及黑龙江充当苦差，虽遇大赦，不得省释。

乾隆四十六年（1781）七月三十日，甘肃捐监冒赈案要犯勒尔谨、王亶望等被处以死刑。还是乾隆三十九年，陕甘总督勒尔谨请求甘肃捐监，得到乾隆帝批准。甘肃布政使王亶望被委以开揭收粮重任。不料勒尔谨、王亶望等人相互勾结，他们把监生交纳的监粮折色银据为己有，然后又以每年因旱灾赈济的名义，将这些银两冒销。这样，监粮银便全部落入王亶望等官员手中。苏四十三起义发生后，阿桂等屡次奏报军情，都谈及因雨水太多而延滞用兵，这引起乾隆帝警惕，怀疑过去甘肃边年奏报旱灾有限，便命人仔细访查办理。于是，甘肃官员营私舞弊案全部暴露。勒尔谨、王亶望一伙通过捐监冒赈侵吞上千万银两。此案涉及到总督勒尔谨、布政使王亶望，兰州知府蒋全迪，还牵连到知县、署知县六十三员，知州五员，同知三员，通判五员，县承二员，共计侵盗银两一千两以上的甘肃省府州县官员，有一百零二人，二万两以上的有二十人，一万两以上有十一人，一千两至九千两的有二十六人，最多的吞银至九万两。案发后，勒尔谨被命自尽，王亶望立即处斩，王廷瓒（接任甘肃布政使）绞监候。此外，侵吞二万两以上的二十人也立即正法，一万两以上的十一人斩监候，一万两以下的也判斩监候，总计陆续正法的有五十六名贪官，免死发遣的有四十六人。

乾隆四十六年（1781）三月十八日，苏四十三率众杀死河州副将新柱、知府杨士玑，攻占台堡，发动反清起义。先是甘肃安定（今定西）人马明心在回教中创立新教，后到循化（今青海循化）撒拉族中传教，因新旧教冲突，被逐回籍。不久，马明心又潜回撒拉族传教，新旧教又生事端。旧教首到省控告，总督勒尔谨派兰州知府杨士玑、河州副将新柱带兵前往查拿新教首。新教苏四十三等人扮成旧教迎接新柱，新柱宣布官府为旧教作主，新教不遵约束即斩尽杀绝。于是，苏四十三等人乘机起义。二十一日，苏四十三率众攻占河州城（今甘肃临夏东北），放出监犯后，又进逼兰州，占领城西南华林山。清政府命大学士阿桂、尚书和珅、蒙古亲王拉旺多尔济、领侍卫内大臣海兰察等前往镇压；还宽宥李侍尧罪，令其署陕甘总督，驰赴兰州。四月初六日，清军收复河州，遂集兵兰州。苏四十三等率众在华林山设寨坚守。六月十五日，阿桂等命清军四面环攻，推土填壕，破栅断水，还抛投火弹。寨破，起义军粮尽矢绝，寡不敌众，激战中苏四十三等英勇牺牲，余部退守华林寺。七月初六日，清军火烧华林寺，起义军士卒全部牺牲。苏四十三起义失败后，清政府令设立乡约，禁止新教，分段管辖，具结担保，以加强对回族地区的统治。