乾隆五十一年（1786）十月初一日，乾隆帝命将活埋二十三人的劣绅梅调元处死。起初，湖北孝感县民刘大么等因上年荒欠，携器具向本处村民借粮。乡绅梅调元担心自己家被累，便令其子将刘大么等捆至僧寺拷打，进而在三月初十日将刘大么等二十三人活埋。乾隆帝闻讯后非常愤怒，认为开销帑银五百万两，督、藩、臬赈恤不力，灾民不能沾实惠，以致有贫民乏食，抢夺米粮等事，命将原湖广总督特成额（已迁云贵总督）、布政使永庆、按察使王廷燮、前署孝感县知县秦朴，俱革职拿问。梅调元等人则被凌迟处死。

乾隆五十二年（1787）六月初九日，经刑部奏请，清政府准许汉人娶蒙古妇女为妻。乾隆帝在对军机大臣的谕示中说：国家休养生息，中外一家，本无畛域之分。从前定例内地民人不准婚娶蒙古妇女，或因民人等暂时出口谋生，在彼婚娶，易滋事端，是以设有明禁。近来生齿日繁，内地民人孑身出口贸易种地的不可胜计，伊等相处日久，往来婚娶，势难禁止。于是，“民人不得婚娶蒙古妇女”一条，遂在有关法律中删去。

乾隆五十二年（1787）十月二十二日，乾隆帝谕示准许昌平州（今北京昌平）开矿。先是，孟生蕙奏言：昌平州坐落正当京城乾坎之位，其山即京城北面屏障。山以虚受，气以实流，实者削之使虚则甚易，虚者补之复实则甚难。乾隆帝览奏后，认为孟生蕙所言实属迂谬，特别是折内所写“安畿辅数百里内之坤舆，葆神京亿万斯年之元气，则国家幸甚，天下幸甚”，措语更属荒诞。乾隆帝指出：京城外西山北山一带，开采煤座，及凿取石块，自元明以来，迄今数百余年，取之无尽，用之不竭，从末闻以关系风水。如果说开设厂矿，聚集多人，恐滋扰地方，那么，每年采取煤斤石料，所用人夫不知有多少，并未见滋生事端。结果，孟生蕙交部严加议处，昌平州开采矿藏照常进行。

乾隆五十二年（1788）十二月二十四日，经大学士、九卿等议，清政府改定乡、会试科场条例：将五经轮流分试，然后各出一题成五艺，论题删。生员岁试，在五科后，该学政亦轮流间出。童生仍用四书文二，经文删、闱中号戳，令知贡举、监临、督率提调、监试等官，将号戳通行挽搅，眼同外簾名员，分手戳印，不得假手吏胥，至滋买嘱连号之弊；停止预备空白试卷例；嗣后稽察龙门大臣，各按照品级携带跟役，并发给腰牌，以昭严密；嗣后临点不到举子，仍应随时禀点，违则扶出等。

乾隆五十三年（1788）十一月二十日夜，清两广总督孙士毅传乾隆帝谕旨，复封黎维祁为安南（今越南）国王。先是安南国王黎维惴死，其嫡长孙维祁嗣立。后阮岳称帝，封其弟阮惠为北平王，二人不睦，相互攻杀，黎维祁乘机取阮惠所居长安。阮惠大怒，遣将攻入升龙（今越南河内）。黎维祁出走，其母率老幼六十余口进入广西境内避难，并请清朝给予援助。乾隆五十三年十月，乾隆帝命两广总督孙士毅率师出援。并铸印备封黎维祁。孙士毅受命出师，同广西提督许士亨率两广兵一万出关，以八千兵为主力直插升龙，以兵二千驻掠山。此外，马大经还率云南兵八千出白马关（今马关），与凉山兵成犄角形。十一月十三日，清军强渡寿昌江。十六日，许世亨与阮惠军大战于市球江。清军一面列枪炮隔江攻打，一面潜至上游乘农家小船暗渡。十九日，清军进抵富良江，阮惠军败退。二十日，清军进入升龙，黎民宗族百姓出迎，孙士毅等遂进入城内，是日夜，他传旨令黎维祁袭封安南国王。

乾隆五十三年（1788）七月二十七日，驻藏大臣、一等诚勇公庆麟奏折送到京师：廓尔喀兵东向入寇西藏。廓尔喀军入侵西藏，是沙玛尔巴唆使造成的。原来，六世班禅入京朝觐期间，乾隆帝多次厚赐珍宝财物，京师各王公大臣以及内外蒙古王公也多所施舍，不下数十万金，而宝冠、璎珞、念珠、晶玉之钵、镂金之袈裟，珍宝不可胜计。六世班禅圆寂后，其同父异母兄仲巴呼图克图全部据为己有，既不布施各寺及唐古特兵（藏兵），也不给班禅亲弟沙玛尔巴，借口是他系红教喇嘛。这样，沙玛尔巴感到非常气愤，便于乾隆四十九年前往廓尔喀，极言仲巴呼图克图拥有班禅的巨额赀财和奇珍异宝，唆使其出兵劫掠扎什伦布寺。廓尔喀入侵西藏，也与贸易纠纷有关。以前，廓尔喀与后藏之间的贸易，都是使用廓尔喀所铸银钱，掺有铜铅，成色不纯。后来，廓尔喀改铸新银钱，银的成分增加，便要求西藏人承认一新银钱当二个旧银钱使用，西藏人不同意。在贸易中，一些藏商将廓尔喀人必须购买的食盐搀入沙土，牟取厚利。噶布伦索诺木旺扎勒苛取商人物件，第巴桑干将廓尔喀人的货特任意加税。这一切，都引起了廓尔喀人的不满。当然，廓尔喀入侵西藏，最主要原因是廓尔喀国正在迅速发展，军事力量相当强大，执政者力图对外扩展。正是以上这些原因，廓尔喀于乾隆五十三年六月派兵入侵西藏，占领了聂拉木、济陇二处，不久又夺取宗喀，围攻胁噶尔寨等。

乾隆五十四年（1789）十一月，准陕甘总督勒保奏，定立禁约回民章程，内容如下：回民礼拜日期，止准于本村寺内念经，不许另赴别寺，也不得多索忏钱；如有婚丧事件，止准延请本寺乡约头人，别寺之人，不得搀夺；仍令照依编造保甲之法，将回户应归某寺念经，造册备案；平时教习经文，止准延请本寺回民教读，不许勾引隔村别寺人，也不许私自添建礼拜寺和私筑城堡；专设回民义学，教以诗书，以利化导。

乾隆五十四年（1789）六月二十七日，从四川成都将军鄂辉等条奏，清政府决定在收复廓尔喀侵占的藏地后，设站定界：抽拨绿营官兵一百五十名移驻扎什佗布地方，由后藏至前藏地方，分立塘汛十二处，以唐古特兵（藏兵）安设；拉子、胁噶尔、萨喀、宗喀、聂拉木、济喀等处，或添设唐古特兵，或修砌卡碉，以严防守，以资了望；西藏官兵按寨落多寡编定数目，随同绿营驻防，一体练习，月给口粮；在扎什伦布、拉里、察木多等地设置粮员，建置粮台，贮备两年粮食；西藏所属寨落，设立第巴管理，差遣堪布、囊苏赴京进贡，酌定数目，沿途不得随意需索；驻藏大臣及噶布伦，每年应轮赴后藏，亲往稽察；驻藏大臣二人仍同居一处，遇有公事，可随时商办；西藏贸易外番，第巴头人应秉公调处，不许互相欺压争竞，噶布伦要随时访察；凡有关涉汉、回、外番等讼事，均令朗仔辖呈报，拣员会同审理；聂拉木、济咙、绒峡三处与廓尔喀连界，廓尔喀人来藏贸易，第巴止准收二分之一税，并勒碑界所，长远遵循；驻藏大臣衙门官兵应役，应酌定名数，按期更换，禁兵丁雇役番妇，以肃营伍；西藏噶布伦、戴绷、第巴等，办理地方，管束兵丁，均关紧要，今后大处紧要地方缺出，仍令奏补，偏远第巴等缺出，由达赖喇嘛自行选择；理藩院司员并驻藏游击，要铸给办理藏番事务章京关防一颗，驻藏游击关防一颗，以便办事呼应较灵；宗喀、济咙、聂拉木等处，为廓尔喀人往来门户，应照阿里第巴例，由部发给号纸，以专责成；嗣后解赴藏地兵饷，仍以元宝起运，以便番地买卖交易；于川省闲款内加给银五百两，饬办缎布烟茶银牌等项，以备奖赏唐古特兵；自南墩迤西一路，凡属西藏所管之地，照旧归驻藏大臣管理，巴塘迤东土司地方，归川省将军督提衙门就近管理，江卡、乍丫、察木多并移驻后藏各营汛官兵，就近归阜和协副将兼辖；打箭炉出口以至西藏，所派文武各官，三年期满应出具考语，奏明咨送本省将军督提，考察保题，仿照边俸报满例，一体升用。

乾隆五十四年（1789）正月初三日，阮惠（即阮兴平）统兵打败清军进据黎城后，就差人赍表叩关，表示向清朝情愿投诚纳贡；二月初九日，他又派遣武辉璞二位官员，赴镇南关，赍表求贡。当时，阮惠正与暹逻（今泰国）交战，国内许多宗族也还没有彻底归顺，在这样的内外交困形势下，他认为，取得清朝的谅解和承认，受其册封，名正言顺地成为安南国王，对提高自己的威望，使安南官民臣服于己，会起极大的作用。因此，阮惠不断遣使求贡，竭力谋求乾隆皇帝宽恕，允其纳贡通商，册封其为安南国王。不仅如此，阮光平还请求来年亲自到京，为乾隆帝八十五岁生日祝寿，并表示为许世亨等立庙奠祭。在这种情况下，乾隆帝决定许贡允降。乾隆五十四年六月二十二日，乾隆帝以黎维祁优柔废弛，而阮光平方造邦伊始，命封阮光平为安南国王。不久，又令黎维祁率所属来京，归汉军旗，编一佐领，即以黎维祁掌管。

乾隆五十四年（1789）正月二十五日，清廷收到孙士毅奏折，知道清军大败，黎城失守。原来，孙士毅本系文官，对军务并不精通。他从进士，授内阁中书，充军机章京，迁侍读，相继任大理寺少卿、广西布政使、云南巡抚、广西巡抚、广东巡抚，直至两广总督，基本上没有带过兵打仗。因此，他占领黎城后，误认为是阮惠军惨败，清军所向无敌，实际上，是阮惠主动后撤，企图伺机再进。结果，他既不遵照乾隆帝谕旨迅速撤兵，也不严密设防，只是想贪图俘获阮惠报功。阮惠探知其虚实后，声言率军来降，实际上是分兵围袭。孙士毅中了阮惠“借宿一夜”之计。乾隆五十四年正月初一日，清军营中置酒张乐，正在兴高采烈之际，阮惠兵马突至，孙士毅仓皇御敌。阮兵数万，猛烈进攻，又用象载大炮冲阵，清军众寡不敌，黑夜自相蹂躏。孙士毅匆忙撤走，渡过富良江后，即砍断浮桥，以防阮兵追击。可是提督许世亨、总兵张朝龙等官兵夫役一万余人，尚未过江，遂全部被阮兵砍杀，或溺死江中。孙士毅拚命逃窜，退回镇南关（今友谊关），尽焚弃关外粮、械、火药数十万，士马还者不及一半。初六日，阮惠重占升龙，乾隆帝谕示，将孙士毅革职，以福康安为两广总督。