康熙元年（1662）六月二十七日，李定国因病去世，终年四十二岁。李定国在联明抗清后，不忘故土。永历帝朱由榔亡命缅甸，他上疏三十余次，屡议迎之出缅。他为了救出永历帝，入缅后，衣食无着，士兵相继死亡，处境极为艰险。顺治十六年秋，他派使对缅人说：“苟送上（永历帝）出，则我罢兵。”对方答复他说：即不怕他攻城，也不怕他迁延岁月，惟知李部“水土不服，兵亦有减无增”。次年，李定国又为此而遣使缅王，再遭拒绝。这时，农民军既乏船只，又缺粮饷，疾疫流行，惨状丛生。康熙元年（1622）元月，李定国闻缅王将永历帝献与清军，愤恨欲绝，痛感“势既不敌，追无能为。”但仍想尽快恢复云南，继续抗清。他曾斋戒作表，自述生平经历，祝告上天，并说：“如天命已绝，愿速死，毋徒苦众人。”同年六月十一日，即其诞辰之日，身患重病。不久闻永历帝被吴三桂杀害，他“仰天大恸”，病势急剧恶化，终于不治而死。临终遗言其子与部将：“宁死荒外，毋降也！”李定国从一名普通的农民军战士成长为抗清名将，身先士卒，爱护兵民，誓死抗清，戎马生涯凡三十六年。

康熙二年（1663）十月中旬，靖南王耿继茂会同福建总督李率泰，命陆路提督马得功率郑氏投诚将士，并与荷兰十四艘战舰从泉州出发，水师提督施琅和海澄公黄梧则统兵出漳州、海澄，分兵进取厦门。是时，清军船舰出战者三百艘。十九日，清军与郑军各部会战于金门乌沙港。自上午七时过后直战到日近黄昏，双方拼力奋战，炮声不断。总督郑军各镇的周全斌率战船二十艘，往来冲杀，所向无敌，荷舰炮火屡击不中，而马得功的坐舰却被郑军击毁，跳海而死，其亲随精兵三百人全部阵亡。施琅、黄梧乘潮落之机，督清军船舰奋力迎援，时风向、水势均有利于清军，郑军大败。施琅乘胜，率众直取厦门。李率泰统大军接应。这时，事先约降清的郑氏将领陈升也已赶到。二十一日，清军攻取了金门、厦门，并屠毒当地的广大居民，在将财宝抢掠一空后，“堕城焚屋，斩割树木，遂空其地”而去。黄梧复向李率泰建言：统兵再取铜山，生擒郑经。李率泰认为“穷寇勿追”，应差人到铜山招抚。是月，郑部守南澳的将领杜辉率官兵二千二百九十八名，战船六十二艘，献南澳投诚。施琅等人招抚的郑部官兵则多达一万八千余人。次年六月，清廷因荷兰助兵取得金、厦，故颁赐荷兰国王缎匹、银两。

康熙二年（1663）九月初七日，清廷恢复八旗乡试，取中的举人有满洲齐兰保等二十一名、蒙古布颜等十七名、汉军姚启圣等一百一十八名，均送吏部录用。

康熙二年（1663）二月十九日，北京上空犹如战鼓擂鸣，随即，有陨石从天而降，落入城内者四颗，城外者七颗，合计十一颗。次日清晨，有人拾视，仍热如炽炭，一时传遍朝廷内外。其时，距康熙生母病逝仅九日，人视为奇事。

康熙二年（1663）八月初一日，西藏班禅胡土克图逝世。早在顺治四年（1647），胡土克图即已遣使至京，献上金佛、念珠等名贵之物，表颂功德，故清廷闻讯，遣官致祭。

康熙二年（1663）五月十九日，应工科给事中吴国龙疏请，为杜绝款项繁多，易生奸弊。清廷规定：自康熙三年始，一应杂项赋役，俱称地丁钱粮，作十分考成。除每年正月扣拨的兵饷外，余者通解户部。各省均造简明赋役册，送交户部查实。有关颁给民间的易知由单，尽除其他各项名目。至于各部、寺衙门应用的钱粮，应在年前上报数目，户部则于次年支给，并仍在年终核报。

康熙二年（1663）二月十一日，康熙帝生母、慈和皇太后佟佳氏病逝。康熙帝在其母患病时期朝夕侍奉，及至母逝，寝食俱废，痛哭不已，近侍无不感泣。清廷专此隆重悼念。佟佳氏，吏部承政（尚书）、正蓝旗都统佟图赖女，顺治帝登基后，选为妃。卒年二十四岁，谥号为孝康章皇后。

康熙二年（1663）二月，曹玺以内务府郎中职，首任江宁织造。曹玺，满洲人，本属包衣（满语中奴仆之意），其妻孙氏是康熙帝的乳母。终康熙一朝，曹玺、曹寅、曹颙、曹頫祖孙三代，任此职长达六十年。康熙帝对他们宠信始终，多方关照。江宁织造虽然是内务府的官员，但由于供应的是皇室贵族的享用之物，所以，他们可以打着皇家的旗号，经营具有特权性的贸易。此外，他们还兼管“巡盐”、承办铜斛等重要事务。于是，就逐渐形成了以曹氏为中心，包括其亲属苏州织造李煦和杭州织造孙文成在内的握有江南经济特权的家庭集团。

康熙三年（1664）五月，清政府设承德、开原、铁岭三县，添设奉天府丞等官，改辽阳为辽州，会同海盐、盖平，均属奉天府。改广宁为府，添设通判、推官等职，设广宁县、宁远州，属广宁府，俱令奉天府府尹管辖。次年元月，又改奉天所属锦县为锦州府，广宁府改为广宁县，属锦州府。

康熙三年（1664）四月，松月（上海市吴淞江以南地区）人民亡明后裔朱光辅（即朱二官）、朱拱橺（即朱日生）起义，称周王，有封职、宝印、札付、号旗等。园顿教、涅盘教、拜空教、大乘教等江南教徒纷纷参加起义。松江知府张羽明发觉后，逮捕总兵金仲美等八十余人，全部凌迟处死。复兴大狱，株连者不计其数。独朱光辅、朱拱橺严缉而未获。张羽明企图通过残酷镇压这次起义而得以高升，然而，时过未久，他也被革职。