乾隆四十九年（1784）四月初六日，因松藩镇总兵刘俸旧伤复发，行动艰难，请解任调理，乾隆帝谕示说：向例武职旗员，年至六十以上，因老病告休，曾经出兵打仗受伤的，都加恩给全俸，但是绿营却无此例。绿营人员既能效力行间，打仗受伤，为国家出力，后因老病告休，不能与旗员一体邀恩食俸，未免不妥。为了表示对满汉官员从无歧视，清政府决定：嗣后绿营告休人员，除未经受伤者，仍照向例办理外，其年届六十以上，因老病乞休，曾经打仗受伤的，均照旗员之例，一体给与全俸，并作为法令固定下来，予以颁布。

乾隆四十九年（1784）正月二十一日，乾隆帝从京师出发，开始第六次南巡。和前五次一样，这次他仍乘坐安福舻，翔凤艇作为备用。沿途地方官员三十里以内接送。皇十一子永瑆、十五子顺琰、十七子永璘随驾。所有经过直隶、山东地方，本年应征地丁钱粮，蠲免十分之三。所有办差文武各官，住俸、罚俸、降级各案，准其开复；如无此等参罚案件，各加一级。在山东德州境内，直隶广宗县民人李知止，直至轿前叩阍，被处以重刑。在晏子祠行宫，乾隆帝写成《济水考》一文。他沿途拜谒了少昊陵，在曲阜谒见了孔子庙，遣官祭祀了颜回、曾子、子思、孟子祠，以及宋臣范仲淹祠、韩世忠祠、故大学士蒋溥墓、巡抚汤斌祠、张伯行祠、总河陈鹏年祠。三月，进入浙江镜内，视察了沿海石塘工程。二十四日，他撰写了《南巡记》一文，总结性地叙述了六次南巡的原因、目的及成效。闰三月，乾隆帝到达江宁（今南京），在这里接见了安南国（今越南）使臣黄仲政等，并遣官祭祀明太祖陵。四月二十三日，乾隆帝一行返回京师。

乾隆四十九年（1784）五月初六日，喀什噶尔阿奇木伯鄂斯璜被清政府晋封为贝子。原来，大和卓布拉尼敦死时，其子萨木萨克约三四岁，被其乳母潜携到安集延，后又到喀什噶尔迤外色默尔罕地方。萨木萨克派遣回人托克托素丕等与喀什噶尔回人默罗色帕尔潜通信息。布鲁特散秩大臣阿其睦之弟额穆尔，也潜留托克托素丕等。英吉沙尔阿奇木伯克阿里木，也接受了萨木萨克信。这些，都为鄂斯璜所访知。为掩饰罪状，阿其睦、阿里木等便诬告鄂斯璜与萨木萨克有联系。清政府经过调查，弄清了真相，便晋升鄂斯璜，治罪额穆尔，并令阿里木、阿其睦向鄂斯璜赔罪。

乾隆五十年（1785），《清文献通考》一书编成。该书是清代前中期行政制度和社会经济制度的资料汇编，三百卷，稽璜等奉敕撰。分为田赋考、钱币考、职役考、选举考、职官考、效社考等二十六门。

乾隆五十年（1785）十二月二十日，续修《清一统志》告成，同时完成的还有《辽金元三史国语解》。《清一统志》是清代全国性的地方总志，初修于康熙二十五年（1686），成于乾隆八年（1743），三百四十二卷。二修始于乾隆二十九年，成于五十年，共五百卷。该书因在重定西域，平定金川之后修成，内容更加丰富，考订更加精详。每省先有图表、总叙，再以府州等分卷。

乾隆五十年（1785）全国发生了严重的灾害。三月初十日，甘肃玉门北发生地震。春天，湖北宜城、兴化、随州（今随县）、枝江大饥，人食树皮。秋天，山东青州（今益都）府属寿光、昌乐、安丘、诸城等县大饥，父子相食。此外，福建建安、江西萍乡等地水灾，湖南、湖北、安徽、江苏、山东、山西、河南、直隶等地区普遍干旱，其中，湖北、河南、山东尤其严重，各省灾害所需赈银一千四百余万两。

乾隆五十年（1785）正月，乾隆帝御极五十年举行庆典。初一日，乾隆帝以五十年国庆，颁诏天下，决定：各直省有同堂五世的，由各督抚查明，送军机处汇奏，给予赏赉；王妃以下、奉恩将军之妻以上，公主以下，乡君以上，年过六十的，俱加恩赐；外藩王妃以下、公扎萨克台吉塔布囊妻以上，年过六十的，满汉大臣命妇，年过六十的，也俱加恩赐；八旗满洲蒙古汉军兵丁，及内扎萨克喀尔喀等蒙古未经入宴，年七十、八十、九十以上的，分别赏赉，百岁老人，则题明给与建坊银两，并加赏大缎一匹，银十两；满洲兵丁，系披甲效力行间，年过六十，因残废疾病闲住，不能入宴的，加恩赏赐；军民年七十以上的，许一丁侍养，免其杂派差役，八十以上，给与绢一匹，棉十斛，米一石，肉十斤，九十以上加倍，至百岁的，题明旌表，并加赏大缎一匹，银十两；各省儒学，以正贡作恩贡，以次贡作岁贡；国子监贡监生，及各官学教习，免其坐监期一月，内外满汉大臣文武官员，俱加一级，试职各员，俱准实授；各直省军流以下人犯子，俱减等发落；各处养济院，所有鳏寡孤独及残疾无靠之人，有司留心，以时养赡，母致失所。初二日，乾隆帝御重华宫，召大学士及内迁翰林等恭宴，以千叟宴联句；御紫光阁，赐蒙古王公台进，及回部郡王台吉，朝鲜国、暹罗国使臣，并金川土司等宴，初六日，御乾清宫，举行千叟宴，宴亲王以下暨士商兵民等年六十以上者三千人。

乾隆五十一年（1786）十一月二十七日，林爽文以“安民心、保家业”相号召，率众在台湾起义。林爽文，原籍福建漳州，乾隆三十八年随父迁居台湾彰化县大里杙庄，以农为业。后来他加入天地会，成为彰化天地会首领。乾隆五十一年秋，官府镇压天地会，焚烧村庄，林爽文遂揭竿而起。二十八日，他率领起义军攻下大墩官军兵营；二十九日，攻下彰化，杀死知府孙景燧、知县俞峻。林爽文称盟主大元帅。十二月初六日，他率众攻下诸罗（今嘉义）县城；初七日，再下淡水城（今新竹）；十三日，夺占凤山（今高雄），知县汤大奎自杀。不数日，台湾全岛各地均悬天地会旗帜响应。乾隆五十二年正月，林爽文带领天地会起义军分水陆两路，进攻台湾府城。闽浙总督常青派水师提督黄仕简等领兵二千前往镇压，陆路提督任承恩，以及台湾总兵官柴大纪，也都率兵进攻林爽文起义军。在敌众我寡的情况下，林爽文在盐珵桥失败，遂退往漳化县，建立政权机构，不久又迁至大里杙。三月，起义军利用凤山城空虚之机，在首领庄大田领导下，又占领了凤山县城，清朝总兵官郝壮猷败回台湾府城，不久被清政府斩首于军前。八月，清政府加强了进攻林爽文起义军的兵力，并调整了领兵将帅。原将军常青改任湖广总督，授福康安为将军赴台；又命海兰察为参赞大臣，普尔普、舒亮为领队大臣，恒瑞、蓝元救、柴大纪仍参赞军务；增调兵力十万人，陆续驰赴台湾。十一月，福康安率军击败起义军，解了诸罗之围，随后又和柴大纪会合，攻占了大里杙。乾隆五十三年正月，林爽文等在老衢崎被福康安部扮作民人的广东屯练军俘获，福康安遂率军进入台湾府城。三月十日，林爽文等被解至京师凌迟杀害，起义终于失败。

乾隆五十一年（1786）七月初九日，乾隆帝命增定武职官阶。当时，三通馆进呈《皇朝通志》“职官略”一门，所载文武官阶多有不协之处。志内文职由正一品起，武职则由从一品起；文职自正一品至从九品，共十八阶，武职自从一品至正七品，止十二阶。乾隆帝认为这样制定武职官阶，显然是重文轻武，不利于重阃寄而励戎行。后经军机大臣会同大学士、吏兵二部详议，武职人员中，领侍卫内大臣、将军为正一品；蓝翎长为正九品，太仆寺委署固山达为从九品；绿营经制外委千总为正八品，外委把总为正九品，额外外委为从九品；乌鲁木齐都统为从一品；委署前锋侍、下五旗包衣参领为从五品；委署步军校、内务府领长为从六品；委署亲军校、前锋校、护军校、骁骑校、副护军校为从八品；包及佐领、察哈尔副参领、佐领为从四品；营千总为正六品；卫千总为从六品；裁正四品驻防参领、正六品监造火药官、正七品亏匠固山达。

乾隆五十一年（1786）秋，两广总督富勒浑被判斩监候。富勒浑是大学士阿桂族孙，早年中举人，作过内阁中书、户部郎中。从乾隆二十八年授山西冀宁道起，升迁较快。乾隆三十五年由浙江布政使署巡抚，三十七年调任陕西巡抚，不久擢任湖广总督，以后又历任四川总督、湖广总督、礼部尚书、工部尚书、闽浙总督，乾隆五十年七月，调任两广总督。尽管乾隆帝一手提拔起富勒浑，但是对他的操守一直存有怀疑，便命人访察。结果发现，富勒浑的家人殷士俊居住常熟，他原本是一介平民，但在他家中却查出现存及借出银钱共二万余两，田地六百三十余亩，房屋三所，还起出殷士俊之子殷孝基捐监部照一张。对此，乾隆帝又惊讶又愤怒，谕示说：殷士俊以微贱长随，拥赀数万，且父子蒙混捐纳，滥膺顶戴，计其一切赀财，俱系跟随富勒浑为长随后所得，富勒浑未必没有知情故纵。以后又查出，富勒浑到任广东后，各盐商馈送其家人李世荣花钱一千圆，方准各回安业；洋商潘文岩等称，殷士俊勒派各商分买人参一斤，浮卖价银四千七百两；李世荣令洋商购买物伯，短发价银一百圆；还点派口岸，全书巡等缴银一万九千六百余两，交殷士俊、李世荣转交内署。后来，乾隆帝以富勒浑志得意满，纵容家人长随，关通婪索，营私舞弊，漫无觉察，刑同木偶，已属知情故纵，查抄家产，处斩监候；殷士俊、李世荣等处绞。